비영리내국법인의 고유목적사업준비금 손금산입 ​ ​

고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 또는 지정기부금에 사용하지 아니한 때에는 그 사용하지 아니한 잔액을 익금에 산입하는 것임

[회신] 비영리내국법인이 각 사업연도에 고유목적사업 또는 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 ｢법인세법｣ 제29조제1항각호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 손금에 산입하는 것이며, 손금에 산입한 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 또는 지정기부금에 사용하지 아니한 때에는 그 사용하지 아니한 잔액을 익금에 산입하는 것임 1. 사실관계 ○ 비영리내국법인이 정부로부터 위탁받은 사업비를 중소기업 등에 지원하는 업무를 수행하고 있으 며, 사업비를 은행에 예치함에 따라 발생된 이자소득에 대하여 법인세가 원천징수되고 있음 2. 질의내용 ○ 비영리내국법이 이 정부위탁사업비의 은행예치에 따라 발생된 이자소득에 대하여 고유목적사업준비금 설정 가능 여부 ○ 고유목적사업준비금을 설정으로 환급받은 세액을 반드시 이자소득이 발생한 해당 사업에 한정하여 재사용되어야 하는지 여부 3. 관련법령 ○ 법인세법 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】 ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업년도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위안에서 당해 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다. 1. 「소득세법」 제16조제1항제1호 부터 제11호까지의 이자소득의 금액 2. 「소득세법」 제17조제1항제1호 ㆍ제2호ㆍ제5호 및 제6호의 배당소득의 금액. 다만, 「상속세 및 증여세법」 제16조 또는 같은 법 제48조의 규정에 의하여 상속세 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득금액을 제외한다. 3. 특별법에 의하여 설립된 비영리내국법인이 당해 법률에 의한 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액 4. 제1호 내지 제3호외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 의하여 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액 ③ 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각호의 1에 해당하게 된 경우 그 잔액은 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다. 1. 해산한 때 2. 고유목적사업을 전부 폐지한 때 3. 법인으로 보는 단체가 「국세기본법」 제13조제3항 의 규정에 의하여 승인취소되거나 거주자로 변경된 때 4. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업년도의 종료일이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 때(5년내 사용하지 아니한 잔액에 한한다) ② 비영리내국법인이 제1항의 규정에 의하여 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 고유목적사업등에 지출하는 경우에는 그 금액을 먼저 계상한 사업년도의 고유목적사업준비금으로부터 순차로 상계하여야 한다. 이 경우 직전 사업연도종료일 현재의 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 당해 사업년도의 고유목적사업등에 지출한 금액이 있는 경우 그 금액은 이를 당해 사업년도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 제1항의 규정을 적용한다. ③ 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각호의 1에 해당하게 된 경우 그 잔액은 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다. 1. 해산한 때 2. 고유목적사업을 전부 폐지한 때 3. 법인으로 보는 단체가 「국세기본법」 제13조제3항 의 규정에 의하여 승인취소되거나 거주자로 변경된 때 4. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업년도의 종료일이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 때(5년내 사용하지 아니한 잔액에 한한다) ④ 제3항제4호의 규정에 의하여 고유목적사업준비금의 잔액을 익금에 산입하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 당해 사업년도의 법인세에 가산하여 납부하여야 한다. ⑤ 제1항의 규정은 이 법 또는 다른 법률에 의하여 감면 등을 적용받는 경우로서 대통령령이 정하는 경우에는 이를 적용하지 아니한다. ⑥ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 비영리내국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 준비금의 계상 및 지출에 관한 명세서를 비치ㆍ보관하고 이를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. ⑦ 제1항의 규정에 의한 고유목적사업의 범위, 수익사업에서 발생한 소득의 계산등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 법인세법 시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】 ① 법 제29조제1항 본문중 "대통령령이 정하는 단체"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 단체를 말한다. 1. 제36조제1항제1호에 해당하는 단체 2. 삭제 <2001.12.31 부칙> 3. 법령에 의하여 설치된 기금 ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 이자소득금액은 법 제29조제1항제1호의 금액으로 본다. 1. 금융보험업을 영위하는 비영리내국법인이 한국표준산업분류상 금융보험업을 영위하는 법인에 일시적으로 자금을 예치함에 따라 발생하는 이자소득금액 2. 제2조제1항제5호나목에 따른 사업을 영위하는 자가 자금을 운용함에 따라 발생하는 이자소득금액 3.「한국주택금융공사법」에 따른 주택금융신용보증기금이 동법 제43조의8제1항 및 제2항에 따른 보증료의 수입을 운용함에 따라 발생하는 이자소득금액 ③ 법 제29조제1항제4호에서 "수익사업에서 발생한 소득"이라 함은 당해 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금과 법 제24조제2항 및 「조세특례제한법」 제73조제1항 의 규정에 의한 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)에서 법 제29조제1항제1호 내지 제3호의 규정에 의한 금액 및 법 제13조제1호의 규정에 의한 결손금과 법 제24조제2항 및 「조세특례제한법」 제73조제1항 의 규정에 의한 기부금을 차감한 금액을 말한다. ④ 삭제 <2004.3.22 부칙> ⑤ 법 제29조제1항에서 "고유목적사업"이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조제1항의 규정에 해당하는 수익사업외의 사업을 말한다. ⑥ 법 제29조제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다. 3. 의료업을 영위하는 비영리내국법인(이하 이 조에서 "의료법인"이라 한다)이 의료기기 등 기획재정부령이 정하는 고정자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액 ⑧ 법 제29조제5항에서 "대통령령이 정하는 경우"라 함은 당해 비영리 내국법인의 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 법 또는 「조세특례제한법」에 따른 비과세ㆍ면제, 준비금의 손금산입, 소득공제 또는 세액감면(세액공제를 제외한다)을 적용받는 경우를 말한다. 다만, 고유목적사업준비금만을 적용받는 것으로 수정신고한 경우를 제외한다. <신설 2006.2.9 부칙> ⑩ 제6항제3호의 규정을 적용받고자 하는 의료법인은 손금으로 계상한 고유목적사업준비금상당액을 기획재정부령이 정하는 의료발전회계로 구분하여 경리하여야 한다.