에너지절약시설 및 환경보전시설의 투자세액공제 적용방법

내국법인이 해당 사업연도 대손충당금 한도초과액에 대하여 「국세기본법」 제26조의2에 따른 국세부과의 제척기간 만료로 손금불산입하지 아니한 경우에는 다음 사업연도에 이를 손금추인할 수 없는 것임

[회신] 내국법인이 해당 사업연도 대손충당금 한도초과액에 대하여 ｢국세기본법｣ 제26조의2에 따른 국세부과의 제척기간 만료로 손금불산입하지 아니한 경우에는 다음 사업연도에 이를 손금추인할 수 없는 것입니다.(법규과-405, 2012.4.20.) 1. 질의내용 요약 가. 사실관계 및 질의요지 ○ 법인이 당해 사업연도의 대손충당금 손금산입 범위내에서 익금산입할 대손충당금을 차감한 잔액만을 대손충당금으로 계상한 경우(순액법) 이를 각각 익금 또는 손금에 산입한 것으로 봄(총액법)(법규칙§32①) - 따라서, 특정 사업연도에 대손충당금 한도초과에 따른 손금불산입(유보)이 발생한 경우 이후 사업연도에 반대 세무조정(손금산입, △유보)을 하여야 함 ○ 00 업을 영위하는 질의법인이 사업연도별로 대손충당금 설정채권이 아닌 채권에 대하여 대손충당금을 설정함에 따라 한도초과액이 발생 - 국세부과 제척기간이 경과한 ’06.6사업연도에 이를 적용하면 대손충당금 한도 초과에 따른 손금불산입액이 발생하며 차기 사업연도에는 이를 손금 산입 하여야 함 ○ 질의요지 : ’10.1.1. 이후 과세표준을 경정함에 있어 부과제척기간이 경과한 사업연도의 대손충당금 한도초과액을 손금불산입하는 경정처분을 하지 못한 경우 부과제척기간 내에 있는 차기연도의 세무조정방법 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙) 등 □ 국세기본법 제26조 의 2 【국세 부과의 제척기간】 ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조 에서 정하는 바에 따른다. (2010. 1. 1. 개정) 1. 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간 (2010. 1. 1. 개정) 1의 2. 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10년간 가. 「소득세법」 제81조 제3항 제4호 (2010. 12. 27. 신설) 나. 「법인세법」 제76조 제9항 제1호 (2010. 12. 27. 신설) 다. 「부가가치세법」 제22조 제3항 및 제6항 (2010. 12. 27. 신설) 2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간 (2010. 1. 1. 개정) 3. 제1호ㆍ제1호의 2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간 (2010. 12. 27. 개정) □ 법인세법 제34조 【대손충당금의 손금산입】 (2008. 12. 26. 제목개정) ① 내국법인이 각 사업연도에 외상매출금ㆍ대여금, 그 밖에 이에 준하는 채권의 대손(貸損)에 충당하기 위하여 대손충당금을 손금으로 계상한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다. (2010. 12. 30. 개정) ④ 제1항에 따라 대손충당금을 손금으로 계상한 내국법인은 대손금이 발생한 경우 그 대손금을 대손충당금과 먼저 상계하여야 하고, 대손금과 상계하고 남은 대손충당금의 금액은 다음 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. (2010. 12. 30. 개정) □ 법인세법 시행령 제61조 【대손충당금의 손금산입】 ① 법 제34조 제1항에 규정하는 외상매출금ㆍ대여금 기타 이에 준하는 채권은 다음 각호의 것으로 한다. (1998. 12. 31. 개정) 1. 