특수관계자간 합병에 따른 부당행위계산 부인 적용

법인이 자산을 양도한 경우 자산의 양도가액은 익금에 산입하고, 양도한 자산의 양도당시 장부가액은 손금에 산입하는 것임

[회신] 법인이 자산을 양도한 경우 각 사업연도 소득금액을 계산함에 있어 자산의 양도가액은 익금, 양도한 자산의 양도당시의 장부가액은 손금에 산입하는 것입니다. 아울러, 법인이 비업무용 부동산을 보유한 경우에는 이와 관련한 비용은 법인의 각 사업연도 소득금액 계산상 손금에 산입하지 않는 것이며, 법인이 양도한 자산이 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득은 100분의 40)을 곱한 산출한 세액을 추가로 납부하여야 하는 것입니다. 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 ○○산업단지에 공장부지를 분양받았음. 현재 건축을 시작하였으며, 준공 후 가동하려 함. ○ 질의요지 1) 공장 가동 후 공장(건물과 토지포함)을 매각 시 1년 후 매각과 2년 후 매각의 법인세는 몇 %인지, 법인세 외에 별도의 세금이 있는지 여부 1-2) 1번과 동일한 조건일 때, 개인사업자가 매각하는 경우 차이점 1-3) 1번 항목에서 매각 후 1년 또는 2년이라고 기간의 정의를 내릴때, 그 시작하는 시점이 ‘토지명의이전 완료된 시점부터’를 기준으로 삼아 1년 또는 2년의 기간을 추산하는 건지, 아니면 ‘건축 착공 시점’부터 또는 ‘건축 완료 시점’부터 기간을 추산하는 건지 여부 2) 산업 집적활성화 및 공장 설립 법에 의거한 산업 업종코드 최소면적 12%로 토지 대비 건폐율의 비율을 충족하여 건축한 후, 가동 할 시에 법인의 경우에는 바로 업무용에 해당하는지 비업무용에 해당하는지 궁금함. 또는 몇 년 이상을 가동 보유하여야 업무용이 되는지, 그리고 개인사업자인 경우에는 몇 년 이상 가동하여야 업무용이 되는지 여부 3) 현재 공장용지 5,000평 중 건폐율이 17%로 가동 중임. 1년 후 건물이 있는 쪽과 나대지 상태인 쪽 2,500평씩 각각 분할하여, 건물이 있는 곳 2,500평(건물포함)을 매각하는 경우 이 부분이 업무용에 해당하는지, 비업무용 해당하는지 여부. 또한 나대지 2,500평 매각시 업무용인지, 비업무용인지, 건물 쪽 매각과는 어떤 차이가 있는지 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙) ○ 법인세법 시행령 제11조 【수익의 범위】 법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다. (2007. 2. 28. 개정) (중 략) 2. 자산(자기주식을 포함한다)의 양도금액 (1998. 12. 31. 개정) ○ 법인세법 시행령 제19조 【손비의 범위】 법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다. (2007. 2. 28. 개정) 2. 양도한 자산의 양도당시의 장부가액 (1998. 12. 31. 개정) ○ 법인세법 제27조 【업무와 관련없는 비용의 손금불산입】 내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각호의 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다. (1998. 12. 28. 개정) 1. 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령이 정하는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령이 정하는 금액 (1998. 12. 28. 개정) 2. 제1호외에 그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령이 정하는 것 (1998. 12. 28. 개정) ○ 법인세법 시행령 제49조 【업무와 관련이 없는 자산의 범위 등】 ① 법 제27조 제1호에서 “대통령령이 정하는 자산”이라 함은 다음 각호의 자산을 말한다. (1998. 12. 31. 개정) 1. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산, 「자산유동화에 관한 법률」에 의한 유동화전문회사가 동법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다. (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙) 가. 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)이 경과하기 전까지의 기간 중에 있는 부동산을 제외한다. (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙) 나. 유예기간 중에 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하고 양도하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인의 경우를 제외한다. (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙) (이하생략) ○ 법인세법 시행규칙 26조 【업무와 관련이 없는 부동산 등의 범위】 ① 영 제49조 제1항 제1호 가목 단서에서 “기획재정부령이 정하는 기간”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)을 말한다. (2008. 3. 31. 직제개정) 1. 건축물 또는 시설물 신축용 토지 : 취득일부터 5년( 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제2조 제1호 의 규정에 의한 공장용 부지로서 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 또는 「중소기업 창업지원법」에 의하여 승인을 얻은 사업계획서상의 공장건설계획기간이 5년을 초과하는 경우에는 당해 공장건설계획기간) (2005. 2. 28. 개정) 2. 부동산매매업[한국표준산업분류에 따른 부동산공급업(묘지분양업을 포함한다) 및 건물 건설업(자영건설업에 한한다)을 말한다. 이하 이 조에서 같다]을 주업으로 하는 법인이 취득한 매매용부동산 : 취득일부터 5년 (2006. 3. 14. 개정) 3. 제1호 및 제2호 외의 부동산 : 취득일부터 2년 (2001. 3. 28. 개정) ② 영 제49조 제1항 제1호 가목 및 나목에서 “당해 법인의 업무”라 함은 다음 각호의 업무를 말한다. (1999. 5. 24. 개정) 1. 법령에서 업무를 정한 경우에는 그 법령에 규정된 업무 (1999. 5. 24. 개정) 2. 각 사업연도 종료일 현재의 법인등기부상의 목적사업(행정관청의 인가ㆍ허가 등을 요하는 사업의 경우에는 그 인가ㆍ허가 등을 받은 경우에 한한다)으로 정하여진 업무 (1999. 5. 24. 개정) ③ 영 제49조 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 부동산을 업무에 직접 사용한 것으로 본다. (1999. 5. 24. 개정) 1. 