행정해석 질의회신 조세특례

중소기업 판정 시 독립성 요건 유예기간 적용여부

사건번호 선고일 2008.10.31
2005.12.27이전에 독립성기준 훼손시 08.12.27까지 중소기업으로 보는 것이며, 2005.12.27이후 독립성기준 훼손시에는 유예기간이 없음
[회신] 「중소기업기본법 시행령」(2005.12.27. 대통령령 제19189호로 개정된 것을 말하며, 이하 “개정령”이라 함) 시행일 현재 자산총액 5천억원 이상인 비상장법인이 발행주식 총수의 30% 이상을 소유하고 있었던 기업은 개정령 시행일부터 3년간 「조세특례제한법 시행령」제2조 제1항에 해당하는 것이나, 개정령 시행일 이후 자산총액 5천억원 이상인 비상장법인이 새로이 발행주식 총수의 30% 이상을 소유하게 된 경우에는 그러하지 아니합니다. [ 관련 첨부서류 ] 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - 비상장 갑법인은 외국계법인인 A주식을 100% 소유하고 있으며, A법인은 자산총액은 5천억 이상임. - 중소기업기본법 시행령(2005.12.27,대통령령 제19189호로 개정된 것)개정으로 인해 시행일부터 3년간 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 제3호 의 규정에 해당하여 중소기업 유예기간을 적용 받고 있었음. - 2007년 중 갑법인의 주식 100%를 자산총액이 5천억 이상인 또 다른 외국계법인인 B법인에게 양도함. - 2005.12.27 현재 자산 5천억 이상인 외국계법인인 A법인이 비상장법인인 갑법인 주식을 100% 소유하고 있음. - 중소기업기본법 시행령 제3조의2 에 따른 독립성기분의 개정(2005.12.27-자산5,000억 이상 법인이 30%이상 소유)으로 인해 갑법인은 중소기업에서 제외 되었으나, 동 부칙에 따라 중소기업 유예기간에 해당되고 있음. ○ 질의요지 2007년 중 자산 5천억원 이상인 또 다른 외국계법인 B에게 갑법인의 주식 100%가 양도되었는바, 동 경우 조특법 시행령 제2조 제2항 3호의 적용여부. (갑설) 자산5천억 이상인 외국계법인인 B가 100% 주식을 소유한 비상장주식 갑은 중소기업기본법시행령 부칙 제2조(제20260호,2007.9.10)에 따라 중소기업에 해당. (을설): 조특법시행령 제2조 제2항 단서에 따라 중소기업기본법시행령 제3조 제2에서 규정한 소유외 경영의 실질적인 독립성이 별표2의 기준에 맞는 기업에서 제외되는 새로운 사건의 발생으로 유예기준을 적용받을 수 없는 것이므로 중소기업에 해당하지 아니함. ( 요 약 ) 비상장법인 갑법인이 조세특례제한법 시행령 제2조 규정에 따른 중소기업 유예기간을 적용 받고 있던중 A법인(외국계법인으로 갑법인 주식을 100%소유)이 2007년 중 자산 5천억원 이상인 또 다른 외국계법인 B에게 갑법인의 주식(100%)을 양도한 경우 같은법 시행령 제2조 제2항 제3호에 해당되어 유예기간이 배제되는지 여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙) ○ 조세특례제한법 시행령 제2조 【중소기업의 범위】 ① 「조세특례제한법」(이하 “법”이라 한다) 제5조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 중소기업”이란 제조업(제조업과 유사한 사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업을 포함한다. 이하 같다), 광업, 건설업, 제5조 제6항의 규정에 의한 엔지니어링사업, 제5조 제8항의 규정에 의한 물류산업, 「해운법」에 의한 선박관리업, 운수업중 여객운송업, 어업, 도매업, 소매업, 전기통신업, 연구 및 개발업, 방송업, 정보처리 및 기타 컴퓨터운영 관련업, 제54조 제1항의 규정에 의한 자동차정비공장을 운영하는 사업, 「의료법」에 의한 의료기관을 운영하는 사업, 폐기물처리업(「폐기물관리법」에 의한 폐기물처리업 및 「건설폐기물의 재활용촉진에 관한 법률」에 의한 건설폐기물처리업을 말하되, 「폐기물관리법」 제46조 의 규정에 의하여 신고를 하고 폐기물을 재활용하는 경우를 포함한다. 