부당행위계산부인시 적용하는 행위시점 판단

국세부과의 제척기간이 경과된 사업연도의 결손금은 증액 또는 감액할 수 없는 것임

[회신] 귀 질의의 경우 아래 회신사례를 참고하시기 바람 ◈ 법인세과-254, 2011.04.07 「법인세법」제13조제1호(2009년 12월 31일 법률 제9898호로 개정된 것)에 의한 결손금으로서 해당 사업연도가「국세기본법」제26조의2에 의한 국세부과의 제척기간이 경과된 경우에는 이를 증액 또는 감액할 수 없는 것임 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 및 질의요지 - ’10.12사업연도에 ’04.12사업연도의 세무조정누락으로 결손금을 과소계상한 사실이 발견된 경우 제척기간내에 공제할 이월결손금을 증액할 수 있는지 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세법령(법, 시행령, 시행규칙) ○ 법인세법 제13조 【과세표준】 내국법인의 각 사업년도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업년도의 소득의 범위안에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다. <개정 2008.12.26 부칙, 2009.12.31 부칙> 1. 각 사업년도의 개시일전 10년 이내에 개시한 사업년도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업년도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나, 「국세기본법」 제45조 에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금에 한정한다. 2. 이 법 및 다른 법률에 의한 비과세소득 3. 이 법 및 다른 법률에 의한 소득공제액 ☞ 부칙 <제9898호,2009.12.31> 제4조(과세표준에 관한 적용례) 제13조, 제76조의13제2항 및 제91조제1항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 과세표준을 신고하거나 경정ㆍ결정하는 분부터 적용한다. 다만, 신고하거나 경정ㆍ결정한 과세표준에 포함되지 아니한 결손금이 공제되도록 2009년 12월 31일 이전에 과세표준을 신고하거나 경정ㆍ결정한 경우에는 종전의 규정에 따른다. ○ 소득세법 제45조 【결손금 및 이월결손금의 공제】 ③ 부동산임대업에서 발생한 결손금과 제1항에 따라 공제하고 남은 결손금(이하 "이월결손금"이라 한다)은 해당 이월결손금이 발생한 과세기간의 종료일부터 10년 이내에 끝나는 과세기간의 소득금액을 계산할 때 먼저 발생한 과세기간의 이월결손금부터 순서대로 다음 각 호의 구분에 따라 공제한다. 다만, 「국세기본법」 제26조의2 에 따른 국세부과의 제척기간이 지난 후에 그 제척기간 이전 과세기간의 이월결손금이 확인된 경우 그 이월결손금은 공제하지 아니한다. 1. 제1항에 따라 공제하고 남은 이월결손금은 사업소득금액, 근로소득금액, 연금소득금액, 기타소득금액, 이자소득금액 및 배당소득금액에서 순서대로 공제한다. 2. 부동산임대업에서 발생한 이월결손금은 부동산임대업의 소득금액에서 공제한다. ☞ 부칙 <제9898호,2009.12.31> 제5조(이월결손금의 공제에 관한 적용례) 제45조제3항 단서의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 과세표준을 신고하거나 경정ㆍ결정하는 분부터 적용한다. 다만 신고하거나 경정ㆍ결정한 과세표준에 포함되지 아니한 결손금이 공제되도록 2009년 12월 31일 이전에 과세표준을 신고하거나 경정ㆍ결정한 경우에는 종전의 규정에 따른다. ○ 국세기본법 제26조 의 2【국세부과의 제척기간】 ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세를 방지하기 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)에 따라 상호합의 절차가 진행 중인 경우에는 「국제조세조정에 관한 법률」 제25조 에서 정하는 바에 따른다. 1. 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈(포탈)하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간 2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간 3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간 나. 