미등기 양도시 토지 등 양도소득에 대한 과세특례 적용여부 등

내국법인이「소득세법」제104조의2제2항에 따른 지정지역 이외의 비사업용 토지(미등기 토지 포함)를 2009년3월16일부터 2010년12월31일까지 양도하는 경우「법인세법」제55조의2 제1항제3호를 적용하지 않는 것임

[회신] 1. 내국법인이「소득세법」제104조의2제2항에 따른 지정지역 이외의 비사업용 토지(미등기 토지 포함)를 2009년3월16일부터 2010년12월31일까지 양도하는 경우「법인세법」제55조의2 제1항제3호를 적용하지 않는 것임 2.「사립학교법」에 의한 학교법인이 처분일 현재 고유목적사업에 3년 이상 사용하지 않은 고정자산을 처분함으로 인하여 생기는 수입은 수익사업에서 생기는 소득에 해당하는 것임 3.「사립학교법」에 의한 학교법인은 2009년12월31일 이전에 끝나는 사업연도까지 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있으며, 동 준비금을 고유목적사업회계로 전출한 시점에 준비금을 고유목적사업에 사용한 것으로 보는 것임 4.비영리내국법인이 별도 사업장에서 수익사업인 주택임대사업을 영위하면서 그 사업장에 사업자등록을 하지 않고 당해 주택임대 용역에 대하여 비영리법인의 고유번호로 계산서를 교부하는 경우「법인세법」제76조제9항에 의한 가산세가 적용되는 것임 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - 학교법인 A가 농지를 취득하였으나, 농지취득자격증명이 발급되지 않아 취득농지에 대하여 등기를 하지 못하고 있는 상태에서 ’09.5월 농지가 ○○시에 수용되어 보상금을 수령함 - A는 ○○구 ○○동에 APT를 보유하고 있으며, 동 주택은 임대용으로 사용하고 있음 ○ 질의요지 (질의1) 미등기 상태에서 농지가 수용된 경우 비사업용 토지 등에 대한 과세특례가 적용되는지 (질의2) 토지보상금 수익이 수익사업에 해당하는지 (질의3) 수익사업소득금액을 학교회계로 전출하는 방법은 (질의4) 주택임대 수입에 대하여 계산서를 학교로 교부된 고유번호로 발행한 경우 가산세 대상인지 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세법령(법, 시행령, 시행규칙) ○ 법인세법 제55조의2 【토지등양도소득에 대한 과세특례】 ① 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의2에서 "토지등"이라 한다)을 양도한 경우에는 당해 각호에 의하여 계산한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정 중 2 이상에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 세액을 적용한다. 1. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산을 2010년 12월 31일까지 양도한 경우에는 그 양도소득에 100분의 10을 곱하여 산출한 세액 가. 「소득세법」 제104조의2제2항 에 따른 지정지역 안의 부동산으로서 제2호에 따른 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 나. 「소득세법」 제104조의2제2항 에 따른 지정지역 안의 부동산으로서 제3호에 따른 비사업용 토지 다. 그 밖에 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있어 부동산가격의 안정을 위하여 필요한 경우에 대통령령으로 정하는 부동산 2. 대통령령이 정하는 주택(그 부수토지를 포함한다)을 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 3. 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지등의 양도소득에 100분의 30(미등기 토지등의 양도소득에 대하여는 100분의 40)을 곱하여 산출한 세액 ⑧ 토지등을 2010년 12월 31일까지 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제1항제2호 및 제3호를 적용하지 아니한다. <신설 2009.5.21 부칙> ○ 법인세법 부 칙 (2009. 5. 21. 법률 제9673호) 제1조 【시행일】 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 제2조 【토지등 양도소득에 대한 과세특례에 관한 적용례】 제55조의 2의 개정규정은 2009년 3월 16일 이후 최초로 양도하는 분부터 적용한다. 제3조 【외국법인의 국채등 이자ㆍ양도소득에 대한 과세특례에 관한 적용례】 제93조의 2의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 지급 또는 양도하는 분부터 적용한다. 제4조 【토지등 양도소득에 대한 과세특례에 관한 특례】 2009년 3월 16일부터 2010년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제55조의 2 제1항 제2호 및 제3호를 적용하지 아니한다. ○ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】 ① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 이를 부과한다. (2008. 12. 26. 개정) 1. 각 사업연도의 소득 (1998. 12. 28. 개정) 2. 청산소득 (1998. 12. 28. 개정) 3. 제55조의 2 및 제95조의 2에 따른 토지등 양도소득 (2008. 12. 26. 신설) ③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (2008. 12. 26. 개정) 1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것 (1998. 12. 28. 개정) 2. 「소득세법」 제16조 제1항 에 따른 이자소득 (2008. 12. 26. 개정) 3. 「소득세법」 제17조 제1항 에 따른 배당소득 (2008. 12. 26. 개정) 4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입 (1998. 12. 28. 개정) 5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 (1998. 12. 28. 