이하 같다), 「수질 및 수생태계 보전에 관한 법률」에 따른 폐수처리업(이하 “폐수처리업”이라 한다), 「하수도법」에 따른 분뇨수집ㆍ운반업 및 개인하수처리시설관리업, 「가축분뇨의 관리 및 이용에 관한 법률」에 따른 가축분뇨수집ㆍ운반업, 가축분뇨처리업 및 가축분뇨시설관리업, 작물재배업, 축산업, 과학 및 기술서비스업, 포장 및 충전업, 영화산업(영화 및 비디오 제작업, 영화 및 비디오 제작관련 서비스업, 영화 배급업에 한하며, 이하 “영화산업”이라 한다), 공연산업, 전문디자인업, 뉴스제공업, 광고업, 「무역거래기반 조성에 관한 법률」에 의한 무역전시산업, 제6조 제3항의 규정에 따른 직업기술분야 학원, 「관광진흥법」에 따른 관광사업(카지노, 관광유흥음식점업 및 외국인전용 유흥음식점업을 제외한다), 「노인복지법」에 따른 노인복지시설을 운영하는 사업 및 제6조 제4항의 규정에 따른 토양정화업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 다음 각호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 말한다. 다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다. (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙) 1. 상시 사용하는 종업원수ㆍ자본금 또는 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1의 규정에 의한 규모기준(이하 이 조에서 “중소기업기준”이라 한다) 이내일 것 (2005. 2. 19. 개정) 2. (삭제, 2000. 12. 29.) 3. 실질적인 독립성이 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제2호 의 규정에 적합할 것. 이 경우 같은 영 별표 2 제1호에 따른 주식의 소유는 직접소유 및 간접소유를 포함한다. (2008. 2. 22. 후단신설) ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 동항 각호 외의 부분 단서에 해당되거나 동항 제1호의 기준을 초과함에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 된 때에는 최초 1회에 한하여 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지는 이를 중소기업으로 보고, 동 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)이 경과한 후에는 과세연도별로 제1항의 규정에 따라 중소기업 해당여부를 판정한다. 다만, 중소기업이 다음 각 호의 어느 하나의 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 유예기간을 적용하지 아니한다. (2006. 2. 9. 개정) 1. 「중소기업기본법」의 규정에 의한 중소기업외의 기업과 합병하는 경우 (2005. 2. 19. 개정) 2. 유예기간 중에 있는 법인과 합병하는 경우 (2000. 12. 29. 개정) 3. 제1항 제3호의 규정에 의한 기업 외의 기업에 해당되는 경우 4. 창업일이 속하는 과세연도 종료일부터 2년 이내의 과세연도 종료일 현재 중소기업기준을 초과하는 경우 (2006. 2. 9. 개정) ③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 2 이상의 서로 다른 사업을 영위하는 경우에는 사업별 사업수입금액이 큰 사업을 주된 사업으로 본다. (2000. 12. 29. 개정) ④ 제1항 각호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 상시 사용하는 종업원수ㆍ자기자본ㆍ자본금ㆍ매출액ㆍ자산총액 및 발행주식의 간접소유비율의 계산에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다. (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙) ⑤ 제1항을 적용할 때 기업이 「중소기업기본법 시행령」 별표 1과 별표 2의 개정으로 새로이 중소기업에 해당하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도부터 중소기업으로 보고, 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 3개 과세연도까지 중소기업으로 본다. (2008. 2. 22. 개정)
원본 출처 (국세법령정보시스템)