비영리법인의 토지 등 양도소득에 대한 법인세 신고 여부

종교단체가 종교용부지로 사용하기 위해 토지개발공사로부터 토지를 분양받고 계약금을 납부한 상태에서 다른 종교단체에 양도하는 경우에는 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 하는 것임

[회신] 비영리내국법인인 종교단체가 종교용부지로 사용하기 위해 토지개발공사로부터 토지를 분양받고 계약금을 납부한 상태에서 다른 종교단체에 양도하는 경우에는 ｢법인세법｣ 제3조제3항제5호의 규정에 의한 수익사업에 해당하는 것으로 같은 법 제60조제1항의 규정에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 하는 것임 [ 관련 첨부서류 ] 1. 질의내용 요약 가. 사실관계 - 당 법인은 감리교회 교단소속 교회로, 토지개발공사로부터 종교용도로 사용하기 위해 토지를 분양받았으나 - 계약금을 납부한 상태에서 자금사정으로 다른 교회에 프리미엄을 받고 양도함 나. 질의요지 - 비영리법인인 당 법인이 토지 분양권을 양도하고 받은 프리미엄에 대하여 법인세 신고납부 의무가 있는지 여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙) ○ 법인세법 제2조 【과세소득의 범위】 ① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 이를 부과한다. 1. 각 사업연도의 소득 2. 청산소득 3. 제55조의 2 및 제95조의 2에 따른 토지등 양도소득 ② ～ ③ 생략 ○ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】 ① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 이를 부과한다. 1. 각 사업연도의 소득 2. 청산소득 3. 제55조의 2 및 제95조의 2에 따른 토지등 양도소득 ② 연결법인의 각 사업연도의 소득은 제76조의 14 제1항의 각 연결사업연도의 소득으로 한다. ③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. 1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것 2. 「소득세법」 제16조 제1항 에 따른 이자소득 3. 「소득세법」 제17조 제1항 에 따른 배당소득 4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입 5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 6. 제1호 내지 제5호외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령이 정하는 것 ④ 외국법인의 각 사업연도의 소득은 제93조의 규정에 의한 국내원천소득(이하 “국내원천소득”이라 한다)으로 한다. 다만, 비영리외국법인의 경우에는 국내원천소득 중 수익사업에서 생기는 소득에 한한다. ○ 법인세법 기본통칙3-0…1【비영리내국법인의 납세의무】 비영리내국법인은 수익사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생긴 소득에 대한 법인세와 법 제55조의 2 및 제95조의 2의 규정에 의한 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있다. ○ 법인세법 제60조 【과세표준 등의 신고】 ① 납세의무있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다. ② 제1항의 규정에 의한 신고에 있어서는 그 신고서에 다음 각호의 서류를 첨부하여야 한다. 1. 기업회계기준을 준용하여 작성한 대차대조표ㆍ손익계산서 및 이익잉여금처분계산서(또는 결손금처리계산서) 2. 대통령령이 정하는 바에 따라 작성한 세무조정계산서(이하 “세무조정계산서”라 한다) 3. 기타 대통령령이 정하는 서류 ③ 제1항의 규정은 내국법인으로서 각 사업연도의 소득금액이 없거나 결손금이 있는 법인의 경우에도 이를 적용한다. ④ 제1항의 규정에 의한 신고에 있어서 그 신고서에 제2항 제1호 및 제2호의 서류를 첨부하지 아니한 경우에는 이를 이 법에 의한 신고로 보지 아니한다. 다만, 제3조 제2항 제1호 및 제6호의 규정에 의한 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리내국법인은 그러하지 아니하다. ⑤ 납세지 관할세무서장 및 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출된 신고서 기타 서류에 미비 또는 오류가 있는 때에는 이를 보정할 것을 요구할 수 있다. ○ 법인세법 제62조 의 2 【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】 ① 비영리내국법인(제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제2항 제4호 및 제5호의 수입으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 “자산양도소득”이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. 1. 「소득세법」 제94조 제1항 제3호 의 규정에 해당하는 주식 또는 출자지분과 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분 2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다) ② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 「소득세법」 제92조 의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 동법 제104조 제4항의 규정에 의하여 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의 2를 적용하지 아니한다. ③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 「소득세법」 제92조 의 규정을 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 이 조에서 “양도가액”이라 한다)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 「소득세법」 제95조 제2항 및 동법 제103조에 규정하는 금액을 공제하여 계산한다. ④ 「소득세법」 제96조 ㆍ동법 제97조ㆍ동법 제98조 및 동법 제100조의 규정은 제3항의 규정에 의한 양도가액ㆍ필요경비 및 양도차익의 계산에 관하여 이를 준용한다. 