자체 및 수탁연구개발비의 구분경리 및 안분계산

수익사업을 영위하지 아니하는 비영리내국법인은 「소득세법」 제94조제1항제3호에 해당하는 주식등의 양도소득에 대하여 「법인세법」 제60조 규정에 따른 법인세 신고・납부하는 방법과 「소득세법」제92조를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조제1항의 양도소득세율을 적용하여 신고・납부하는 방법 중 선택에 따라 신고할 수 있음

[회신] 「법인세법」 제3조제3항제1호에서 규정하는 수익사업이 없는 비영리내국법인이 같은 조 제3항제4호의 수입으로서 「소득세법」 제94조제1항제3호에 해당하는 주식등의 양도로 인하여 발생하는 소득이 있는 경우에는 「법인세법」 제62조의2 규정에 의거 같은 법 제60조제1항의 규정에 의하여 신고․납부하는 방법과 「소득세법」 제92조를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조제1항 각 호의 양도소득세율을 적용하여 신고․납부하는 방법 중 법인의 선택에 따라 신고할 수 있으며, 자산양도소득에 대한 과세특례는 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도 단위별로 적용하는 것임 1. 질의내용 ○ 사업소득이 없는 비영리내국법인이 주식양도소득에 대해 소득세법을 준용하여 예정신고하는 경우 이자․배당소득도 적용할 수 있는지 여부 2. 사실관계 ○ 질의비영리법인은 법인세법§3③1호에 규정하는 수익사업은 없으나 이자․배당소득이 있으며, 주식의 양도소득에 대하여 법인세§62조의2 규정의 자산양도소득에 대한 과세특례를 적용할 예정임 3. 관련 법령 ○ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】 ① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부 과한다. 1. 각 사업연도의 소득 2. 청산소득(淸算所得) 3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득 ② (생략) ③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입 (이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. 1. 제조업, 건설업, 도매업·소매업, 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령으로 정하는 것 2. 「소득세법」 제16조제1항 에 따른 이자소득 3. 「소득세법」 제17조제1항 에 따른 배당소득 4. 주식·신주인수권(新株引受權) 또는 출자지분(出資持分)의 양도로 인하여 생기는 수입 5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령 으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 6. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인하여 생기는 수입 7. 제1호부터 제6호까지의 규정 외에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령으로 정하는 것 ○ 법인세법 제60조 【과세표준 등의 신고】 ① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. ○ 법인세법 제62조의2 【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】 ① 비영리내국법인(제3조제3항제1호에서 규정하는 수익사업을 하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조제3항제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 "자산양도소득"이라 한다)이 있는 경우에는 제60조제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다. 1. 「소득세법」 제94조제1항제3호 에 해당하는 주식등과 대통령령으로 정하는 주식등 2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다) 3. 「소득세법」 제94조제1항제2호 및 제4호의 자산 ② 제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 「소득세법」 제92조 를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 같은 법 제104조제4항에 따라 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다. ③～⑤ (생략) ⑥ 제2항에 따른 법인세의 과세표준에 대한 신고·납부·결정·경정 및 징수에 관하여는 자산 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고·납부·결정·경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그 밖의 법인세액에 합산하여 신고·납부·결정·경정 및 징수한다. 이 경우 제76조제1항을 준용한다. ⑦ 제2항에 따라 계산한 법인세는 「소득세법」 제105조 부터 제107조까지의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 「소득세법」 제112조 및 제112조의2를 준용한다. ⑧ 비영리내국법인이 제7항에 따른 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 「소득세법」 제110조제4항 단서에 해당하는 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다. ○ 법인세법 시행령 제99조의2 【비영리내국법인의 자산양도소득 과세특례】 ① 법 제62조의2제1항제1호에서 "대통령령으로 정하는 주식등"이란 「소득세법」 제94조제1항제4호 나목(주식등에 한한다) 및 동법 시행령 제158조제1항제1호·제5호에 규정된 자산을 말한다. <개정 2005.2.19, 2011.6.3> ② 법 제62조의2제1항 각호의 규정에 의한 자산의 양도소득에 대한 과세 특례는 동조제1항 각호의 규정에 의한 자산의 양도일이 속하는 각 사업연 도 단위별로 이를 적용한다. 이 경우 각 사업연도 단위별로 이를 적용하지 아니한 때에는 당해 사업연도의 양도소득에 대하여는 법 제62조의2의 규정을 적용하지 아니한다. ○ 소득세법 제92조 【양도소득과세표준의 계산】 ① 거주자의 양도소득에 대한 과세표준(이하 "양도소득과세표준"이라 한다)은 종합소득 및 퇴직소득에 대한 과세표준과 구분하여 계산한다. ② 양도소득과세표준은 제94조부터 제99조까지, 제99조의2, 제100조부터 제102조까지 및 제118조에 따라 계산한 양도소득금액에서 제103조에 따른 양도소득 기본공제를 한 금액으로 한다. ○ 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】 ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. 1. 2. (생략) 3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권과 대통령령으로 정하는 증권예탁증권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득 가. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 같은 법에 따른 증권시장(이하 "증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것 나. 주권상장법인이 아닌 법인의 주식등 ○ 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】 ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상의 세율에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. <개정 2010.12.27, 2014.1.1> 1. ～ 10. (생략) 11. 제94조제1항제3호에 따른 자산 가. 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 외의 법인의 주식등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 30 나. 중소기업의 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 10 다. 그 밖의 주식등 양도소득 과세표준의 100분의 20 4. 관련 사례 ○ 법인세과-606, 2009.5.25. 비영리내국법인은 각 사업연도의 소득과 ｢법인세법｣ 제55조 의 2에 따른 토지 등 양도소득에 대하여 법인세의 납세의무가 있는 것으로, 비영리내국법인이 같은 법 제3조제3항각호 및 같은 법 시행령 제2조제1항의 수익사업을 영위하는 경우에는 당해 수익사업에서 발생하는 각 사업연도의 소득에 대하여 같은 법 제60조에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 하는 것임 ○ 서면2팀-988, 2006.5.30. 법인세법 제62조 의 2 규정에 의거 같은 법 제3조 제1항 제1호의 규정에 의한 사업소득이 없는 비영리 내국법인이 같은 조 제2항 제4호와 5호의 수입이 있는 경우에는 법인세법 제60조 제1항 의 규정에 의하여 신고납부하는 방법과 소득세법 제92조 의 규정에 의하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 양도소득세율을 적용하여 신고·납부하는 방법 중 법인이 선택에 따라 적용 받을 수 있으며 자산의 양도소득에 대한 과세특례는 자산의 양도일이 속하는 각 사업년도 단위별로 적용하는 것임