공익사업을 위한 수용에 따른 물류시설 이전에 대한 과세특례 적용

토지를 취득한 후 건물을 신축하여 물류사업에 사용하는 경우, 그 토지와 건물(물류시설)을 사업인정고시일로부터 소급하여 5년 이상 사용하였는지 여부를 판단함에 있어 사용 기산일은 그 건물을 실제로 사업에 사용한 날을 기준으로 함

[회신] ｢조세특례제한법｣ 제85조의9 제1항에 따라 ‘공익사업을 위한 수용 등에 따른 물류시설 이전에 대한 과세특례’를 적용함에 있어 토지를 취득한 후 건물을 신축하여 물류사업에 사용하는 경우, 사업인정고시일부터 소급하여 5년 이상 사용하였는지 여부에 대한 판단시에 건물과 부속토지(물류시설)의 사용 기산일은 그 건물을 실제로 사업에 사용한 날을 기준으로 하는 것임 [ 관련 첨부서류 ] 1. 질의내용 요약 ○ 질의요지 조특법 제85조의9 제1항을 적용받기 위해서는 사업인정 고시일 로부터 소급 하여 5년 이상 사용하여야 하는 바, 당사 토지 및 건 물의 과세특례 적용 여부 - 건물 양도관련 갑설) 당해 법인은 사업인정고시일(2008.07.11)로부터 5년 이전에 사업자 등록(2003.01.28)하고 당해 건물을 물류시설로 사용하기 위하여 건물 신축 허가(2003.3.25)를 득하였으므로 과세특례 적용 가능함 을설) 건물은 사업인정고시일(2008.07.11)로부터 소급하여 5년 이상 사용하지 않아 과세특례 적용 불가함 - 토지 양도관련 갑설) 당해 법인은 사업인정고시일(2008.07.11.)로부터 5년 이전에 사업자 등 록(2003.01.28.)하고 당해 토지를 취득(2003.06.30.)하여 취득 전 부터 건축허가 신청하고 물류시설용 부지로 활용하기 위한 제반 활동을 하였으므로 과세특례 적용 가능함 을설) 건물은 사업인정고시일(2008.07.11.)로부터 5년이상 사용 하지 않아 과세특례적용 불가하며, 토지도 건물과 같이 5년이상 사용하지 않은 것으로 보아 과세 특례 적용 불가함 ○ 사실관계 - 당 사는 경기도 화성시에 물류업(창고업)을 영위 하기 위해 설립한 법인임 - 물류시설인 토지와 건물이 공익사업의 사업시행자(한국토지공사)에 수용 됨 * 토지는 2010.5월 보상금 전액수령하고 소유권 이전, 건물은 보상금의 20% 미수령하였으며, 2010.1월 평택시에 대체토지를 취득하여 건축허가 절차 진행중 - 법인설립 및 물류시설 취득․수용관련 현황 ① 2002.12.26 : 토지 계약일 ② 2002.12.30 : 건축허가 신청일 ③ 2003.01.09 : 법인 설립 ④ 2003.01.28 : 사업자 등록일 ⑤ 2003.03.25 : 건축허가일 ⑥ 2003.06.30 : 토지취득(잔금 청산일) ⑦ 2003.11.01 : 사업자등록 상 개업연월일 * 사업자 등록(2003.01.28)시 개업연월일을 2003.11.01로 함 ⑧ 2004.11.02 : 창고건물 사용 승인일 ⑨ 2004.11.27 : 창고건물에 최초 화물보관 개시 ⑩ 2008.07.11 : 사업인정고시일(무류시설이 속한 지역) 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙) ○ 조세특례제한법 제85조의9 【공익사업을 위한 수용 등에 따른 물류시설 이전에 대한 과세특례】 ① 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 공익사업의 시행으로 해당 공익사업지역에서 그 사업인정고시일(사업인 정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 5년 이상 사용한 대통령령으로 정하는 물류시설(이하 이 조에서 "물류시설"이라 한다)을 대통령령으로 정하는 지역으로 이전하기 위하여 그 물류시설의 대지 또는 건물을 그 공익사업의 사업시행자에게 2012년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 양도차익에 상당하는 금액은 다음 각 호의 구분에 따른 방법으로 익금에 산입하지 아니하거나 양도소득세를 분할납부할 수 있다. 1. 내국법인: 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니하는 방법. 이 경우 해당 금액은 양도일이 속하는 사업연도 종료일 이후 3년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 3개 사업연도의 기간 동안 균분한 금액 이상을 익금에 산입하여야 한다. ○ 조세특례제한법 시행령 제79조 의10【공익사업을 위한 수용 등에 따른 물류시설 이전에 대한 과세특례】 ① 법 제85조의9제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 물류시설"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설로서 기획재정부령으로 정하는 것을 말한다. 1. 제조업자가 생산한 제품(제품생산에 사용되는 부품을 포함한다)의 보관ㆍ조립 및 수선 등을 위한 시설 2. 「물류정책기본법」제2조에 따른 물류사업을 하는 자가 보유한 물류시설 ② 법 제85조의9제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 지역"이란 해당 공익사업 시행지역 밖의 지역으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 지역(이하 이 조에서 "지방"이라 한다)을 말한다. 1. 수도권과밀억제권역 2. 부산광역시(기장군은 제외한다)ㆍ대구광역시(달성군은 제외한다)ㆍ광주광역시ㆍ대전광역시 및 울산광역시의 관할 구역. 다만, 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지는 제외한다. 3. 행정중심복합도시등 ⑥ 법 제85조의9제1항이 적용되는 지방이전은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로 한다. 1. 지방물류시설을 취득하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 기존물류시설을 양도하는 경우 2. 기존물류시설을 양도한 날부터 3년(공사의 허가 또는 인가의 지연 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 6년) 이내에 지방물류시설을 취득하여 사업을 개시하는 경우 ○ 조세특례제한법 시행규칙 제32조 의3 【공익사업을 위한 수용 등에 따른 물류시설 이전에 대한 과세특례】 ① 영 제79조의10제1항 각 호 외의 부분에서 "기획재정부령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 구분에 따른 물류시설을 말한다. 1. 물류시설용 건물이 있는 경우: 물류시설용 건물 및 해당 건물의 바닥면적에 「지방세법 시행령」 제131조의2제2항 에 따른 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 범위 안의 부수토지 2 . 물류시설용 건물이 없는 경우: 화물의 운송ㆍ보관ㆍ하역ㆍ조립 및 수선 등에 사용된 토지로서 주무관청으로부터 인가ㆍ허가를 받았거나 신고수리된 면적 이내의 토지 ○ 물류정책기본법 제2조 【정의】 ① 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. 2. "물류사업"이란 화주의 수요에 따라 유상으로 물류활동을 영위하는 것을 업으로 하는 것으로 다음 각 목의 사업을 말한다. 나. 물류터미널이나 창고 등의 물류시설을 운영하는 물류시설운영업 4. "물류시설"이란 물류에 필요한 다음 각 목의 시설을 말한다. 가. 화물의 운송ㆍ보관ㆍ하역을 위한 시설 나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판) ○ 별도의 해석사례 없음