다만, 「상속세 및 증여세법」에 의하여 상속세과세가액 또는 증여세과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연받은 비영리내국법인이 대통령령이 정하는 자산을 양도하는 경우에 있어서는 당해 자산을 출연한 출연자의 취득가액을 당해 법인의 취득가액으로 하며, 「국세기본법」 제13조 제2항 의 규정에 의한 법인으로 보는 단체의 경우에는 동항의 규정에 의하여 승인을 얻기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다. ⑤ 「소득세법」 제101조 및 동법 제102조의 규정은 자산양도소득에 대한 과세표준의 계산에 관하여 이를 준용하고, 동법 제93조의 규정은 자산양도소득에 대한 세액계산에 관하여 이를 준용한다. ⑥ 제2항의 규정에 의한 법인세의 과세표준에 대한 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관하여는 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그밖의 법인세액에 합산하여 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수한다. 이 경우 제76조 제1항의 규정을 준용한다. ⑦ 제2항의 규정에 의하여 계산한 법인세는 「소득세법」 제105조 내지 제108조의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 「소득세법」 제112조 및 동법 제112조의 2의 규정은 이를 준용한다. ⑧ 비영리내국법인이 제7항의 규정에 의한 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 「소득세법」 제110조 제4항 단서의 규정에 해당하는 경우에는 제6항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다. ⑨ 제1항 내지 제8항에 규정하는 자산양도소득에 대한 특례의 적용방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판) ○ 서면2팀-564(2008.03.27) 고정자산(토지) 처분으로 인하여 생기는 수입의 과세대상 여부, 고유목적사업준비금을 적립할 수 있는지 여부 등에 대하여는 기회신 사례(서면2팀-1444, 2007.8.1.)를 참조하기 바람. 「법인세법」 제3조 제2항 제1호 의 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리법인이 부동산을 종교단체의 고유목적사업으로 사용하지 아니하고 3년 이내에 양도하는 경우의 같은 법 제60조 및 제62조의 2의 규정적용 여부에 대하여는 기회신 사례(서면2팀-111, 2007.1.15.)를 참조바람. ○ 서면2팀-1444(2007.08.01) (사실관계) - 질의 법인은 종교 보급 및 교회를 목적으로 설립한 비영리 법인으로 보는 단체이며, - 서울시 재개발 지역 내 종교 부지를 분양 받아 대금을 완납하였는데 , 규모가 작아 모든 교인을 수용할 수 없어 교회건물을 신축하지 못하고 부득이 처분하고자 함. - 처분하여 다른 장소에서 교회건물을 신축하는데 자금이 사용됨. (질의요지) - 법인으로 보는 단체(교회)가 종교 부지를 처분하여 교회건물을 신축 하는데 자금이 사용된 경우, 처분이익에 대하여 법인세 과세여부 (회 신) 1. 귀 질의의 경우, 「법인세법」 제3조 제2항 제5호 의 규정에 의해 비영리내국법인의 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 같은 법 시행령 제2조 제2항이 정하는 것을 제외) 처분으로 인하여 생기는 수입은 수익사업에 해당되어 같은 법 제60조의 규정에 따라 법인세를 신고하여야 하는 것이며, 법인이 비사업용 토지를 양도하는 경우에는 같은 법 제55조의 2 제1항 제3호의 규정에 따라 토지 등의 양도소득에 30/100(미등기 토지는 40/100)을 곱하여 산출한 세액을 법인세액에 추가하여 납부하여야 하는 것으로, 처분한 고정자산이 비사업용토지에 해당되는지 여부는 관련 법령에 따라 사실 판단할 사항임. 2. 법인으로 보는 단체에 해당하는 비영리내국법인이 「법인세법 시행령」 제56조 제1항 에 규정하는 단체에 해당하는 경우에는 같은 법 제29조에 따라 고유목적사업준비금의 손금산입 규정을 적용 받는 것이며, 종교의 보급, 기타 교화를 목적으로 설립된 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 같은 법 시행령 제56조의 규정에 의한 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산의 교회를 신축하기 위하여 지출하는 경우에는 고유목적사업에 지출한 것으로 보는 것임. ○ 서면2팀-111(2007.01.15) (사실관계) - 교회건물이 있는 상태에서 교회 본당으로 사용코자 2005.4월 농협건물을 매입하여 증축설계를 허가받았으나 주차장이 여의치 않아 매매코자 함. 상기 건물은 교회 교육관으로 사용되었으며 양도대금으로 기존 교회건물을 증축코자 함. 이 경우 양도한 건물 양도차익에 대한 양도세부과여부를 서면질의함. (질의요지) 비영리법인의 토지 및 건물의 자산양도소득 법인세 신고방법 (회 신) 「법인세법」 제3조 제2항 제1호 의 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리법인이 매입한 부동산을 종교단체의 고유목적사업으로 사용하던 중 3년 이내에 양도하는 경우에는 같은법 제60조 및 제62조의 2의 규정을 선택하여 적용할 수 있는 것이며, 제62조의 2의 규정을 적용할 경우에는 같은조 제4항에 의해 「소득세법」 제96조 , 제97조, 제98조 및 제100조의 규정을 준용하여 양도차익 등을 계산하는 것임.