임차인 소유 건축물의 취득가액 및 철거비용 손금산입 여부

인적분할을 통하여 금융지주회사법에 의한 지주회사로 전환한 내국법인의 지분비율미달자회사 주식을 소유한 내국인 주주가 전환지주회사에 그 지분비율미달자회사의 주식을 현물출자하여 조세특례제한법 제38조의2 제2항에 따라 양도소득세를 과세이연 받은 후 같은 조 제3항 제4호의 사후관리 요건을 위배한 경우, 전환지주회사는 사후관리요건을 위배한 지분비율미달자회사에 대한 자산조정계정의 잔액을 같은 항 본문에 따라 익금에 산입하는 것임

[회신] 「조세특례제한법」제38조의2에 따른 지주회사 현물출자로 과세이연한 지주회사의 지분 매각시 자산조정계정 익금산입 방법에 대해서는 아래 우리청의 해석사례를 참고하시기 바랍니다. □국세청 법규과-185, 2012.02.23. 인적분할을 통하여 「금융지주회사법」에 의한 지주회사로 전환한 내국법인(이하 "전환지주회사"라 함)의 지분비율미달자회사 주식을 소유한 내국인 주주가 전환지주회사에 그 지분비율미달자회사의 주식을 현물출자하여 「조세특례제한법」제38조의2제2항에 따라 양도소득세를 과세이연 받은 후 같은 조 제3항제4호의 사후관리 요건을 위배한 경우, 전환지주회사는 사후관리요건을 위배한 지분비율미달자회사에 대한 자산조정계정의 잔액을 같은 항 본문에 따라 익금에 산입하는 것입니다. 1. 질의내용 요약 가. 사실관계 ○ 주권상장법인인 A법인은 법인세법 제46조제2항 의 요건을 갖춘 적격 인적분할을 통하여 금융지주회사법에 따른 지주회사로 전환 하였으며 ○ 조세특례제한법 제38조의2제1항제1호 에 따른 지분비율미달자회사 B법인, C법인 , D법인의 내국인 주주 갑, 을, 병(갑, 을, 병 모두 법인 세법 시행령 제80조의2제5항에 해당하는 지배주주임)은 각각 소유한 주식을 지주회사에 현물출자하고 같은 법의 과세이연 요건을 충족 하여 현물출자에 따른 양도차익은 과세이연 받음 (단위 : 백만원) | 구 분 | B법인 주식 (상장) | C법인 주식 (상장) | D법인 주식 (비상장) | 과세이연 합계 | | 갑의 양도차익 | 100 | - | 30 | 130 | | 을의 양도차익 | - | 100 | 20 | 120 | | 병의 양도차익 | 20 | 30 | - | 50 | | 합 계 | 120 | 130 | 50 | 300 | | 지주회사가 계상한 자산조정 | 120 | 130 | 50 | 300 | 나. 질의요지 ○ 지분비율미달자회사의 주식을 전환지주회사에 현물출자하고 과세 이연받은 지분비율 미달자회사의 지배주주 중 1인이 현물출자로 취득한 전환지주회사의 주식 50%이상을 처분하 는 경우 ○ 처분한 지배주주와 관련된 지분미달자회사에 대한 자산조정계정만 익금산입하는 것인지 아니면 모든 지분미달자회사에 대한 자산조정계정 전부를 익금산입하는 것인지 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세법령(법률,시행령,시행규칙) ○ 조세특례제한법 제38조 의2【주식의 현물출자 등에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례】 (2010.12.27개정) ① 내국법인의 내국인 주주가 2012년 12월 31일까지 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 주식을 현물출자함에 따라 ｢독점규제 및 공정거래에 관한 법률｣에 따른 지주회사 (｢금융지주회사법｣에 따른 금융 지주회사를 포함한다. 이하 이 조에서 "지주회사"라 한다)를 새로 설립하거나 기존의 내국법인을 지주회사로 전환 하는 경우 그 현물출자로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도 소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다. 1. 지주회사 및 현물출자를 한 주주 중 대통령령으로 정하는 주주가 현물출자로 취득한 주식을 현물출자일이 속하는 사업연도의 종 료일까지 보유할 것 2. 현물출자로 인하여 지주회사의 자회사로 된 내국법인(이하 이 조 에서 "자회사"라 한다)이 현물출자일이 속하는 사업연도의 종료일 까지 사업을 계속할 것 ② 내국법인의 내국인 주주가 현물출자 또는 분할 ( ｢법인세법｣ 제46조제2항 각 호 또는 같은 법 제47조제1항에서 정한 요건을 갖춘 분할만 해당하며, 이하 이 조에서 "분할"이라 한다) 에 의하여 지주 회사로 전환한 내국법인 (제1항에 따라 지주회사로 전환된 내국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 "전환지주회사"라 한다)에 제1항 각 호 및 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 2012년 12월 31일 까지 주식을 현물출자하거나 그 전환지주회사의 자기주식과 교환(이하 이 조 에서 "자기주식교환"이라 한다)하는 경우 그 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 전환지주회사의 주식가액 중 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주 주가 해당 전환지주회사의 주식을 처분할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다. 