[회신]
한국과학기술원이「과학기술기본법」에 따른 국가연구개발사업인 ‘나노종합Fab.센터구축사업’을 위하여 국가와 지방자치단체로부터 받는 출연금은 「법인세법」제3조제2항에 따른 수익사업의 소득이 아니며, 정부출연연구기관 및 PSK(주)로부터 받는 출연금은 같은 법 시행령 제2조제1항제2호에 따른 수익사업의 소득에 해당함.
[ 관련 첨부서류 ]
1. 질의내용 요약
○ 사실관계
- 한국과학기술원은 특별법에 의거 설립된 비영리 공익법인임.
- 연구원은 정부의 중장기국책사업인 나노종합팹센터 운영기관으로 선정되어 센터를 부설기관으로 하여 운영하고 있음. 센터는 나노관련 고가장비를 취득 운용하면서
산업계 등 이용자에게 임대사용료를 받고 있는 바, 동 수입은 계속․반복적인 사업적
수입에 해당되어 수익사업으로 구분하고 있음
○ 질의요지
-
연구원이 센터운영과 관련 정부로부터 수령하는 정부출연금의 법인세법상 수익(익금
)해당 여부 및 동 금액의 수익사업 부문 지출시 비용(손금)인정 여부
가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)
○
법인세법 제3조
【과세소득의 범위】
① 법인세는 다음 각호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다.
1. 각 사업연도의 소득
2. 청산소득
② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.
1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것
2.
「소득세법」 제16조 제1항
각호의 규정에 의한 이자ㆍ할인액 및 이익
3.
「소득세법」 제17조 제1항
각호의 규정에 의한 배당 또는 분배금
4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입
6. 제1호 내지 제5호외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령이 정하는 것
③ 외국법인의 각 사업연도의 소득은 제93조의 규정에 의한 국내원천소득(이하 “국내원천소득”이라 한다)으로 한다. 다만, 비영리외국법인의 경우에는 국내원천소득 중 수익사업에서 생기는 소득에 한한다.
○
법인세법 시행규칙 제2조
【수익사업의 범위】
① 「법인세법」(이하 “법”이라 한다) 제3조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 “한국표준산업분류”라 한다)에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각 호의 사업을 제외한다.
1. 축산업(축산관련 서비스업을 포함한다)ㆍ조경수 식재 및 관리서비스업외의 농업
2. 사업서비스업 중 연구 및 개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업을 제외한다)
2의 2. 비영리내국법인이 외국에서 영위하는 선급검사용역에 대하여 당해 외국이 법인세를 부과하지 아니하는 경우로서 당해 외국에 본점 또는 주사무소가 있는 비영리외국법인(국내에 사업의 실질적 관리장소가 소재하지 아니하는 경우에 한한다)이 국내에서 영위하는 선급검사용역
3. 교육서비스업 중 「유아교육법」에 따른 유치원ㆍ
「초ㆍ중등교육법」
및 「고등교육법」에 의한 학교와 「평생교육법」에 의한 원격대학 형태의 평생교육시설을 경영하는 사업
4. 보건 및 사회복지사업 중 「사회복지사업법」에 의한 사회복지사업
5. 연금 및 공제업 중 다음 각목의 사업
가. 「국민연금법」에 의한 국민연금사업
나. 특별법에 의하거나 정부로부터 인가 또는 허가를 받아 설립된 단체가 영위하는 사업(기금조성 및 급여사업에 한한다)
6. 사회보장보험업 중 「국민건강보험법」에 의한 의료보험사업과 「산업재해보상보험법」에 의한 산업재해보상보험사업
7. 주무관청에 등록된 종교단체가 공급하는 용역 중
「부가가치세법」 제12조 제1항 제16호
의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하는 사업
8. 금융 및 보험 관련 서비스업 중 다음 각목의 사업
가. 「예금자보호법」에 의한 예금보험기금 및 예금보험기금채권상환기금을 통한 예금보험 및 이와 관련된 자금지원ㆍ채무정리 등 예금보험제도를 운영하는 사업
나.
「농업협동조합의 구조개선에 관한 법률」
및 「수산업협동조합법」에 의한 상호금융예금자보호기금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업
다. 「새마을금고법」에 의한 예금자보호준비금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업
라. (삭제, 2008. 2. 22.)
마. 「신용협동조합법」에 의한 신용협동조합예금자보호기금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업
바. 「산림조합법」에 의한 상호금융예금자보호기금을 통한 예금보험 및 자금지원 등 예금보험제도를 운영하는 사업
9. 「대한적십자사 조직법」에 의한 대한적십자사가 행하는 혈액사업
10. 「한국주택금융공사법」에 따른 주택담보노후연금보증계정을 통하여 주택담보노후연금보증제도를 운영하는 사업(보증사업과 주택담보노후연금을 지급하는 사업에 한한다)
11.
「국민기초생활 보장법」 제2조
에 따른 수급권자ㆍ차상위계층 등 기획재정부령으로 정하는 자에게 창업비 등의 용도로 대출하는 사업으로서 기획재정부령으로 정하는 요건을 갖춘 사업
12. 비영리법인(사립학교의 신축ㆍ증축, 시설확충, 그 밖에 교육환경 개선을 목적으로 설립된 법인에 한한다)이 외국인학교의 운영자에게 학교시설을 제공하는 사업
13. 제1호, 제2호, 제2호의 2, 제3호부터 제12호까지의 규정과 비슷한 사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업
② 법 제3조 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.
③ 법 제3조 제2항 제6호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은
「소득세법」 제46조 제1항
의 규정에 의한 채권 등(그 이자소득에 대하여 법인세가 비과세되는 것을 제외한다)을 매도함에 따른 매매익(채권 등의 매각익에서 채권 등의 매각손을 차감한 금액을 말한다)을 말한다. 다만, 제2조 제1항 제8호에 규정된 사업에 귀속되는 채권 등의 매매익을 제외한다.