동일한 과세연도에 제63조의2 제2항과 제26조를 중복적용 여부

내국법인이 동일한 과세연도에 제63조의2 제2항 및 제26조에 따른 법인세 공제를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있는 것임

[회신] 내국법인이 동일한 과세연도에 ｢조세특례제한법｣ 제63조의2 제2항에 따른 법인세 감면과 같은 법 제26조에 따른 법인세 공제를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 ｢조세특례제한법｣ 제127조 제4항에 따라 그 중 하나만을 선택하여 적용받을 수 있는 것입니다. [ 관련 첨부서류 ] 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 당사는 제조업 법인으로서 수도권과밀억제권역에서 3년이상 공장을 가동하다가 수도권과밀억제권역 외로 이전하고 - 기타 공장은 기존의 장소에서 계속 공장을 가동하고 있음 당사는 각 공장별로 구분경리하고 있으며, - 수도권 외로 이전한 공장에서 발생한 소득에 대하여는 공장이전에 따른 조특법 제63조의2를 적용받고 - 기타 공장의 설비투자에 대하여는 임시투자세액공제(조특법 제26조 )를 적용받고 있음 2008년 귀속 과세표준 및 산출세액과 공장별 세액감면 및 세액공제 현황은 다음과 같음 | 구 분 | A공장((63조의2) | B공장(26조) | 계 | | 과세표준 | 293 | 1,951 | 2,244 | | 산출세액 | 73 | 488 | 561 | | 561× 293/2,244 | 561× 1,951/2,244 | 2,244× 25% | | 세액감면(공장이전) | 73(100%) | 적용배제 | 73 | | 임시투자세액공제 | 적용배제 | 9(10%) | 9 | | 결정세액 | | | 479 | ※ A공장 : 지방이전(63조의2), B공장 : 설비투자 90억원(26조) ○ 질의내용 당사는 공장별로 구분기장하고 있고 - 공장별 과세표준을 기준으로 산출세액을 안분한 후 동 세액을 한도 로 세액감면과 세액공제를 각각 하나씩 적용받고 있는 데 - 이 경우에도 조특법 제127조 제4항의 규정에 따라 중복지원 배제에 해당하는지 여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙) ○ 조세특례제한법 제127조 【중복지원의 배제】 ① 삭제 <2006.12.30 부칙> ④ 내국인이 동일한 과세연도에 제6조, 제7조, 제12조의2, 제31조제4항ㆍ제5항, 제32조제4항, 제33조의2, 제63조, 제63조의2 제2항 , 제64조, 제66조 내지 제68조, 제85조의6, 제121조의8, 제121조의9제2항 및 제121조의17제2항에 따라 소득세 또는 법인세가 감면되는 경우와 제5조, 제11조, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조 , 제94조, 제104조의14, 제104조의15 및 제104조의18제2항에 따라 소득세 또는 법인세가 공제되는 경우를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 그중 하나만을 선택하여 이를 적용받을 수 있다 . <개정 1999.12.28 부칙, 2000.12.29 부칙, 2001.12.29 부칙, 2002.4.20 부칙, 2002.12.11 부칙, 2003.12.30 부칙, 2004.7.26 부칙, 2004.12.31 부칙, 2005.12.31 부칙, 2006.12.30 부칙, 2007.12.31 부칙, 2008.12.26 부칙> 나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판) ○ 기획재정부 조세특례제도과-866, 2009.10.09. 및 법인세과-1209, 2009.11.3 ｢조세특례제한법｣ 제143조 에 따라 구분하여 경리하고 있는 2개의 사업장을 영위 하는 내국인이 1개의 사업장에 투자를 함에 따라 같은 법 제26조에 따른 임시투자세액공제를 적용하는 경우 동일한 과세연도에 다른 1개의 사업장에서는 같은 법 제6조에 따른 창업중소기업세액감면을 동시에 적용할 수 없습 니다. 이 경우에는 같은 법 제127조 제4항에 따라 세액공제 또는 세액감면(세액감면을 적용할 때에는 2개 사업장 모두 적용 가능)중 하나만을 선택하여 적용 하여야 합니다.