기업부설연구소 변경신고 지연에 따른 연구 및 인력개발비 세액공제

피합병법인의 기업부설연구소를 합병법인이 인수하여 운영함에 있어서 연구소 변경신고를 일시 지연하였더라도 합병일 이후 동 연구소에서 발생한 비용에 대해서는 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받을 수 있음

[회신] ｢기술개발촉진법 시행규칙｣ 제7조에 따라 한국산업기술진흥협회로부터 인정받은 피합병법인의 기업부설연구소를 합병법인이 운영함에 있어서 합병 등으로 인한 연구소 변경신고를 일시 지연하였더라도 합병일 이후 동 연구소에서 발생한 ｢조세특례제한법 시행령｣ [별표6]의 비용에 대해서는 같은 법 제10조에 의한 세액공제를 적용받을 수 있는 것입니다. 다만, 변경신고 지연 등으로 기업부설연구소 인정이 취소된 경우에는 동 세액공제를 적용받을 수 없는 것입니다. [ 관련 첨부서류 ] 1. 질의내용 요약 가. 사실관계 - 한국산업기술진흥협회로부터 기업부설연구소를 인정을 받아 연구․인력개발비 세액공제를 받아 오던 피합병법인 B사를 2008.3월 당사가 합병하였음 - 당사는 합병이 완료된 이후에도 피합병법인이 운영해오던 기업부설연구소를 계속 운영하였으며, 한국산업기술진흥협회에 합병으로 인한 연구소 변경신고가 지연되어 2009.1월에 사명변경 등을 포함한 변경된 기업부설연구소 인정을 받았음 나. 질의요지 - 실질은 지속적으로 유지되어 오던 기업부설연구소이지만 변경신청에 따른 절차상의 문제로 변경등록 승인일이 경과되어 변경승인 신청한 경우(인정 취소된 경우가 아님) 당사가 합병일 이후 피합병법인의 부설연구소를 운영하면서 발생한 연구개발비에 대해 세액공제가 가능한지 여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙) ○ 조세특례제한법 제10조 【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】 ① 내국인[도박장ㆍ무도장ㆍ유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 "소비성서비스업"이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 각 과세연도에 연구ㆍ인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. <개정 2006.12.30 부칙, 2007.12.31 부칙, 2008.12.26 부칙> 1. 중소기업 : 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액 가. 해당과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액 나. 해당과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 100분의 25를 곱하여 계산한 금액 2. 제1호 외의 내국인 : 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액. 다만, 해당 과세연도의 수입금액( 「법인세법」 제43조 에 따른 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율이 직전 과세연도의 수입금액에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율보다 높거나 같을 때 또는 해당 과세연도의 연구ㆍ인력개발비가 직전연도보다 높거나 같을 때에는 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액과 다목에 해당하는 금액 중에서 선택하는 금액으로 한다. 가. 해당과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구ㆍ인력개발비(이하 "중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비"라 한다)가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액 나. 해당과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구ㆍ인력개발비 외의 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액 다. 