비영리내국법인의 고정자산 처분 수입에 대한 법인세 과세 여부

비영리내국법인이 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산을 양도한 경우에는 법인세를 과세하지 아니하는 것이며, 공부상 등기가 법인의 명의로 되어 있지 아니하더라도 사실상 당해 법인이 취득하였음이 확인되는 경우에는 이를 법인의 자산으로 보는 것임

[회신] 비영리내국법인이 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(｢법인세법 시행령｣ 제2조제1항의 규정에 해당하는 수익사업은 제외)에 직접 사용한 고정자산을 양도한 경우에는 ｢법인세법｣ 제3조제3항제5호 및 같은 법 시행령 제2조제2항의 규정에 따라 법인세를 과세하지 아니하는 것이며, 공부상 등기가 법인의 명의로 되어 있지 아니하더라도 사실상 당해 법인이 취득하였음이 확인되는 경우에는 이를 법인의 자산으로 보는 것이나, 귀 질의가 이에 해당하는지 여부는 사실 판단할 사항임 [ 관련 첨부서류 ] 1. 질의내용 요약 가. 사실관계 - 당 교회는 문화공보부 장관으로부터 종교 법인으로 설립 허가된 대한예수교장로회 소속 교회임 - 교회 소유 부동산은 '01.9월 경매로 취득하였으나, 교회 명의로 취득이 어려워 담임목사 개인명의로 등기하고, - 현재까지 종교용으로 사용하고 있으며, '07.6월 동 부동산을 담보하고 당 교회를 채무자로 하여 은행으로부터 대출을 받음 - '09.2월 담임목자 명의 부동산을 증여로 하여 교회명의로 등기하였으며, 동 부동산은 택지개발 예정지구로 편입되어 수용 예정임 나. 질의요지 - 위 부동산이 공공용지로 수용되는 경우 양도소득세 또는 법인세 과세대상 여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙) ○ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】 ③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (1998. 12. 28. 개정) (중 략) 5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 (1998. 12. 28. 개정) (이하생략) ○ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】(중 략) ② 법 제3조 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. (1998. 12. 31. 개정) ○ 법인세법 제4조 【실질과세】 ① 자산 또는 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 실질상 귀속되는 법인이 서로 다른 경우에는 그 수입이 실질상 귀속되는 법인에 대하여 이 법을 적용한다. ② 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익 등의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 이를 적용한다. ○ 법인세법 기본통칙 4-0…7【법인명의로 등기되지 아니한 자산의 취급】 공부상의 등기가 법인의 명의로 되어 있지 아니하더라도 사실상 당해 법인이 취득하였음이 확인되는 경우에는 이를 법인의 자산으로 본다. 나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판) ○ 서면2팀-73(2007. 1.10.) 비영리내국법인이 「법인세법」 제3조 제2항 제5호 및 같은법 시행령 제2조 제2항의 규정에 의하여 법인의 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 경우에는 수익사업에서 제외하여 법인세를 과세하지 아니하는 것이며, 법인의 정관 및 내부규약에 의하여 사실상 소유자가 법인인 동 자산을 공부상 대표자 명의로 취득한 경우에는 같은법 제4조의 규정에 의하여 실질내용에 따라 법인의 자산으로 보는 것이나, 질의의 경우 이에 해당하는지는 사실판단할 사항임 ○ 법인세과-547(2009. 2.10) 귀 질의 경우, 공부상 법인명의로 되어 있지 아니하더라도 사실상 당해 법인이 취득하였음이 확인되는 경우에는 법인의 자산으로 보아 세법을 적용하는 것이며, 고정자산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 비영리내국법인의 정관 등에 규정된 고유목적사업(수익사업을 제외함)에 직접 사용한 고정자산을 처분함으로써 생기는 수입은 법인세가 과세되지 않는 것입