혁신도시 개발예정지구 내 공장의 지방이전 과세특례에 대한 회신

혁신도시 개발예정지구 내 공장을 지방으로 이전하는 경우 지방공장의 면적이 기존공장 면적대비 240% 이상인 경우에는 ｢조세특례제한법｣ 제85의2 제1항의 과세특례를 적용받을 수 없으며, 같은 조 제3항의 감면은 이전후의 공장면적과 관계없이 2009.1.1. 이후 지방이전하여 사업을 개시하는 경우에 적용

[회신] 내국법인이 혁신도시 개발예정지구 내 공장을 지방으로 이전하는 경우에 있어서 지방공장의 면적이 기존공장 면적대비 240% 이상인 경우에는 ｢조세특례제한법｣ 제85의2 제1항에 따른 과세특례를 적용할 수 없으며, 같은 조 제3항에 따른 감면은 이전후의 공장면적과는 관계없이 2009.1.1. 이후 지방으로 이전하여 사업을 개시하는 경우에 한하여 적용하되, 같은 법 시행령 제54조 제2항 규정에 따라 이전하기 전의 공장에서 영위하던 업종과 동일한 업종에서 발생한 소득을 감면대상으로 하는 것입니다. [ 관련 첨부서류 ] 1. 질의내용 요약 가. 사실관계 - 내국법인 A는 혁신도시 개발예정지구 내인 ○○시 ○○면 ○○리 소재 공장(부속토지 5,901㎡, 건물 2,588㎡, 이하 ‘기존공장’이라 함)을 소유하면서 사업을 영위하다가 2007.12.28 기존공장이 공공용지로 수용됨 - 2008.12.24. 혁신도시 개발예정지구 밖인 ××시 ××면 ××리에 공장을 신축(부속토지 23,156㎡, 건물 8,931㎡)하고 이전하여 기존과 동일한 사업을 영위하고 있음 나. 질의요지 - 질의1) 내국법인이 ｢조세특례제한법｣ 제85조의2 및 같은 법 시행령 제79조의3 제2항 제3호의 규정에 의한 지방공장의 면적비율을 계산함에 있어서 지방공장의 면적이 기존공장 면적의 240% 이상인 경우에도 과세특례(이연)를 적용받을 수 있는지 여부 - 질의2) 기존공장 면적의 2.4배를 초과하는 면적의 지방공장을 취득한 경우에도 이전 후의 공장에서 발생한 전체소득에 대하여 제한 없이 ｢조세특례제한법｣ 제85조의2 제3항 규정에 따른 법인세 감면을 받을 수 있는지 여부 - 질의3) 당사와 같이 혁신도시 개발예정지구 내에서 기존공장을 양도하고 2008.12.24. 지방공장으로 이전하여 사업을 영위하는 경우에도 ｢조세특례제한법｣ 제85조의2 제3항 규정에 따른 법인세 감면규정을 적용받을 수 있는지 여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙) ○ 조세특례제한법 제85조 의2 【행정중심복합도시ㆍ혁신도시 개발예정지구 내 공장의 지방이전에 대한 과세특례 <개정 2007.12.31>】 ① 「신행정수도 후속대책을 위한 연기ㆍ공주지역 행정중심복합도시 건설을 위한 특별법」에 따른 행정중심복합도시 예정지역 또는 「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」에 따른 혁신도시 개발예정지구(이하 이 조에서 "행정중심복합도시등"이라 한다) 안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국인이 대통령령이 정하는 행정중심복합도시등 밖(이하 이 조에서 "지방"이라 한다)으로 이전하기 위하여 해당공장의 대지와 건물을 2009년 12월 31일 이전까지 동법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 양도차익에 상당하는 금액에 대하여는 다음 각 호에 해당하는 방법에 따라 익금에 산입하지 아니하거나 과세이연을 받을 수 있다. <개정 2007.12.31 부칙> 1. 내국법인 : 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 해당사업연도의 소득금액계산의 경우 익금에 산입하지 아니하는 방법. 이 경우 해당금액은 양도일이 속하는 사업연도종료일 이후 5년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 5개 사업연도의 기간 동안 균등액 이상을 익금에 산입하여야 한다. 2. 거주자 : 대통령령이 정하는 바에 따라 과세이연을 받는 방법 ② 제1항의 규정을 적용받은 내국인이 대통령령이 정하는 바에 따라 지방으로 이전하지 아니하거나 해당공장 양도일부터 3년 이내에 해당사업을 폐지 또는 해산한 경우에는 해당사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산의 경우 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 익금에 산입하거나 과세이연받은 세액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 이 경우 익금에 산입하거나 양도소득세로 납부하여야 할 금액에 대하여는 제33조제3항 후단의 규정을 준용한다. ③ 행정중심복합도시등에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하던 내국인이 지방으로 이전하여 사업을 개시하는 경우 이전사업에서 발생하는 소득에 대하여는 이전일 이후 최초로 소득이 발생한 날이 속하는 과세연도(이전일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지 