외상매출금 : 상품ㆍ제품의 판매가액의 미수액과 가공료ㆍ용역 등의 제공에 의한 사업수입금액의 미수액 (1998. 12. 31. 개정) 2. 대여금 : 금전소비대차계약 등에 의하여 타인에게 대여한 금액 (1998. 12. 31. 개정) 3. 기타 이에 준하는 채권 : 어음상의 채권ㆍ미수금 기타 기업회계기준에 의한 대손충당금 설정대상이 되는 채권(제88조 제1항 제1호의 규정을 적용받는 시가초과액에 상당하는 채권을 제외한다) (1998. 12. 31. 개정) ② 법 제34조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액”이란 해당 사업연도종료일 현재의 제1항에 따른 외상매출금ㆍ대여금 기타 이에 준하는 채권의 장부가액의 합계액(이하 이 조에서 “채권잔액”이라 한다)의 100분의 1(다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금융회사 등은 100분의 2)에 상당하는 금액과 채권잔액에 대손실적률을 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액을 말한다. 다만, 제1호부터 제17호까지의 금융회사 등의 경우에는 금융위원회가 기획재정부장관과 협의하여 정하는 대손충당금적립기준에 따라 적립하여야 하는 금액, 채권잔액의 100분의 2에 상당하는 금액 또는 채권잔액에 대손실적률을 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액으로 한다. (2011. 6. 3. 개정) 10. 「상호저축은행법」에 의한 상호저축은행중앙회(지급준비예탁금에 한한다) 및 상호저축은행 (2005. 2. 19. 개정) □ 법인세법 시행규칙 제32조 【대손충당금의 계상】 ① 영 제61조의 규정을 적용함에 있어서 법인이 당해 사업연도의 대손충당금 손금산입 범위액에서 익금에 산입하여야 할 대손충당금을 차감한 잔액만을 대손충당금으로 계상한 경우 차감한 금액은 이를 각각 익금 또는 손금에 산입한 것 으로 본다. (1999. 5. 24. 개정) □ 법인세법 제13조 【과세표준】 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. (2010. 12. 30. 개정) 1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나, 「국세기본법」 제45조 에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다. (2010. 12. 30. 개정) □ 법인세법 부 칙 (2009. 12. 31. 법률 제9898호) ･ 제1조 【시행일】 이 법은 2010년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제51조의 2 제2항의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제117조의 2 제4항의 개정규정은 2010년 4월 1일부터 시행하며, 제16조 제1항, 제17조 제1항, 제24조 제1항, 제44조, 제44조의 2, 제44조의 3, 제45조, 제46조, 제46조의 2부터 제46조의 5까지, 제47조, 제47조의 2, 제48조, 제48조의 2, 제49조, 제60조 제4항, 제77조, 제80조, 제81조, 제84조, 제86조 제2항 및 제113조 제3항 및 제4항의 개정규정은 2010년 7월 1일부터 시행한다. ･ 제4조 【과세표준에 관한 적용례】 제13조, 제76조의 13 제2항 및 제91조 제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 과세표준을 신고하거나 경정ㆍ결정하는 분부터 적용한다. 