관련사례(예규, 해석사례, 심사, 심판 등) ○ 법인세과-254, 2011.04.07 「 법인세법」제13조제1호(2009년 12월 31일 법률 제9898호로 개정된 것)에 의한 결손금으로서 해당 사업연도가「국세기본법」제26조의2에 의한 국세부과의 제척기간이 경과된 경우에는 이를 증액 또는 감액할 수 없는 것임 ○ 과세자문 법규과-1868, 2010.12.17 → ’09.12.31. 이전 경정청구하였으나 미경정분 내국법인이 2004사업연도에 대해 손금을 추가로 산입하여 결손금이 발생하는 것으로 경정청구를 하였으나 관할세무서장이 해당 경정청구에 대해 결정을 하지 아니한 상태에서 해당 결손금을 이후 사업연도에 이월결손금으로 신고하고 과세표준에서 공제 한 경우 과세관청이 2010.1.1. 이후 각 사업연도에 대한 과세표준을 경정함에 있어서 해당 이월결손금은 그 원인이 된 경정청구 내용이 적정하여 「법인세법」제14조제2항에 따른 결손금에 해당하는 경우에 같은 법 부칙(2009.12.31. 법률 제9898호로 개정된 것) 제4조에 따라 공제가 가능한 것임 ○ 조세정책과-704, 2009.07.09 → 법 개정전 경정일 현재 국세부과 제척기간이 이미 만료된 사업연도의 법인세 과세표준 신고시 손금이 누락된 사실이 확인되어 결손금이 증가한 경우, 당해 결손금 증가액 상당액은 국세부과 제척기간이 만료되지 않은 그 이후의 각 사업연도의 소득에서 법인세법 제13조 제1호 의 규정에 의하여 이월결손금으로 공제할 수 있는 것임. ○ 조세정책과-706, 2009.07.09. → 법 개정전 경정일 현재 국세부과 제척기간이 이미 만료된 사업연도의 법인의 자산가액이 감액되어 당해 자산의 감가상각액이 감소됨에 따라 그 사업연도의 결손금이 줄어든 경우, 당해 결손금 감소액 상당액은 국세부과 제척기간이 만료되지 않은 그 이후의 각 사업연도의 소득에서 과세표준 산정을 위하여 공제하는 법인세법 제13조제1호 의 ‘이월결손금’으로 보지 아니하는 것임 ○ 과세자문 법규과-1295, 2007.03.20 → 법 개정전 법인이 장기건설용역을 제공하고 「법인세법 시행령」 제69조 제2항 의 규정에 의하여 작업진행률을 기준으로 계산한 수익을 해당 사업연도의 익금으로 계상하였으나, 세무조정 오류로 인하여 익금을 과소 신고(△유보)한 경우, 당해 과소신고 금액이 부과제척기간의 만료로 인하여 이를 증액 경정할 수 없는 경우에 부과제척기간이 만료되지 아니한 그 이후 사업연도의 과세소득의 계산은 당초의 세무조정 오류에 불구하고 세무상 정당하게 신고하여야 할 익금 또는 손금을 기준으로 하는 것임 ○ 국심2005서2639, 2006.08.31 → 법 개정전 이 건 각사업연도별(1998~2001년) 손익은 먼저 부과제척기간을 고려하지 아니한 상태에서 각사업연도별(1998~2001년)예약매출 손익을 법인세법시행령 제69조 제2항 의 규정에 따라 재계산한 다음, 부과제척기간이 이미 경과한 사업연도분(1998년)은 그 오류의 존재여부에 불구하고 청구법인이 신고한 손익을 그대로 두고, 부과과제척기간이 경과하지 아니한 사업연도(1999~2001년)는 법인세법이 규정하는 바에 따라 재계산된(오류가 없는)손익을 당해연도의 손익으로 보는 것이 국세기본법에서 부과제척기간을 둔 취지에 비추어 합리적이라고 할 것이다. 즉, 재고자산(재공품)의 오류가 2개 사업연도 이상의 손익에 영향을 미치고, 그 중 일부 사업연도 부과제척기간 이내인 경우에는 부과제척기간이 경과한 사업연도에 발생한 재고자산의 오류는 재계산은 하되, 다만 그 과세표준과 세액을 변경하는 결정이나 경정을 하지 않는 것이며, 이 경우 부과제척기간이 경과하지 아니한 나머지 사업연도의 재고자산은 세법의 규정에 따라 올바르게 수정하여 이를 기초로 그 사업연도의 과세표준과 세액을 변경하는 결정이나 경정을 하여야 하는 것이다 ○ 국심2007중0016, 2007.07.18 국세부과제척기간의 규정취지는 납세의무자와 국가 간의 국세에 관한 권리·의무관계를 조속히 종결시킴으로서 조세채무에 관한 법적안정성을 보장하기 위하여 과세당국에서 국세를 부과할 수 있는 기간에 제한을 두는데 그 목적이 있고, 개별세법에서 규정하고 있는 과세표준 및 세액의 계산 방법 및 법위에 제한을 두는 것은 아니므로 원인행위가 언제 이루어졌는지 보다는 언제의 과세표준 및 세액에 영향을 미치는가가 국세부과제척기간의 기간계산에 있어 기준이 되므로 기간 미경과 비용 등의 경우 해당기간의 각 사업연도의 소득금액 계산시 적정하게 배분되는 것이 합리적이라고 볼 수 있으므로 청구법인이 1999사업연도 및 2000사업연도에 지급한 시장개척장려금 중 기간 미경과분의 경우에도 그 손금이 확정되는 2001사업연도 이후의 각 사업연도 소득금액 계산시 각각 손금에 산입하는 것이 