병원건물에 대하여 지출된 공사비용의 고유목적사업 지출 해당여부

고유목적사업준비금을 손금에 산입하고 이를 의료발전회계로 구분하여 경리하는 의료법인이 병원 건물을 취득하기 위하여 지출하는 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보는 것이며, 이 경우 ‘기획재정부령이 정하는 고정자산의 취득’에는 병원건물에 대한 자본적 지출액을 포함하는 것임

[회신] 고유목적사업준비금을 설정한 의료법인이 폐쇄된 병원건물을 입원실로 사용하기 위하여 보수공사를 하는 과정에서 지출된 금액이 「법인세법」제29조에 따른 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액에 해당하는지 여부는 아래의 기존 회신사례를 참고하시기 바람 ｢법인세법｣ 제29조에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입하고 이를 의료발전회계로 구분하여 경리하는 의료법인이 병원 건물을 취득하기 위하여 지출하는 금액은 ｢법인세법 시행령｣ 제56조제6항제3호에 따라 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보는 것이며, 이 경우 ‘기획재정부령이 정하는 고정자산의 취득’에는 병원건물에 대한 자본적 지출액을 포함하는 것임 1. 질의내용 요약 가. 사실관계 및 질의요지 ○ 의료법인이 병원건물을 신‧증축하면서 기존의 병원건물은 폐쇄된 상태로 방치되어 있었음 - 2010년에 폐쇄된 병원건물을 입원실 등으로 사용하기 위하여 전면 공사를 실시하였음 ○ 고유목적사업준비금을 설정한 의료법인이 병원건물을 보수공사할 경우 당해 지출액을 고유목적사업의 지출 또는 사용으로 볼 수 있는지 여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙) 등 □ 법인세법 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】 ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업 등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다. (2006. 12. 30. 개정) 1. 「소득세법」 제16조 제1항 제1호 부터 제10호까지의 이자소득의 금액 (중략) ③ 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 고유목적사업준비금의 잔액이 있는 비영리내국법인이 다음 각호의 1에 해당하게 된 경우 그 잔액은 당해 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 익금에 산입한다. (1998. 12. 28. 개정) 4. 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업등에 사용하지 아니한 때(5년내 사용하지 아니한 잔액에 한한다) (1998. 12. 28. 개정) □ 법인세법 시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】 ⑤ 법 제29조 제1항에서 “고유목적사업” 이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업외의 사업 을 말한다. (1998. 12. 31. 개정) ⑥ 법 제29조 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다. (2000. 12. 29. 개정) 3. 의료업을 영위하는 비영리내국법인(이하 이 조에서 “의료법인”이라 한 다)이 의료기기 등 기획재정부령이 정하는 고정자산 을 취득하기 위하여 지출하는 금액 (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙) ⑩ 제6항 제3호의 규정을 적용받고자 하는 의료법인은 손금으로 계상한 고유목적사업준비금상당액을 기획재정부령이 정하는 의료발전회계로 구분하여 경리하여야 한다. (2006.2.9. 개정; 2008.2.29. 직제개정) □ 법인세법 시행규칙 제29조 의 2 【의료기기 등의 범위】 ① 영 제56조 제6항 제3호에서 “의료기기 등 기획재정부령이 정하는 고정자산”이라 함은 다음 각 호의 자산을 말한다. (2008. 3. 31. 직제개정) 1. 병원 건물 및 부속토지 (2001. 3. 28. 신설) 2. 「의료기기법」에 따른 의료기기 (2007. 3. 30. 개정) 3. 「보건의료기본법」에 따른 보건의료정보의 관리를 위한 정보시스템 설비 (2007. 3. 30. 신설) □ 법인세법 시행령 제72조 【자산의 취득가액 등】 ④ 법인이 보유하는 자산에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생한 경우의 취득가액은 다음과 같다 . (2009.2.4. 개정) 2. 제31조 제2항의 규정에 의한 자본적지출이 있는 경우에는 그 금액을 가산한 금액 □ 법인세법기본통칙 29-56…6【의료발전회계의 처리방법】 ① 의료법인이 의료기기 등 규칙 제29조의 2에서 규정하는 고정자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액은 당해 법인의 선택에 따라 고유목적사업준비금을 사용한 것으로 경리할 수 있다. (2003.5.10. 