연구・인력개발비의 준비금 손금산입 및 세액공제 중복적용 여부

모든 법인이 연구・인력개발준비금을 설정하고 같은 법 시행령 별표6에 해당하는 비용을 지출한 경우 준비금을 사용한 것으로 보며, 동 비용은 연구・인력개발비 세액공제 대상임

[회신] 귀 질의의 경우 (아래)동일한 질의에 대해 회신한 사례가 있어 이를 보내드리니 참고하시기 바랍니다. * 법인세과-874(2009.7.31) 내국법인이 2009.1.1 이후 최초로 개시하는 사업연도부터 「조세특례제한법」 제9조(2008.12.26. 법률 제9272호로 신설된 것)에 의한 연구․인력개발준비금을 설정하고 같은 법 시행령 별표6에 해당하는 비용을 지출한 경우 당해 비용은 중소기업 해당여부에 불구하고 같은 조 제2항제1호에서 규정하는 준비금에 사용한 것으로 보는 것이며, 또한 당해 비용이 같은 법 제10조의 연구․인력개발비에 대한 세액공제 대상인 경우 동 세액공제를 적용할 수 있는 것임. [ 관련 첨부서류 ] 1. 질의내용 요약 ○ 질의내용 이 경우 모든 법인이 준비금 설정 대상인지 여부 및 동 준비금을 연구인력개발비로사용한 경우 연구인력개발비 세액공제 대상이 되는지 여부 ○ 사실관계 「조세특례 제한법」 제9조(2008.12.26. 법률 제9272호로 신설된 것)에 의한 연구․인력 개발준비금을 설정하고 같은 법 시행령 별표6에 해당하는 비용을 지출함 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙) ○ 조세특례제한법 제9조【연구ㆍ인력개발준비금의 손금산입】 ① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구ㆍ인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구ㆍ인력개발준비금을 적립한 경우에는 해당 과세연도의 수입금액( 「법인세법」 제43조 의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다. ② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구ㆍ인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다. 1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구ㆍ인력개발에 필요한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구ㆍ인력개발비"라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다. 2. 손금에 산입한 준비금이 제1호에 따라 익금에 산입할 금액을 초과하면 그 초과하는 부분에 상당하는 준비금은 그 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. 다만, 준비금을 손금에 산입한 후 사업계획 등이 변경되어 연구ㆍ인력개발에 사용하지 아니하게 된 금액은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도 전에 익금에 산입할 수 있다. ③ 제1항에 따라 손금에 산입한 연구ㆍ인력개발준비금이 있는 내국인에게 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하면 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한 연구ㆍ인력개발준비금 전액을 익금에 산입한다. 1. 해당 사업을 폐업하였을 때 2. 법인이 해산하였을 때. 다만, 합병 또는 분할(분할합병을 포함한다)로 인하여 해산하는 경우로서 합병법인, 분할로 인하여 신설되는 법인 또는 분할합병의 상대방 법인이 해당 연구ㆍ인력개발준비금을 승계한 때에는 그러하지 아니하다. ④ 제2항제2호 또는 제3항에 따라 연구ㆍ인력개발준비금을 익금에 산입하는 경우 해당 준비금 중 연구ㆍ인력개발에 사용하지 아니한 금액에 상당하는 준비금에 대해서는 해당 과세연도 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며 해당 세액은 「소득세법」 제76조 또는 「법인세법」 제64조 에 따라 납부하여야 할 세액으로 본다. ⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육ㆍ훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다. ⑥ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 연구ㆍ인력개발준비금 명세서를 제출하여야 한다. 나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판) ○ 법인세과-874(2009.7.31) 내국법인이 2009.1.1 이후 최초로 개시하는 사업연도부터 「조세특례 제한법」 제9조(2008.12.26. 법률 제9272호로 신설된 것)에 의한 연구․인력 개발준비금을 설정하고 같은 법 시행령 별표6에 해당하는 비용을 지출한 경우 당해 비용은 중소기업 해당여부에 불구하고 같은 조 제2항제1호에서 규정하는 준비금에 사용한 것으로 보는 것이며, 또한 당해 비용이 같은 법 제10조의 연구․인력개발비에 대한 세액공제 대상인 경우 동 세액공제를 적용할 수 있는 것임.