법인세 과세제외대상인 고정자산처분익의 범위

일부는 고유목적사업으로 사용하고 일부는 수익사업에 사용하는 토지를 양도하는 경우, 고유목적사업에 사용한 부분이 처분일 현재 계속하여 3년 이상 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 경우에는 법인세 과세대상에서 제외

[회신] 대한적십자병원이 일부는 고유목적사업으로 사용하고 일부는 수익사업에 사용하는 토지를 양도하는 경우, 고유목적사업에 사용한 부분이 처분일 현재 계속하여 3년 이상 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 경우에는 법인세 과세대상에서 제외되는 것이며, 그 외 부분의 양도차익에 대해서는 법인세 과세대상임을 알려드립니다. 또한 대한적십자사는 조세특례제한법 제74조 제1항 제3호에 의하여 당해 수익사업에서 발생한 소득 전액을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있습니다. 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - 대한적십자병원은 ｢대한적십자사 조직법｣에 의해 설립된 대한적십자사가 운영하는 병원임 - 동 병원은 비영리내국법인 지점으로 1980. 7. 25일 개원하여 현재까지 병원을 영위하는 사업자로 뉴타운개발로 인하여 서울시 00구 00동 소재 토지 5필지를 양도할 예정 - 토지소유관계 및 사용현황 | 구분 | 면적(㎡) | 지목 | 사용현황 | 소유자 | | 필지1 | 210.2 | 대지 | 서울적십자병원 주차장 | 대한적십자사 | | 필지2 | 742.5 | 〃 | 〃 | 〃 | | 필지3 | 237.5 | 〃 | 〃 | 〃 | | 필지4 | 1 | 〃 | 〃 | 〃 | | 필지5 | 984.7 | 〃 | - 토지의 50%는 고유목적사업인 적십자 봉사관 건물의 부지로 사용 - 나머지 50%는 병원주차장으로 사용중 | 〃 | ○ 질의요지 - 고유목적사업(적십자봉사관 건물부지)과 수익사업(병원주차장)으로 각각 1/2씩 사용중인 토지의 양도차익에 대한 과세대상 여부 및 고유목적사업 준비금 설정방법 (갑설) 당해 토지의 양도차익 전체에 대해 고유목적사업준비금 설정 (을설) 당해 토지의 양도차익 전체를 법인세 과세제외 (병설) 사용되는 토지의 비율에 따라 안분(각각 50%씩 사용중)하여 고유목적사업 준비금 설정 및 과세제외 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙) ○ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】 ① 생략 ② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (1998. 12. 28. 개정) 1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것 (1998. 12. 28. 개정) 2. 「소득세법」 제16조 제1항 각호의 규정에 의한 이자ㆍ할인액 및 이익 (2006. 12. 30. 개정) 3. 「소득세법」 제17조 제1항 각호의 규정에 의한 배당 또는 분배금 (2006. 12. 30. 개정) 4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입 (1998. 12. 28. 개정) 5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것 을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 (1998. 12. 28. 개정) 6. 제1호 내지 제5호외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령이 정하는 것 (1998. 12. 28. 개정) ③ 생략 ○ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】 ① 생략 ② 법 제3조 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다 ③ 생략 ○ 법인세법 제113조 【구분경리】 ① 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다. (1998. 12. 28. 개정) ② 이하 생략 ○ 법인세법 시행규칙 제76조 【비영리법인의 구분경리】 ① 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업 과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다 ② 이하 생략 ○ 조세특례제한법 제74조 【고유목적사업준비금의 손금산입특례】 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대하여는 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 사업연도까지 「법인세법」 제29조 의 규정을 적용하는 경우 동법 동조 제1항 제4호의 규정에 불구하고 당해 법인의 수익사업(제5호 및 제6호의 경우에 는 당해 사업과 당해 사업 시설안에서 동 시설을 이용하는 자를 대상으로 영위하는 수익사업에 한한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다. (2006. 12. 30. 개정) 1. ~ 2. 생략 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인 (2006. 12. 30. 개정) 가.「국립대학병원 설치법」에 따른 국립대학병원 나.「서울대학교병원 설치법」에 따른 서울대학교병원 다.「서울대학교치과병원 설치법」에 따른 서울대학교치과병원 라.「국립암센터법」에 따른 국립암센터 (2006. 12. 30. 개정) 마.「지방의료원의 설립 및 운영에 관한 법률」에 따른 지방의료원 바.「대한적십자사 조직법」에 따른 대한적십자사가 운영하는 병원 4. ~ 7. 생략 나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판) ○ 서이46012-10295, 2003.02.10 - 법인세법 제29조 제1항 규정에 의하여 고유목적사업준비금을 손금산입한 비영리 내국법인이 사옥을 취득하여 일부는 당해 법인의 고유목적사업에 직접사용하고 일 부는 수익사업(임대사업)에 사용하는 경우 고유목적사업에 직접사용하는 사옥의 취득에 지출한 금액은 같은 조 제2항의 규정에 의하여 고유목적사업 등에 사용한 것으로 보는 것이며, 이 경우 고유목적사업에 속하는 자산과 수익사업에 속하는 자산은 법 인세법 제113조 규정에 의하여 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 함 ○ 서이46012-11572, 2003.09.01 - 법인세법 제29조 의 규정에 의하여 고유목적사업준비금을 손금산입한 비영리내국법인이 사옥을 취득하여 고유목적사업과 수익사업에 사용하는 경우 고유목적사업에 직접 사용하는 사옥(토지ㆍ건물)의 취득가액은 사용면적을 기준으로 안분계산하는 것이며, 공통으로 사용되는 면적은 같은법시행규칙 제76조 제1항의 규정에 의하여 수익사업에 속하는 것으로 하는 것임. ○ 서면2팀-933, 2008.05.14 - 비영리법인이 고정자산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산(수익사업에 사용된 자산 제외)의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대하여는 법인세법 제3조 에 따른 과세소득에 해당되지 않는 것임 ○ 법인-2457, 2008.09.16 - 영리내국법인이 보유중인 고정자산이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용된 경우에는 당해 고정자산의 처분으로 인 하여 생기는 수입은 비영리내국법인의 수익사업에 해당되지 않는 것이므로, 매각대상 임야가 고유목적사업에 직접 사용된 사실이 객관적으로 인정되는 부분에 대하여만 상기의 규정이 적용되는 것임.