비영리법인의 자산양도소득에 대한 과세특례 적용여부 등

비영리내국법인이 수익사업을 개시하여 관련 사업소득이 발생한 경우 비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례’규정을 적용받을 수 없는 것이며,고유목적사업준비금은 결산상 손금에 계상한 경우에 손금산입하는 것임

[회신] 비영리내국법인이 고유목적사업에 사용하지 아니한 토지를 양도하여 「법인세법」제3조 제2항 제5호의 자산양도소득이 발생한 경우로서, 그 양도일이 속하는 사업연도에 같은 조항 제1호의 수익사업을 개시하여 관련 사업소득이 발생한 경우 당해 자산양도소득에 대하여는 「법인세법」 제62조의 2의 ‘비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례’규정을 적용받을 수 없는 것이며, 법인세법 제12조의 2(현행 제29조)의 규정에 의하여 손금에 산입하는 고유목적사업준비금은 비영리법인이 결산상 손금에 계상한 경우에 손금산입하는 것으로 당해 비영리법인이 결산시 동 준비금을 손금용인한도액에 미달하게 계상한 경우에는 그후 국세기본법 제45조의 2의 규정에 의한 경정청구에 의해서 그 과소계상한 준비금상당액을 손금에 산입할 수 없는 것임 [ 관련 첨부서류 ] 1. 질의내용 요약 가. 사실관계 - '87.3.1 재단법인을 설립하여 비영리교육사업을 영위 - '55.9.23 취득한 기본재산인 부동산(토지)을 '03.10.23 양도하고 양도 소득세 예정신고납부함 - '03.12.2 임대용빌딩을 구입하여 임대사업을 개시 나. 질의요지 ① 비영리법인이 고유목적사업용 부동산을 양도한 이후 임대사업을 개시한 경우 자산양도소득에 대한 과세특례를 적용받을 수 있는 지 여부 ② 고유목적사업준비금을 결산상 계상하지 않고 법인세 신고한 경우 경정청구를 통해 동 준비금을 추가 손금산입할 수 있는지 여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙) ○ 법인세법 제62조 의 2 【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】 ① 비영리내국법인(제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제2항 제4호 및 제5호의 수입으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 “자산양도소득”이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. (2001. 12. 31. 신설) 2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다) (2001. 12. 31. 신설) ② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 「소득세법」 제92조 의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 동법 제104조 제4항의 규정에 의하여 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의 2를 적용하지 아니한다. (2006. 12. 30. 개정) ○ 법인세법 시행령 제99조 의 2 【비영리내국법인의 자산양도소득 과세특례】 ② 법 제62조의 2 제1항 각호의 규정에 의한 자산의 양도소득에 대한 과세특례는 동조 제1항 각호의 규정에 의한 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도 단위별로 이를 적용한다. 이 경우 각 사업연도 단위별로 이를 적용하지 아니한 때에는 당해 사업연도의 양도소득에 대하여는 법 제62조의 2의 규정을 적용하지 아니한다. (2001. 12. 31. 신설) ○ 법인세법 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】 ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업 등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다. (2006. 12. 30. 개정) 4. 제1호 내지 제3호외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 의하여 설립된 법인으로서 고유목적사업 등에 대한 지출액 중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액 (2006. 12. 30. 개정) 나. 관련예규(예규, 해석사례, 심사, 심판) ○ 서면2팀-2590, 2006.12.14 - 비영리내국법인이 고유목적사업에 사용하지 아니한 토지를 양도하여 「법인세법」제3조 제2항 제5호의 자산양도소득이 발생한 경우로서, 그 양도일이 속하는 사업연도에 같은 조항 제1호의 수익사업을 개시하여 관련 사업소득이 발생한 경우 당해 자산양도소득에 대하여는 「법인세법」 제62조 의 2의 ‘비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례’규정을 적용받을 수 없는 것임 ○ 법인46012-46(1998.1.8) - 법인세법 제12조 의 2(현행 제29조)의 규정에 의하여 손금에 산입하는 고유목적사업준비금은 비영리법인이 결산상 손금에 계상한 경우에 손금산입하는 것으로 당해 비영리법인이 결산시 동 준비금을 손금용인한도액에 미달하게 계상한 경우에는 그후 국세기본법 제45조 의 2의 규정에 의한 경정청구에 의해서 그 과소계상한 준비금상당액을 손금에 산입할 수 없는 것임. ○ 서면2팀-477(2005.3.31) - 고유목적사업준비금은 비영리내국법인이 법인세법 제29조 의 규정에 의거 당해 법인의 결산상 손금에 계상한 경우에 한하여 적용하는 것으로, 의료업을 영위하는 비영리내국법인이 결산시 동 준비금을 설정하지 아니한 경우에는 국세기본법 제45조 의 2의 규정에 의한 경정청구를 통하여 과소 계상한 고유목적사업준비금 상당액을 손금에 산입할 수 없는 것임.