합병관련 세무사항 질의에 대한 회신

불공정한 비율에 의한 합병으로 주주 등인 법인이 특수관계자인 다른 주주에게 이익 분여시 익금에 산입할 분여금액을 계산하는 경우 최대주주 등의 보유주식 등에 대한 할증평가가 적용되지 아니함

[회신] (질의 1) 특수관계자인 법인간에 불공정한 비율에 의해 합병함으로써 주주 등인 법인이 특수관계자인 다른 주주에게 이익을 분여시 주주 등인 법인의 익금에 산입할 금액의 계산은 법인세법 시행령 제89조 제6항에 의하여 상속세 및 증여세법 제38조 및 상속세 및 증여세법 시행령 제28조의 규정을 준용하는 것으로, 귀 질의의 최대주주 등의 보유주식 등에 대한 할증평가 적용여부에 대해서는 아래 재재산-23(2007.1.5.)호를 참고하시기 바라며, (질의 5) 법인세법 제44조 제1항 제1호의 합병평가차익상당액의 손금산입규정을 적용함에 있어서 “합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인” 해당여부는 기존예규(서면2팀-2497, 2004.11.30)를 참고하시기 바랍니다. -「법인세법 시행령」 제88조 제1항 제8호 가목의 규정을 적용함에 있어 주식등의 시가가 불분명할 경우에는 동법 시행령 제89조 제2항에 따라 「상속세 및 증여세법」 제38조 내지 제39조의 2 및 동법 제61조의 규정을 준용하도록 하고 있는바, 피합병법인의 주주가 합병대가로 받는 합병법인의 주식과 관련하여 「상속세 및 증여세법」 제38조의 규정을 적용함에 있어 피합병법인이 보유한 합병법인의 주식에 대하여는 「상속세 및 증여세법」 제63조 제3항의 규정을 적용하지 아니하는 것임. 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - A법인은 ○○○ 판매를 주된 영업으로 하는 비상장회사이며, B법인은 ○○○ 판매를 주된 영업으로 하는 비상장회사임. - A법인 주주는 B법인(지분율 82.0%)․개인주주 갑(18%)으로 구성되었으며, B법인은 개인주주 갑(지분율 30%)외 기타 개인주주로 구성되어 있음. ○ 질의요지 1. 불공정한 합병비율에 의해 합병시 상속세 및 증여세법 제38조 [합병에 따른 이익의 증여]를 적용함에 있어 합병당사법인의 최대주주 등이 보유한 주식에 대한 할증평가 적용여부 2. B법인이 A법인을 흡수합병하는 경우 합병등기일 현재 A법인의 유보사항 중 토지 재평가관련 압축기장충당금(▲100억원)과 유가증권 평가와 관련된 ▲유보(10억원)가 있고, B법인이 A법인을 흡수합병시 A법인의 토지 및 유가증권 평가 관련 ▲유보사항을 승계하지 아니함(압축기장충당금과 유가증권 평가와 관련된 세무조정사항은 선택승계사항임). 피합병법인 청산소득금액 계산시 승계되지 아니한 압축기장충당금 및 유가증권 평가와 관련된 금액은 자기자본가액에서 차감되어 합병등기일 현재 피합병법인 자기자본총액을 감소(=청산소득금액증가)하게 됨. 그러나, 피합병법인의 주주가 받은 합병대가의 총합계액이 자기자본총액에 미달되어 피합병법인의 청산소득에 대한 법인세가 과세되지 아니한 경우 승계되지 아니한 압축기장충당금 및 유가증권 평가관련 유보잔액은 합병법인에게 합병평가차익으로 과세되는지 아니면, 피합병법인의 청산소득금액 계산시 반영되었으므로 소멸되는지 여부 3. A법인을 합병법인, B법인을 피합병법인으로 하여 합병시, B법인보유 A법인의 주식(합병 후 자기주식)을 기업회계기준에 따라 B법인의 A법인주식 지분법평가액(회계상 B법인의 대차대조표 계상액)으로 승계하고 지분법평가 관련 B법인의 세무조정사항(익금불산입 ▲유보 100억원)을 합병법인이 승계하는 경우 합병시 자기주식에 대한 합병평가차익이 발생 여부 4. 질의4와 관련하여 A법인이 B법인을 합병시 B법인이 보유 A법인 주식을 장부가액으로 승계하고, 관련 세무조정사항을 승계할 때 합병평가차익이 발생되지 아니한 것으로 인정되는 경우에 있어 합병과 동시에 자기주식을 소각하는 경우의 세무상 처리 및 자기주식소각손익의 과세여부 5. B법인이 4년간 영위하던 주된 사업인 특장차․중기 제조판매와 관련된 부분을 분할 또는 영업양도 후(분할 또는 영업양도 후에는 A법인의 주식, 현금 및 예금, 차입금만 B법인에 남게 됨) A법인과 합병시 법인세법 제44조 제1항 제1호 해당 여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙) □ 법인세법 시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】 ① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. (2007. 