이 경우 제1항 각 호를 적용할 때 "지주회사"는 "전환지주회사"로, "자회사"는 "지분비율미달자회사"로, "현물출자"는 "현물출자 또는 자기주식교환"으로 본다. 1. 전환지주회사의 주식소유비율이 ｢독점규제 및 공정거래에 관한 법률｣ 제8조 의2제2항제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만인 법인(이하 이 조 에서 "지분비율미달자회사"라 한다)으로서 다음 각 목에 해당하는 법인의 주식을 현물출자하거나 자기주식교환하는 것일 것 가. 전환지주회사가 될 당시 해당 전환지주회사가 출자하고 있는 다른 내국법인 나. 전환지주회사의 분할로 신설·합병되는 법인 및 분할 후 존속하는 법인 2. 전환지주회사가 된 날부터 2년 이내에 현물출자하거나 자기주식교환하는 것일 것 3. 자기주식교환의 경우에는 지분비율미달자회사의 모든 주주가 그 자기주식교환에 참여할 수 있어야 하며, 그 사실을 대통령령으로 정하는 바에 따라 공시하였을 것 ③ 내국법인의 주주가 제1항 또는 제2항에 따라 과세를 이연받은 경우 지주회사(전환지주회사를 포함한다)는 현물출자 또는 자기주식교환 (이하 이 조에서 "현물출자등"이라 한다)으로 취득한 주식의 가액을 장부가액으로 하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정 하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우에는 현물출자등으로 취득한 주식의 장부가액과 현물출자등을 한 날 현재의 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하여야 한다. 이 경 우 제2호의 사유에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따 라 계산한 이자상당액을 법인세 납부금액에 가산하여 납부하여야 한다 . 1. 제1항에 따라 신설되거나 전환된 지주회사 또는 전환지주회사가 지주회사에 해당하지 아니하게 되는 경우. 다만, ｢독점규제 및 공정거래에 관한 법률｣ 등 지주회사의 기준을 정한 법령의 개정으로 지주회사에 해당하지 아니하게 된 경우로서 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다. 2. 전환지주회사가 지주회사로 전환한 날의 다음 날부터 2년이 되는 날까지 지분비율미달자회사의 주식을 ｢독점규제 및 공정거래에 관한 법률｣ 제8조의2제2항 제2호 각 목 외의 부분 본문에서 정한 비율 미만으로 소유하는 경우 3. 자회사(지분비율미달자회사를 포함한다)가 사업을 폐지하는 경우 4. 지주회사(전환지주회사를 포함한다) 또는 현물출자등을 한 주주 중 대통령령 으로 정하는 주주가 현물출자등으로 취득한 주식을 처분하는 경우 ④ 제1항에 따라 주식을 다른 금융지주회사의 지배를 받는 금융지주회사(이하 이 항 에서 "중간지주회사"라 한다)에 이전하거나 중간 지주회사의 주식과 교환함에 따라 양도소득세 또는 법인세의 과세 를 이연받은 주주가 2012년 12월 31일까지 그 주식교환 또는 주식이 전의 대가로 받은 중간지주회사의 주식을 그 중간지 주회사를 지배 하는 금융지주회사의 주식과 교환하는 경우 당초 과세를 이연받은 양도소득세 또는 법인세에 대해서는 제1항에도 불구하고 해당 주주가 그 주식 교환의 대가로 받은 금융지주회사의 주식을 양도할 때까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 다시 과세를 이연받을 수 있다. ⑤ 제1항 각 호(제2항에서 제1항 각 호를 준용하는 경우를 포함한다) 및 제3항제3호· 제4호를 적용할 때 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 주식을 보유하거나 사업을 계속하는 것으로 본다. ○ 조세특례제한법 부칙 제18조【주식의 현물출자 등에 의한 지주 회사 설립등에 대한 과세특례에 관한 적용례】 제38조의 제1항부터 제3항까지, 제5항 및 제6항의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 현물출자 하거나 자기주식과 교환하는 분부터 적용한다. ○ 조세특례제한법 시행령 제35조 의3【지주회사의 설립 등에 대 한 법인의 과세특례】 (2010.12.30. 개정) ① 내국법인의 주주인 법인(내국법인 및 ｢법인세법｣ 제91조제1항 에 따른 외국법인에 한정한다. 