신설) ② 제1항에 따라 지출하는 금액은 영 제56조 제10항에 따라 의료발전회계로 구분경리하여야 하며, 이에 대한 세무상 처리방법은 아래와 같다. (2008.7.25. 개정) ┌─────┬────────────────────────┬───────────┐ │ 구 분 │ 병원회계(수익사업) │ 의료발전회계 │ ├─────┼────────────────────────┼───────────┤ │ 100 │고유목적사업준비금 100 / 고유목적사업준비금 100 │ － │ │ 전입시 │전 입 │ │ ├─────┼────────────────────────┼───────────┤ │ 100 │자 산 100 / 현 금 100 │자산(별도관리) 100 │ │ 구입시 │고유목적사업준비금 100 / 의료 발전 준비금 100 │ / 의료발전준비금 100 │ ├─────┼────────────────────────┼───────────┤ │ 20 │감 가 상 각 비 20 / 감가 상각 누계액 20 │의료발전준비금 20 │ │감가상각시│의료 발전 준비금 20 의료발전준비금환입 20 │ / 자산 20 │ │ │ (익금) │ │ ├─────┼────────────────────────┼───────────┤ │ │현 금 50 / 자 산 100 │ │ │ 50으로 │감가 상각 누계액 20 의료발전준비금환입 80 │의료발전준비금 80 │ │ 처분시 │처 분 손 실 30 (익금) │ / 자산 80 │ │ │의료 발전 준비금 80 │ │ └─────┴────────────────────────┴───────────┘ 나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규) ○ 법인46012-117(2002.02.27.) 귀 질의의 경우 의료업을 영위하는 비영리내국법인이 법인세법시행규칙 제29조 의 2에 규정된 의료기기 등(이하 "의료기기"라 함)을 취득하기 위하여 지출하는 금액은 당해 법인의 선택에 의하여 같은법 제29조의 규정에 의한 고유목적사업준비금잔액을 사용하는 것으로 보아 의료발전준비금의 적립을 통한 의료발전회계로서 구분경리할 수 있는 것이며, 동 규정에 따라 고유목적사업준비금잔액을 사용한 것으로 하여 의료기기를 취득한 법인이 동 의료기기에 대하여 법인세법 제23조 의 규정에 의한 감가상각비를 각 사업연도의 손금으로 계상한 경우에는 감가상각비상당액을 의료발전준비금의 환입액으로 하여 익금액에 산입하는 것임. ○ 법인세과-753(2010.8.9.) ｢법인세법｣ 제29조 에 따라 고유목적사업준비금을 손금에 산입하고 이를 의료 발전회계로 구분하여 경리하는 의료법인이 병원 건물을 취득하기 위하여 지출하는 금액은 ｢법인세법 시행령｣ 제56조제6항제3호 에 따라 고유 목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보는 것이며, 이 경우 ‘기획재정부령이 정하는 고정자산의 취득’에는 병원건물에 대한 자본적 지출액을 포함하는 것임 ○ 서면2팀-526(2008.03.25) 의료법인이 취득한 병원건물내 진료실을 건강검진센터 및 영안실로 용 도변경을 위해 지출 한 공사비용은 「법인세법 시행령」 제56조 제6항 제3호에 의해 같은 법 시행규칙 제29조의 2 제1항 각 호의 고정자산 취득을 위하여 지출한 금액에 해당되지 않는 것임 ○ 서면2팀-898(2004.04.27) [ 질 의 ] 의료법에 의한 의료법인이 신축건물을 임차하여 병원을 이전함에 있어서, 임차한 건물내에 인테리어시설 및 환자의 편의를 위한 기타시설(휴계실 등)공사를 당 법인이 지출하는 경우 그 지출금액이 고유목적사업준비금의 사용기준인 의료법인의 의료기기 등의 취득을 위하여 지출한 금액의 범위에 포함되는지 여부 [ 회 신 ] 의료업을 영위하는 비영리내국법인이 “의료기기 등 법인세법시행규칙 제29조의 2의 규정에 의한 고정자산”을 취득하기 위하여 지출하는 금액은 고유목적사업준비금에서 지출한 금액으로 보는 것이나, 동 규정에 의한 자산 외의 자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액은 그러 하지 아니하는 것임 ○ 법인세과-498(2009.04.24) 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 의료업을 영위하는 비영리내국 법인이 병원 건물 및 부속토지를 취득하기 위하여 지출하는 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보는 것이나, 병원 건물 신축(증축)용 토지 및 주차장용 토지를 취득하기 위해 지출 하는 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보지 않는 것 이며, 병원 건물의 건축공사에 착공하기 위해 병원회계로 당해 토지를 전입하는 때에는 그 전입하는 시점에서 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보는 것임