영농조합법인의 농산물(채소류) 유통업에서 발생하는 소득이 농업소득 외의 소득 해당 여부

영농조합법인이 정관에서 정하는 사업목적을 달성하기 위해 농산물 유통업을 하는 경우 동 유통업 발생 소득은 「조세특례제한법」 제66조 제1항의 ‘농업소득 외의 소득’에 해당하는 것임

[회신] ｢농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률｣ 제11조 제1항 제5호에 따라 영농조합법인이 정관에서 정하는 사업목적을 달성하기 위해 영위하는 농산물 유통업에서 발생하는 소득은 ｢조세특례제한법｣ 제66조 제1항의 ‘농업소득 외의 소득’에 해당하는 것입니다. [ 관련 첨부서류 ] 1. 질의내용 요약 ○ 질의내용 당사와 같이 영농조합법인이 농산물(채소류)를 농산물시장 등에서 구입하여 대형마트에 납품하는 유통업을 하는 경우 감면소득 해당 여부 ○ 사실관계 당사는 2005년 영농조합법에 의해 설립된 영농조합법인으로서 정관 제5 조의 사업목적에 따라 농산물(채소류)을 대형마트 등에 납품함 - 2007.1.1이후 조특법 개정으로 감면소득 적용대상 사업범위가 영농 조 합법인의 목적달성을 위한 사업에서 발생한 소득으로 감면소득 범 위가 축소됨 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙) ○ 조세특례제한법 제66조 【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】 ① 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 영농조합법인(이하 "영농조합법인"이라 한다)에 대해서는 2012년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 작물재배업에서 발생하는 소득(이하 "농업소득"이라 한다) 전액과 농업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제한다. ○ 조세특례제한법 시행령 제63조 【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】 ①법 제66조제1항의 규정에 의하여 농업소득외의 소득중 법인세가 면제되는 소득금액은 「 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령」 제11조제1항 에 따른 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득으로서 각 사업연도별로 다음 산식에 의하여 계산한 금액이하의 금액으로 한다. {1천200만원 ×조합원 수 ×(사업연도월수/12)} ○ 조세특례제한법 시행령 제63조 【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】 [2007.02.28] ①법 제66조제1항의 규정에 의하여 농업소득외의 소득중 법인세가 면제되는 소득금액은 「 농업·농촌기본법 시행령」 제13조 에 따른 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득으로서 각 사업연도별로 다음 산식에 의하여 계산한 금액이하의 금액으로 한다. <개정 2002.12.30, 2007.2.28> {1천200만원 ×조합원 수 ×(사업연도월수/12)} ○ 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령 제11조 【조합법인의 사업】 ( 농림수산식품부 경영조직과 ☎ 520-1730) ① 영농조합법인의 사업은 다음 각 호와 같다. 1. 농업의 경영 및 그 부대사업 2. 농업과 관련된 공동이용시설의 설치ㆍ운영 3. 농산물의 공동 출하ㆍ가공 및 수출 4. 농작업의 대행 5. 