연구및인력개발준비금 사용기준에 해당하는 비용이 동시에 연구및인력개발비에 대한 세액공제 대상인 경우의 세무처리방법

연구및인력개발준비금 사용기준에 해당하는 비용이 동시에 연구및인력개발비에 대한 세액공제 대상인 경우 당해 비용에 대하여 해당 법인의 선택에 의하여 준비금 사용 또는 세액공제대상으로 처리할 수 있음

[회신] 중소기업이 아닌 내국법인(소비성서비스업 제외)이 조세특례제한법 제9조(2006.12.30.자로 삭제되기 전의 것)에 의한 연구 및 인력개발준비금을 2006.12.31. 이전 개시 사업연도의 손금에 산입한 후 2007.1.1. 이후 개시하는 사업연도에 같은 법 시행령 별표5(2007.2.28.자로 삭제되기 전의 것)의 사용기준에 해당하는 비용이 같은 시행령 별표6에도 동시에 해당하는 경우, 당해 비용에 대하여 해당 법인의 선택에 의하여 준비금 사용 또는 세액공제대상으로 처리할 수 있으며, 당해 법인이 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용받는 경우 미사용준비금은 구 조세특례제한법 제9조 제2항(2006.12.30.자로 삭제되기 전의 것)에 의하여 익금에 산입하는 것임 1. 질의내용 요약 ○ 용어 정의 - 연구 및 인력개발 준비금 : 이하 “준비금”으로 함 - 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 : 이하 “세액공제”로 함 ○ 사실관계 - 당사는 대기업(12월말 법인)으로 2006년까지 준비금을 설정하여 손금산입 하였으나 2007년부터 조세특례제한법 제9조 의 일몰도래로 인하여 준비금을 설 정하지 않고 있음 - 지금까지 기설정된 준비금 중 200억원(기사용한 준비금에 대해서는 손금에 산 입한 사업연도의 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 순차적으로 환입을 하고자 함)을 사용하였으며 200억원은 미사용액으로 남아 있음 ○ 질의요지 - 향후 발생하는 연구 및 인력개발을 위한 비용이 준비금 사용에 해당됨과 동시에 세액공제 대상에도 해당되는 경우의 세무처리 방법 (갑설) 먼저 미사용 준비금의 사용을 완료하여야 하며, 미사용 준비금의 사용이 완료된 이후에야 세액공제를 받을 수 있음 (을설) 당사의 선택에 의하여 미사용 준비금의 사용으로 처리하거나 또는 세액공제를 받을 수 있음. 다만, 세액공제를 받는 것으로 세무처리하는 경우 미사용 준비금에 대해서는 임의환입하거나 3년 경과시 일시환입하여 익금가산하고 이자상당액을 납부 (병설) 미사용 준비금의 사용으로 인정됨과 동시에 세액공제도 가능 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙) ○ 舊 조세특례제한법 제9조 【연구 및 인력개발준비금의 손금산입】 ⇒ 2006.12.30. 삭제되기 전의 것 ① 생략 ② 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 연구 및 인력개발준비금은 다음 각호에 따라 이를 익금에 산입한다. 1. 당해 준비금을 손금에 산입한 과세연도종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도종료일까지 연구 및 인력개발비 등 대통령령이 정하는 비용(중소기업이 아닌 자의 경우에는 제10조 제1항의 규정에 의한 세액공제를 적용받은 경우 당해 비용을 제외한다)에 소요된 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액계산에 있어서 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 당해 과세연도의 월수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다. 2. 손금에 산입한 준비금이 제1호의 규정에 의하여 익금에 산입할 금액을 초과하는 때에는 그 초과하는 부분에 상당하는 준비금은 그 준비금을 손금에 산입한 과세연도종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다. 다만, 준비금을 손금에 산입한 후 사업계획 등이 변경되어 연구 및 인력개발 용도에 사용하지 아니하게 된 금액은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 도래하기 전에 이를 익금에 산입할 수 있다. ③ 이하 생략 ○ 조세특례제한법 제10조 【연구 및 인력개발에 대한 세액공제】 ① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. (2006. 12. 30. 개정) 1. 중소기업 : 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액 (2006. 12. 30. 개정) 가. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액 (2006. 12. 30. 개정) 나. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액 (2006. 12. 30. 개정) 2. 제1호 외의 내국인: 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액. 다만, 해당 과세연도의 수입금액( 「법인세법」 제43조 에 따른 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율이 직전 과세연도의 수입금액에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율보다 높거나 같을 때에는 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액과 다목에 해당하는 금액 중에서 선택하는 금액으로 한다. (2007. 12. 31. 개정) 가. 해당 과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구ㆍ인력개발비(이하 “중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비”라 한다)가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액 (2006. 12. 30. 개정) 나. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액 (2006. 12. 30. 개정) 다. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 다음 산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다)을 곱하여 계산한 금액 (2007. 12. 31. 신설) 100분의 3의 비율 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1 ② 이하 생략 ○ 舊 조세특례제한법 시행령 제8조 【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】 ⇒ 2007.2.28. 삭제되기 전의 것 ① ～ ② 생략 ③ 법 제9조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 재료․제품․기계장치 또는 공정을 개선하거나 새로운 생산방법을 탐구하기 위한 연구 및 인력개발비․기술정보비 등의 비용으로서 별표5의 비용을 말한다. ④ 이하 생략 ○ 조세특례제한법 시행령 제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】 ① 생략 ② 법 10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표6의 비용을 말한다. ③ 이하 생략 ○ 조세특례제한법 부칙(2006.12.30. 법률 제8146호) 제43조【준비금의 손금산입에 대한 경과조치】 이 법 시행 당시 종전의 제8조의2, 제9조, 제55조의2 제1항 및 제2항, 제104조의 9의 규정에 따라 각 과세연도의 손금에 산입한 준비금의 익금산입 또는 이자상당가산액의 납부에 관하여는 각각 종전의 규정에 따른다 나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판) ○ 서면2팀-1951, 2007.10.30 중소기업이 아닌 내국법인(소비성서비스업 제외)이 조세특례제한법 제9조 규정(2006.12. 31.자로 삭제되기 전의 것)에 의한 연구 및 인력개발준비금을 2006. 12. 31. 이전 개시한 사업연도의 손금에 산입한 후 2007. 1. 1. 이후 개시하는 사업연도에 같은 법 시행령 별표(2007. 2. 28. 자로 삭제되기 전의 것)의 사용기준에 해당하는 비용이 같은 시행령 별표6에도 동시에 해당하는 경우, 당해 비용중 일부는 당해 사업연도에 같은 법 제9조(2006. 12. 31. 자로 삭제되기 전의 것) 규정에 의한 준비금 목적 지출비용으로 처리하고 다른 일부는 같은 법 제10조 규정에 의한 세액공제를 적용받을 수 있는 것임 ○ 서면2팀-256, 2006.02.01. 중소기업이 아닌 법인의 경우 연구ㆍ인력개발 관련비용은 연구ㆍ인력개발준비금 사용액과 연구ㆍ인력개발비세액공제 중에서 법인이 선택하여 그 중 하나만 적용할 수 있는 것이며, 해당 사업연도에 이를 적용하지 않은 경우에도 국세기본법 제45조 제1항 각호의 규정에 의하여 수정신고를 할 수 있는 것임. ○ 서이46012-10365, 2001.10.17 2000. 12. 29 법률 제6297호로 개정된 조세특례제한법 제9조 및 같은 법 제10조의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 아닌 내국법인이 연구 및 인력개발을 위하여 지출한 비용이 같은법 제9조 제2항의 준비금의 사용금액과 같은 법 제10조 제1항 제1호의 세액공제 대상이 되는 비용에 동시 해당되는 경우 당해 법인이 그 규정 중에 하나를 선택하여 적용받을 수 있는 것임