의료법인의 고유목적사업준비금 손금산입 ​

의료업을 영위하는 비영리내국법인이 ｢조세특례제한법｣ 제7조【중소기업에 대한 특별세액감면】을 적용받는 경우에는 고유목적사업준비금을 손금에 산입하지 아니하는 것임

[회신] 비영리내국법인의 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 ｢법인세법｣ 또는 ｢조세특례제한법｣에 따른 비과세･면제, 준비금의 손금산입, 소득공제 또는 세액감면(세액공제를 제외함)을 적용받는 경우에는 ｢법인세법｣ 제29조【고유목적사업준비금의 손금산입】규정을 적용하지 아니하는 것으로, 귀 질의와 같이 의료업을 영위하는 비영리내국법인이 ｢조세특례제한법｣ 제7조【중소기업에 대한 특별세액감면】을 적용받는 경우에는 고유목적사업준비금을 손금에 산입하지 아니하는 것임 1. 사실관계 ○ 질의 법인은 의료업을 영위하는 비영리내국법인임 ○ 비영리내국법인은 법인세법 및 조세특례제한법에 따른 감면 등을 적용받는 경우에는 고유목적사업준비금을 손금산입할 수 없음 ○ 의료법인은 고유목적사업준비금을 의료발전준비금으로 계상한 후, 감가상각 또는 처분시점에 환입하도록 규정하여 감면효과가 없음 2. 질의내용 ○ 의료법인이 고유목적사업준비금 손금산입과 중소기업특별세액감면을 동시에 적용받을 수 있는지 여 부 3. 관련법령 ○ 법인세법 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】 ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업년도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 "고유목적사업등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위안에서 당해 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다. 1. 「소득세법」 제16조제1항제1호 부터 제11호까지의 이자소득의 금액 2. 「소득세법」 제17조제1항제1호 ㆍ제2호ㆍ제5호 및 제6호의 배당소득의 금액. 다만, 「상속세 및 증여세법」 제16조 또는 같은 법 제48조의 규정에 의하여 상속세 또는 증여세 과세가액에 산입되거나 증여세가 부과되는 주식등으로부터 발생한 배당소득금액을 제외한다. 3. 특별법에 의하여 설립된 비영리내국법인이 당해 법률에 의한 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액 4. 제1호 내지 제3호외의 수익사업에서 발생한 소득에 100분의 50(「공익법인의 설립ㆍ운영에 관한 법률」에 의하여 설립된 법인으로서 고유목적사업등에 대한 지출액중 100분의 50 이상의 금액을 장학금으로 지출하는 법인의 경우에는 100분의 80)을 곱하여 산출한 금액 ③ 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각호의 1에 해당하게 된 경우 그 잔액은 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다. 1. 해산한 때 2. 고유목적사업을 전부 폐지한 때 3. 법인으로 보는 단체가 「국세기본법」 제13조제3항 의 규정에 의하여 승인취소되거나 거주자로 변경된 때 4. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업년도의 종료일이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 때(5년내 사용하지 아니한 잔액에 한한다) ⑤ 제1항의 규정은 이 법 또는 다른 법률에 의하여 감면 등을 적용받는 경우로서 대통령령이 정하는 경우에는 이를 적용하지 아니한다. ○ 법인세법 시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】 ⑥ 법 제29조제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다. 3. 의료업을 영위하는 비영리내국법인(이하 이 조에서 "의료법인"이라 한다)이 의료기기 등 기획재정부령이 정하는 고정자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액 ⑧ 법 제29조제5항에서 "대통령령이 정하는 경우"라 함은 당해 비영리 내국법인의 수익사업에서 발생한 소득에 대하여 법 또는 「조세특례제한법」에 따른 비과세ㆍ면제, 준비금의 손금산입, 소득공제 또는 세액감면(세액공제를 제외한다)을 적용받는 경우를 말한다. 다만, 고유목적사업준비금만을 적용받는 것으로 수정신고한 경우를 제외한다. <신설 2006.2.9 부칙> ⑩ 제6항제3호의 규정을 적용받고자 하는 의료법인은 손금으로 계상한 고유목적사업준비금상당액을 기획재정부령이 정하는 의료발전회계로 구분하여 경리하여야 한다. ○ 법인세법 시행규칙 제29조 의2【의료기기 등의 범위】 ① 영 제56조제6항제3호에서 "의료기기 등 기획재정부령이 정하는 고정자산"이라 함은 다음 각 호의 자산을 말한다. 1. 병원 건물 및 부속토지 2.「의료기기법」에 따른 의료기기 3. 「보건의료기본법」에 따른 보건의료정보의 관리를 위한 정보시스템 설비 ② 영 제56조제10항에서 "기획재정부령이 정하는 의료발전회계"라 함은 고유목적사업준비금의 적립 및 지출에 관하여 다른 회계와 구분하여 독립적으로 경리하는 회계를 말한다. ○ 법인세법 기본통칙 기본통칙 29-56…6【의료발전회계의 처리방법】 ① 의료법인이 의료기기 등 규칙 제29조의2에서 규정하는 고정자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액은 당해 법인의 선택에 따라 고유목적사업준비금을 사용한 것으로 경리할 수 있다. ② 제1항의 규정에 따라 지출하는 금액은 영 제56조 제9항의 규정에 따라 의료발전회계로 구분경리하여야 하며, 이에 대한 세무상 처리방법은 아래와 같다. | 구분 | 병원회계(수익사업) | 의료발전회계 | | 100 전입 | 고유목전사업준비금전입 100 / 고유목적사업준비금 100 | - | | 100 구입 | 자산 100 / 현금 100 고유목적사업준비금 100 / 의료발전준비금 100 | 자산 100 / 의료발전준비금 100 | | 20 상각 | 감가상각비 20 / 감가상각충당금 20 의료발전준비금 20 / 의료발전준비금환입(익금) 20 | 의료발전준비금 20 / 자산 20 | | 50 처분 | 현금 50 / 자산 100 감가상각충당금 20 / 의료발전준비금환입(익금) 80 처분손실 30 의료발전준비금 80 | 의료발전준비금 80 / 자산 80 |