비영리내국법인이 보유한 주택을 양도시 토지 등 양도소득에 대한 과세특례 적용여부

법인이 「법인세법」 제55조의2 제1항 제2호에 해당하는 주택을 양도하는 경우에는 토지 등 양도소득에 대한 과세특례가 적용됨

[회신] 비영리내국법인이 「법인세법」 제55조의2 제1항 제2호에 해당하는 주택을 양도하는 경우에는 토지 등 양도소득에 대한 과세특례가 적용되는 것입니다. 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - 질의교회는 관할 세무서장으로부터 ‘법인으로 보는 단체’로 승인받은 종교단체로 사택을 5년전 취득하여 담임목사에게 무상으로 제공하고 있음. - 동 사택을 처분시 담임목사가 3년 이상 계속 사용하고 있어 법인세법 제3조 제2항 제5호 및 같은법 시행령 제2조 제2항에 의거 법인세가 과세되지 않는 것으로 규정하고 있음. ○ 질의요지 - 비영리내국법인이 소유한 사택의 처분으로 인한 수입이 법인세법 제3조 의 수익사업에 해당되지 않을 경우 토지 등 양도소득에 대한 과세특례 적용여부 【關聯例規】 ○ 법인세과-1573(2008.07.15) 【질의】 (사실관계) 이월결손금이 많은 새마을금고( 조세특례제한법 제72조 당기순이익과세법인)가 해산등기 후 청산하는 과정에서 새마을금고연합회로부터 새마을금고법 시행령 제46조 제2하에 의거 준비금을 지원받아 예탁금을 변제하였음. 그리고 새마을금고 대출금은 연합회에 귀속시키기로 하였으며 부동산도 처분하여 그 대금을 새마을금고연합회에 귀속시켰음. (질의사항) 1. 새마을금고연합회로부터 지원받은 금액(준비금)을 수익으로 보아 법인세를 납부하여야 하는지. 2. 해산 등기 후 청산하기 위하여 양도한 부동산의 처분이익에 대하여 가. 수익으로 보아 법인세를 납부하여야 하는지. 나. 청산소득에 해당하므로 법인세를 납부할 필요가 없으며 비영리법인이므로 청산소득도 신고 납부할 필요가 없는지. 【회신】 내국법인이 해산등기 후 청산하는 과정에서 보유부동산을 처분하여 발생한 소득은 청산소득에 해당하는 것임. 다만, 비영리내국법인은 청산소득에 대한 납세의무가 없는 것이나, 「법인세법」 제55조 의 2 제1항에서 규정하는 부동산 양도에 대하여는 같은 항 각호에 의해 계산한 ‘토지 등 양도소득에 대한 법인세’를 납부하여야 하는 것임.