공동투자한 국제운송선박의 운항수입 및 선박 매각손익을 해운소득으로 보아 톤세제도 적용가능 여부

2개의 법인이 공동으로 투자하여 새로운 국제 선박을 취득한 후 조세특례제한법 시행령 제104조의7 제1항에 해당하는 사업을 영위하다가 동 선박을 매각하는 경우에는 조세특례제한법 제104조의10 규정을 적용받을 수 있는 것임

[회신] 국제운송면허를 취득하여 ｢조세특례제한법｣ 제104조의 10 규정을 적용받고 있는 2개의 법인이 공동으로 투자하여 새로운 국제 선박을 취득한 후 같은 법 시행령 제104조의7 제1항에 해당하는 사업을 영위하다가 동 선박을 매각하는 경우에는, 당해 선박의 운항수입 및 매각손익은 해운소득에 해당하는 것이므로 ｢조세특례제한법｣ 제104조의 10 규정을 적용받을 수 있는 것임 [ 관련 첨부서류 ] 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - 조특법 제104조의10에 의하면 톤세제 적용 기업의 해운소득에 대하여 법인세법상 특례를 인정하여 해운소득에 대해서는 선박표준이익을 적용하여 법인세를 신고, 납부하게 하고 있음 ○ 질의요지 - 국제운송면허를 가지고 톤세제를 적용받고 있는 2곳의 해운회사가 공동으로 50%씩 투자하여 새로운 국세선박 1척을 양수하여 운항하다가 양도할 경우 각 해운회사가 선박의 매각부분을 해운소득으로 인정받을 수 있는 지 여부 - 위 공동소유 선박을 운항하여 얻는 운항수입에 대하여 톤세제 적용을 받을 수 있는 지 여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙) ○ 조세특례제한법 제104조 의 10 【해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산 특례】 ① 내국법인 중 「해운법」상 외항운송사업의 영위 등 대통령령이 정하는 요건을 갖춘 해운기업(이하 이 조에서 “해운기업”이라 한다)의 법인세 과세표준은 2009년 12월 31일까지 다음 각 호에 따라 계산한 금액을 합한 금액으로 할 수 있다. (2006. 12. 30. 개정) 1. 외항운송활동과 관련된 대통령령이 정하는 소득(이하 이 조에서 “해운소득”이라 한다)에 대하여는 법인세법 제13조 내지 제54조의 규정에 불구하고 선박별로 다음 산식을 적용하여 계산한 개별선박표준이익의 합계액(이하 이 조에서 “선박표준이익”이라 한다) (2004. 12. 31. 신설) 개별선박표준이익 ＝ 개별선박순톤수 × 1톤당 1운항일이익 × 운항일수 × 사용률 2. 해운소득외의 소득(이하 이 조에서 “비해운소득”이라 한다)에 대하여는 법인세법 제13조 내지 제54조의 규정에 의하여 계산한 금액 (2004. 12. 31. 신설) ② 제1항의 규정에 의한 해운기업의 과세표준 계산의 특례(이하 이 조에서 “과세표준계산특례”라 한다)를 적용받고자 하는 법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 과세표준계산특례 적용을 신청하여야 하며, 과세표준계산특례를 적용받고자 하는 사업연도부터 연속하여 5사업연도(이하 “과세표준계산특례적용기간”이라 한다)동안 과세표준계산특례를 적용받아야 한다. (2004. 12. 31. 신설) ③ 제1항의 규정을 적용함에 있어 비해운소득에서 발생한 결손금은 선박표준이익과 통산하지 아니하며, 해운소득에 대하여는 이 법, 국세기본법 및 조약과 제3조 제1항 각호에 규정된 법률에 의한 비과세ㆍ세액면제ㆍ세액감면ㆍ세액공제 또는 소득공제 등의 조세특례를 적용하지 아니한다. (2004. 12. 31. 신설) ④ 해운소득에 법인세법 제73조 의 규정에 의하여 원천징수된 소득이 포함되어 있는 경우 그 소득에 대한 원천징수세액은 법인세의 산출세액에서 기납부세액으로 공제하지 아니한다. (2004. 12. 31. 신설) ⑤ 과세표준계산특례 적용을 받기 전에 발생한 이월결손금은 제1항 각호의 금액 계산시 공제하지 아니한다. (2004. 12. 31. 신설) ⑥ 과세표준계산특례를 적용받고 있는 법인이 과세표준계산특례적용기간동안 제1항의 규정에 의한 요건을 2사업연도 이상 위반하는 경우에는 2회째 위반하게 된 사업연도부터 당해 과세표준계산특례적용기간의 잔여기간과 다음 5사업연도기간은 과세표준계산특례를 적용받을 수 없다. (2005. 12. 31. 개정) ⑦ 과세표준계산특례를 적용받는 내국법인이 법인세법 제63조 제4항 의 규정에 따라 중간예납을 하는 경우 중간예납의 과세표준은 제1항 내지 제5항의 규정에 의하여 계산한 금액으로 하고, 동법 제63조 제4항 제1호 및 제2호의 규정은 비해운소득과 관련된 부분에 한하여 이를 적용한다. (2004. 12. 31. 신설) ⑧ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 1톤당 1운항일이익은 선박톤수, 해운기업의 운항소득, 법인세 납부실적 및 외국의 운영사례 등을 감안하여 선박의 1톤당 30원을 초과하지 아니하는 범위안에서 대통령령으로 정한다. (2004. 