비영리법인이 자산양도소득에 대한 특례규정 적용시 공익사업용 토지의 양도소득세 감면규정 준용 가능여부

수익사업이 없는 비영리내국법인이 같은 법 제3조 제2항 제4호 및 제5호의 수입으로서 토지, 건물 등의 양도로 인하여 발생하는 소득을 소득세법을 준용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하는 경우에, 조세특례제한법 제77조에 의한 ‘공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면 규정은 적용않음

[회신] 법인세법 제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업이 없는 비영리내국법인이 같은 법 제3조 제2항 제4호 및 제5호의 수입으로서 토지, 건물 등의 양도로 인하여 발생하는 소득을 법인세법 제62조의 2 규정에 의하여 소득세법을 준용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하는 경우에, 조세특례제한법 제77조에 의한 ‘공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면 규정은 적용되지 아니하는 것입니다. [ 관련 첨부서류 ] 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - 당 법인은 법인으로 보는 단체로 승인(2007.11.23)받은 종중임 - 당 법인이 선산으로 보유하고 있던 임야와 농지의 일부가 지방자 치단체에 수용될 예정임 - 지방자치단체로 수용될 예정인 임야에는 선조 묘지 9기가 있음 ○ 질의요지 - 법인으로 보는 단체인 종중이 법인세법 제62조의2 [비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례] 규정으로 신고하는 경우 - 조세특례제한법 제77조 [공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면] 규정을 적용받을 수 있는지 여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙) ○ 법인세법 제62조의 2【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】 ① 비영리내국법인(제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영 위하는 비영리내국법인을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제2항 제4호 및 제5호의 수입으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자 산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 "자산양도 소 득"이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항의 규정에 불구 하 고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. (2001.12.31. 신설) 1. ｢소득세법｣제94조 제1항 제3호의 규정에 해당하는 주식 또는 출 자 지분과 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분 (2006.12.30. 법명개정) 2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다) ② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 「소득세법」제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 동법 제104조 제4항의 규정에 의하여 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의 2를 적 용하지 아니한다. (2001.12.31. 신설; 2006.12.30. 법명개정) ③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 「소득세법」제92조의 규정을 준용 하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이 하 이 조에서 "양도가액"이라 한다)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후 의 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 「소득세법」제95조 제2항 및 동 법 제103조에 규정하는 금액을 공제하여 계산한다. (2001.12.31. 신설; 2006.12.30. 법명개정) ④ ｢ 소득세법｣ 제96조 ㆍ동법 제97조ㆍ동법 제98조 및 동법 제100조의 규정은 제3항의 규정에 의한 양도가액ㆍ필요경비 및 양도차익의 계산에 관하여 이를 준용한다. 다만, 「상속세 및 증여세법」에 의 하여 상속세과세가액 또는 증여세과세가액에 산입되지 아니한 재 산을 출연받은 비영리내국법인이 대통령령이 정하는 자산을 양도하는 경우에 있어서는 당해 자산을 출연한 출연자의 취득가액을 당해 법인의 취득가액으로 하며, 「국세기본법」제13조 제2항의 규정에 의한 법인으로 보는 단체의 경우에는 동항의 규정에 의하여 승인을 얻기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다. (2001.12.31. 신 설; 2006.12.30. 법명개정) ⑤ ｢소득세법｣ 제101조 및 동법 제102조의 규정은 자산양도소득에 대한 과세표준의 계산에 관하여 이를 준용하고, 동법 제93조의 규정은 자산양도소득에 대한 세액계산에 관하여 이를 준용한다. (2001.12.31. 신설; 2006.12.30. 법명개정) ⑥ 제2항의 규정에 의한 법인세의 과세표준에 대한 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관하여는 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그밖의 법인세액에 합산하여 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수한다. 이 경우 제76조 제1항의 규정을 준용한다. (2001.12.31. 신설) ○ 조세특례제한법 제77조 【공익사업용토지 등에 대한 양도소득세의 감면】 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 당해 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도 하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등 을 2009년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 10(토지 등의 양도대금을 대통령령이 정하 는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 15로 하되 대통령령으 로 정하는 방법에 따라 해당 채권을 만기까지 보유하기로 특약을 체 결하는 경우에는 100분의 20)에 상당하는 세액을 감면한다. (2007.12.31. 개정) 1. 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 당해 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득 (2003.12.30. 개정) 2. 도시및주거환경정비법에 의한 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역을 제외한다) 안의 토지 등을 동법에 의한 사업 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득 (2002.12.30. 개정) 3. 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률 기타 법률에 의 한 토지 등의 수용으로 인하여 발생하는 소득 (2002.12.11. 개정) ② ～ 이하 생략 나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판) ○ 서면2팀-1223, 2005.07.27 법인이 특수관계자인 거주자로부터 당해 거주자가 최대주주인 비상장 중소기업의 주식을 매입함에 있어, 동 주식의 시가가 불분명하여 ｢ 상속세 및 증여세법｣ 제63조 의 규정에 의한 보충적 평가방법에 따라 주식의 시가를 산정하는 경우에는 「조세특례제한법」 제100조 의 2의 규정에 의한 ‘중소기업 최대주주 등의 주식 할증평가 적용특례’ 규 정이 적용되지 아니하는 것임.