해당 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 다음 산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다)을 곱하여 계산한 금액 100분의 3의 비율 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구ㆍ인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1 (이하생략) ○ 조세특례제한법 시행령 제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】 ④법 제10조제2항의 규정에 의한 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액의 계산은 다음 산식에 의한다. 이 경우 당해 내국인의 연구 및 인력개발비용이 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 당해 과세연도개시일까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 동기간에 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액으로 본다. ｛(당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액/4)×(당해 과세연도의 월수/12)｝ ⑤제4항의 산식중 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 계산함에 있어서 합병법인, 분할신설법인, 분할합병의 상대방법인, 사업양수법인 또는 기획재정부령이 정하는 현물출자를 받은 법인(이하 이 항에서 "합병법인등"이라 한다)의 경우에는 합병, 분할, 분할합병, 사업양도 또는 기획재정부령이 정하는 현물출자(이하 이 항에서 "합병등"이라 한다)를 하기 전에 피합병법인, 분할법인, 사업양도인 또는 현물출자자(이하 이 항에서 "피합병법인등"이라 한다)로부터 발생한 연구 및 인력개발비는 합병법인등에서 발생한 것으로 본다. 다만, 피합병법인등이 운영하던 사업의 일부를 승계한 때에는 피합병법인등에서 합병등을 하기 전에 발생한 연구 및 인력개발비에 각 사업연도의 승계사업의 매출액이 총매출액에서 차지하는 비율과 각 사업연도말 승계사업의 자산가액이 총자산가액에서 차지하는 비율중 큰 것을 곱한 금액을 피합병법인등에서 발생한 연구 및 인력개발비로 본다. <신설 2000.1.10 부칙, 2000.12.29 부칙, 2007.2.28 부칙, 2008.2.29 부칙> (이하생략) ○ 조세특례제한법 시행규칙 제7조 【연구 및 인력개발비의 범위】 ① 영 제8조제1항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 "전담부서"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구소 및 전담부서(이하 "전담부서"라 한다)를 말한다. <개정 2008.4.29 부칙, 2009.4.7 부칙, 2009.8.28 부칙> 1. 「기술개발촉진법 시행규칙」 제7조 에 따라 인정받은 기업부설연구소와 같은 규칙 제8조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고한 기업 내의 연구개발전담부서 2. 「문화산업진흥기본법 시행규칙」 제11조의6 에 따라 인정받은 기업부설창작연구소 또는 기업창작전담부서로서 문화체육관광부장관의 추천을 받아 기획재정부장관이 문화산업의 연구개발활동 여부를 고려하여 고시하는 연구소 또는 전담부서 ○ 법인세법 제59조 【감면 및 세액공제액의 계산】 ① 이 법 및 다른 법률의 적용에 있어서 법인세의 감면에 관한 규정과 세액공제에 관한 규정이 동시에 적용되는 경우 그 적용순위는 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 다음 각호에 의한다. 이 경우 제1호 및 제2호의 금액을 합한 금액이 법인이 납부할 법인세액(토지등양도소득에 대한 법인세 및 가산세를 제외한다)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액은 이를 없는 것으로 본다. <개정 2001.12.31 부칙, 2003.12.30 부칙> 1.각 사업년도의 소득에 대한 세액감면(면제를 포함한다) 2.이월공제가 인정되지 아니하는 세액공제 3.이월공제가 인정되는 세액공제. 이 경우 당해 사업년도중에 발생한 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있는 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다. 4. 제58조의3의 규정에 의한 세액공제. 