12. 31. 신설) ⑨ 운항일수, 사용률 등 개별선박표준이익의 계산, 과세표준계산특례를 적용받지 아니하고 법인세법을 적용받게 되는 경우 각 사업연도 소득의 계산방법, 구분경리 방법 등 과세표준계산특례 적용에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다 ○ 조세특례제한법 시행령 제104조 의 7 【해운기업에 대한 법인세 과세표준 계산특례의 적용범위】 ① 법 제104조의 10 제1항에서 “「해운법」상 외항운송사업의 영위 등 대통령령이 정하는 요건을 갖춘 해운기업”이라 함은 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 사업을 영위하는 기업으로서 당해 기업이 2년 미만의 기간으로 용선(다른 해운기업이 기획재정부령이 정하는 공동운항에 투입한 선박을 사용하는 경우를 포함한다. 이하 이 조 및 제104조의 8에서 같다)한 외국선박(국적취득조건부 나용선을 제외한다)의 연간운항순톤수(선박의 순톤수에 연간운항일수와 사용률을 곱하여 계산한 톤수를 말한다. 이하 이 조에서 같다)의 합계가 당해 기업이 소유한 선박 등 기획재정부령이 정하는 기준선박의 연간운항순톤수의 합계의 5배를 초과하지 아니하는 기업을 말한다. (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙) 1. 「해운법」 제3조 의 규정에 의한 외항정기여객운송사업 또는 외항부정기여객운송사업 (2005. 2. 19. 신설) 2. 「해운법」 제23조 에 따른 외항정기화물운송사업 또는 외항부정기화물운송사업. 다만, 수산물운송사업을 제외한다. (2007. 11. 30. 개정 ; 해운법 시행령 부칙) ② 법 제104조의 10 제1항 제1호에서 “외항운송활동과 관련된 대통령령이 정하는 소득”이라 함은 제1호 또는 제2호에 해당하는 활동으로 발생한 소득과 제3호에 해당하는 소득(이하 이 조 및 제104조의 8에서 “해운소득”이라 한다)을 말한다. (2005. 2. 19. 신설) 1. 외항해상운송활동 (2005. 2. 19. 신설) 2. 외항해상운송활동과 연계된 활동으로서 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 활동 (2005. 2. 19. 신설) 가. 화물의 유치ㆍ선적ㆍ하역ㆍ유지 및 관리와 관련된 활동 (2005. 2. 19. 신설) 나. 외항해상운송활동을 위하여 필요한 시설의 임대차와 관련된 활동으로서 기획재정부령이 정하는 활동 (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙) 다. 직원의 모집ㆍ교육 및 훈련과 관련된 활동 (2005. 2. 19. 신설) 라. 선박의 취득ㆍ유지ㆍ관리 및 폐기와 관련된 활동 (2005. 2. 19. 신설) 마. 선박의 매각. 다만, 법 제104조의 10 제1항의 규정에 의한 해운기업의 과세표준 계산의 특례(이하 이 조 및 제104조의 8에서 “과세표준계산특례”라고 한다)의 적용이전부터 소유하고 있던 선박의 매각손익은 과세표준계산특례의 적용기간과 「법인세법」의 적용기간별로 안분하여 그 비율에 따라 각각 해운소득과 비해운소득으로 한다. (2005. 2. 19. 신설) 바. 단일운송계약에 의한 기획재정부령이 정하는 복합운송활동 (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙) 사. 가목 내지 바목과 유사한 활동으로 기획재정부령이 정하는 활동 (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙) 3. 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 소득 (2005. 2. 19. 신설) 가. 외항해상운송활동과 관련하여 발생한 「소득세법」 제16조 의 이자소득, 동법 제17조 제1항 제5호의 투자신탁수익의 분배금(이하 이 조에서 “이자소득등”이라 한다) 및 지급이자. 다만, 기업회계기준에 의한 투자자산에서 발생하는 이자소득등과 그 밖에 기획재정부령이 정하는 이자소득등을 제외한다. (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙) 나. 외항해상운송활동과 관련하여 발생한 기업회계기준에 의한 화폐성 외화자산 및 부채를 평가함에 따라 발생하는 원화평가금액과 원화기장액의 차익 또는 차손 (2005. 2. 19. 신설) 다. 외항해상운송활동과 관련하여 상환받거나 상환하는 외화채권ㆍ채무의 원화금액과 원화기장액의 차익 또는 차손 (2005. 2. 19. 신설) 라. 외항해상운송활동과 관련하여 발생하는 차입금에 대한 이자율 변동, 통화의 환율 변동, 운임의 변동, 선박 연료유 등 해운관련 주요 원자재 가격변동의 위험을 회피하기 위하여 체결한 기업회계기준에 의한 파생상품거래로 인한 손익