과학기술부장관의 인정을 받지 않은 기업부설연구소의 연구전담요원이 “상시 사용하는 종업원수”에 해당 여부

과학기술부장관에게 인정받지 않은 기업부설연구소의 연구전담요원은 “상시 사용하는 종업원수”에 해당

[회신] ｢조세특례제한법 시행규칙｣ 제2조 제2항에서 “상시 사용하는 종업원수”를 계산하는 경우 과학기술부장관에게 인정받지 않은 기업부설연구소의 연구전담요원은 “상시 사용하는 종업원수”에 해당하는 것입니다. [ 관련 첨부서류 ] 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 중기업과 소기업의 분류시 상시 사용하는 종업원수 기준은 조세특례제한법 시행규칙 제2조 제2항에 의하여 산정함. 이때 시행규칙 제2조 제2항에 의하면 “기술개발촉진법시행령”제15조 제1항의 규정에 의한 기업부설 연구소의 연구전담요원을 제외한 근로자 수로 한다고 되어 있음 기술개발촉진법시행령 제15조 제1항 에 의하면 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소라 함은 연구전담요원을 늘 확보하고 독립된 연구시설을 갖춘 기업 부설연구기관으로서 과학기술부령이 정하는 사항을 신고하여 과학기술부장관의 인 정을 받은 기관을 말하며, 이 경우 과학기술부장관이 연구과제의 특수성 또는 기 업의 규모를 고려하여 필요하다고 인정하는 때에는 연구전담요원의 수를 조정할 수 있다고 되어 있음 당사는 신고에 의하여 과학기술부장관의 인정을 받은 기관을 보유하고 있지 아니 하고 있으나 실질적으로 연구원 3명과 대학자문교수 1명 총4명으로 기업부설연구 소의 시설은 갖추고 있고 실제로 연구원들은 연구활동을 하고 있음. 기술개발 촉진법 시행령 제15조 제1항의 1호~4호를 적용함에 있어 인원수 미달로 인하여 과 학기술부장관의 인정을 받은 기관을 보유하지 못하게 되었음. ○ 질의요지 이 경우 당사의 직원(연구원3명, 자문교수1명)은 실질과세원칙을 적용할 경우에는 당사의 연구원이 상시고용인에서 제외돌 수 있다고 사료되는 바, 기술개발촉진법 시 행령 제15조 제1항의 연구원으로 볼 수 있는 지 여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙) ○ 조세특례제한법 시행령 제2조 【중소기업의 범위】 ① 「조세특례제한법」(이하 “법”이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 중소기업”이란 작물재배업, 축산업, 어업, 광업, 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), 하수ㆍ폐기물 처리(재활용을 포함한다)ㆍ원료재생 및 환경복원업, 건설업, 도매 및 소매업, 운수업 중 여객운송업, 음식점업, 출판업, 영상ㆍ오디오 기록물 제작 및 배급업(비디오물 감상실 운영업은 제외한다), 방송업, 전기통신업, 컴퓨터 프로그래밍ㆍ시스템 통합 및 관리업, 정보서비스업, 연구개발업, 광고업, 그 밖의 과학기술서비스업, 포장 및 충전업, 전문디자인업, 전시 및 행사대행업, 창작 및 예술관련 서비스업, 법 제7조 제1항 제1호 커목에 따른 직업기술 분야 학원, 제5조 제6항에 따른 엔지니어링사업, 제5조 제8항에 따른 물류산업, 제6조 제1항에 따른 수탁생산업, 제54조 제1항에 따른 자동차정비공장을 운영하는 사업, 「해운법」에 따른 선박관리업,「의료법」에 따른 의료기관을 운영하는 사업, 「관광진흥법」에 따른 관광사업(카지노, 관광유흥음식점업 및 외국인전용 유흥음식점업은 제외한다), 「노인복지법」에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업, 「전시산업발전법」에 따른 전시산업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수 가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다. (2009. 2. 4. 개정) 1. 상시 사용하는 종업원수ㆍ자본금 또는 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 “중소기업기준”이라 한다) 이내일 것 (2005. 2. 19. 개정) 2. (삭제, 2000. 12. 29.) 3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제2호 의 규정에 적합할 것. 이 경우 같은 영 별표 2 제1호에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유(「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여 간접소유한 경우는 제외한다)를 포함한다. (2009. 2. 4. 후단개정) ○ 조세특례제한법 시행규칙 제2조 【중소기업의 범위】 ② 영 제2조 제1항 각호외의 부분 단서 및 동항 제1호에서 “ 상시 사용하는 종업원수 ”라 함은 당해 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자(주주인 임원, 「소득세법 시행령」 제20조 의 규정에 의한 일용근로자 및 「기술개발촉진법 시행령」 제15조 제1항 의 규정에 의한 기업부설연구소의 연구전담요원을 제외한다 )수로 한다. 이 경우 종업원수는 당해 과세연도의 매월 말일 현재의 인원을 합하여 해당 월수로 나눈 인원을 기준으로 하여 계산한다. (2005. 3. 11. 개정) ○ 기술개발촉진법 시행령 제15조 【특정연구개발사업 참여기관 등의 기준】 ① 법 제7조 제1항 제2호에서 “ 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소”라 함은 다음 각호의 구분에 따른 연구전담요원을 늘 확보하고 독립된 연구시설을 갖춘 기업부설연구기관으로서, 교육과학기술부령이 정하는 사항을 신고하여 교육과학기술부장관의 인정을 받은 기관을 말한다 . 