다만, 신고하거나 경정ㆍ결정한 과세표준에 포함되지 아니한 결손금이 공제되도록 2009년 12월 31일 이전에 과세표준을 신고하거나 경정ㆍ결정한 경우에는 종전의 규정에 따른다. □ 소득세법 제45조 【결손금 및 이월결손금의 공제】 ③ 부동산임대업에서 발생한 결손금과 제1항에 따라 공제하고 남은 결손금(이하 “이월결손금”이라 한다)은 해당 이월결손금이 발생한 과세기간의 종료일부터 10년 이내에 끝나는 과세기간의 소득금액을 계산할 때 먼저 발생한 과세기간의 이월결손금부터 순서대로 다음 각 호의 구분에 따라 공제한다. 다만, 「국세기본법」 제26조 의 2에 따른 국세부과의 제척기간이 지난 후에 그 제척기간 이전 과세기간의 이월결손금이 확인된 경우 그 이월결손금은 공제하지 아니한다. (2009. 12. 31. 개정) 1. 제1항에 따라 공제하고 남은 이월결손금은 사업소득금액, 근로소득금액, 연금소득금액, 기타소득금액, 이자소득금액 및 배당소득금액에서 순서대로 공제한다. (2009. 12. 31. 개정) 2. 부동산임대업에서 발생한 이월결손금은 부동산임대업의 소득금액에서 공제한다. (2009. 12. 31. 개정) □ 소득세법 부 칙 (2009. 12. 31. 법률 제9897호) ･ 제1조 【시행일】 이 법은 2010년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제12조 제4호 마목, 제20조의 3 제1항 제6호, 제20조의 3 제2항, 제73조 제1항 제3호, 제129조 제1항 제5호, 제129조 제3항, 제143조의 2 제1항, 제143조의 6 제1항 및 제158조 제5항의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제81조 제11항 및 제162조의 3 제4항의 개정규정은 2010년 4월 1일부터 시행하며, 제17조 제2항 제2호 가목의 개정규정은 2010년 7월 1일부터 시행하고, 제12조 제5호 바목ㆍ사목, 제14조 제3항 제8호 및 제25조 제1항의 개정규정은 2011년 1월 1일부터 시행하며, 제47조 제1항ㆍ 제59조 제1항 및 제2항의 개정규정은 2012년 1월 1일부터 시행하고, 제21조 제1항 제25호ㆍ제26조 제7항 및 제33조 제1항 제8호의 개정규정은 2013년 1월 1일부터 시행한다. (2010. 12. 27. 단서개정) ･ 제5조 【이월결손금의 공제에 관한 적용례】 제45조 제3항 단서의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 과세표준을 신고하거나 경정ㆍ결정하는 분부터 적용한다. 다만 신고하거나 경정ㆍ결정한 과세표준에 포함되지 아니한 결손금이 공제되도록 2009년 12월 31일 이전에 과세표준을 신고하거나 경정ㆍ결정한 경우에는 종전의 규정에 따른다. □ 상호저축은행업 감독규정 ○ 제1조(목적) 이 규정은 「금융위원회의 설치 등에 관한 법률」(이하 “금융위설치법”이라 한다) 제17조제1호의 규정에 의하여 상호저축은행법(이하 “법”이라 한다)․같은 법 시행령(이하 “시행령”이라 한다) 및 같은 법 시행규칙(이하 “시행규칙”이라 한다)과 「금융산업의 구조개선에 관한 법률」(이하 “금산법”이라 한다) 및 같은 법 시행령, 그 밖에 법령에서 정하는 상호저축은행의 업무운용 및 감독에 관한 사항 중 금융위원회(이하 “금융위”라 한다) 소관사항의 시행에 필요한 사항을 정함을 목적으로 한다.<개정 2005.12.29, 2008.4.7, 2010.9.24.> ○ 제2조(일반지침) 상호저축은행은 법에 의하여 인가를 받아 영위할 수 있는 업무 범위내에서 업무방법서가 정한 바에 따라 그 업무를 영위하여야 한다.<개정 2000.12.29> ○ 제38조(대손충당금 등 적립기준) ① 법 제22조의2제1항제3호 및 시행령 제11조의3제3항제3호에 따른 상호저축은행의 대손충당금 적립기준은 다음과 같다.<개정 2002.4.2, 2004.3.17, 2005.12.29, 2008.2.27, 2008.12.18, 2010.9.24.