이하 이 조에서 같다)이 법 제38조의2제1항 또는 제2항에 따라 보유주식을 지주회사 또는 전환지주회사에 현물출자하거나 지주회사 또는 전환지주 회사의 주식과 교환하고 과세를 이연받는 경우 그 주식의 현물출자 또는 교환 (이하 이 조 및 제35조의4에서 "현물출자등"이라 한다)을 한 날 현재의 그 현물출자등으로 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식가액( ｢법인세법｣ 제52조제2항 의 규정에 따른 시가 평가액을 말한다)에서 그 현물출자등을 한 날 전일의 해당 보유주식의 장부가액을 뺀 금액(그 금액이 해당 보유주식의 시가 에서 장부가액을 뺀 금 액을 초과하는 경우 그 초과한 금액을 제외하며, 이하 이 조에서 " 주식양도차익"이라 한다)을 그 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입한다. 이 경우 그 금액은 해당 주식의 압축기장충당금으로 계상하여야 한다. ② 제1항에 따라 계상한 압축기장충당금은 해당 지주회사 또는 전환지주회사의 주식을 양도(현물출자등으로 인하여 취득한 주식외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 주식의 현물출자등으로 인하여 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다)하는 사업연도에 이를 익금에 산입하되, 일부 주식을 양도하는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 익금에 산입한다 {압축기장충당금×(주식의 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 지주회사 또는 전화지주회사의 주식중 양도한 주식수/주식의 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식수)} ③ 법 제38조의2제1항제1호 및 같은 조 제3항제4호에서 "대통령령으로 정하는 주주"란 현물출자등의 대상이 된 주식을 발행한 법인의 주주 중 ｢법인세법 시행령 ｣ 제80조의 2 제4항에 해당하는 주주등을 말 한다 . (2010.12.30. 신설) ④ 법 제38조의2제1항제2호(같은 조 제2항에서 준용하는 경우를 포함한다) 및 같은 조 제3항제3호에 따른 자회사의 사업 계속 및 폐지 여부의 판정에 관하여는 ｢법 인세법 시행령｣ 제80조의2제6항 및 제80조의4제8항을 준용한다. (2010.12.30. 신설) ⑤ 지주회사 또는 전환지주회사는 법 제38조의2제3항 각 호 외의 부분 전단에 따라 자회사의 주식을 장부가액으로 취득한 경우 현물출자등으로 취득한 자 회사의 주식의 가액을 현물출자등을 한 날 현재의 시 가로 계상하되, 시가에서 자회사의 주식의 장부가액 합계액을 뺀 금액을 자산조정계정으로 계상하여야 한다. 이 경우 계상한 자산조정계정의 처리에 관하여는 제35조의2제9항 후단을 준용한다.(2010.12.30. 신설) ⑥ 법 제38조의2제3항 각 호 외의 부분 전단에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 현물출자등을 한 날이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 3년을 말한다. ⑦ 법인이 제1항에 따라 주식양도차익상당액을 손금에 산입한 후 법 제38조의2 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우 에는 법 제38조의2제3항 각 호 외의 부분 전단에 따라 제5항의 자산조정계정의 잔액(잔액이 0보다 큰 경우에 한정하며, 잔액이 0 보다 작은 경우에는 없는 것으로 본다)을 익금에 산입한다. 이 경우 제5항에 따라 계상한 자산조정계정은 소멸하는 것으로 한다. ⑫ 법 제38조의2제5항에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 법 제38조의2제1항제1호(같은 조 제2항에서 준용하는 경우를 포함 한다) 및 같은 조 제3항제4호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으 로 보는 경우: 지주회사, 전환 지주회사 및 제3항에 따른 주주등이 ｢ 법인세법 시행령｣ 제80조의2제1항제1호 각 목의 어느 하나에 해당 하는 경우 2. 