2. 28. 개정) 8. 다음 각목의 1에 해당하는 자본거래로 인하여 주주 등인 법인이 특수관계자인 다른 주주 등에게 이익을 분여한 경우 가. 특수관계자인 법인간의 합병(분할합병을 포함한다)에 있어서 주식 등을 시가보다 높거나 낮게 평가하여 불공정한 비율로 합병한 경우. 다만, 「증권거래법」 제190조 의 2 및 동법 시행령 제84조의 7의 규정에 따라 합병하는 경우를 제외한다. (2006. 2. 9. 단서신설) (이하생략) □ 법인세법 시행령 제89조 【시가의 범위 등】(중략) ⑥ 제88조 제1항 제8호 및 제8호의 2의 규정에 의하여 특수관계자에게 이익을 분여한 경우 제5항의 규정에 의하여 익금에 산입할 금액의 계산에 관하여는 그 유형에 따라 「상속세 및 증여세법」 제38조 ㆍ 제39조ㆍ제39조의 2 ㆍ제39조의 3ㆍ제40조ㆍ제42조 제1항 제3호, 동법 시행령 제28조 제3항 내지 제6항ㆍ제29조 제3항ㆍ제29조의 2 제2항ㆍ제29조의 3 제2항ㆍ제30조 제4항 및 제31조의 9 제2항 제4호 및 제5호 의 규정을 준용 한다. 이 경우 “대주주” 및 “특수관계에 있는 자”는 이 영에 의한 “특수관계자”로 보고, “이익” 및 “대통령령이 정하는 이익”은 “특수관계자에게 분여한 이익”으로 본다. (2008. 2. 22. 개정) □ 상속세 및 증여세법 제38조 【합병에 따른 이익의 증여】 (2003. 12. 30. 제목개정) ① 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 법인의 합병(분할합병을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)으로 인하여 소멸ㆍ흡수되는 법인 또는 신설ㆍ존속하는 법인(이하 “합병당사법인”이라 한다)의 주주(출자자를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)로서 대통령령이 정하는 대주주가 합병으로 인하여 대통령령이 정하는 이익을 받은 경우에는 당해 합병일(합병등기를 한 날을 말한다)에 당해 이익에 상당하는 금액을 그 이익을 얻은 자의 증여재산가액으로 한다. (2003. 12. 30. 개정) (이하생략) □ 상속세 및 증여세법 제63조 【유가증권 등의 평가】 ① 유가증권 등의 평가는 다음 각호의 1에서 정하는 방법에 의한다. 1. 주식 및 출자지분의 평가 (중략) 다. 나목외의 한국증권선물거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분은 당해 법인의 자산 및 수익 등을 감안하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한다. (2007. 12. 31. 개정) (중략) ③ 제1항 제1호 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 대통령령이 정하는 최대주주 또는 최대출자자 및 그와 특수관계에 있는 주주 또는 출자자(이하 이 항에서 “최대주주 등”이라 한다)의 주식 등(평가기준일이 속하는 사업연도전 3년 이내의 사업연도부터 계속하여 「법인세법」 제14조 제2항 의 규정에 의한 결손금이 있는 법인의 주식 등 대통령령이 정하는 주식 등을 제외 한다)에 대하여는 제1항 제1호 및 제2항의 규정에 의하여 평가한 가액에 그 가액의 100분의 20(대통령령이 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 10으로 한다)을 가산하되, 최대주주 등이 당해 법인의 발행주식총수 등의 100분의 50을 초과하여 보유하는 경우에는 100분의 30(대통령령이 정하는 중소기업의 경우에는 100분의 15로 한다)을 가산한다. 이 경우 최대주주 등이 보유하는 주식 등의 계산은 대통령령으로 정한다. (2007. 12. 31. 