비영리내국법인 고정자산 처분시 법인세 과세여부

조특법 제37조에 따라 과세특례를 적용받는 비상장 내국법인이 최대주주로서 보유하고 있는 상장주식을 장외거래한 경우 할증평가 적용함

[회신] ｢조세특례제한법｣ 제37조에 따른 자산의 포괄적 양도에 대한 과세특례를 적용받는 비상장 내국법인이 최대주주로서 보유하고 있는 상장주식을 한국거래소에서 거래하지 아니하고 인수법인에게 양도한 경우 해당 상장주식은 ｢법인세법 시행령｣ 제89조제2항에 따라 ｢상속세 및 증여세법｣ 제63조제3항에서 규정하는 최대주주 등의 주식에 대한 할증평가를 적용하는 것입니다.(법규과-30,2012.1.14.) 1. 사실관계 및 질의요지 가. 사실관계 ○ 비상장 내국법인 甲(이하 "양도법인")은 ｢조세특례제한법｣ 제37조 에서 규정하는 "자산의 포괄적양도에 대한 과세 특례"요건을 갖추어 - 비 상장 내국법인인 乙(지주회사로서 부동산개발업 영위, 이하 "인수법인")에게 자산의 대부분을 양도하고 청산할 예정이며 - 양도법인 * 은 자신이 최대주주로 있는 상장주식과 비상장주식을 양도하는 자산에 포함하여 양도함 * 양도법인과 인수법인은 특수관계가 있으며, 중소기업에 해당하지 아니함 나. 질의요지 ○ 자산의 포괄적 양도에 대한 과세특례를 적용받는 법인이 보유한 상장주식을 한국거래소에서 거래하지 아니하고 양도한 경우 해당 상장주식에 대한 최대주주 할증평가를 할 수 있는지 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙) ○ 조세특례제한법 제37조 【자산의 포괄적양도에 대한 과세특례】 ① 내국법인(이하 이 조에서 "피인수법인"이라 한다)이 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 대통령령으로 정하는 바에 따라 자산의 대부분을 다른 내국법인(이하 이 조에서 "인수법인"이라 한다)에 양도 (이하 이 조에서 "자산의 포괄적 양도"라 한다)하고 그 대가로 인수 법인의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 받고 청산하는 경우 양도하는 자산의 가액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 장부가액으로 할 수 있다. 이 경우 ｢법인세법｣ 제79조 에 따른 해산에 의한 청산소득금액은 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. <개정 2010.12.27> 1. 자산의 포괄적 양도일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 하던 내국법인 간의 양도ㆍ양수일 것 2. 피인수법인이 인수법인으로부터 그 자산의 포괄적 양도로 인하여 취득하는 인수법인의 주식등의 가액과 금전, 그 밖의 재산가액의 총합계액(이하 "인수대가"라 한다) 중 의결권 있는 인수법인의 주식 등의 가액이 100분의 95 이상으로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 피인수법인 또는 대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주 등이 자산의 포괄적 양도일이 속하는 사업연 도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것 3. 인수법인이 자산의 포괄적 양도일이 속하는 사업연도의 종료일까지 피인수법인으로부터 승계받은 사업을 계속할 것 ○ 조세특례제한법 시행령 제35조 【자산의 포괄적 양도에 대한 과 세특례】 ① 내국법인(이하 이 조에서 "피인수법인"이라 한다)이 법 제37조제1 항에 따라 다른 내국법인(이하 이 조에서 "인수법인"이라 한다)에 자산의 대부분을 양도(이하 이 조에서 "자산의 포괄적 양도"라 한다)하는 경우에는 다음 계산식에 따라 산정한 양도차익에 상당하는 금액을 자산의 포괄적 양도일이 속하는 사업연도에 손금에 산입할 수 있다 . 