그 밖에 영농조합법인의 목적을 달성하기 위하여 정관에서 정하는 사업 ○ 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제16조 (영농조합법인 및 영어조합법인의 설립) ① 협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하ㆍ유통ㆍ가공ㆍ수출 등을 공동으로 하려는 농업인 또는 「농어업ㆍ농어촌 및 식품산업 기본법」 제3조제4호에 따른 농업 관련 생산자단체(이하 농업생산자단체 라 한다)는 5인 이상을 조합원으로 하여 영농조합법인(營農組合法人)을 설립할 수 있다. <개정 2009.5.27> ② 협업적 수산업경영을 통하여 생산성을 높이고 수산물의 출하ㆍ유통ㆍ가공ㆍ수출 등을 공동으로 하려는 어업인 또는 「농어업ㆍ농어촌 및 식품산업 기본법」 제3조제4호에 따른 어업 관련 생산자단체(이하 어업생산자단체 라 한다)는 5인 이상을 조합원으로 하여 영어조합법인(營漁組合法人)을 설립할 수 있다. 나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판) ○ 법인세과-3225, 2008.11.04 농업·농촌기본법 제16조의 농업회사법인의 농산물 유통·가공·판매에서 발생한 소득에 대해서는 조세특례제한법 제68조 제1항 의 규정에 의해 법인세가 감면되는 것입니다. 다만, 농산물의 유통·가공·판매에서 발생한 소득에 대한 감면은 2008. 2. 22일 이후 최초로 신고하는 분부터 적용되는 것임을 알려드립니다. ○ 법인세과-696, 2010.07.21 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」의 규정에 따른 축산업을 영위하는 영농조합법인이 식당을 운영하면서 발생하는 소득은 “농업소득외의 소득”에 속하는 “영농조합법인의 목적을 달성하기 위하여 정관에서 정하는 사업”에 해당하지 아니하는 것입니다. ○ 법인세과-320, 2010.04.01 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 농업회사 법인이 2012년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 「조세특례제한법 시행령」 제65조 제1항 제3호 에 규정하는 ‘농산물 유통·가공·판매 및 농작업 대행에서 발생한 소득’은 ‘농업소득 외의 소득’에 해당하는 것으로 귀 질의가 이에 해당하는지는 구체적인 사업내용에 따라 사실판단하시기 바랍니다. ○ 조심2010전0342, (2010.02.25), 조심2010전0183, (2010.02.25) 조심2010전0184, (2010.02.25), 조심2010전099, (2010.02.25), 조심2010전0147, (2010.02.25) [ 제 목 ] 영농조합법인의 주유소운영 소득이 농업소득외의 소득에 해당되는지 여부 [ 요 지 ] 청영농조합법인의 주유소 운영소득은 조세특례제한법 제66조 에 규정하는 농업소득외의 소득 에 해당하나, 2007.1.1. 이후 최초로 개시하는 사업연도 분부터는 영농조합법인의 목적달성을 위한 사업에서 발생한 소득만이 농업소득외의 소득 에 해당됨. [ 결정내용 ] 결정 내용은 붙임과 같습니다. ( 중간 생략 ) 다. 사실관계 및 판단 (1) 심판청구서, 청구법인의 정관, 농림수산식품부장관의 회신, 처분청의 청구법인에 대한 각 사업연도별 법인세 과세표준 및 세액경정결의서 및 국세통합전산망(TIS) 자료 등의 이 건 심리자료를 종합하면, 다음의 사실이 확인된다. (다) 이 건과 관련한 대구지방국세청장의 질의에 대하여, 농림수산식품부장관은 2008.9.11. 주유소 도·소매업은 「농업·농촌 및 식품산업기본법시행령」 제22조에서 규정하는 영농조합법인의 사업의 범위에 명시되어 있지 않고, 협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하·가공·수출 등을 통하여 조합원(농업인)의 소득증대를 도모한다는 영농조합법인의 설립목적에 부합하는 사업으로 볼 수도 없으므로 「농업·농촌 및 식품산업기본법」 및 같은 법 시행령 상의 영농조합법인의 사업의 범위에 포함되지 않는 것임 이라고 회신(농림수산식품부 경영인력과-2255, 2008.9.11.)한 바 있다. (2) 「조세특례제한법」 제66조 및 같은 법 시행령 제63조는 당초 영농조합법인의 소득 중 농업소득( 「지방세법」 제197조 에 의한 소득으로 작물재배업소득이다) 경우 법인세를 전액 면제하고, 농업소득외의 소득 은 인적 한도 내에서 법인세를 면제하되 일몰기한을 2003.12.31.