중소기업간 통합으로 취득한 주식의 처분시 양도소득세 이월과세 적용배제 여부

중소기업간 통합에 따라 양도한 사업용 고정자산에 대한 이월과세액은 통합법인이 당해 사업용 고정자산을 양도하는 경우 법인세로 납부하는 것이므로 내국인이 중소기업통합방식을 통하여 취득한 지분을 전부 또는 일부 양도한 경우에도 이월과세를 배제하지 아니함.

[회신] 거주자가 「조세특례제한법」제31조의 규정을 갖추어 중소기업인 법인과 통합함에 따라 양도한 사업용 고정자산에 대해 이월과세를 적용받던 중 당해 거주자가 통합에 의해 취득한 주식을 처분한 경우에는 동 이월과세적용을 배제하지 아니하고 통합법인이 당해 사업용 고정자산을 양도하는 날이 속하는 사업연도에 대한 법인세 신고시 당초의 이월과세액을 법인세로 납부하는 것입니다. 다만, 「법인세법시행령」제87조의 특수관계자와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 「법인세법」제52조의 부당행위계산부인규정을 별도로 적용할 수 있는 것입니다. 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - 제조업을 1년 이상 영위해온 “갑”법인이 특수관계자인 임대사업자 “을”개인과 중소기업통합방식에 의해 통합하고 “을”개인은 소멸하는 사업장의 순자산가액 이상을 통합법인의 지분으로 취득함 - 통합법인은 제조업과 부동산임대업을 영위하고 있으며 통합 시 요건을 갖추어 양도소득세 이월과세 신청 ○ 질의내용 - “을”개인이 보유하는 통합법인의 지분을 타인 또는 특수관계자에게 일부 또는 전부 양도하는 경우 당초 이월과세 신청한 양도소득세를 납부하여야 하는지 여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙) ○ 조세특레제한법 제2조 【정 의】 6. “이월과세”라 함은 개인이 당해 사업에 사용되는 사업용고정자산 등 (이하 이 호에서 “종전사업용고정자산등”이라 한다)을 법인에게 현물출자 등을 통하여 양도하는 경우 이를 양도하는 개인에 대하여는 소득세법 제94조의 규정에 의한 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한 다)를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 당해 사업용고정 자산 등을 양도하는 경우 개인이 종전사업용고정자산 등을 동법인에게 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 동법 제104조의 규정에 의한 양도소득산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것을 말한다. (2001. 12. 29. 개정) 7. “과세이연(課稅移延)”이라 함은 공장의 이전 등을 위하여 개인이 당해 사업에 사용되는 사업용고정자산 등(이하 이 호에서 “종전사업용 고정자 산등”이라 한다)을 양도하고 그 양도가액으로 다른 사업용고정자산 등 (이하 이 호에서 “신사업용고정자산등”이라 한다)을 대체취득한 경우 종전 사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익 중 다음의 산식에 의하여 계 산한 금액(신사업용고정자산등의 취득가액이 종전사업용고정자산등의 양도가액을 초과하는 경우에는 종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양 도차익을 한도로 한다. 이하 이 호에서 “과세이연금액”이라 한다)에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 신사업용고정자산등을 양도하는 때에 신사업용고정자산등의 취득가액에서 과세이연금액을 차감한 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세하는 것을 말한다. (2005. 12. 31. 신설) 종전사업용고정자산등의 양도에 따른 양도차익 × (신사업용고정자산등의 취득가액 / 종전사업용고정자산등의 양도가액) ○ 조세특례제한법 제31조 【중소기업간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등】 ① 대통령령이 정하는 업종을 영위하는 중소기업간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령이 정하는 사업용고정자산(이하 “사업용고정자산”이라 한다)을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합후 존속하는 법인(이하 이 조에서 “통합법인”이라 한다)에게 2012년 12월 31일까지 양도하는 경우 당해 사업용고정자산에 대하여는 이월과세를 적용받을 수 있다. (2009. 5. 21. 개정) ② 제1항의 적용대상이 되는 중소기업간 통합의 범위 및 요건에 관하여는 대통령령으로 정한다. (1998. 12. 28. 개정) ③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 이월과세적용신청을 하여야 한다. (1998. 12. 28. 개정) (이하 생략) ○ 조세특레제한법 시행령 제28조 【중소기업간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등】 ① 법 제31조 제1항에서 “대통령령이 정하는 업종을 영위하는 중소기업간의 통합”이라 함은 소비성서비스업(소비성서비스업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 부동산양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 소비성서비스업의 사업별 수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 제외한 사업을 영위하는 중소기업자(「중소기업기본법」에 의한 중소기업자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다. 