> 1. 상호저축은행은 결산일(가결산일을 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 현재 대손충당금설정대상자산에 대하여 건전성분류결과에 따라 다음 각목에서 정하는 금액에 해당하는 대손충당금을 적립하여야 한다. 가. “정상”분류 자산의 100분의 0.5이상 (중략) ○ 제39조(대손충당금 설정대상자산) 제38조제1항제1호의 규정에 의한 “대손충당금 설정대상자산”이라 함은 다음 각호의 자산을 말한다. 1. 제36조제1항제1호의 규정에 의한 대출채권(자산유동화계획에 따라 당해 상호저축은행이 인수한 후순위채권을 포함한다) 2. 미수금(자산처분미수금 및 자산유동화계획에 따른 자산양도미수금에 한한다) [본조신설 2001.8.22] □ 상호저축은행업회계처리준칙 1. 목적 이 준칙은 기업회계기준 제90조의 규정에 의거 상호저축은행업의 회계처리와 재무보고에 통일성과 객관성을 부여하기 위하여 기업회계기준에서 정하지 아니하였거나, 상호저축은행업의 특수성으로 인하여 달리 적용할 필요가 있는 사항 등을 정함을 목적으로 한다. 2. 적용범위 이 준칙은 상호저축은행업을 영리를 목적으로 규칙적·조직적으로 영위하는 상호저축은행이 회계정보이용자에게 일반목적의 재무정보를 제공하기 위한 재무제표를 작성하는 경우에 적용한다. 26. 대출채권등에 대한 대손충당금 설정 가. 회수불확실채권(동 채권에 대한 미수수익을 포함한다. 이하 같다)에 대하여 합리적이고 객관적인 기준에 따라 대손설정률을 정하고, 그에 따라 산출한 대손추산액을 대손충당금으로 설정하여야 한다. 이 경우 회수불확실채권은 회수불확실성의 정도별로 대손율을 달리 정할 수 있으며, 그 율은 특별한 사유가 없는 한 매기 계속적으로 적용하여야 한다. 나. 회수불가능채권은 대손충당금과 우선적으로 상계하고 대손충당금이 부족한 경우에는 그 금액을 대손상각비로 처리한다. 나. 관련 예규․판례 ○ 재정책-704(2009.07.09) 【질의】 경정일 현재 부과제척기간이 만료된 과세연도에 법인이 신고 누락한 세무조정금액이 추가로 확인되어 소득금액을 재계산한 결과 결손금이 증가된 경우, 당해 증가된 결손금을 그 이후 사업연도의 과세표준 계산시 이월결손금으로 가산할 수 있는지 여부 〈제1안〉결정ㆍ경정일 현재 부과제척기간이 만료된 과세연도에 증가된 결손금은 부과제척기간이 경과하지 않은 사업연도의 소득금액에서 이월결손금으로 가산할 수 있음. 〈제2안〉부과제척기간이 만료한 과세연도에 증가된 이월결손금을 그 후 사업연도의 소득금액에서 가산할 수 없음. 【회신】 경정일 현재 국세부과 제척기간이 이미 만료된 사업연도의 법인세 과세표준 신고시 손금이 누락된 사실이 확인되어 결손금이 증가한 경우, 당해 결손금 증가액 상당액은 국세부과 제척기간이 만료되지 않은 그 이후의 각 사업연도의 소득에서 법인세법 제13조 제1호 의 규정에 의하여 이월결손금으로 공제할 수 있는 것임. ○ 재정책-706(2009.07.09) 【질의】 경정일 현재 부과제척기간이 만료된 과세연도에 법인이 신고 누락한 세무조정금액이 추가로 확인되어 소득금액을 재계산한 결과 결손금이 감소된 경우, 당해 감소된 결손금을 그 이후 사업연도의 과세표준 계산시 이월결손금으로 차감할 수 있는지 여부 〈제1안〉결정ㆍ경정일 현재 부과제척기간이 만료된 과세연도에 감소된 결손금은 부과제척기간이 경과하지 않은 사업연도의 소득금액에서 이월결손금으로 차감할 수 있음. 〈제2안〉부과제척기간이 만료한 과세연도에 감소된 이월결손금을 그 후 사업연도의 소득금액에서 차감할 수 없음. 