이 경우 교육과학기술부장관이 연구과제의 특수성 또는 기업의 규모를 고려하여 필요하다고 인정하는 때에는 연구전담요원의 수를 조정할 수 있다. (2008. 12. 31. 직제개정 ; 행정안전부와 그 소속기관 직제 부칙) 1. 「중소기업기본법」 제2조 의 규정에 의한 중소기업자가 설립한 기업부설연구소 : 5인 이상 (2006. 6. 29. 개정) 2. 국외에 있는 기업부설연구소 : 5인 이상 (2001. 7. 16. 개정) 3. 교육과학기술부령이 정하는 과학기술분야연구기관의 연구원이 창업한 연구개발형 중소기업 또는 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조의 규정에 의한 벤처기업이 설립하는 기업부설연구소 : 2인 이상(창업일부터 5년간에 한한다) (2008. 12. 31. 직제개정 ; 행정안전부와 그 소속기관 직제 부칙) 4. 제1호 내지 제3호 외의 기업부설연구소 : 10인 이상 (2001. 7. 16. 개정) ○ 기술개발촉진법 시행규칙 제7조 【기업부설연구소의 신고 등】 ① 영 제15조 제1항 제3호에서 “과학기술부령이 정하는 과학기술분야연구기관의 연구원이 창업한 연구개발형 중소기업”이라 함은 법 제7조 제1항 제1호ㆍ제5호 및 제7호의 규정에 의한 연구기관에 소속된 연구원이 퇴직한 후 3년 이내에 창업한 연구개발형 중소기업을 말한다. (2001. 7. 20. 개정) ② 영 제15조 제1항에 따라 기업부설연구소로 인정을 받으려는 자는 별지 제7호서식에 따른 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 협회장에게 제출(정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다. (2006. 7. 5. 개정) 1. 연구사업개요서 1부 (2001. 7. 20. 개정) 2. 연구소의 조직 및 직원 현황 1부 (2001. 7. 20. 개정) 3. 연구시설명세서 1부 (2001. 7. 20. 개정) 4. 「연구실 안전환경 조성에 관한 법률」 제13조 제2항 에 따라 작성한 안전 및 유지관리비 내역서(연구원 총수가 10인 이상인 기업부설연구소에 한한다) 5. 「연구실 안전환경 조성에 관한 법률」 제14조 제1항 에 따라 가입한 보험의 가입증명서(연구원 총수가 10인 이상인 기업부설연구소에 한한다) 6. 중소기업자가 설립한 기업부설연구소임을 입증하는 서류(중소기업자가 설립한 기업부설연구소에 한한다) (2006. 7. 5. 개정) 7. 벤처기업자가 설립한 기업부설연구소임을 입증하는 서류(「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조에 따른 확인서류를 말하며, 벤처기업자가 설립한 기업부설연구소에 한한다) (2006. 7. 5. 신설) 8. 제1항의 규정에 의한 연구기관의 연구원이 창업한 연구개발형 중소기업의 부설연구소임을 입증하는 서류 1부(연구기관의 연구원이 창업한 연구개발형 중소기업의 부설연구소에 한한다) (2006. 7. 5. 호번개정) ③ 협회장은 제2항의 규정에 의한 신고를 받고 기업부설연구소로 인정하는 때에는 별지 제8호 서식에 의한 기업부설연구소인정서를 교부하여야 한다. (협회 - 한국산업기술진흥협회, 3460-9016) ④ 영 제15조 제1항의 규정에 의한 기업부설연구소의 신고에 관하여 그 밖의 필요한 사항은 과학기술부장관이 따로 정하여 고시한다. (2001. 7. 20. 개정) ○ 조세특례제한법 시행규칙 제7조 【연구 및 인력개발비의 범위】 ① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은 「기술개발촉진법 시행규칙」 제7조 에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서 (이하 “전담부서”라 한다)를 말한다. ○ 국세기본법 제14조 【실질과세】 (2007. 12. 31. 제목개정) ① 과세의 대상이 되는 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다. 〈☞ (주) 1〉 ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다. 〈☞ (주) 2〉 ③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 2 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. 나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판) ○ 서면2팀-1669, 2005.10.19 「조세특례제한법 시행령」 제2조 【중소기업의 범위】를 적용함에 있어 “상시 사용하는 종업원수”라 함은 당해 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자(주주인 임원, 「소득세법 시행령」 제20조 의 규정에 의한 일용근로자 및 「기술개발촉진법 시행령」 제15조 제1항 의 규정에 의한 기업부설연구소의 연구전담요원을 제외한다)수로 하는 것이며, 이 경우 종업원수는 당해 과세연도의 매월 말일 현재의 인원을 합하여 해당 월수로 나눈 인원을 기준으로 하여 계산하는 것임 ○ 서면2팀-1611, 2005.10.06 조세특례제한법 시행령 별표6의 구분1. 기술개발란 비용 나. 위탁 및 공동기술개발 ①의 ㉲ 국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서라 함은 그 전담부서 등의 소재지가 국내외의 여부에 관계없이 적용되는 것이고, 전담부서는 기술개발촉진법 시행규칙 제5조 의 규정에 의하여 과학기술부장관에게 신고한 기업의 연구개발전담부서를 말하는 것임 .