이전사업에서 발생하는 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. <신설 2008.12.26 부칙> ④ 제1항 및 제2항의 규정을 적용하는 경우 양도차익명세서의 제출 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2008.12.26 부칙> ⑤ 제3항을 적용받으려는 내국인은 해당 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서를 제출하여야 한다. <신설 2008.12.26 부칙> ○ 조세특례제한법 시행령 제79조 의3 【행정중심복합도시ㆍ혁신도시 개발예정지구 내 공장의 지방이전에 대한 과세특례 <개정 2008.2.22>】 ① 법 제85조의 2 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령이 정하는 행정중심복합도시등 밖"이란「신행정수도 후속대책을 위한 연기ㆍ공주지역 행정중심복합도시 건설을 위한 특별법」제2조에 따른 행정중심복합도시 예정지역 또는「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」에 따른 혁신도시 개발예정지구(이하 이 조 및 제79조의 8에서 "행정중심복합도시 등"이라 한다) 밖으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 지역(이하 이 조에서 "지방"이라 한다)을 말한다. (2008.2.22. 개정) 1. 수도권과밀억제권역 2. 부산광역시(기장군을 제외한다)ㆍ대구광역시(달성군을 제외한다)ㆍ광주광역시ㆍ대전광역시 및 울산광역시의 관할구역. 다만,「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 따라 지정된 산업단지를 제외한다. ② 법 제85조의 2 제1항 제1호 전단에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액"이라 함은 제1호의 금액에 제2호 및 제3호의 율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (2007.2.28. 신설) 1. 행정중심복합도시 등에 소재하는 공장(이하 이 조에서 "기존공장"이라 한다)의 양도가액에서 장부가액과 직전 사업연도종료일 현재「법인세법」제13조 제1호에 따른 이월결손금의 합계액을 차감한 금액 (2008.2.22. 개정) 2. 기존공장의 양도가액 중 지방에 소재하는 공장(이하 이 조에서 "지방공장"이라 한다)의 취득(지방에서 공장을 준공하여 취득하는 경우를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)가액이 차지하는 비율(100분의 100을 한도로 한다) 3. 지방공장의 면적비율: 다음 산식에 따른 비율(100분의 100을 한도로 한다) 지방공장의 면적－기존공장 면적의 100분의 120에 상당하는 면적 1 － ────────────────────────────── 기존공장 면적의 100분의 120에 상당하는 면적 ③ 생략 ④ 제2항 및 제3항을 적용하는 경우 기존공장의 양도일이 속하는 과세연도종료일까지 지방공장을 취득하지 아니한 경우 지방공장의 취득가액 및 면적은 이전(예정)명세서상의 예정가액 및 취득예정면적에 따른다. (2007.2.28. 신설) ⑤ 법 제85조의 2 제2항에 따라 지방으로 이전하는 방법은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 한다. (2007.2.28. 신설) 1. 지방공장을 취득하여 사업을 개시하는 경우 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 기존 공장을 양도하는 방법 2. 기존공장을 양도한 날부터 3년(공사의 허가 또는 인가의 지연 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 6년) 이내에 지방공장을 취득하여 사업을 개시하는 방법 (2008.2.29. 직제개정) ⑥ 법 제85조의 2 제2항 전단에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액"이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액을 말한다. (2007.2.28. 신설) 1. 법 제85조의 2 제1항 제1호에 따라 양도차익을 익금에 산입하지 아니한 경우에는 익금에 산입하지 아니한 금액 전액 2. 