【회신】 경정일 현재 국세부과 제척기간이 이미 만료된 사업연도의 법인의 자산가액이 감액되어 당해 자산의 감가상각액이 감소됨에 따라 그 사업연도의 결손금도 줄어든 경우, 당해 결손금 감소액 상당액은 국세부과 제척기간이 만료되지 않은 그 이후의 각 사업연도의 소득에서 과세표준 산정을 위하여 공제하는 법인세법 제13조 제1호 의 ‘이월결손금’으로 보지 아니하는 것임. ○ 법인-3608(2008.11.25) 귀 질의의 경우, 법인이 기업회계기준에 따라 계상한 유가증권감액손실을 세무조정시 손금불산입함에 있어 착오에 의해 기타사외유출로 처분한 경우에는 세무상 이를 유보처분한 것으로 보아 그 감액손실을 손금추인(감액손실을 계상한 사업연도의 부과제척기간이 만료된 경우를 포함한다)하여 당해 유가증권을 매각한 사업연도의 소득금액을 계산하여 신고하거나 경정할 수 있는 것임. ○ 법규과-1868(2010.12.17) 내국법인이 2004사업연도에 대해 손금을 추가로 산입하여 결손금이 발생하는 것으로 경정청구를 하였으나 관할세무서장이 해당 경정청구에 대해 결정을 하지 아니한 상태에서 해당 결손금을 이후 사업연도에 이월결손금으로 신고하고 과세표준에서 공제 한 경우 과세관청이 2010.1.1. 이후 각 사업연도에 대한 과세표준을 경정함에 있어서 해당 이월결손금은 그 원인이 된 경정청구 내용이 적정하여 「법인세법」 제14조제2항 에 따른 결손금에 해당하는 경우에 같은 법 부칙(2009.12.31. 법률 제9898호로 개정된 것) 제4조에 따라 공제가 가능한 것입니다. ○ 법규과-1295(2007.3.20) 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - 장기도급공사의 진행률에 의한 공사손익은 세무상 '95.1.1. 이후 최초로 도급계약을 체결하는 분부터 현행 규정과 같이 ‘총공사예정비’ 기준으로 진행률을 계산하나, 종전 규정은 (1-표준소득률)에 의해 진행률 계산 - 기업회계상 공사손익 계상은 현행 세법상 처리방법과 동일 - 납세자는 현행 세법 규정으로 공사손익을 익금 또는 손금에 산입하여야 하나, 종전 규정으로 과세소득 계산 - 납세자는 공사손익을 세무상 처리방법처럼 적정하게 계상하였으나, 세무조정으로 이를 익금불산입(△유보) 처리 ○ 질의내용 - 장기공사의 예약매출과 관련하여 기업회계에 따라 진행률(총공사예정비 기준으로 진행률 계산)에 의해 적정하게 공사손익을 계상하였으나, 세무상 진행률 계산방법의 착오로 (기업회계손익 > 세무상 손익) 과다 익금산입으로 보아 세무조정으로 익금불산입(△유보)한 경우 - 부과제척기간 만료로 익금불산입(△유보) 금액을 익금산입 대상으로 경정하지 못한 상태에서, 이에 터잡아 부과제척기간 이내의 과세소득 계산시 익금산입(유보) 추인하여야 하는지 여부 [ 회 신 ] 법인이 장기건설용역을 제공하고 「법인세법 시행령」 제69조 제2항 의 규정에 의하여 작업진행률을 기준으로 계산한 수익을 해당 사업연도의 익금으로 계상하였으나, 세무조정 오류로 인하여 익금을 과소 신고(△유보)한 경우, 당해 과소신고 금액이 부과제척기간의 만료로 인하여 이를 증액 경정할 수 없는 경우에 부과제척기간이 만료되지 아니한 그 이후 사업연도의 과세소득의 계산은 당초의 세무조정 오류에 불구하고 세무상 정당하게 신고하여야 할 익금 또는 손금을 기준으로 하는 것임 ○ 법규과-4977(2006.11.17) 법인이 사업지구 단위로 조성·분양하는 토지에 대하여 「법인세법 시행령」 제69조 제2항 의 규정에 의하여 작업진행률에 따라 각 사업연도의 분양손익을 재계산하는 경우에는, 사업지구 단위로 계산한 각사업연도의 세무상 익금과 손금(1차 과세자문에 대한 회신내용 참조)을 기준으로 하여, 부과제척기간이 만료된 사업연도의 과세표준과 세액은 경정할 수 없는 것이나, 부과제척기간이 만료되지 아니한 사업연도에 대하여는 당해 법인이 신고한 과세표준과 세액을 증액 또는 감액경정하는 것입니다. ○ 국심2005서2639(2006.8.31.) 