개정) □ 상속세 및 증여세법 시행령 제53조 【코스닥상장법인의 주식등의 평가 등】 (중략) ⑤ 법 제63조 제3항에서 “대통령령이 정하는 주식등”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우의 당해 주식등을 말한다 . (2002. 12. 30. 개정) (중략) 2. 제28조 내지 제30조의 규정에 의한 이익을 계산하는 경우 (2002. 12. 30. 개정) (이하생략) □ 법인세법 제44조 【합병평가차익상당액의 손금산입】 ① 다음 각호의 요건을 갖춘 합병으로서 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 승계한 자산(대통령령이 정하는 자산에 한한다)의 가액 중 당해 자산에 대한 합병평가차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 합병등기일이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다. (1998. 12. 28. 개정) 1. 합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인간의 합병일 것 (1998. 12. 28. 개정)(이하생략) 나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판) ○ 재재산-23(2007.01.05) - 「법인세법 시행령」 제88조 제1항 제8호 가목의 규정을 적용함에 있어 주식등의 시가가 불분명할 경우에는 동법 시행령 제89조 제2항에 따라 「상속세 및 증여세법」 제38조 내지 제39조의 2 및 동법 제61조의 규정을 준용하도록 하고 있는바, 피합병법인의 주주가 합병대가로 받는 합병법인의 주식과 관련하여 「상속세 및 증여세법」 제38조 의 규정을 적용함에 있어 피합병법인이 보유한 합병법인의 주식에 대하여는 「상속세 및 증여세법」 제63조 제3항 의 규정을 적용하지 아니하는 것임. ○ 서면2팀-2497(2004.11.30) - 1. 질의 1의 경우, 법인세법 제44조 제1항 제1호 의 합병평가차익상당액의 손금산입규정을 적용함에 있어서 “합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인”이란 합병등기일로부터 소급하여 1년 이상 휴업 등 사업을 중단한 바 없이 법인등기부상의 목적사업을 영위한 경우를 말하는 것으로, 당해 목적사업을 영위한 경우에는 독점규제및공정거래에관한법률 또는 금융지주회사법에 의한 지주회사의 업무를 수행한 경우도 포함되는 것이나, 동 규정에 의한 지주회사에 포함되지 아니한 경우로서 다른 일체의 목적사업은 없이 주식운용 및 유가증권투자업만을 목적사업으로 정한 법인이 그 유가증권투자업 등은 명목상일 뿐, 주식의 취득ㆍ매각 및 주식운용부서의 운영상황 등으로 보아 사실상 유가증권투자업 등 사업을 영위한 것으로 보기 어려운 경우에는 법인세법 제44조 제1항 제1호 의 “합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인”에 해당하지 아니한 것으로 귀 질의의 경우는 사실판단하는 것임. (이하생략) ○ 서면2팀-542(2006.03.28) - 법인이 정관 및 등기부등본에 자회사의 보유주식을 목적사업으로 규정하고 주주총회 참여를 통한 의결권 행사, 차입금 원리금 상환, 각종 수수료 지출, 외부감사 수감, 이사회결의에 의한 재무제표의 승인 등을 통해 실질적으로 당해 자회사에게 영향력을 행사함으로써 한국표준산업분류상 지주회사(74230)에 해당하는 사업을 1년이상 계속하여 영위한 경우에는 법인세법 제44조 제1항 제1호 의 요건을 갖춘 것으로 보는 것임. ○ 서면2팀-532(2006.03.23) - 귀 질의의 경우 법인이 정관 및 등기부등본에 자회사의 보유주식을 목적사업으로 규정하고 주주총회 참여를 통한 의결권 행사, 차입금 원리금 상환, 각종 수수료 지출, 외부감사 수감, 이사회 결의에 의한 재무제표 승인 등을 통해 실질적으로 당해 자회사에게 영향력을 행사함으로써 한국표준산업분류상 지주회사(74230)에 해당하는 사업을 1년 이상 계속하여 영위한 경우에는 법인세법 제44조 제1항 제1호 의 요건을 갖춘것으로 보는 것임.