이 경우 당해 세액공제액과 이월된 미공제액이 함께 있는 때에는 이월된 미공제액을 먼저 공제한다. ② 제1항제1호의 규정에 의한 세액감면 또는 면제를 하는 경우 그 감면 또는 면제되는 세액은 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 산출세액(토지등 양도소득에 대한 법인세액을 제외한다)에 그 감면 또는 면제되는 소득이 제13조의 규정에 의한 과세표준에서 차지하는 비율(100분의 100을 초과하는 경우에는 100분의 100)을 곱하여 산출한 금액(감면의 경우에는 그 금액에 해당 감면율을 곱하여 산출한 금액)으로 한다. <개정 2001.12.31 부칙> ③ 제1항 각호의 감면 및 세액공제를 적용받던 피합병법인등이 합병 또는 분할하는 경우의 적용방법 등 제1항 및 제2항의 규정에 의한 감면 및 세액공제액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 법인세법 시행령 제96조 【감면 및 세액공제액의 계산】 ① 법 제59조제2항의 규정에 의하여 감면 또는 면제세액을 계산함에 있어서 각 사업연도의 과세표준계산시 공제한 이월결손금ㆍ비과세소득 또는 소득공제액(이하 이 항에서 "공제액등"이라 한다)이 있는 경우 감면 또는 면제되는 소득은 다음 각호의 금액을 공제한 금액으로 한다. 1. 공제액등이 감면사업 또는 면제사업에서 발생한 경우에는 공제액 전액 2. 공제액등이 감면사업 또는 면제사업에서 발생한 것인지의 여부가 불분명한 경우에는 소득금액에 비례하여 안분계산한 금액 ② 법 제59조제1항 각호의 규정에 의한 감면 또는 세액공제를 적용받던 내국법인이 합병 또는 분할하는 경우에는 다음 각호에 의하여 감면 또는 세액공제의 적용을 받을 수 있다. 1. 법 제59조제1항제1호의 규정에 의한 감면(일정기간에 걸쳐 감면되는 것에 한한다)의 경우에는 합병법인 등이 승계받은 사업에서 발생한 소득에 대하여 합병 또는 분할당시의 잔존감면기간내에 종료하는 각 사업연도분까지 그 감면을 적용 2. 법 제59조제1항제3호의 규정에 의한 세액공제(외국납부세액공제를 포함한다)로서 이월된 미공제액의 경우에는 합병의 경우에 한하여 합병법인이 승계받은 자산 등에 대한 미공제액의 범위안에서 이월공제잔여기간내에 종료하는 각 사업연도분까지 이를 공제 ③ 제2항 각호의 규정은 법 제44조제1항 각호 또는 법 제46조제1항 각호 및 법 제47조제1항의 요건을 갖춘 경우에 한하여 이를 적용하며, 법 제44조제2항ㆍ법 제46조제2항 및 법 제47조제2항 전단에 해당하는 경우에는 당해 사유가 발생한 사업연도부터 이를 적용하지 아니한다. <개정 2001.12.31 부칙> ④ 제2항 각호의 규정을 적용함에 있어서 법 또는 다른 법률에 당해 감면 또는 세액공제의 요건 등에 관한 규정이 있는 경우에는 합병법인 등이 그 요건 등을 갖춘 경우에 한하여 이를 적용한다. 나. 관련예규(예규, 해석사례, 심사, 심판) ○ 법인세과 - 325, 2009.03.24 과학기술부장관에게 연구개발전담부서로 적법하게 신고하기 전에 동 전담부서에서 발생한 비용은 조세특례제한법 제10조 의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용받을 수 없는 것임 ○ 법인46012-1149, 2001.12.26, 서이46012-10367, 2003.02.20 내국법인이 과학기술부장관에게 기업의 연구개발 전담부서를 적법하게 신고하여 확인서를 교부받은 경우 신고일 이후 발생되는 비용에 대하여 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받을 수 있는 것임 ○ 재조예46019-139, 1998.04.19 조세감면규제법시행령 별표3과 별표4의 전담부서는 동일한 것으로서 반드시 독립된 별도의 건물을 필요로 하는 것은 아니며, 조세지원의 대상이 되는 연구개발전담부서는 기술개발촉진법 시행규칙 제4조 및 제5조의 규정에 의해 과학기술부 장관(위임받은 한국산업기술진흥협회장 포함)에게 신고하지 아니한 경우에는 해당되지 않는 것임 ○ 서면2팀-310, 2007.02.15 내국법인의 합병으로 인한 세액공제의 승계는 「법인세법」 제44조 제1항 각호의 요건을 갖춘 경우에 적용되는 것으로, 귀 질의의 경우 피합병법인이 합병전 전자통신제품 제조를 위해 연구개발부문을 운영하였으나 「조세특례제한법」 제10조 의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용받은 제조업을 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업연도말까지 폐지한 경우에는 「법인세법 시행령」 제96조 제2항 의 세액공제를 적용받을 수 없는 것임 ○ 서면2팀-535, 2006.03.27 피합병법인의 의제사업연도 법인세신고시 중소기업투자준비금은 규정에 따라 환입하고 잔액은 합병법인에게 승계되며, 이월된 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제에 대한 미공제액은 합병법인에게 승계되는 것임