법 제38조의2제1항제2호(같은 조 제2항에서 준용하는 경우를 포함 한다) 및 같은 조 제3항제3호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 지주회사 및 전환지주회사의 자회사가 ｢법인세법 시행령｣ 제80조의2제1항제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 ○ 조세특례제한법 시행령 제35조 의4 【지주회사의 설립 등에 대한 거주자 등의 과세특례】 ⑤ 지주회사 또는 전환지주회사는 제1항에 따라 자법인의 주주인 거주자등의 현물 출자등에 따른 주식과세이연금액에 대하여 양도소 득세를 과세하지 아니한 경우 현물출자등으로 취득한 자법인의 주 식을 자법인의 주주인 거주자등의 취득가액으로 취득한 것으로 한다 ○ 법인세법 시행령 제80조 의2 【적격합병의 요건 등】 ① 법 제44조제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 법 제44조제2항제2호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 가. 제5항에 따른 주주등이 각각 합병으로 교부받은 주식등의 2분의 1 미만을 처분한 경우 ○ 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. (1990.1.13.개정) 1. “사업자”라 함은 제조업, 서비스업, 기타 사업을 행하는 자를 말한다. 사업자의 이익 을 위한 행위를 하는 임원ㆍ종업원ㆍ대리인 기타의 자는 사업자단체에 관한 규정의 적용에 있어서는 이를 사업자로 본다. (1999. 2. 5. 개정) 가. 내지 파. (삭제, 1999. 2. 5.) 1의 2. “지주회사”라 함은 주식(지분을 포함한다. 이하 같다)의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서 자산총액이 대통령령이 정하는 금액 이상인 회사를 말한다. 이 경우 주된 사업의 기준은 대통령령으로 정한다. 1의 3. “자회사”라 함은 지주회사에 의하여 대통령령이 정하는 기준에 따라 그 사업내용을 지배받는 국내회사를 말한다. ○ 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 시행령 제2조 【지주회사의 기준】 ① ｢독점규제 및 공정거래에 관한 법률｣(이하 “법”이라 한다) 제2 조(정의) 제1호의 2 전단에서 “자산총액이 대통령령이 정하는 금액 이상인 회사”란 다음 각 호의 회사를 말한다. 1. 해당 사업연도에 새로이 설립되었거나 합병 또는 분할ㆍ분할합병 ㆍ물적분할 (이하 “분할”이라 한다)을 한 회사의 경우에는 각각 설립등기일ㆍ합병등기일 또는 분할등기일 현재의 대차대조표상 자산총액이 1천억원 이상인 회사 2. 제1호 외의 회사의 경우에는 직전 사업연도 종료일(사업연도 종 료일 이전의 자산 총액을 기준으로 지주회사 전환신고를 하는 경우에는 해당 전환신고 사유의 발생일) 현재의 대차대조표상의 자산총액이 1천억원 이상인 회사 ② 법 제2조 (정의) 제1호의 2 후단에 따른 주된 사업의 기준은 회사가 소유하고 있는 자회사의 주식(지분을 포함한다. 이하 같다) 가액의 합계액(제1항 각 호의 자산총액 산정 기준일 현재의 대차대조표상에 표시된 가액을 합계한 금액을 말한다)이 해당 회사 자산총액의 100분의 50 이상인 것으로 한다. ○ 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제8조 의 2 【지주회사 등의 행위제한 등】 ② 지주회사는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 하여서는 아니된다. 1. 자본총액(대차대조표상의 자산총액에서 부채액을 뺀 금액을 말한다. 이하 같다)의 2배를 초과하는 부채액을 보유하는 행위. 다만, 지주회사로 전환하거나 설립될 당시에 자본총액의 2배를 초과하는 부채액을 보유하고 있는 때에는 지주회사로 전환하거나 설립된 날부터 2년간은 자본총액의 2배를 초과하는 부채액을 보유할 수 있다. 가. (삭제, 2004. 12. 31.) 나. (삭제, 2004. 12. 31.) 다. (삭제, 2004. 12. 31.) 2. 자회사의 주식을 그 자회사 발행주식총수의 100분의 40[자회사가 ｢자본시장과 금융 투자업에 관한 법률｣에 따른 주권상장법인(이하 “상장법인”이라 한다)인 경우, 주식 소유의 분산요건 등 상장요건이 국내 유가증권시장의 상장요건에 상당하는 것으로 공정거래위원회가 고시하는 국외 증권거래소에 상장된 법인 (이하 “국외상장법인”이라 한다)인 경우, 공동출자법인인 경우 또는 벤처지 주회사의 자회사인 경우에는 100분의 20으로 한다. 이하 이 조에서 “자회사 주식보유기준”이라 한다] 미만으로 소유하는 행위. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사유로 인하여 자회사주식 보유기준에 미달하게 된 경우에는 그 러하지 아니하다. (2007. 8. 3. 개정 ; 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 부칙 ; 2009. 2. 4. 시행) (이하 생략) 나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판) ○ 관련사례 없음