제3자 물류비용 세액공제에 대한 회신

제3자 물류비용에 대한 세액공제에 있어서 물류비용은 조세특례제한법 시행령 제43조의4 제6항 및 같은 법 시행규칙 제19조의2 제2항에서 규정하는 물류비용을 의미하는 것임

[회신] ｢조세특례제한법｣ 제104조의14 제2항에 의한 세액공제 방식은 제1항의 요건을 충족한 경우에 한하여 적용받을 수 있는 것이며, 동 규정을 적용함에 있어서 물류비용은 같은 법 시행령 제43조의4 제6항 및 같은 법 시행규칙 제19조의2 제2항에서 규정하는 물류비용을 의미하는 것으로 같은 법 시행령 제5조 제8항에서 규정한 물류산업을 영위하는 자(특수관계자 제외)에게 지출한 비용을 적용대상으로 하는 것임 [ 관련 첨부서류 ] 1. 질의내용 요약 가. 사실관계 - ｢조세특례제한법｣ 제104조의14 【제3자 물류비용에 대한 세액공제】를 적용함에 있어서 불분명한 사안에 대해 문의 나. 질의요지 - 질의1) 제3자 물류비용에 대한 세액공제는 2008.1.1 이후 최초로 지출하는 분부터 적용토록 하고 있는 바, 기존부터 제3자 물류를 이용하고 있는 제조업이 경우 2008 귀속 사업연도 세액공제 신청 시 어떤 방법을 적용하여야 하는지 여부 - 질의2) 운송비 이외에 제3자 물류기업을 통하여 지출되는 하역료, 항만시설이용료(Wharfage), 컨테이너세 등의 항만물류비와 항만보관료, 터미널하물처리비(THC) 등의 해상 부대비용과 관세업을 영위하는 관세사사무소에 지출되는 수출입통관수수료 등이 물류비용에 해당하는지 여부 - 질의3) ｢조세특례제한법｣ 제104조의14 규정은 물류기업을 육성하기 위해 도입된 것으로 제3자 물류기업 해당업종을 물류정책기본법시행령 제3조 【물류사업의 범위】의 화물운송업, 물류시설운영업, 물류서비스업을 영위하는 기업 모두가 포함되는지 여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙) ○ 조세특례제한법 제104조의14 【제3자물류비용에 대한 세액공제】 ① 제조업을 영위하는 내국인이 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 2010년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 지출한 물류비용 중 제3자물류비용이 직전 과세연도에 지출한 제3자물류비용을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 3에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 공제받는 금액이 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세의 100분의 10을 초과하는 경우에는 100분의 10을 한도로 한다. 1. 각 과세연도에 지출한 제3자물류비용이 각 과세연도에 지출한 물류비용의 100분의 50 이상일 것 2. 해당 과세연도에 지출한 물류비용 중 제3자물류비용이 차지하는 비율이 직전 과세연도보다 낮아지지 아니할 것 ② 제1항을 최초로 적용하는 경우에는 해당 과세연도에 지출한 물류비 중 제3자 물류비용이 100분의 50을 초과하면 그 초과금액의 100분의 3에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 공제받는 금액이 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세의 100분의 10을 초과하는 경우에는 100분의 10을 한도로 한다. ③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다 . ○ 조세특례제한법 제46조 의3 【물류기업의 전략적 제휴를 위한 주식교환 등에 대한 과세특례】 ① 물류산업을 영위하는 중소기업인 법인(이하 이 조에서 "제휴물류법인"이라 한다)의 주주(당해 법인의 발행주식총수의 100분의 10 이상을 보유한 주주를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 소유하는 제휴물류법인의 주식을 다음 각호의 요건을 갖추어 2009년 12월 31일 이전에 물류산업을 영위하는 다른 중소기업인 법인(「증권거래법」에 의한 주권상장법인과 코스닥상장법인을 제외하며, 이하 이 조에서 "제휴상대물류법인"이라 한다)이 보유한 자기주식과 교환하거나 제휴상대물류법인에 현물출자하고 당해 법인으로부터 출자가액에 상당하는 주식을 새로이 교부받음으로써 발생하는 양도차익에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 주주가 주식교환 또는 현물출자(이하 이 조에서 "주식교환등"이라 한다)로 인하여 취득한 제휴상대물류법인의 주식을 처분할 때까지 양도소득세의 과세를 이연받을 수 있다. <개정 2005.12.31 부칙, 2006.12.30 부칙> 1. 