퇴직과학기술자 인건비에 대한 연구・인력개발비 세액공제 가능 여부

｢조세특례제한법｣ 시행규칙 제7조에서 규정하는 전담부서에서 연구개발 과제를 전업적으로 수행하는 연구요원의 경우에는 근무시간에 상관없이 그 지급한 인건비에 대하여 ｢조세특례제한법｣ 제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 있는 것임

[회신] ｢조세특례제한법｣ 시행규칙 제7조에서 규정하는 전담부서에서 연구개발 과제를 전업적으로 수행하는 연구요원의 경우에는 근무시간에 상관없이 그 지급한 인건비에 대하여 ｢조세특례제한법｣ 제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 있는 것입니다. [ 관련 첨부서류 ] 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - 질의 법인은 기술개발촉진법상 인가를 받아 기업부설연구소를 운영하고 있으며, 교육 과학기술부에서 시행하는 「퇴직과학자 활용 중소기업 기술역량 확충 사업」의 일환 으로 퇴직과학자를 고용하여 연구전담업무에 종사하고 있음 ․ 근무형태 : ‘주2일 16시간’의 근로계약 체결 ․ 지급임금 : 월 250만원(정부지원금 200만원, 자기부담 50만원) ․ 업무분야 : 연구전담업무(질의법인의 프로젝트 전담) ․ 근 로 자 : 1944년생으로 KAIST에서 정년퇴임한 퇴직연구원 ○ 질의요지 - 퇴직과학자 고용하여 ‘주2일 16시간’의 근로형태로 지급하는 임금도 조세특례제한법 제10조 연구·인력개발비에 대한 세액공제가 가능한지 여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙) ○ 조세특례제한법 제9조 【연구ㆍ인력개발준비금의 손금산입】 ① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력 개발(이하 "연구ㆍ인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구ㆍ인력개발준비금을 적립한 때에는 해당 과세연도의 수입금액(「법인세법」 제43조의 기업 회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다. ② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구ㆍ인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다. 1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구ㆍ인력개발에 필요한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구ㆍ인력개발비"라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다. ○ 조세특례제한법 시행령 제8조 【연구 및 인력개발준비금의 범위 등】 ① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발활동 및 인력개발활동을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다. ~ 이하생략 ~ ○ 조세특례제한법 시행령 [별표 6] 연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용 (제9조제2항관련) | 시행령 [별표 6] <개정 2008.10.7> | | 연구·인력개발비세액공제를 적용받는 비용 (제9조제2항관련) | | 구분 | 비용 | | | | | 1. 기술개발 | 가. 자체기술개발 ① 기술개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 전담부서(이하 "전담부서"라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령이 정하는 자의 인건비 ~ 이하생략 ~ | ○ 조세특례제한법 제10조 【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】 ① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업 (이하 “소비성서비스업”이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. ~ 이하생략 ~ ○ 조세특례제한법 시행령 제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】 ① 법 제10조 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령이 정하는 소비성서비스업” 이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(이하 “소비성서비스업” 이라 한다)을 말한다. (2007. 2. 28. 신설) 1. 호텔업 및 여관업(「관광진흥법」에 따른 관광숙박업을 제외한다) (2007. 2. 28. 신설) 2. 주점업(일반유흥주점업, 무도유흥주점업 및 「식품위생법 시행령」 제7조 에 따른 단란주점 영업에 한하며, 「관광진흥법」에 따른 외국인전용유흥 음식점업 및 관광유흥음식점업을 제외한다) (2007. 2. 28. 신설) 3. 그 밖에 오락ㆍ유흥 등을 목적으로 하는 사업으로서 기획재정부령이 정 하는 사업 (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙) ② (삭제, 2009. 2. 4.) ③ ～ 이하생략 ～ ○ 조세특례제한법 시행규칙 제7조 【연구 및 인력개발비의 범위】 ① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은 「기술 개발촉진법 시행규칙」 제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서” 라 한다)를 말한다. (2008. 4. 29. 