법 제85조의 2 제1항 제2호에 따라 과세이연을 받은 경우에는 과세이연금액에 상당하는 세액(과세이연금액에「소득세법」제104조에 따른 세율을 곱하여 계산한 세액을 말한다) 전액 <이하생략> ○ 조세특례제한법 시행령 제54조 【공장의 범위등 <개정 1999.10.30>】 ① 법 제60조ㆍ법 제63조 및 법 제63조의2에서 "공장"이라 함은 제조장 또는 기획재정부령이 정하는 자동차정비공장으로서 제조 또는 사업단위로 독립된 것을 말한다. <개정 1999.10.30 부칙, 2000.1.10 부칙, 2001.12.31 부칙, 2003.12.30 부칙, 2008.2.29 부칙> ② 법 제60조ㆍ법 제63조 및 법 제63조의2의 규정에 의한 공장이전에는 한국표준산업분류상의 세분류를 기준으로 이전전의 공장에서 영위하던 업종과 이전 후의 공장에서 영위하는 업종이 동일하여야 한다. <개정 1999.10.30 부칙, 2000.1.10 부칙, 2001.12.31 부칙, 2003.12.30 부칙> ○ 조세특례제한법 부 칙 <제9272호,2008.12.26> 제1조(시행일) 이 법은 2009년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제85조의3, 제89조의2, 제91조의9, 제91조의10, 제100조의3, 제100조의5, 제100조의6, 제100조의11, 제132조, 제133조의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제74조제3항, 제87조의5제3항ㆍ제4항, 제88조의4제3항ㆍ제6항, 제89조제1항제1호, 제91조제1항 각 호 외의 부분(주식보유기간에 관한 개정부분은 제외한다), 같은 조 제3항 및 제5항부터 제7항까지, 제91조의2, 제91조의4제2항ㆍ제3항, 제91조의6, 제91조의8, 제100조의15, 제106조의3제1항제3호ㆍ제4항제2호ㆍ제7항, 제117조제1항제3호부터 제6호까지, 같은 항 제10호ㆍ제18호, 제119조제6항ㆍ제7항, 제120조제4항제2호 및 제121조의5제5항제3호의 개정규정은 2009년 2월 4일부터 시행한다. 제3조(일반적 적용례) ① 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도 분부터 적용한다. ○ 조세특례제한법 기본통칙 6-0…2 【 감면대상소득의 범위 】 법 제6조 제1항 및 제2항·제7조 제1항·제63조 제1항·제64조 제1항·제66조 제1항·제67조 제1항·제68조 제1항의 규정에 의한 감면대상 소득계산 시 이자수익ㆍ유가증권처분이익ㆍ유가증권처분손실 등은 포함하지 아니한다. (2005.07.07 개정) 나. 관련예규(예규, 해석사례, 심사, 심판) ○ 법인세과 - 727, 2009.06.22 내국법인이 조세특례제한법 제85조의2 를 적용함에 있어 기존공장의 대지와 건물의 양도시기가 다른 경우에는 각각의 양도시기를 기준으로 하여 개별적으로 과세특례를 적용하는 것이고. 같은 법 시행령 제79조의3 제2항에 따라 계산시 지방공장의 면적이 기존공장 면적대비 240% 이상인 경우에는 과세특례를 적용받을 수 없는 것임 ○ 재정경제부법인세제과-1130, 2007.12.20 「조세특례제한법」제85조의 2 및 같은 법 시행령 제79조의3을 적용함에 있어 첫째, 기존공장의 대지와 건물의 양도시기가 다른 경우에는 각각의 양도시기를 기준으로 개별적으로 과세특례를 적용하는 것이고, 둘째, 이 경우 지방공장의 취득시한의 始期는 대지와 건물의 양도가 모두 이루어진 날을 기준으로 하는 것이며, 셋째, 2007.1.1일 전에 기존공장을 양도하였더 라도 2007.1.1일 이후 지방공장으로 이전하는 경우에는 과세특례가 적용되고, 넷째, 공장의 기계장치의 양도차익에 대해서는 과세특례가 적용되지 않는 것임 ○ 법인세과 - 585, 2009.05.19 조세특례제한법 제63조의2 에 의한 과세특례를 적용함에 있어서 ‘사업영위기간’이라 함은 법인등기부상의 목적사업으로 정하여진 업무를 사실상의 휴업기간없이 정상적으로 활동하는 기간을 말하고, 본사를 수도권밖으로 이전 후 업종을 추가하는 경우 추가한 업종에서 발생한 소득은 감면대상 소득으로 보지 아니하는 것이며, 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 3년 이내에 당해 사업을 폐지한 경우 부득이한 사유여부에 관계없이 감면세액 추징사유에 해당하는 것입니다 ○ 재조예-859, 2004.12.28 수도권과밀억제권역 안에 본사를 두고 제조업을 영위하는 법인이 본사를 지방으로 이전한 후 도매업 등을 새로이 추가하는 경우 당해 도매업 등에서 발생한 소득은 조세특례제한법 제63조 의 2 제1항 제1호 및 동법 시행령 제54조 제2항 및 제60조의 2의 규정에 의하여 감면대상소득에 해당하지 아니하며, 제조업을 영위하는 법인이 수도권과밀억제권내 본사를 지방으로 이전한 후 제조업 외의 업종을 추가한 경우의 감면세액계산을 함에 있어서 과세표준은 당해 제조업에서 발생한 소득에 한하고, 법인 전체인원ㆍ이전본사근무인원 및 수도권 안의 본사근무인원은 조세특례제한법 제143조 제1항 의 규정에 의해 제조업에 종사하는 인원으로 하는 것임 ○ 서면2팀-1076, 2007.06.01 수도권 과밀억제권역 안에서 공장시설을 갖추고 제조업을 영위하던 법인이 당해 공장시설과 수도권 과밀억제권역 안에 소재하던 본점을 수도권 과밀억제권역 외의 지역으로 함께 이전한 후 한국표준산업분류상의 세분류를 기준으로 이전 전의 업종과 다른 새로운 업종을 추가한 경우, 그 추가한 업종에서 발생한 소득에 대하여는 「조세특례제한법」 제63조 제1항 및 같은 법 시행령 제54조 제2항의 규정에 따라 수도권 과밀억제권역 외 지역 이전 중소기업 세액감면을 적용하지 아니하는 것임