이 경우 손금에 산입하는 금액은 자산의 포괄적 양도로 취득한 인 수법인의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)의 압축기장충당금으로 계상하여야 한다. | 법 제37조제1항제2호에 따른 인수대가 - 포괄적으로 양도한 자산의 순자산 장부가액 | = | 인수대가 중 인수법인의 주식등의 가액 | | 인수대가 | ② 피인수법인이 제1항을 적용받으려면 자산의 포괄적 양도일부터 6개월 이내에 청산하여야 한다. ③ 법 제37조제1항 전단에 따른 자산의 대부분은 자산의 포괄적 양도일 현재 피인수법인의 자산총액의 100분의 70 이상이면서 자산총액에 서 부채총액을 뺀 금액의 100분의 90 이상으로 한다. 다만, 피인수 법 인이 자산의 포괄적 양도일 전 2년 내에 분할한 법인인 경우에는 분할하기 이전 법인을 기준으로 판정한다. ④ 법 제37조제1항 후단에 따른 청산소득금액을 계산할 때 잔여재산 중 자산의 포괄적 양도로 취득한 인수법인의 주식등의 가액은 자산 의 포괄적 양도일 당시의 가액(시가 에서 제1항에 따른 압축기장충당금 잔액을 뺀 금액을 말한다)을 기준으로 산정한다. ○ 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】 ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다) 에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. ② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준 으로 한다. ○ 법인세법 시행령 제89조 【시가의 범위 등】 ① 법 제52조제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세 가액)에 따른다. ② 법 제52조제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우 에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다 . 1. ｢부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률｣에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에 는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다. 2. ｢상속세 및 증여세법｣ 제38조 내지 제39조의2 및 동법 제61조 내 지 제64조의 규정 및 조세특례제한법 제101조 를 준용하여 평 가한 가액. 이 경우 ｢상속세 및 증여세법｣제63조제2항제1호 및 동법시 행령 제57조제1항·제2항의 규정을 준용함에 있어서 "직전 6월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3월로 한다)"은 이를 각각 "직전 6월"로 본다. ○ 상속세및증여세법 제63조 【유가증권 등의 평가】 ① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다. 1. 주식 및 출자지분의 평가 가. ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣ 제9조제13항제1호 에 따른 유가증권시장에서 거래되는 주권상장법인의 주식 및 출자지분 은 평가기준일 이전·이후 각 2개월 동안 공표된 매일의 한국거래 소 최종 시세가액(거래실적 유무를 따지지 아니한다)의 평균액. 다만 , 평균액을 계산할 때 평가기준일 이전·이후 각 2개월 동안에 증자 ·합병 등의 사유가 발생하여 그 평균액으로 하는 것이 부적당한 경우에는 평가기준일 이전·이후 각 2개월의 기간 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 기간의 평균액으로 한다. 나. ｢자본시장과 금융투자업에 관한 법률｣ 제9조제13항제2호 에 따른 코스닥시장상장법인의 주식 및 출자지분 중 대통령령으로 정하는 주식 및 출자지분에 대해서는 가목을 준용한다. 다. 