출연재산에 대한 법인세법과 상속세 및 증여세법의 중복 적용 여부

법인세법상 고유목적사업준비금 5년 이내 고유목적사업 및 지정기부금 사용 규정과 상증법상 출연재산 3년 이내 공익목적사업 사용 규정은 동시에 적용됨

[회신] 비영리내국법인의 출연 받은 재산에 대한 ｢법인세법｣ 제29조 제3항 및 ｢상속세및증여세법｣ 제48조 제2항의 중복적용 여부에 대하여는 기존 회신문 서면2팀-1060(2008.05.30)호를 보내드리오니 참고하시기 바람 ◈ 서면2팀-1060(2008.05.30) 고유목적사업준비금은 법인세법 제29조 제2항의 규정에 따라 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년 이내 고유목적사업 및 지정기부금의 지출에 사용하여야 하며, 상속세 및 증여세법 제48조 제1항 및 제16조 제1항의 규정에 의하여 재산을 출연받은 공익법인 등이 출연받은 재산을 매각한 경우 그 매각대금(매각대금에 의하여 증가된 재산을 포함하며 대통령령이 정하는 공과금등을 제외한다)을 매각한 날부터 3년 이내에 공익목적사업에 사용하여야 하는 것으로, 귀 질의 법인이 위의 규정이 모두 적용되는 비영리법인이라면 법인세법과 상속세 및 증여세법의 적용 범위를 동시에 고려하여 사실판단하기 바람 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - 사회복지법인이 특수관계 없는 자로부터 1994.1.1. 임야 9,900㎡를 출연 받았는데 당시 시가는 3억원이었음 - 출연 받은 날로부터 3년이 되는 날 시가는 4억원이며, 2008.8.1.까지 고유목적사업에 사용하지 아니하고 그대로 방치한 상태이며, 현재의 시가 10억원으로 양도하려고 함 - 매각대금 10억원에서 양도소득에 따른 법인세부담액을 차감한 잔액을 100% 고유목적사업준비금을 설정 예정 ○ 질의요지 - 5년내 매각대금을 고유목적사업에 미사용 시 법인세 과세 여부 - 상증법 제48조(출연 후 3년 내 미사용시 증여세 과세)와 중복 적용 여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련조세법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) □ 법인세법 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】 ① 내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금 중 사회복지ㆍ문화ㆍ예술ㆍ교육ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술 등 공익성을 감안하여 대통령령이 정하는 기부금(이하 “지정기부금”이라 한다) 중 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 차감한 금액에 100분의 5를 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 “손금산입한도액”이라 한다)을 초과하는 금액과 지정기부금외의 기부금은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다. (1998. 12. 28. 개정) ③ 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각호의 1에 해당하게 된 경우 그 잔액은 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다. (1998. 12. 28. 개정) 4. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 때(5년내 사용하지 아니한 잔액에 한한다) (1998. 12. 28. 개정) □ 상속세및증여세법 제48조 【공익법인 등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입 등】 ① 공익법인 등이 출연받은 재산의 가액은 증여세과세가액에 산입하지 아니한다. 다만, 공익법인 등이 내국법인의 주식 등을 출연받은 경우로서 출연받은 주식 등과 다음 각 호의 어느 하나의 주식 등을 합한 것이 당해 내국법인의 의결권있는 발행주식총수 등의 100분의 5(성실공익법인 등에 해당하는 경우에는 100분의 10)를 초과하는 경우(제16조 제2항 각호외의 부분 단서의 규정에 해당하는 경우를 제외한다)에는 대통령령이 정하는 방법에 의하여 계산한 초과부분을 제외한다. (2007. 12. 31. 단서개정) ② 세무서장 등은 제1항 및 제16조 제1항의 규정에 의하여 재산을 출연받은 공익법인 등이 다음 제1호 내지 제4호 및 제5호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 가액을 공익법인 등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제4호의 2에 해당하는 경우에는 제78조 제9항의 규정에 의한 가산세를 부과한다. 다만, 불특정다수인으로부터 출연받은 재산중 출연자별로 출연받은 재산가액의 산정이 어려운 재산으로서 대통령령이 정하는 재산을 제외한다. (2000. 12. 29. 개정) 1. 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등(직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우. 다만, 그 사용에 장기간을 요하는 등 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 제5항의 규정에 의한 보고서의 제출과 함께 납세지관할세무서장에게 그 사실을 보고한 경우를 제외한다. 4. 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금(매각대금에 의하여 증가된 재산을 포함하며 대통령령이 정하는 공과금등을 제외한다)을 공익목적사업외에 사용하거나 매각한 날부터 3년이 지난 날까지 대통령령이 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우 (2007. 12. 31. 