(일몰기한는 2003.12.30. 법률 제7003호에 의하여 2006.12.31.로, 2006.12.30. 법률 제8146호에 의하여 2009.12.31.로 연장되었다)로 정하고 있다가, 2006.12.30. 「조세특례제한법」의, 2007.2.28. 「조세특례제한법 시행령」의 각 규정 개정(이하 2007년 시행령 개정 이라 한다)을 통하여, 일몰기한을 2009.12.31. 로 연장하고, 법인세가 일부 면제되는 농업소득 외의 소득 을 「농업·농촌 및 식품산업기본법시행령」 제13조에 규정된 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득으로 한정하면서, 2007.1.1 이후 최초로 개시하는 사업연도 분부터 이를 적용하도록 하였는데, 2007년 개정세법해설(기획재정부 및 국세청)은 그 개정취지에 관하여 한·미 FTA 추진 등과 관련하여 농·어업 경쟁력 강화를 위해 농·어업 분야에 대해 지원을 당분간 유지할 필요가 있고, 감면대상 소득은 영농조합법인의 설립근거 법률에서 허용하는 사업에서 발생한 소득에 한정됨을 명확히 규정 한 것이라고 밝히고 있다. (3) 이에 대하여 처분청은, 2007년 시행령 전후를 불문하고 법인세가 감면되는 농업소득외의 소득 은 그 취지상 「농업·농촌기본법 시행령」 제13조에 따른 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득으로 제한되는 것으로 봄이 타당하고, 특히 관련 법령에 따른 영농조합법인의 설립목적과 사업범위 등을 고려할 때, 협업적 농업경영을 통한 농업인의 소득증대 도모를 위한 사업만이 영농조합법인의 사업 범위에 포함된다 할 것인데, 청구법인이 영위한 주유소업은 위 사업범위 내에 포함되는 것으로 볼 수 없으므로, 이로부터 발생한 쟁점소득은 모두 법인세의 일부 면제 대상인 농업소득 외의 소득 으로 보기 어렵다(국세청 법규과-4880, 2008.11.20., 참조)는 의견이다. (4) 반면, 청구법인은 주유소업을 통하여 획득한 쟁점소득 전부가 2007년 시행령 개정 전후를 불문하고 법인세가 일부 면제되는 농업소득외의 소득 에 해당한다고 주장하고 있은 바, 그 주장의 상세이유는 다음과 같다. (나) 2007년 시행령 개정 이후 사업연도분의 경우도, 개정 「조세특례제한법 시행령」 제63조 는 법인세가 일부 면제되는 영농조합법인의 농업소득외의 소득 을 「농업·농촌기본법 시행령」 제13조에 따라 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득 이라고 규정하고 있고, 이어 「농업·농촌기본법 시행령」 제13조 제5호는 영농조합법인의 사업으로 “기타 영농조합법인의 목적달성을 위하여 정관으로 정하는 사업”을 규정하고 있는데, 청구법인이 영위한 주유소업은 명백하게 청구법인의 정관에 정하고 있는 사업이므로, 동 주유소업으로부터 발생한 쟁점소득 역시 법인세가 일부 면제되는 농업소득외의 소득 에 해당하는 것으로 봄이 타당하다 할 것이고, 특히 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 확장해석이나 유츄해석은 허용하지 않고 법문대로 해석하여야 한다는 조세법률주의 원칙과 처분청 의견에 따를 경우 「농업·농촌기본법 시행령」 제13조 제5호가 인정하는 법인세 일부 면제 대상 사업의 종류 자체가 불분명하게 되어 명확성의 원칙에 반하는 결과가 되는 점을 고려하여도 위와 같이 해석함이 타당하다 할 것이다. (다) 설사, 주유소업이 영농조합법인의 목적 달성에 부합하는 사업에 해당하지 않아 이로부터 발생한 쟁점소득 전체를 법인세가 일부 면제되는 농업소득외의 소득 으로 볼 수 없고 하더라도, 쟁점소득 중 농민에게 공급한 면세유류 사업에서 발생한 소득은 그 실질상 영농조합법인의 목적 달성을 위한 사업에 포함되는 것이 명백하다 할 것이므로 이 부분에 한해서라도 법인세 일부 면제 대상 소득으로 봄이 타당하다 할 것이다. (5) 이상의 내용을 종합하여 살피건대, 우선 2007년 시행령 개정 이전 사업연도분(2006.12.31. 