나목 외의 주식 및 출자지분으로서 한국거래소에 상장되지 아 니한 주식 및 출자지분은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다. ③ 제1항 제1호, 제2항 및 제60조 제2항을 적용할 때 대통령령으로 정 하는 최대주주 또는 최대출자자 및 그와 특수관계에 있는 주주 또는 출자자(이하 이 항에서 “최대주주등”이라 한다)의 주식등(평가기준일이 속하는 사업연도 전 3년 이내의 사업연도부터 계속하여 법인세법 제14조 제2항 에 따른 결손금이 있는 법인의 주식등 대통령령 으로 정하는 주식등은 제외한다)에 대해서는 제1항 제1호 및 제2항 에 따라 평가한 가액 또는 제60조 제2항에 따라 인정되는 가액에 그 가액의 100분의 20(대통령령으로 정하는 중소기업의 경우 에는 100 분의 10으로 한다)을 가산하되, 최대주주등이 해당 법인의 발행주 식총수등의 100분의 50을 초과하여 보유하는 경우에는 100분의 30(대통령령으로 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 15로 한다)을 가산한다. 이 경우 최대주주등이 보유하는 주식등의 계산방법은 대통령령으로 정한다. ○ 상속세및증여세법 시행령 제53조 【코스닥상장법인의 주식 등의 평가 등】 ⑤ 법 제63조제3항 전단에서 " 대통령령으로 정하는 주식등 "이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에 그 주식등을 말한다. 1. 평가기준일 전후 6월(증여재산의 경우에는 3월로 한다) 이내의 기간중 최대주주등이 보유하는 주식등이 전부 매각된 경우(제49조제1항제 1호의 규정에 적합한 경우에 한한다) 2. 제28조 내지 제30조의 규정에 의한 이익을 계산하는 경우 나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판) ○ 기획재정부 법인세제과-994, 2012.9.20. 내국법인이 현물출자로 취득한 주식의 취득가액을｢상속세 및 증여 세법｣ 제63조를 적용하여 평가하는 경우 해당 주식은 피출자법인이 최대주주 등으로서 보유하던 주식에 해당하지 아니하므로 같은 법 제63조 제3항에 따른 할증평가를 적용하지 아니하는 것임 ○ 기획재정부 법인세제과-427, 2010.6.3. 현물출자에 따라 취득한 비상장주식의 취득가액은 ｢법인세법 시행령｣ 제72조 제1항에 따라 취득당시의 시가인 바, 이때 시가가 불분명한 경우에는 동 시 행령 제89조 제2항 제2호에 따라 ｢상속세 및 증여세법｣ 제63조 제1항 제1호 다목 규정을 적용하여 평가하는 것이며, 이때 현물출자로 취득한 주식이 최대주주 등의 주식에 해당하는 경우 같은 법 제63조제3항 규정에 따라 할증평가 하는 것임 ○ 서면2팀-2081, 2007.11.15. 최대주주 등이 소유하는 계열회사 주식을 지주회사에 현물출자할 때 그 현물출자하는 주식에 대해서는 상속세및증여세법 제63조 제3항 에 규정한 ‘최대주주 등’의 가산율을 적용하는 것임 ○ 감심2011-116, 2011.6.30. 유가증권 등의 평가는 ｢상속세 및 증여세법｣ 제63조 에 따라 평가하고 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식을 100％ 보유하고 있는 최대주주는 상증법 제63조제1항제1호 다목에 정한 방식으로 평가하되, 그 시가를 30％ 할증하는 것임 ○ 법인세과-939, 2009.8.27. 내국법인이 양도하고자 하는 비상장법인의 주식을 ｢상속세 및 증여 세법｣ 제63조의 규정을 준용하여 평가함에 있어 당해 평가대상 비 상장법인이 보유하고 있는 상장주식의 시가는 평가기준일 현재 한 국거래소의 최종시세가액으로 하는 것이며, 이 경우 ｢상속세 및 증여세법｣ 제63조제3항 의 최대주주 등의 주식에 대한 할증평가 규정은 적용하지 아니하는 것임 ○ 법인세과-513, 2009.5.4. 내국법인이 특수관계자인 거주자로부터 당해 거주자가 최대주주인 비상장법인의 주식을 무상으로 취득함에 있어 동 주식의 시가가 불분명하여 ｢상속세 및 증여세법｣ 제63조 의 규정에 의한 보충적 평가방법에 따라 주식의 시가를 산정하는 경우 같은 법 같은 조 제3항에 해당되는 때에는 같은 규정에 의한 가산율을 적용한 가액으로 하는 것임 ○ 법규과-1194, 2006.3.30 당해 법인이 교환에 따른 동 상장주식의 가치를 객관적으로 별도 평가한 사실이 없는 경우 그 시가는 교환일 현재 한국증권선물거 래소의 최종시세가액으로 하는 것임