개정) □ 조세특례제한법 제74조 【고유목적사업준비금의 손금산입특례】 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대하여는 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 사업연도까지 「법인세법」 제29조 의 규정을 적용하는 경우 동법 동조 제1항 제4호의 규정에 불구하고 당해 법인의 수익사업(제5호 및 제6호의 경우에는 당해 사업과 당해 사업 시설안에서 동 시설을 이용하는 자를 대상으로 영위하는 수익사업에 한한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다. (2006. 12. 30. 개정) 1. 사립학교법에 의한 학교법인, 산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률에 의한 산학협력단 및 평생교육법에 의한 원격대학 형태의 평생교육시설을 운영하는 민법 제32조 에 의한 비영리법인 (2003. 12. 30. 개정) 2. 사회복지사업법에 의한 사회복지법인 (1998. 12. 28. 개정) 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인 (2006. 12. 30. 개정) 가. 「국립대학병원 설치법」에 따른 국립대학병원 (2006. 12. 30. 개정) 나. 「서울대학교병원 설치법」에 따른 서울대학교병원 (2006. 12. 30. 개정) 다. 「서울대학교치과병원 설치법」에 따른 서울대학교치과병원 (2006. 12. 30. 개정) 라. 「국립암센터법」에 따른 국립암센터 (2006. 12. 30. 개정) 마. 「지방의료원의 설립 및 운영에 관한 법률」에 따른 지방의료원 (2006. 12. 30. 개정) 바. 「대한적십자사 조직법」에 따른 대한적십자사가 운영하는 병원 (2006. 12. 30. 개정) 4. (삭제, 2003. 12. 30.) 5. 도서관 및 독서진흥법에 의하여 등록한 도서관을 운영하는 법인 (1998. 12. 28. 개정) 6. 「박물관 및 미술관 진흥법」에 의하여 등록한 박물관 또는 미술관을 운영하는 법인 (2007. 4. 11. 개정 ; 박물관 및 미술관 진흥법 부칙) 7. 정부로부터 허가 또는 인가를 받은 문화예술단체로서 대통령령이 정하는 법인 (1998. 12. 28. 개정) 나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판) ○ 서면2팀-1060(2008.05.30) 고유목적사업준비금은 법인세법 제29조 제2항 의 규정에 따라 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년 이내 고유목적사업 및 지정기부금의 지출에 사용하여야 하며, 상속세 및 증여세법 제48조 제1항 및 제16조 제1항의 규정에 의하여 재산을 출연받은 공익법인 등이 출연받은 재산을 매각한 경우 그 매각대금(매각대금에 의하여 증가된 재산을 포함하며 대통령령이 정하는 공과금등을 제외한다)을 매각한 날부터 3년 이내에 공익목적사업에 사용하여야 하는 것으로, 귀 질의 법인이 위의 규정이 모두 적용되는 비영리법인이라면 법인세법과 상속세 및 증여세법의 적용 범위를 동시에 고려하여 사실판단하기 바람 ○ 서면2팀-811(2006.05.11) 법인세법 제 3조 제2항 제1호의 수익사업을 영위하는 비영리내국법인이 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 토지를 처분하는 경우 정당한 사유여부에 불구하고 당해 토지의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대해서는 법인세가 과세되는 것이며, 다만, 동 금액에 대해서는 법인세법 제29조 의 규정에 의하여 소득금액의 50％(공익법인의 설립운영에 관한 법률에 의하여 설립된 법인으로서 고유목적사업 등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)까지 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 당해 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 손금에 산입이 가능하나 손금으로 계상한 고유목적사업준비금에 대해서는 5년 이내에 고유목적사업에 사용하여야 하는 것임 ○ 서면2팀-860(2006.05.16) 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 미사용한 해당 준비금은 ‘수익사업에서 발생한 소득’으로 보아 법인세법 제29조 제3항 제4호 의 규정에 의하여 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도에 익금산입하는 것임 ○ 서면2팀-1687(2005.10.21) 귀 질의의 경우와 같이 비영리 내국법인이 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 해당 준비금을 고유목적사업에 사용하지 아니한 때(5년내 사용하지 아니한 잔액에 한한다)에는 이를 익금에 산입하고, 법인세법 시행령 제56조 제7항 제2호 의 규정에 따라 계산한 이자상당액을 당해 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 하는 것으로 고유목적사업준비금을 불가피하게 사용하지 못한 경우에 대하여는 별도의 예외규정을 두고 있지 않으므로 질의와 같은 경우에도 이자상당가산액을 포함하여 법인세를 납부하여야 하는 것임 ○ 서면2팀-792(2005.06.10) ｢법인세법｣ 제29조 제1항 제4호 에서 규정하는 ‘수익사업에서 발생한 소득’에는 고유목적사업준비금을 손금에 산입한 비영리내국법인이 당해 준비금을 5년내에 고유목적사업 또는 지정기부금에 사용하지 아니함으로써 익금에 산입한 금액을 포함하는 것임 ○ 재소득46073-133(2001.07.03) 장학재단 등 비영리법인의 이자소득은 영리법인 또는 일반개인과 동일하게 과세대상이 되나, 이자소득 등을 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금으로 계상한 경우에는 법인세법 제29조 및 동시행령 제56조의 규정에 의하여 과세표준신고시 손금으로 인정받을 수 있으므로 사실상 과세되지 않는 것임. 다만, 그 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 않는 때에는 그 잔액을 당해 사유발생일이 속하는 사업연도의 익금에 산입하여 법인세를 과세하는 것임