이와 같은 과정에서 특정사업연도에 잘못 계상한 손익이나 재고자산의 오류가 다음 사업연도의 손익에 중대한 영향을 미치는 경우(fundamental error)에는 이를 합리적으로 수정하여 그 사업연도는 물론 그 다음 사업연도의 손익에 영향을 미치지 아니하도록 하는 것이 원칙이라 하겠다〔기업회계기준(2001.3.30. 기업회계기준서 제1호가 시행되기 전까지 적용되던 것) 제79조 및 기업회계기준서(2001.3.30. 시행된 것) 제1호 제A15항 참조〕. 또한, 국세의 부과제척기간이 경과한 경우 그 과세연도에 대하여는 부과권이 소멸되어 과세당국은 과세표준이나 세액을 변경하는 어떠한 결정도 할 수 없으므로 그 소득금액도 조정할 수 없는 것이나, 국세기본법에서 국세부과제척기간의 규정을 둔 취지가 납세의무자와 국가간의 국세에 관한 권리ㆍ의무관계를 조속히 종결함으로써 조세채무에 관한 법적 안정성을 보장하기 위하여 과세당국에서 국세를 부과할 수 있는 기간에 제한을 두는데 그 목적이 있으며, 개별세법에서 규정하고 있는 과세표준과 세액의 계산방법 및 범위에 제한을 두는데 그 목적이 있는 것은 아니라 할 것이므로(국심1999서2174, 2000.7.11. 참조), 특정사업연도가 부과제척기간이 경과하여 그 과세표준과 세액을 경정할 수 없다 하여 그 이후 부과제척기간이 경과하지 아니한 사업연도의 손익을 부과제척기간이 경과한 사업연도가 없었던 경우와 달리 계산할 것은 아니라고 보여진다. (라) 이 건의 경우, 청구법인은 부과제척기간이 경과한 1998사업연도에 공사진행률을 고려하지 아니하고 당기 분양계약분 전액을 당기수입으로 계상하여 기말재공품으로 계상하여야 할 미완성공사분을 당기수입으로 계상하는 바람에 결과적으로 당기수입이 세법에 의한 당기수입보다 과다계상되었고, 분양계약률을 고려하지 아니하고 당기 공사비 지급분 전액을 당기원가로 계상하여 기말재공품으로 계상하여야 할 미분양공사분을 당기원가로 계상하는 바람에 결과적으로 매출원가가 세법에 의한 매출원가보다 과다계상되었으나, 이와 같은 오류가 없었더라면 1999사업연도에는 1998사업연도에 과소계상한 기말재공품(미완성공사) 만큼의 수입이 더 발생하였을 것이고, 1998사업연도에 과소계상한 기말재공품(미분양공사) 만큼의 매출원가가 더 발생하였을 것인 바, 청구법인이 1998사업연도 및 1999사업연도 분양수입 및 분양원가 계산시 발생시킨 오류는 2개 사업연도에 걸친 재고자산(재공품)의 오류임을 알 수 있다. 따라서, 이 건 각사업연도별(1998∼2001년) 손익은 먼저 부과제척기간을 고려하지 아니한 상태에서 각사업연도별(1998∼2001년) 예약매출 손익을 법인세법시행령 제69조 제2항 의 규정에 따라 재계산한 다음, 부과제척기간이 이미 경과한 사업연도분(1998년)은 그 오류의 존재여부에 불구하고 청구법인이 신고한 손익을 그대로 두고, 부과제척기간이 경과하지 아니한 사업연도(1999∼2001년)는 법인세법이 규정하는 바에 따라 재계산된(오류가 없는) 손익을 당해연도의 손익으로 보는 것이 국세기본법에서 부과제척기간을 둔 취지에 비추어 합리적이라고 할 것이다. 즉, 재고자산(재공품)의 오류가 2개 사업연도 이상의 손익에 영향을 미치고, 그 중 일부 사업연도 부과제척기간 이내인 경우에는 부과제척기간이 경과한 사업연도에 발생한 재고자산의 오류는 재계산은 하되, 다만 그 과세표준과 세액을 변경하는 결정이나 경정을 하지 않는 것이며, 이 경우 부과제척기간이 경과하지 아니한 나머지 사업연도의 재고자산은 세법의 규정에 따라 올바르게 수정하여 이를 기초로 그 사업연도의 과세표준과 세액을 변경하는 결정이나 경정을 하여야 하는 것이다(국세청 예규 서삼46019-10357, 2002.3.5. 참조). 