이 경우 설립후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인( 「국세기본법」 제39조 제2항 의 규정에 의한 과점주주에 한한다)의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다. (2006. 2. 9. 개정) 1. 통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자가 통합후 존속하는 법인 또는 통합으로 인하여 설립되는 법인의 주주 또는 출자자일 것 (1998. 12. 31. 개정) 2. 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다) 이상일 것 (2003. 12. 30. 개정) ② 법 제31조 제1항에서 “대통령령이 정하는 사업용고정자산”이라 함은 당해 사업에 직접 사용하는 유형자산 및 무형자산(1981년 1월 1일 이후에 취득한 부동산으로서 기획재정부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산의 판정기준에 해당되는 자산을 제외한다)을 말한다. (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙) ③ 법 제31조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 통합일이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 통합법인과 함께 기획재정부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙) (이하 생략) 나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판) ○ 법인-532, 2009.05.04. 거주자가 「조세특례제한법」 제32조 규정의 요건을 갖추어 사업의 포괄양도 방식으로 법인 전환하고 당해 법인에게 양도한 사업용 고정자산에 대해 양도소득세 이월과세를 신청한 경우, 사업의 포괄양도로 취득한 주식의 일부를 처분한 사유로는 동 이월과세 적용을 배제하지 아니하고, 법인이 당해 사업용 고정자산을 양도할 때까지 이월과세를 적용하는 것임. ○ 법인세과-1953, 2008.08.11. 거주자가 ｢조세특례제한법｣ 제32조 의 규정에 따라 사업 양수도 방법에 의하여 법인(소비성서비스업을 영위하는 법인을 제외한다)으로 전환하는 경우 당해 사업용 고정자산에 대하여는 양도소득세의 이월과세를 적용받을 수 있는 것이며, 귀 질의 경우와 같이 이월과세를 적용받은 후 법인전환 시 취득한 주식을 3～4년 뒤에 양도, 상속, 증여 등을 원인으로 소유권이 이전되는 것과는 관계없이 사업용 고정자산을 양수한 법인이 당해 사업용 고정자산을 양도 하는 경우 거주자가 종전 사업용 고정자산을 동 법인에게 양도한 날이 속 하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 ｢소득세법｣ 제 104조의 규정에 의한 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것임 ○ 법규-866, 2009.03.09. 거주자가 「조세특례제한법」 제32조 에 따라 사업용고정자산을 현물출자하거나 사업양수도방법으로 법인(이하 “전환법인”이라 함)으로 전환하면서 취득한 주식을 양도하는 경우에는 전환법인이 당해 사업용고정자산을 양도한 것으로 보지 아니하는 것임 ○ 서면2팀-20, 2007.01.04. (사실관계) 개인사업자(A)는 사업양수도 방식에 의하여 법인전환을 하였으며(총자산 5억, 부채 2억, 순자산 3억), 설립 자본금이 3억, 설립 후 즉시 회사주식의 100％를 제3자에게 양도함 100％ 주식 양도자(A)는 법인전환함으로서 이월과세를 적용받아 사업용 자 산의 양도세 납부를 하지 않게 되며, 주식양도에 대한 양도차익이 없으므로 양도소득세 부담을 하지 아니함 (양도가 액 순자산 3억원－취득가액 3억원 차감＝양도차익 0) (질의요지) 개인사업자가 사업양수도의 방법으로 법인전환을 한 후 즉시 주식의 100％를 타 인에게 양도하는 경우에도 이월과세를 적용받을 수 있는지 여부 (회신내용) 개인사업자가 사업양수도의 방법으로 법인전환 후 주식의 전부를 타인 에게 양도하고 ｢조세특례제한법｣ 제32조 의 법인전환에 대한 양도소득세의 이월과세를 적용받은 경우, 당해 전환법인이 사실상 사업용 고정자산을 양도한 것으로 보는 것이나 귀 질의의 경우 주식의 양도가액에 1)전환법인이 부담할 양도소득세 이월 과세액의 산출내역, 2)양도소득세의 주식양도가액 포함 여부, 3)사업용 고정자산의 양도를 주식양도로 변환하고자 하는 경위 등 구체적인 사실관계가 불분명하여 정확한 회신이 곤란하니, 이를 상세히 적시하신 후 재질의하여 주시기 바람 ○ 서이46012-11989, 2002.10.31. 거주자가「조세특례제한법」제32조의 규정에 따라 사업용 고정자산을 현물출자하거나 사업 양수도 방법에 의하여 법인(같은 법 제136조 제1항의 규정에 의한 소비성서비스업을 영위하는 법인을 제외한다)으로 전환하는 경우 당해 사업용 고정자산에 대하여는 양도소득세의 이월과세를 적용받을 수 있는 것이며, 이월과세를 적용받은 후 이를 양수한 법인이 당해 사업용 고정자산을 양도하는 경우 거주자가 종전 사업용 고정자산을 동 법인에게 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도 자산이 없다고 보아 계산한 양도소득산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것임