타당한 것으로 판단된다. ○ 국심2007서3165, 2008.03.20, 청구법인이 1999사업연도의 이월결손금을 잘못 계상함으로 인하여 부과제척기간이 경과한 2000사업연도 채무면제익의 이월결손금 보전시 과다 계상하였다 하더라도 처분청은 세무상 적정하게 계산된 이월결손금으로 부과제척기간이 경과하지 않은 사업연도의 법인소득금액을 재산정하여 그 과세표준이나 세액을 경정함이 타당하다 할 것이다 . ○ 조심2008서0951, 2009.12.30, 감리용역은 계약기간이 1년 이상이므로 작업진행률을 기준으로 하여 계산한 수익과 비용을 익금과 손금에 산입하며, 부과제척기간이 지난 사업연도 분은 그대로 두고, 부과제척기간이 지나지 않은 사업연도는 재계산된 손익을 당해 사업연도의 손익으로 보는 것이 타당함 <요지> 각 사업연도별(2001~2003년) 손익은 먼저 부과제척기간을 고려하지 아니한 상태에서 「법인세법 시행령」제69조 제2항의 규정에 따라 재계산한 다음, 부과제척기간이 이미 경과한 사업연도분(2001년)은 그 오류의 존재여부에 불구하고 청구법인이 신고한 손익을 그대로 두고, 부과제척기간이 경과하지 아니한 사업연도(2002~2003년)는 「법인세법」이 규정하는 바에 따라 재계산된(오류가 없는) 손익을 당해 사업연도의 손익으로 보는 것이「국세기본법」에서 부과제척기간을 둔 취지에 비추어 합리적이라고 할 것이다(○○○, 2006.9.1. 합동회의, 같은 뜻임). ○ 조심2008서1618, 2009.12.30 부과제척기간을 고려하지 않은 상태에서 작업진행률에 따라 각 사업연도별 손익을 계산한 후 부과제척기간이 지난 사업연도분은 그대로 두고, 부과제척기간이 지나지 않은 사업연도는 재계산된 손익을 당해사업연도의 손익으로 보는 것임 ○ 국세청적부2007-0124, 2007.10.11 → 법 개정전 어느 사업연도의 법인세 부과처분이 확정돼 더 이상 그 과세표준이나 세액을 다툴 수 없게 되었더라도, 그 뒤 사업연도의 법인세 부과처분의 효력을 다툼에 있어, 종전 사업연도의 과세표준 결정이 잘못되었다거나 공제대상 이월결손금이 있다는 등의 주장을 다시 할 수 있음 ○ 대법원2005두12701, 2007.07.12 → 법 개정전 세무공무원이 법인의 각 사업연도의 익금과 손금을 산정하여 소득금액을 계산하고 이에 따라 과세표준을 결정하는 것은 항고소송의 대상이 되는 행정처분이 아니므로 그 결정에 잘못이 있는 경우 그에 따라 이루어진 과세처분의 효력을 다투는 절차에서 이를 주장할 수 있고, 또 어느 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 금액은 모두 법인세법상 결손금에 해당하고 법인의 과세표준 등 확정신고나 정부의 조사ㆍ결정에 따른 과세표준 등 확정시에 결손금으로 조사된 금액만이 결손금에 해당하는 것이 아니므로, 이월결손금이 공제되지 아니하고 과세표준이 결정된 뒤 이를 전제로 이루어진 어느 사업연도의 법인세 부과처분이 확정되어 더 이상 그 과세표준이나 세액을 다툴 수 없게 되었다고 하더라도, 납세 의무자인 법인은 확정된 과세처분과는 독립한 별개의 처분인 그 뒤 사업연도의 법인세 부과처분의 효력을 다툼에 있어서는 종전의 과세표준 결정이 잘못되었다거나 법인세법의 관계 규정에 따라 소득에서 공제될 수 있는 이월결손금이 있다는 등의 주장을 다시 할 수 있다 할 것이다(대법원 2004. 6. 11. 선고 2003두4522 판결, 2002.11.26. 선고 2001두2652 판결 등 참조). ○ 대법원2001두2652, 2002.11.26. → 법 개정전 세무공무원이 법인의 각 사업연도의 익금과 손금을 산정하여 소득금액을 계산하고 이에 따라 과세표준을 결정하는 것은 항고소송의 대상이 되는 행정처분이 아니므로, 그 결정에 잘못이 있는 경우 그에 따라 이루어진 과세처분의 효력을 다투는 절차에서 이를 주장할 수 있고, 또 어느 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 금액은 모두 법인세법상 결손금에 해당하고, 법인의 과세표준 등 확정신고나 정부의 조사·결정에 따른 과세표준 등 확정시에 결손금으로 조사된 금액만이 결손금에 해당하는 것이 아니므로 이월결손금이 공제되지 아니하고 과세표준이 결정된 뒤 이를 전제로 이루어진 어느 사업연도의 법인세 부과처분이 확정되어 더 이상 그 과세표준이나 세액을 다툴 수 없게 되었다고 하더라도, 납세의무자인 법인은 확정된 과세처분과는 독립한 별개의 처분인 그 뒤 사업연도의 법인세 부과처분의 효력을 다툼에 있어서는 종전의 과세표준 결정이 잘못되었다거나 법인세법의 관계 규정에 따라 소득에서 공제될 수 있는 이월결손금이 있다는 등의 주장을 다시 할 수 있다.