각사업연도의 손익을 위와 같이 재계산한 결과, 청구법인이 계상한 각사업연도 손익의 합계액이 기업회계상 실제로 발생한 손익의 합계액과 차이가 난다 하더라도 이는 부과제척기간이 경과한 1998사업연도에 청구법인이 잘못 계상한 손익의 영향 때문이므로, 이 건 처분청이 1998사업연도가 부과제척기간이 경과되어 과세표준을 수정할 수 없음을 이유로 청구법인이 1998사업연도에 잘못 계상하여 1998사업연도와 1999사업연도의 손익에 중대한 영향을 미치는 재고자산(기말재공품)의 오류가 부과제척기간이 경과하지 아니한 1999사업연도에 그대로 승계된 것으로 보아 1999사업연도 이후의 손익을 재계산한 것은 잘못이라고 판단된다. ○ 법인-378(2011.05.30) 【질의】 (사실관계 및 질의요지) o 2010.12사업연도에 2004.12사업연도의 세무조정누락으로 결손금을 과소계상한 사실이 발견된 경우 제척기간내에 공제할 이월결손금을 증액할 수 있는지. 【회신】 귀 질의의 경우 기존 회신사례(법인-254, 2011.4.7.)를 참고하기 바람 ◈ 법인-254, 2011.4.7. 「법인세법」 제13조 제1호 (2009년 12월 31일 법률 제9898호로 개정된 것)에 의한 결손금으로서 해당 사업연도가 「국세기본법」 제26조의2 에 의한 국세부과의 제척기간이 경과된 경우에는 이를 증액 또는 감액할 수 없는 것임. ○ 대법2006두781(2006.06.09) 【주문】 상고를 기각한다. 상고비용은 피고가 부담한다. 【이유】 구 법인세법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 개정되기 전의 것) 제36조 제1항 제7호, 구 법인세법 시행규칙(1999. 5. 24. 재정경제부령 제86호로 개정되기 전의 것) 제14조의3 제1항에 의하여 건설 등에 관한 계약기간이 1년 이상인 장기도급계약의 경우 당해사업연도의 익금을 산정함에 있어서 차감되는 ‘직전사업연도 말까지의 수입계상액’은, 조세법률주의 원칙상 ‘직전사업연도 말까지 정당하게 수입계상되어야 할 금액’을 말하는 것이지 납세의무자에 의하여 ‘실제로 수입계상된 금액’을 뜻하는 것이 아니라고 할 것이며, 국세기본법 제26조의2 에서 규정하고 있는 국세부과권의 제척기간 내에 조세의 부과처분이 없으면 과세관청은 더 이상 국세의 확정을 위한 부과처분을 할 수 없게 되고 그 반사적 효과로서 납세자로서는 조세채무를 납부할 의무를 면하게 되나, 이는 제척기간 제도에 따른 부득이한 결과로서 그런 결과가 실질과세의 원칙에 반한다고는 할 수 없는 것이다. 원심은 제1심판결을 인용하여 판시와 같은 사실을 인정한 다음, 원고의 이 사건 의정부 1차 아파트 신축공사로 인한 1998 사업연도의 익금을 산정함에 있어 차감하여야 하는 ‘직전사업연도 말까지의 수입계상액’은 1997 사업연도에 정당하게 수입계상되어야 할 금액을 기초로 산정되어야 함에도, 피고가, 이를 법령에 의하지 않고 임의로 계상한 원고의 1997 사업연도의 수입 신고금액을 기초로 산정하여, 원고에 대하여 1998 사업연도 귀속 법인세를 추가로 납부할 것을 고지한 이 사건 처분은 정당 세액을 초과하는 범위에서 위법하고, 이러한 경우 1997 사업연도 귀속 법인세에 대하여 국세부과권의 제척기간으로 인하여 법령에 따른 적법한 증액경정처분을 할 수 없게 되어, 결과적으로 원고가 납부하여야 할 법인세를 덜 납부하는 결과가 발생할 수 있으나 이는 국세부과권의 제척기간 제도가 원래 예정하고 있는 것에 불과하고 이를 들어 실질과세의 원칙 등에 반한다고 볼 수 없다는 취지로 판단하였다. 앞서 본 법리와 관계 규정에 비추어 기록을 살펴보면, 원심의 위와 같은 사실인정과 판단은 정당한 것으로 수긍이 가고, 거기에 상고이유로 주장하는 바와 같이 심리를 다하지 아니한 채 채증법칙을 위반하여 사실을 오인하거나 장기 건설공사의 수입금액 계상 및 공사수익의 기간귀속에 대한 법리를 오해하는 등의 위법이 있다고 할 수 없다. 