이전에 개시된 영농조합법인의 목적에 부합하는 사업에서 발생한 소득으로 면제 대상 소득을 제한하고 있지 않았던 점, 영농조합법인은 「농업·농촌기본법」을 근거로 협업적 농업 경영을 통한 농업인의 소득증대의 목적으로만 설립할 수 있는 것이고, 관련 법령에 의하면 설립 및 설립 이후에도 엄격하게 관리가 이루어지도록 되어 있으며, 특히 영농조합법인의 사업이 설립목적에 부합하지 않을 때에는 시·도지사가 직권으로 해산할 수 있도록 규정된 사실에 비추어 보면, 원칙적으로 영농조합법인이 영위하는 사업이 그 설립목적에서 완전히 어긋난 것으로 단정하기 어려운 측면이 있는 점, 그에 따라 청구법인도 자신의 정관에 사업의 종류로 주유소업을 명시한 상태에서 오랜 기간 정상적으로 주유소업을 영위하여 왔던 점, 영농법인의 소득에 대한 감면규정의 기본 취지가 쌀시장 개방 등으로 어려움을 겪고 있던 농촌경제의 현실을 개선하고 한-칠레 FTA 및 DDA 협상 등에 대비하여 농업경쟁력 강화를 위하여 농업경제의 지원을 위한 것임에 비추어 볼 때, 2007년 시행령 개정 이전 법령은 영농조합법인에게 다소 폭넓은 혜택을 부여하는 방향으로 해석함이 합리적인 점, 2007년 시행령 개정 이전의 경우 영농조합법인의 토지양도소득도 법인세 감면대상 소득으로 본 사례(국심 2003.1781, 2004.5.27. 참조)가 있고, 처분청의 근거로 든 집행례(재법인-218, 2006.3.17.)는 「조세특례제한법」 제68조 소정의 농업회사법인에 대한 법인세의 면제 드 에 관한 것으로 농업회사법인은 영농조합법인인 청구법인의 경우와는 설립목적, 사업범위(포괄규정 없음), 관련법령의 내용, 법인세의 면세법위 등에 차이가 있어 이 건에 적용되는 것으로 보기 어려운 점 등을 종합하면, 쟁점소득 중 2007.2.28. 개정된 「조세특례제한법 시행령」 부칙 제2조에서 규정하는 개정규정의 적용시기(2007.1.1. 이후 개시하는 사업연도분부터 적용) 이전에 개시되는 사업연도에 발생한 소득의 경우에는 「조세특례제한법」 제66조 에 따라 법인세가 일부 면제되는 농업소득외의 소득 으로 보아야 할 것이어서, 처분청이 이를 부인하고 과세한 처분에는 잘못이 있는 것으로 판단된다. (6) 그러나 시행령 개정 이후 사업연도분(2007.1.1. 이후 개시된 사업연분을 말한다)의 경우, 청구법인은 주유소업이 청구법인의 정관에 명시되어 있으므로 개정 조항에 의하더라도 법인세가 일부 면제되는 농업소득외의 소득 에 쟁점소득이 포함되는 것이라고 주장하나, 개정 취지 등을 고려할 때, 2007년 시행령 개정 이후에는 단순히 영농조합법인의 정관에 규정된 사업이 아니라 영농조합법인의 목적달성을 위한 사업 에서 발생한 소득만이 법인세가 일부 면제되는 농업소득외의 소득 으로 보아야 할 것이고,부가적으로 그 사업은 작물재배업 과 최소한의 유사성이 있는 사업에 한정되는 것으로 봄이 타당하다 할 것인 바, 청구법인이 영위한 주유소업이 이에 해당하는 것인지 여부가 불분명하므로(여기서 영농조합법인의 목적달성을 위한 사업 인지 여부는 그 사업이 협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하·가공·수출 등을 공동으로 하기 위한 것인지 여부에 달려 있다 할 것인데, 농림수산부식품부는 이를 부인하고 있다), 이로부터 발생한 소득은 「조세특례제한법」 제66조 소정의 법인세가 일부 면제되는 농업소득외의 소득 으로 보기 어려워, 청구법인의 위 주장은 받아들이기 어렵다 할 것이고, 아울러 청구법인은 2007년 시행령 개정 이후의 쟁점소득 중 최소한 면세유 판매에 따른 소득만은 법인세가 일부 면제되는 농업소득외의 소득 에 해당한다고 주장하나, 관련 법령상 위 주장과 같이 구분하여 법인세를 일부 면제할 수 있는지 여부가 불분명한 점, 주유소업에서 발생한 수익과 비용 중 면세유 판매와 관련된 수익과 비용만을 명확하게 구분하기 어려울 뿐만 아니라, 청구법인의 주장을 받아들일 경우 일반 주유소와 비교할 때 청구법인에게만 추가적인 혜택을 부여하는 결과가 되는 점 등을 종합하면, 청구법인의 위 주장 역시 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.