사실과 다른 회계처리에 기인한 경정에 따른 세액공제 방법

사실과 다른 회계처리에 따라 감액경정을 받은 내국법인이 그 경정일이 속하는 사업연도 이전의 사업연도 법인세 신고내용에 오류가 있어 과세관청이 법인세 과세표준과 세액을 증액경정함에 따라 추가납부할 법인세액이 발생한 경우 같은 법 제58조의3제2항의 규정이 적용되지 아니하는 것임

[회신] 사실과 다른 회계처리에 따라 「법인세법」제66조제2항제4호에 의한 감액경정을 받은 내국법인이 그 경정일이 속하는 사업연도 이전의 사업연도 법인세 신고내용에 오류가 있어 과세관청이 법인세 과세표준과 세액을 증액경정함에 따라 추가납부할 법인세액이 발생한 경우 같은 법 제58조의3제2항의 규정이 적용되지 아니하므로 그 납부할 세액에서 사실과 다른 회계처리에 따른 과다납부 법인세액을 공제하지 아니하는 것임 1. 질의내용 요약 □ 사실관계 및 질의요지 - A은행은 상호저축은행법에 의하여 설립되어 ‘여수신업무 등 신용업무’를 취급하다가 분식회계에 의한 BIS기준 자기자본비율 과대산정 등의 사실이 확인되어 - 금융감독위원회로부터 금융산업의구조개선에 관한 법률 제14조제2항 및 상호저축은행법제24조제2항의 규정에 따라 계약이전 결정 및 영업인가 취소 등이 결정됨 - 법원에서 2007년에 A은행에 대하여 파산 선고하였으며, 파산관재인이 A은행에 대하여 사실과 다른 회계처리로 기인한 분식회계사실에 대하여 ’06.7~’07.6 사업연도에 대하여 2008년 8월 경정청구함 - 경정청구에 대하여 과세관청은 경정일이 속한 사업연도 개시일부터 5년이내 종료하는 각 사업연도 에서 순차 공제한다고 처분함. 아울러, 과세관청은 ’03.7~’04.6 사업연도에 대하여 세무조사를 통하여 법인세를 경정고지함 □ 질의요지 - 분식회계에 따른 경정청구세액을 2003.7~2004.6 사업연도에 대한 세무조사를 통하여 고지결정한 세액에서 공제할 수 있는지 여부 【關聯法令】 □ 법인세법 제 58조의 3 【사실과 다른 회계처리에 기인한 경정에 따른 세액공제】 ① 내국법인이 제66조 제2항 제4호의 규정에 의한 경정을 받은 때에는 당해 경정일이 속하는 사업연도의 개시일부터 5년 이내에 종료하는 각 사업연도의 법인세액에서 과다납부한 세액을 순차적으로 공제한다. (2003. 12. 30. 신설) ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 내국법인이 당해 사실과 다른 회계처리와 관련하여 그 경정일이 속하는 사업연도 이전의 사업연도에 「국세기본법」 제45조 의 규정에 의한 수정신고를 하여 납부할 세액이 있는 경우에는 그 납부할 세액에서 제1항의 규정에 의한 과다납부한 세액을 먼저 공제하여야 한다. (2006. 12. 30. 개정) ③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 세액공제와 관련한 구체적인 방법 및 절차는 대통령령으로 정한다. (2003. 12. 30. 신설) □ 법인세법 시행령 제95조 의 3 【사실과 다른 회계처리에 기인한 경정에 따른 세액공제의 방법】 법 제58조의 3의 규정을 적용함에 있어서 동일한 사업연도에 법 제66조 제2항 제4호의 규정에 의한 경정청구의 사유 외에 다른 경정청구의 사유가 있는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 그 공제세액으로 한다. (2003. 12. 30. 신설) 과다납부한 세액×(사실과 다른 회계처리로 인하여 과다계상한 과세표준/과다계상한 과세표준의 합계액 □ 법인세법 제72조 의 2 【사실과 다른 회계처리에 기인한 경정에 따른 환급】 ① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제66조 제2항 제4호의 규정에 의한 경정을 함에 있어서 제58조의 3 및 제59조의 규정에 의하여 세액공제하고 남은 금액이 있는 때에는 환급금 및 환급가산금을 즉시 지급하여야 한다. (2003. 12. 30. 신설) ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 내국법인이 해산(합병 또는 분할에 의한 해산을 제외한다)하는 때에는 제77조의 규정에 의한 청산소득에 대한 법인세 납부세액을 먼저 차감하고 남은 금액을 즉시 환급하여야 한다. (2003. 12. 30. 신설) □ 법인세법 시행령 제110조 의 2 【사실과 다른 회계처리에 기인한 경정에 따른 환급세액의 계산】 ① 법 제72조의 2 제1항의 규정에 의한 환급금은 법 제58조의 3의 규정에 의하여 순차적으로 세액공제하고 최종적으로 남은 잔액으로 한다. (2003. 12. 30. 신설) (이하생략) □ 법인세법 제66조 【결정 및 경정】 ② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다. (2006. 12. 30. 개정) 4. 