종교단체가 3년간 사용한 사택의 법인세 과세여부

종교단체가 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하는 사택을 양도하는 경우 수익사업소득에서 제외되어 법인세가 과세되지 않으나, 토지 등 양도소득에 대한 과세특례는 적용됨

[회신] 비영리내국법인으로 승인받은 종교단체가 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업 제외)에 직접 사용하는 사택을 양도하는 경우 당해 소득은 수익사업소득에서 제외되어 법인세가 과세되지 않는 것이나, 귀 질의가 이에 해당하는 지 여부는 사실판단 할 사항임 또한, 내국법인이「법인세법 시행령」제92조의 2 제2항 각호의 1에 해당되는 주택을 제외한 주택을 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 30을 곱하여 산출한 세액을 법인세로 추가하여 납부하여야 하는 것임 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - 본인은 여자목사이며, 아파트를 재개발 신축하여 교회에 증여 등기하였음 - 세무서에서 고유번호증(-82-)을 발급 받았으며, 이 아파트에서 3년간 거주하면서 교회예배를 드리려고 함 ○ 질의요지 - 목사가 3년간 거주한 아파트의 법인세 과세 여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련조세법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) □ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】 ② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (1998. 12. 28. 개정) 5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 (1998. 12. 28. 개정) □ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】 ② 법 제3조 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. (1998. 12. 31. 개정) □ 법인세법 제62조 의 2【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】 ① 비영리내국법인(제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제2항 제4호 및 제5호의 수입으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 “자산양도소득”이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. (2001. 12. 31. 신설) 1. 「소득세법」 제94조 제1항 제3호 의 규정에 해당하는 주식 또는 출자지분과 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분 (2006. 12. 30. 개정) 2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다) (2001. 12. 31. 신설) ② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 「소득세법」 제92조 의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 동법 제104조 제4항의 규정에 의하여 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의 2를 적용하지 아니한다. (2006. 12. 30. 개정) □ 법인세법 제55조 의 2【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】 ① 내국법인이 다음 각 호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의 2에서 “토지 등”이라 한다)을 양도한 경우에는 당해 각호에 의하여 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 2 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다. (2005. 12. 31. 후단신설) 1. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제125조 의 규정에 의하여 국토해양부장관이 조사한 당해 지역의 직전분기의 평균지가가 직전전 분기 대비 100분의 3 이상 상승하거나 전년도 동분기 대비 100분의 10 이상 상승한 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 소재하는 토지 등을 양도한 경우에는 그 양도로 인하여 발생한 소득에 100분의 10(미등기토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 20)을 곱하여 산출한 세액 (2008. 2. 29. 직제개정 ; 정부조직법 부칙) 2. 대통령령이 정하는 주택(그 부수토지를 포함한다)을 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 30(미등기토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2003. 12. 30. 개정) 3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2005. 12. 31. 신설) 나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판) ○ 서면2팀-941(2008.05.14) 「법인세법 시행령」 제2조 제2항 에 의해 비영리법인의 고정자산이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 경우에는 당해 자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 비영리법인의 수익사업에 해당되지 않는 것이나, 귀 질의의 경우 고정자산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 정관 등에 규정된 고유목적사업에 직접 사용여부는 제반사항을 감안하여 사실판단 할 사안임 ○ 서면2팀-1009(2006.06.05) 국세기본법 제13조 규정에 의한 법인으로 보는 단체인 종교단체(교회)가 종교의 보급 기타 교화업무를 전업으로 하는 교회의 담임목사가 처분일 현재까지 계속하여 3년 이상 사용하는 사택을 양도하는 경우 수익사업소득에서 제외되는 것이며, 또한 법인세법 제3조 제2항 제1호 에서 규정하는 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리법인인 종교단체는 법인세법 제62조 의 2［비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례］의 규정을 적용받을 수 있는 것임 ○ 서면2팀-1180(2004.06.10) 1. 귀 (질의 1)의 경우 비영리내국법인이 고정자산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업( 법인세법시행령 제2조 제1항 의 수익사업 제외)에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 인한 수입은 수익사업에서 발생한 소득에 해당하지 아니함 2. (질의 2)의 경우 비영리내국법인이 보유중인 부동산을 양도하는 경우로서, 당해 자산의 양도일이 속하는 사업연도에 법인세법 제3조 제2항 제1호 의 규정에 의한 수익사업(이하 ‘수익사업’이라 함)을 영위하지 아니하는 경우에는 같은 법 제62조의 2의 규정을 적용받을 수 있는 것이나, 양도일이 속하는 사업연도에 수익사업을 영위하였는지 여부는 사실판단 할 사항임 ○ 서면2팀-811(2004.04.19) 1. 귀 (질의 1)의 경우 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 자산을 양도하는 경우의 양도차익은 법인세를 과세하지 않는 것이며, 2. (질의 2)의 경우 종교의 보급, 기타 교화를 목적으로 설립된 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법인세법시행령 제56조 의 규정에 의한 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산의 교회를 신축하기 위하여 지출하는 경우에는 고유목적사업에 지출한 것으로 보는 것임 3. (질의 3)의 경우 법인세가 과세되지 않는 경우 법률적인 신고의무는 없으나, 비과세 해당여부확인을 위한 세무서장의 소명요구에 대한 답변 등은 별도의 세무협력사항에 해당하는 것임 ○ 서면2팀-251(2006.02.01) 종교의 보급 기타 교화업무를 전업으로 하는 교회의 부목사 또는 전도사가 교회로부터 제공된 사택을 3년 이상 사용한 경우 당해 사택은 조세특례제한법 제82조 제1항 제2호 에서 규정하는 “종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인이 그 고유목적에 3년 이상 직접 사용한 토지 등”에 해당하는 것이나, 부목사 또는 전도사가 종교의 보급 기타 교화업무를 전업으로 하였는지 여부, 교화업무를 전업으로 하는 부목사 또는 전도사가 사택을 3년 이상 사용하였는지 여부 등은 과세관청에서 사실판단 할 사항이며 종교시설의 부속토지를 양도하는 경우 종교시설의 사용내용에 따라 부속토지 양도차익의 과세여부를 결정하는 것이며 부속토지가 아닌 종교법인의 토지를 나대지 상태로 양도하는 것은 고유목적으로 위한 사용에 해당하지 않는 것이므로 법인세법 시행령 제2조 제2항 의 규정이 적용되지 않는 것임 ○ 서면2팀-359(2008.02.29) 귀 질의의 경우. 내국법인이 「법인세법 시행령」제92조의 2 제2항 각호의 1에 해당되는 주택을 제외한 주택(그 부수토지를 포함함)을 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 30(미등기토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 하는 것임 ○ 서면2팀-1600(2007.08.31) 내국법인이 「법인세법」 제55조 의 2제1항 각 호에 해당되는 토지 및 건물을 양도하는 경우에는 같은조 제1항 각호의 규정에 따라 산출한 세액을 법인세로 추가하여 납부하여야 하는 것이나, 귀 질의의 양도자산이 동 규정에 해당되는 자산인지의 여부는 관련 법령을 참고하여 사실판단하기 바람 ○ 서면2팀-1487(2007.08.10) 내국법인이 「법인세법」 제55조 의 2 제1항 각호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함함)을 양도한 경우에는 토지 등 양도소득에 대한 과세특례를 적용하는 것임 ○ 서면2팀-1000(2008.05.21) 내국법인이 법인세법 제55조 의 2 제1항 각 호의 1에 해당하는 토지 및 건물을 양도한 경우에는 당해 각 호에 의하여 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 하는 것임