대통령령이 정하는 바에 따라 제휴물류법인과 제휴상대물류법인간 전략적 제휴계획을 추진하고 그 계획에 따라 주식교환등이 이루어질 것 2. 제휴물류법인의 주주 또는 당해 주주와 특수관계에 있는 자가 제휴상대물류법인의 최대주주와 특수관계에 있지 아니할 것 3. 제휴물류법인의 주주가 주식교환등으로 취득한 주식과 제휴상대물류법인이 주식교환등으로 보유한 주식을 각각 1년 이상 보유하도록 하는 계약을 제휴물류법인과 제휴상대물류법인간에 체결할 것 ② 제1항을 적용함에 있어서 물류산업의 범위, 최대주주의 범위 및 특수관계의 범위에 관한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 조세특례제한법 시행령 제5조 【창업중소기업 등에 대한 세액감면】 ⑧ 법 제6조제3항제18호에서 "대통령령으로 정하는 물류산업"이란 운수업 중 화물운송업, 화물취급업, 보관 및 창고업, 화물터미널운영업, 화물운송 중개·대리 및 관련 서비스업, 화물포장·검수 및 형량 서비스업 및 ｢항만법｣에 따른 예선업과 기타 산업용 기계장비 임대업 중 파렛트임대업(이하 "물류산업"이라 한다)을 말한다. <개정 2009.2.4 부칙> ○ 조세특례제한법 시행령 제43조 의3 【물류기업 주식교환 등에 대한 과세특례】 ①법 제46조의3의 규정에 의하여 물류기업의 전략적 제휴를 위한 주식교환 등에 대한 과세특례를 적용함에 있어서 제43조의2제1항 내지 제8항의 규정을 준용한다. 이 경우 "법 제46조의2"를 "법 제46조의3"으로, "벤처기업"을 "제휴상대물류법인"으로, "제휴법인"을 "제휴물류법인"으로 본다. ②법 제46조의3제2항의 규정에 의한 물류산업의 범위는 제5조제8항에 규정된 물류산업으로 한다. ○ 조세특례제한법 시행령 제43조 의 4 【자가물류시설의 양도차익에 대한 법인세 과세특례】 ① ～ ⑤ 생략 ⑥ 법 제46조의 4 제1항 및 제2항을 적용하는 경우 물류비용은 제1호 및 제2호에 따른 물류비용의 합계액으로 한다. 1. 물자가 조달처로부터 운송되어 물자의 보관창고에 입고, 관리되어 생산공정 또는 공장에 투입되기 직전까지의 물류활동에 따른 물류비용 2. 판매가 확정되어 물자의 이동이 개시되는 시점부터 소비자에게 인도 또는 반품되거나 재사용 또는 폐기까지의 물류활동에 따른 비용으로서 기획재정부령이 정하는 물류비용 ⑦ 생 략 ○ 조세특례제한법 시행규칙 제19조 의 2 【물류비용의 범위 등】 ① 영 제43조의4제5항에서 "기획재정부령이 정하는 이자율"이라 함은 「법인세법 시행규칙」 제6조 에 따른 이자율을 말한다. <개정 2008.4.29 부칙> ② 영 제43조의4제6항제2호에서 "기획재정부령이 정하는 물류비용"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용을 말한다. <개정 2008.4.29 부칙> 1. 생산되거나 매입한 물자(포장ㆍ수송용 용기, 자재 등을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)를 판매창고에 보관하여 소비자에게 인도할 때까지의 물류활동에 따른 비용 2. 소비자에게 판매(위탁판매를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)한 물자가 판매계약의 취소 등으로 인하여 소비자로부터 판매자에게 물자가 반품될 때까지의 물류활동에 따른 비용 3. 소비자로부터 재활용가능한 물자를 회수하여 다시 사용이 가능하도록 할 때까지의 물류활동에 따른 비용 4. 소비자로부터 파손 또는 진부화된 물자를 회수하여 폐기할 때까지의 물류활동에 따른 비용 나. 관련예규(예규, 해석사례, 심사, 심판) ○ 조세특례제도과-296(2009.3.24) 조세특례제한법 제104조의14 를 적용함에 있어서 제1항의 요건을 충족하지 못한 경우에는 제2항을 적용할 수 없음