내국법인이 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제159조 에 따른 사업보고서 및 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제8조에 따른 감사보고서를 제출함에 있어서 수익 또는 자산을 과다계상하거나 손비 또는 부채를 과소계상하는 등 사실과 다른 회계처리를 함으로 인하여 해당 내국법인ㆍ그 감사인 또는 그에 소속된 공인회계사가 대통령령으로 정하는 경고ㆍ주의 등의 조치를 받은 경우로서 과세표준 및 세액을 과다하게 계상하여 「국세기본법」 제45조 의 2에 따라 경정을 청구한 때 (2008. 12. 26. 개정) □ 법인세법 시행령 제103조의 2 【사실과 다른 회계처리로 인한 경고ㆍ주의 등의 조치】 법 제66조 제2항 제4호에서 “대통령령으로 정하는 경고ㆍ주의 등의 조치”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. (2009. 2. 4. 개정) 1. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제164조 및 같은 법 시행령 제175조에 따른 임원해임권고, 일정기간 증권의 발행제한, 같은 법 위반에 따른 고발 또는 수사기관에의 통보, 다른 법률 위반에 따른 관련기관 또는 수사기관에의 통보, 경고 또는 주의 (2009. 2. 4. 개정) 2. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제429조 제3항 에 따른 과징금의 부과 (2009. 2. 4. 개정) 3. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제444조 제13호 및 제446조 제28호에 따른 징역 또는 벌금형의 선고 (2009. 2. 4. 개정) 4. 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제16조 제1항의 규정에 의한 감사인 또는 그에 소속된 공인회계사의 등록취소 및 업무ㆍ직무의 정지건의, 특정 회사에 대한 감사업무의 제한 (2005. 2. 19. 개정) 5. 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제16조 제2항의 규정에 의한 주주총회에 대한 임원의 해임권고 또는 유가증권의 발행제한 (2005. 2. 19. 개정) 6. 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제20조의 규정에 의한 징역 또는 벌금형의 선고 (2005. 2. 19. 개정) □ 금융산업의 구조개선에 관한 법률 제14조 【행정처분】 ② 금융위원회는 부실금융기관이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 부실금융기관에 대하여 계약이전의 결정, 6월의 범위내에서의 일정기간의 영업정지, 영업의 인가ㆍ허가의 취소 등 필요한 처분을 할 수 있다. 다만, 제4호에 해당하는 경우에는 6월의 범위내에서의 일정기간의 영업정지처분만을 할 수 있으며, 제1호 및 제2호의 부실금융기관이 부실금융기관에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그러하지 아니하다. (2008. 2. 29. 직제개정 ; 금융감독기구의 설치 등에 관한 법률 부칙) 1. 제10조 제1항 또는 제12조 제3항의 규정에 의한 명령을 이행하지 아니하거나 이행할 수 없게 된 경우 (2000. 1. 21. 개정) 2. 제10조 제1항 및 제11조 제3항에서 규정하는 명령 또는 알선에 의한 부실금융기관의 합병 등이 이루어지지 아니하는 경우 (1998. 9. 14. 개정) 3. 부채가 자산을 현저히 초과함으로써 제10조 제1항의 규정에 의한 명령의 이행 또는 부실금융기관의 합병 등이 이루어지기 어렵다고 판단되는 경우 (2000. 1. 21. 개정) 4. 자금사정의 급격한 악화로 예금 등 채권의 지급이나 차입금의 상환이 어렵게 되어 예금자의 권익이나 신용질서를 해할 것이 명백하다고 인정되는 경우 (2000. 1. 21. 신설) □ 상호저축은행법 제24조 【행정처분】 (2000. 1. 28. 제목개정) ② 금융위원회는 상호저축은행이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 6월 이내의 기간을 정하여 영업의 전부정지를 명하거나 영업의 인가를 취소할 수 있다. (2008. 2. 29. 직제개정 ; 금융감독기구의 설치 등에 관한 법률 부칙) 1. 허위 기타 부정한 방법으로 영업의 인가를 받은 경우 (2000. 1. 28. 개정) 2. 결손으로 인하여 자기자본의 전액이 잠식된 경우 (2000. 1. 28. 개정) 3. 인가를 받지 아니하고 제10조 제1항 각호의 1에 해당하는 행위를 한 경우 (2000. 1. 28. 개정) 4. 제1항 제2호의 규정에 의한 시정명령을 이행하지 아니한 경우 (2000. 1. 28. 개정) 5. 영업의 정지기간중에 그 영업을 한 경우 (2000. 1. 28. 개정) 6. 기타 법령 또는 정관에 위반하거나 재산상태 또는 경영이 건전하지 못하여 공익을 크게 해할 우려가 있는 경우