직제개정) ② 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목 ①에서 “기획재정부령이 정하는 자”라 함은 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구 업무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로서 영 제13조 제8항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다. (2008. 4. 29. 직제개정) 1. 부여받은 주식매수선택권을 모두 행사하는 경우 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하게 되는 자 2. 당해 법인의 주주로서 「법인세법 시행령」 제43조 제7항 에 따른 지배 주주등 및 당해 법인의 총발행주식의 100분의 10을 초과하여 소유하는 주주 3. 제2호에 해당하는 자(법인을 포함한다)와 「소득세법 시행령」 제98조 제1항 또는 「법인세법 시행령」 제87조 제1항 에 따른 특수관계에 있는 자. 이 경우 「법인세법 시행령」 제87조 제1항 제6호 를 적용함에 있어서 같은 호 중 "100분의 50"은 각각 "100분의 30"으로 보며, 「법인세법 시행령」 제87조 제1항 제7호에 해당하는 자가 당해 법인의 임원인 경우를 제외한다. ～ 이하생략 ～ ○ 기술개발촉진법 시행규칙 제7조 【기업부설연구소의 신고 등】 ① 영 제15조 제1항 제3호에서 “과학기술부령이 정하는 과학기술분야연구 기관의 연구원이 창업한 연구개발형 중소기업”이라 함은 법 제7조 제1항 제1호ㆍ제5호 및 제7호의 규정에 의한 연구기관에 소속된 연구원이 퇴직한 후 3년 이내에 창업한 연구개발형 중소기업을 말한다. ② 영 제15조 제1항에 따라 기업부설연구소로 인정을 받으려는 자는 별지 제7호 서식에 따른 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 협회장에게 제출(정보 통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다. 1. 연구사업개요서 1부 2. 연구소의 조직 및 직원 현황 1부 3. 연구시설명세서 1부 4. 「연구실 안전환경 조성에 관한 법률」 제13조 제2항 에 따라 작성한 안전 및 유지관리비 내역서(연구원 총수가 10인 이상인 기업부설연구소에 한한다) 5. 「연구실 안전환경 조성에 관한 법률」 제14조 제1항 에 따라 가입한 보험의 가입증명서(연구원 총수가 10인 이상인 기업부설연구소에 한한다) 6. 중소기업자가 설립한 기업부설연구소임을 입증하는 서류(중소기업자가 설립한 기업부설연구소에 한한다) 7. 벤처기업자가 설립한 기업부설연구소임을 입증하는 서류(「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제25조에 따른 확인서류를 말하며, 벤처기업자가 설립한 기업부설연구소에 한한다) 8. 제1항의 규정에 의한 연구기관의 연구원이 창업한 연구개발형 중소기업의 부설연구소임을 입증하는 서류 1부(연구기관의 연구원이 창업한 연구 개발형 중소기업의 부설연구소에 한한다) ③ 협회장은 제2항의 규정에 의한 신고를 받고 기업부설연구소로 인정하는 때에는 별지 제8호 서식에 의한 기업부설연구소인정서를 교부하여야 한다. (협회 - 한국산업기술진흥협회, 3460-9016) ④ 영 제15조 제1항의 규정에 의한 기업부설연구소의 신고에 관하여 그 밖의 필요한 사항은 과학기술부장관이 따로 정하여 고시한다. ○ 조특법 기본통칙 9-8…1 【연구 및 인력개발준비금의 사용기준 등】 ① 영 별표5 및 별표6에서 규정하는 용어의 정의 및 그 적용범위는 다음 각호와 같다. 1. "인건비"라 함은 명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용을 말하며, 소득세법 제22조 의 퇴직소득에 해당하는 금액 및 퇴직급여충당금전입액을 포함하지 아니한다. 2. 자체기술개발을 위한 비용 중 ②의 "연구"라 함은 기술개발촉진법 제2조 제1호 의 "기술개발"을 말한다. 3. 자체기술개발을 위한 비용에는 전담부서에서 사용하는 사무용품비등 소모품비와 복리후생비를 포함하지 아니한다. ② 영 별표 5의9. 신기술사업금융업자 등 출자란에서 "출자금"이라 함은 최초로 직접 출자한 금액을 말하며, 직접 출자한 자로부터 주식을 양수함에 따라 소요된 금액은 동 출자금의 범위에 포함하지 아니한다. 나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판) ○ 서면2팀-894, 2008.05.09, 서면2팀-2279, 2006.11.09 외 다수 「조세특례제한법」 제10조 의 ［연구 및 인력개발비에 대한 세액공제］를 적용하기 위한 연구요원은 ‘과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구 업무를 직접적으로 지원하는 자’(주주인 임원으로서 시행령 제13조 제8항 각호의 1에 해당하는 자를 제외)를 대상으로 하는 것으로, 같은 법 시행규칙 제6조 제1항에 의한 기업부설연구소 또는 연구개발 전담부서 확인을 받은 이후 실질상 전업적으로 연구개발 관련업무에 종사한 직원을 포함하는 것임 ○ 서면2팀-62, 2007.1.9 전담부서에서 근무하는 ‘연구요원의 인건비’라 함은 그 명칭여하에 불구하고 급여의 성격을 지닌 비용을 말하는 거이므로 비과세 근로소득도 연구요원의 인건비에 해당됨 ○ 서면2팀-1985, 2007.11. 1 ‘인건비’라 함은 명칭여하에 불구하고 근로의 제공으로 인하여 지급하는 비용을 말 하며, 소득세법 제22조 의 퇴직소득에 해당하는 금액 및 퇴직급여충당금전입액을 포함 하지 아니함. ○ 법인-323, 2009.3.24 과학기술부장관에게 연구개발전담부서로 적법하게 신고하기 전에 동 전담부서에서 발생한 비용은 「조세특례제한법」 제10조 의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 없는 것임. ○ 서면2팀-474, 2007.3.21 기업부설연구소와 기업내의 연구개발전담부서의 적법한 신고 전에 발생한 비용은 연구 및 인력개발비 세액공제를 받을 수 없음