개정) ○ 법인세법 제76조 【가산세】 ⑨ 납세지 관할세무서장은 법인(대통령령이 정하는 법인을 제외한다)이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액의 100분의 1에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 때에도 가산세는 징수하고, 제2호의 규정이 적용되는 부분에 대하여는 제1호의 규정을 적용하지 아니하며, 「부가가치세법」 제22조제2항 부터 제5항까지의 규정에 따라 가산세가 부과되는 부분을 제외한다. <개정 2001.12.31 부칙, 2005.12.31 부칙, 2006.12.30 부칙, 2008.12.26 부칙> 1. 제121조제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 계산서를 교부하지 아니한 경우 또는 교부한 분에 대한 계산서에 대통령령이 정하는 기재하여야 할 사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우 2. 제121조제5항의 규정에 의하여 매출ㆍ매입처별계산서합계표를 동조에 규정된 기한내에 제출하지 아니하거나 제출한 경우로서 그 합계표에 대통령령이 정하는 기재하여야 할 사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우 3. 제120조의3제1항의 규정에 따라 매입처별세금계산서합계표를 동조에 따른 기한 이내에 제출하지 아니하거나 제출한 경우로서 그 매입처별 세금계산서합계표에 대통령령이 정하는 적어야 할 사항의 전부 또는 일부를 적지 아니하거나 사실과 다르게 적은 경우 ○ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】 ② 법 제3조 제3항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. (2009. 2. 4. 개정) ○ 법인세법 시행령 제154조 【사업자등록】 ① 법 제111조 제1항의 규정에 의하여 등록을 하고자 하는 법인은 사업장마다 당해 사업의 개시일부터 20일내에 사업자등록신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (1998. 12. 31. 개정) ② 「부가가치세법 시행령」 제7조 내지 제13조의 규정은 제1항의 등록에 관하여 이를 준용한다. (2005. 2. 19. 개정) ③ 국세청장은 사업자등록번호를 교부하지 아니하는 법인에 대하여는 고유번호를 부여하여야 한다. (1998. 12. 31. 개정) ○ 법인세법 시행규칙 제76조 【비영리법인의 구분경리】 ④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 「조세특례제한법」 제74조 제1항 제1호 의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다. (2005. 2. 28. 후단개정) ○ 조세특례제한법법 제74조 【고유목적사업준비금의 손금산입특례】 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인에 대하여는 2009년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 「법인세법」 제29조 를 적용하는 경우 같은 조 제1항 제4호에도 불구하고 해당 법인의 수익사업(이 항 제4호 및 제5호의 경우에는 해당 사업과 해당 사업 시설에서 그 시설을 이용하는 자를 대상으로 영위하는 수익사업만 해당한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다. (2008. 12. 26. 개정) 1. 「사립학교법」에 따른 학교법인, 「산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단 및 「평생교육법」에 따른 원격대학 형태의 평생교육시설을 운영하는 「민법」 제32조 에 따른 비영리법인 (2008. 12. 26. 개정) ○ 국세기본법 시행령 제8조 【법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인 등】 ③ 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻은 법인격이 없는 단체에 대하여는 승인과 동시에 「부가가치세법 시행령」 제8조 제2항 에 규정된 고유번호를 부여하여야 한다. 다만, 당해 단체가 수익사업을 영위하고자 하는 경우로서 「법인세법」 제111조 의 규정에 의하여 사업자등록을 하여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2005. 5. 31. 개정) 나. 관련사례(예규, 해석사례, 심사, 심판 등) ○ 법인-411, 2009.04.08 비영리내국법인이 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업( 「법인세법 시행령」 제2조 제1항 의 규정에 해당하는 수익사업은 제외)에 직접 사용한 고정자산을 양도한 경우에는 「법인세법」 제3조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제2조 제2항의 규정에 따라 법인세를 과세하지 아니하는 것이며, 공부상 등기가 법인의 명의로 되어 있지 아니하더라도 사실상 당해 법인이 취득하였음이 확인되는 경우에는 이를 법인의 자산으로 보는 것이나, 귀 질의가 이에 해당하는지 여부는 사실 판단할 사항임. ○ 법인22631-3, 1992.01.09 법인이 토지수용법 제51조의 규정에 의하여 지급받는 보상금의 귀속시기는 동 보상금의 지급이 확정된 날이 속하는 사업연도임. ○ 서면4팀-1900, 2004.11.24 귀 (질의 1)의 경우 토지수용법 기타 법률의 규정에 의하여 사업시행자에게 양도되는 토지의 양도시기는 보상금에 대한 협의가 성립되어 보상금을 수령하였거나 재결보상금 및 공탁금을 이의없이 수령한 경우에는 보상금수령일 또는 공탁일이 되는 것임 ○ 서면2팀-1370, 2006.07.20 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 수익사업에 대한 각 사업연도 소득금액계산시 「법인세법」 제29조 의 규정에 의하여 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 비영리사업회계에 전출하는 경우에는 전출시점에서 고유목적사업에 사용한 것으로 보는 것임. ○ 서이46012-10031, 2001.08.28 비영리법인이 수익사업을 개시하는 때에는 법인세법 제110조 의 규정에 따라 수익사업개시신고를 하여야 하는 것이고, 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 법인세법 제121조 의 규정에 따라 계산서를 교부하여야 하는 것임.