토지를 취득하여 업무용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 경우(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다). 다만, 천재지변ㆍ민원의 발생 기타 정당한 사유없이 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간동안 업무에 사용하지 아니한 것으로 본다. (2001. 3. 28. 단서개정) 2. 제1항 제2호의 규정에 의한 매매용부동산을 유예기간내에 양도하는 경우 (2003. 3. 26. 개정) ○ 법인세법 시행령 제68조 【자산의 판매손익 등의 귀속사업연도】 ① 법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다. (2007. 2. 28. 개정) (중략) 3. 상품 등외의 자산의 양도 : 그 대금을 청산한 날[「한국은행법」에 따른 한국은행이 취득하여 보유 중인 외화증권 등 외화표시자산을 양도하고 외화로 받은 대금(이하 이 호에서 “외화대금”이라 한다)으로서 원화로 전환하지 아니한 그 취득원금에 상당하는 금액의 환율변동분은 한국은행이 정하는 방식에 따라 해당 외화대금을 매각하여 원화로 전환한 날]. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)ㆍ인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다. (2007. 2. 28. 개정) (이하생략) ○ 법인세법 제55조 【세 율】 ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세는 제13조의 규정에 의한 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “산출세액”이라 하며, 제55조의 2의 규정에 의한 토지 등 양도소득에 대한 법인세액이 있는 경우에는 이를 합한 금액으로 한다)을 그 세액으로 한다. (2003. 12. 30. 개정) | 과세표준 | 세 율 | | 1억원 이하 | 과세표준의 100분의 13 | | 1억원 초과 | 1천300만원＋1억원을 초과하는 금액의 100분의 25 | ② 사업연도가 1년 미만인 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세는 그 사업연도의 제13조의 규정을 적용하여 계산한 금액을 그 사업연도의 월수로 나눈 금액에 12를 곱하여 산출한 금액을 그 사업연도의 과세표준으로 하여 제1항의 규정에 의하여 계산한 세액에 그 사업연도의 월수를 12로 나눈 수를 곱하여 산출한 세액을 그 세액으로 한다. 이 경우 월수의 계산은 대통령령이 정하는 바에 의한다. (1998. 12. 28. 개정) ○ 법인세법 제55조 의 2 【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】 ① 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의 2에서 “토지 등”이라 한다)을 양도한 경우에는 당해 각호에 의하여 계산한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 2 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다. (2005. 12. 31. 후단신설) 1. 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제125조 의 규정에 의하여 국토해양부장관이 조사한 당해 지역의 직전분기의 평균지가가 직전전 분기 대비 100분의 3 이상 상승하거나 전년도 동분기 대비 100분의 10 이상 상승한 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 소재하는 토지 등을 양도한 경우에는 그 양도로 인하여 발생한 소득에 100분의 10(미등기토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 20)을 곱하여 산출한 세액 (2008. 2. 29. 직제개정 ; 정부조직법 부칙) 2. 대통령령이 정하는 주택(그 부수토지를 포함한다)을 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 100분의 30(미등기토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2003. 12. 30. 개정) 3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 (2005. 12. 31. 신설) ② 제1항 제3호에서 “비사업용 토지”라 함은 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다. (2005. 12. 31. 신설) 1. 전ㆍ답 및 과수원(이하 이 조에서 “농지”라 한다)으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것 (2005. 12. 31. 신설) 가. 농업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 토지. 다만, 「농지법」 그 밖의 법률에 의하여 소유할 수 있는 농지로서 대통령령이 정하는 농지를 제외한다. (2005. 12. 31. 신설) 나. 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군지역을 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 및 시지역( 「지방자치법」 제3조 제4항 의 규정에 의한 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역을 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제6조 제1호 의 규정에 의한 도시지역(대통령령이 정하는 지역을 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 안의 농지. 다만, 특별시ㆍ광역시 및 시지역의 도시지역에 편입된 날부터 대통령령이 정하는 기간이 경과되지 아니한 농지를 제외한다. (2005. 12. 31. 신설) 2. 임야. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한다. (2005. 12. 31. 신설) 가. 「산림법」에 의하여 지정된 산림유전자원보호림ㆍ보안림ㆍ채종림ㆍ시험림 그 밖에 공익상 필요 또는 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야로서 대통령령이 정하는 것 (2005. 12. 31. 신설) 나. 임업을 주업으로 하는 법인 또는 「산림법」에 의한 독림가인 법인이 소유하는 임야로서 대통령령이 정하는 것 (2005. 12. 31. 신설) 다. 토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 감안하여 법인의 업무에 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 임야로서 대통령령이 정하는 것 (2005. 12. 