그러므로 상고를 기각하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다. ○ 국심2000광2008(2001.01.18) 【제목】 감가상각의제시 부과제척기간 경과 사업연도분 미상각액을 부과제척기간내의 상각범위액의 기초가액에서 차감해 상각한도액으로 함은 정당하고 그 추징세액은 당초 감면세액을 한도로 하지 않음 【이유】 1993사업연도의 법인세가 부과제척기간이 경과되었으므로 1993사업연도의 감가상각의제분(311백만원)을 이후연도의 상각범위액 계산시 기초가액에서 차감할 수 없다는 청구주장도 이 건 처분이 1993∼1994사업연도의 과세표준이나 세액을 변경시키는 것이 아니라 1995사업연도 이후의 과세표준과 세액의 결정시 법인세법시행령 제55조 의 2【감가상각의제】 제2항의 규정에 의해 감가상각의제한 잔액을 기초가액으로 하여 감가상각범위액을 계산한 후 경정처분한 것이므로 부과제척기간이 경과하지 아니한 것으로 보는 것이 타당하다 할 것이다. ○ 국심99서2174(2000.07.11) 【제목】 당초 이연자산의 구분 및 상각기간을 잘못 적용한 경우로서 그 이연자산이 발생한 사업연도가 부과제척기간 경과됐더라도 올바르게 수정된 상각기간내의 일부 사업연도가 부과제척기간 이내이면 당해 사업연도분은 경정대상임 【이유】 살피건대, 위와 같은 청구법인의 수정신고에 대하여 처분청은 1992사업연도 이전에 발행된 회사채의 인수수수료에 대한 월할상각액은 국세부과제척기간이 경과되었다는 이유로 이를 인정하지 아니하고 1993사업연도 이후에 발행된 회사채의 인수수수료에 대한 월할상각액만 재계산하여 각 사업연도의 손금으로 산입하고 동 금액을 지급이자로 보아 타법인주식 등에 관련한 지급이자를 재계산하여 이 건 법인세 등을 과세하였으나, 국세부과제척기간의 규정취지는 납세의무자와 국가간의 국세에 관한 권리, 의무관계를 조속히 종결시킴으로서 조세채무에 관한 법적안정성을 보장하기 위하여 과세당국에서 국세를 부과할 수 있는 기간에 제한을 두는데 그 목적이 있으며 개별세법에서 규정하고 있는 과세표준 및 세액의 계산방법 및 범위에 제한을 두는 것은 아니라 할 것이므로 원인행위가 언제 이루어졌는지 보다는 언제 과세표준 및 세액에 영향을 미치는지가 국세부과제척기간의 기간계산에 있어 기준이 된다 할 것이고, 이 건과 같은 이연자산의 상각은 상각기간내의 각 사업연도 소득금액 계산에 계속 영향을 미치므로 적정한 기간손익을 산정하여 부과제척기간내의 각 사업연도 소득금액이 적정하게 나타나게 할 수 있도록 하기 위해서도 사채인수수수료 발생일(원인행위일)에 상관없이 그 이연상각한 금액이 국세부과제척기간내에 배분되면 이를 과세표준계산에 반영하여 과세하는 것이 조세관계법령의 기본원칙에 비추어 볼 때 합리적이라고 판단되므로 청구법인이 수정신고한 사항 중 1990사업연도∼1992사업연도에 발생된 사채인수수수료에 대하여도 그 상각금액이 1993사업연도 이후에 배분된 금액은 이를 과세표준에 반영 재계산하여 과세하는 것이 타당하다 판단된다. 다만, 청구법인이 당초 사채발행비로 계상 연간 균등상각하여 배분한 금액 중 국세부과제척기간의 경과로 이 건 부과처분시점에 이미 과세표준 및 세액이 확정된 1992사업연도 이전에 배분된 상각액에서 사채할인발행차금으로 계상 월할상각한 금액 중 1992사업연도 이전에 배분된 상각액을 제외한 금액을 1993사업연도 이후에 배분된 월할상각액에서 공제하고 그 나머지 금액(1990사업연도 : 0, 1991사업연도 : 10,145,242,166원, 1992사업연도 : 4,079,600,000원)만을 1993사업연도 이후로 배분(안분)하여 해당연도의 손금으로 산입하고, 동 금액을 지급이자로 보아 타법인주식 등에 관련한 지급이자를 재계산하여 과세하는 것이 실질과세원칙에 부합되는 합리적인 과세방법이라 하겠다