계약조건에 따라 공사대금 수금액의 일부를 반환하는 경우 세무처리

내국법인이 사용 중인 기존건물을 철거하고 자기 책임과 계산하에 새로운 건물을 신축하여 특수관계에 있는 법인에게 양도하면서 그 매매가액을 기존건물 가액, 건물 철거비용 및 신축비용, 사무실이전 비용 등을 고려하여 정한 경우 양수법인이 지급한 기존건물에 대한 보상비 등은 취득가액에 포함하는 것임

[회신] 내국법인이 사용 중인 기존건물을 철거하고 자기 책임과 계산하에 새로운 건물을 신축하여 특수관계에 있는 법인에게 양도하면서 그 매매가액을 기존건물 가액, 건물 철거비용 및 신축비용, 사무실이전 비용 등을 고려하여 정한 경우 양수법인이 지급한 기존건물에 대한 보상비 등은 「법인세법시행령」제72조제1항제1호에 따라 취득가액에 포함하는 것이며, 이 경우 양수법인이 신축건물의 매매가액을 정함에 있어 기존건물가액은 시가에 따라 보상하고, 철거비용 및 사무실 이전비용은 실비로 정산하는 경우 부당행위계산 부인규정이 적용되지 아니하나, 귀 질의가 이에 해당되는지 여부는 관련비용 부담의 불가피성 및 지급기준의 합리성 등에 의하여 사실판단할 사항임 1. 질의내용 요약 □ 사실관계 - 질의법인(甲)은 전자제품 생산업체로 전자제품 완성품을 제조하는 타 법인(乙)의 공장단지 구내에서 乙 법인의 완제품생산에 필요한 부품을 생산하여 납품하고 있음 ＊ 甲법인과 乙법인은 법인세법상 특수관계자에 해당됨 - 질의법인은 乙공장 구내에 사무실이 필요하여 乙법인 책임하에 사무실로 사용하는 기존건물을 철거하고 질의법인 업무에 맞는 건물을 신축한후 이를 매입하고자 함 ＊ 乙법인 소유 기존건물은 질의법인이 사용하기에 부족하여 질의법인이 새로운 건물을 신축하고자 하였으나, 乙법인 공장구내에는 타법인이 건물을 신축할 수 없어 부득이 乙법인이 신축, 준공 즉시 질의법인에게 양도하기로 한 것임 - 질의법인과 乙법인의 건물신축 및 매매조건은 다음과 같음 | ① 매매대금 : 乙법인 소유 기존건물 시가(평가액)+건물철거비+건물신축비용+乙법인 기존사무실 이전비용 ＊ 기존건물 철거비, 신축비, 사무실이전비용은 실비정산 ② 매매시기 : 건물준공 검사 완료 즉시 인도 ③ 신축건물이 있는 乙법인 토지에 대한 적정 임대료는 별도 지급 | □ 질의내용 1) 질의법인이 부담하는 타법인 소유 기존건물의 시가(평가액)와 철거비용이 당기비용인지 신축건물 취득에 따른 부대비용인지 여부 (갑설) 수익적지출로 보아 당기 비용 처리함 (을설) 질의법인 매입하는 신축건물에 대한 자본적지출로 처리 2) 질의법인이 타법인에게 지급하는 구건물 철거비용, 이사비용 등이 부당행위계산 부인규정이 적용되는지 여부 【關聯法令】 □ 법인세법 제41조 【자산의 취득가액】 ① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각호의 금액으로 한다. (1998. 12. 28. 개정) 1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 부대비용을 가산한 금액 (1998. 12. 28. 개정) 2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산은 제작원가에 부대비용을 가산한 금액 (1998. 12. 28. 개정) 3. 제1호 및 제2호외의 자산은 취득당시의 대통령령이 정하는 금액 (1998. 12. 28. 개정) ② 제1항의 규정에 의한 매입가액 및 부대비용의 범위 등 자산의 취득가액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1998. 12. 28. 개정) □ 법인세법 시행령 제72조 【자산의 취득가액 등】 ① 법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다. (2009. 2. 4. 개정) 1. 타인으로부터 매입한 자산 : 매입가액에 취득세ㆍ등록세 기타 부대비용을 가산한 금액 (1998. 12. 31. 개정) 2. 자기가 제조ㆍ생산ㆍ건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산 : 원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액 (1998. 12. 31. 개정) □ 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】 ① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. (1998. 12. 28. 개정) (이하생략) □ 법인세법 시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】 ① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. (2009. 2. 4. 개정) 1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우 (1998. 12. 31. 개정) 2. 무수익 자산을 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우 (1998. 12. 31. 개정) (이하생략) □ 법인세법 시행령 제89조 【시가의 범위 등】 ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다. (2009. 2. 4. 개정) (이하생략) □ 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제20조 【공장의 신설 등의 제한】 (2009. 2. 6. 개정) ① 과밀억제지역ㆍ성장관리지역 및 자연보전지역에서는 공장건축면적 500제곱미터 이상의 공장(아파트형공장을 포함한다)을 신설ㆍ증설 또는 이전하거나 업종을 변경하는 행위를 하여서는 아니 된다. 다만, 국민경제의 발전과 지역주민의 생활환경 조성 등을 위하여 부득이하다고 인정하여 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2009. 2. 6. 개정) □ 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령 제27조 【성장관리지역에서의 행위제한의 완화】 (2009. 8. 5. 제목개정) 법 제20조 제1항 단서에 따라 성장관리지역 안에서 허용될 수 있는 행위는 다음과 같다. (2009. 8. 5. 개정) 1. 별표 2에 해당하는 공장의 신설ㆍ증설 또는 이전 (2009. 8. 5. 개정) 2. 제26조 제2호부터 제8호까지에 규정된 행위 (2009. 8. 5. 개정) □ 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 시행령 【별표 2】 (2009. 8. 5. 개정) 성장관리지역 안에서의 공장의 신설ㆍ증설 또는 이전이 허용되는 경우(제27조 관련) | 구분 | 허용범위 | | 공업지역 | 가. 대기업의 과밀억제지역 및 자연보전지역에서 성장관리지역의 공업지역으로의 이전 나. 첨단업종을 영위하는 대기업 기존공장의 증설 |