31. 신설) 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 목장용지. 다만, 토지의 소유자ㆍ소재지ㆍ이용상황ㆍ보유기간 및 면적 등을 감안하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 목장용지로서 대통령령이 정하는 것은 제외한다. (2005. 12. 31. 신설) 가. 축산업을 주업으로 하는 법인이 소유하는 목장용지로서 대통령령이 정하는 축산용 토지의 기준면적을 초과하거나 특별시ㆍ광역시 및 시지역의 도시지역(대통령령이 정하는 지역을 제외한다. 이하 이 목에서 같다) 안에 있는 목장용지(도시지역에 편입된 날부터 대통령령이 정하는 기간이 경과되지 아니한 경우를 제외한다) (2005. 12. 31. 신설) 나. 축산업을 주업으로 하지 아니하는 법인이 소유하는 목장용지 (2005. 12. 31. 신설) 4. 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지 (2005. 12. 31. 신설) 가. 「지방세법」 또는 관계 법률의 규정에 의하여 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지 (2005. 12. 31. 신설) 나. 「지방세법」 제182조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 재산세 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지 (2005. 12. 31. 신설) 다. 토지의 이용상황ㆍ관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 감안하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령이 정하는 것 (2005. 12. 31. 신설) 5. 「지방세법」 제182조 제2항 의 규정에 의한 주택부속토지 중 주택이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지 (2005. 12. 31. 신설) 6. 주거용건축물로서 상시주거용으로 사용하지 아니하고 휴양ㆍ피서ㆍ위락 등의 용도로 사용하는 건축물(이하 이 호에서 “별장”이라 한다)과 그 부속토지. 다만, 「지방자치법」 제3조 제3항 및 제4항의 규정에 의한 읍 또는 면에 소재하고 대통령령이 정하는 범위와 기준에 해당하는 농어촌주택과 그 부속토지를 제외하며, 별장에 부속된 토지의 경계가 명확하지 아니한 때에는 그 건축물 바닥면적의 10배에 해당하는 토지를 부속토지로 본다. (2005. 12. 31. 신설) 7. 그 밖에 제1호 내지 제6호와 유사한 토지로서 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 대통령령이 정하는 토지 (2005. 12. 31. 신설) ③ 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어 토지의 취득 후 법령의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. (2005. 12. 31. 신설) ④ 다음 각호의 1에 해당하는 토지 등 양도소득에 대하여는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 미등기 토지 등에 대한 토지 등 양도소득에 대하여는 그러하지 아니하다. (2005. 12. 31. 항번개정) 1. 파산선고에 의한 토지 등의 처분으로 인하여 발생하는 소득 (2001. 12. 31. 신설) 2. 법인이 직접 경작하던 농지로서 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합으로 인하여 발생하는 소득 (2001. 12. 31. 신설) 3. 도시 및 주거환경정비법 그 밖의 법률의 규정에 의한 환지처분 등 대통령령이 정하는 사유로 인하여 발생하는 소득 (2002. 12. 30. 개정 ; 도시 및 주거환경정비법 부칙) ⑤ 제1항 및 제4항에서 “미등기 토지 등”이라 함은 토지 등을 취득한 법인이 그 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 토지 등을 말한다. 다만, 장기할부조건으로 취득한 토지 등으로서 그 계약조건에 의하여 양도 당시 그 토지 등의 취득등기가 불가능한 토지 등 그 밖에 대통령령이 정하는 토지 등을 제외한다. (2005. 12. 31. 개정) ⑥ 토지 등 양도소득은 토지 등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 차감한 금액으로 한다. (2005. 12. 31. 항번개정) ⑦ 제1항 내지 제6항의 규정을 적용함에 있어서 농지ㆍ임야ㆍ목장용지의 범위, 주업의 판정기준, 당해 사업연도에 토지 등의 양도에 따른 손실이 있는 경우 등의 양도소득 계산방법, 토지 등의 양도에 따른 손익의 귀속사업연도 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2005. 12. 31. 개정) ○ 법인세법 시행령 제92조 의 3 【비사업용 토지의 기간기준】 법 제55조의 2 제2항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령이 정하는 기간”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. (2005. 12. 31. 신설) 1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간 (2005. 12. 31. 신설) 가. 양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간 (2005. 12. 31. 신설) 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간 (2005. 12. 31. 신설) 다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. (2005. 12. 31. 신설) 2. 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간 (2005. 12. 31. 신설) 가. 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간 (2005. 12. 31. 신설) 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간 (2005. 12. 31. 신설) 다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. (2005. 12. 31. 신설) 3. 토지의 소유기간이 3년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간 (2005. 12. 31. 신설) 가. 토지의 소유기간에서 2년을 차감한 기간을 초과하는 기간 (2005. 12. 31. 신설) 나. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다. (2005. 12. 31. 신설)