출연금 및 국고보조금의 지출시 계산서 수취 여부

출연금 또는 국고보조금이 연구관련 재화 또는 용역 제공에 대한 대가에 해당되지 않는 경우에는 계산서를 교부하지 아니하는 것임

[회신] 기업의 연구기관 등이 국가연구개발 사업에 참여하여 정부로부터 출연금 또는 국고보조금을 직접 수령하지 않고 해당 연구의 주관연구기관으로부터 수령하는 경우 해당 출연금 또는 국고보조금이 연구관련 재화 또는 용역 제공에 대한 대가에 해당되지 않는 경우에는 계산서를 교부하지 아니하는 것이며, 이 경우 출연금 또는 국고보조금이 재화 또는 용역 제공의 대가인지 여부는 협약 내용에 따라 연구개발 결과물의 소유권을 출연금 또는 국고보조금의 제공자가 취득하는지 여부 등을 고려하여 사실 판단할 사항임 [ 관련 첨부서류 ] 1. 질의내용 요약 가. 사실관계 ○ 정부출연기관인 비영리법인으로 정부로부터 출연금 및 국고보조금을 교부받아 환경기술 연구개발지원 및 환경산업 육성사업을 수행 ○ 정부로부터 수령한 출연금 및 국고보조금은 영리기관 또는 대학 등 비영리기관에게 연구개발지원비 또는 사업지원비 명목으로 지원 ○ 연구결과에 대하여는 최종보고서를 제출받고 있으며, 결과물은 일반적 으로 해당 연구기관이 소유하나 국가안보상 필요한 경우 등에는 국가 소유로함 나. 질의내용 ○ 환경부로부터 교부받은 출연금 및 국고보조금을 영리기관 또는 비영리기관에게 연구개발지원비 또는 사업지원비 명목으로 지급하는 경우 계산서 수취 여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙) ○ 법인세법 제121조 【계산서의 작성ㆍ교부등】 ① 법인이 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산서 또는 영수증(이하 "계산서등"이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 교부하여야 한다. ② 「부가가치세법」 제12조제1항제1호 의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물과 임산물의 위탁판매 또는 대리인에 의한 판매의 경우에는 수탁자 또는 대리인이 재화를 공급한 것으로 보아 계산서등을 작성하여 당해 재화를 공급받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 제1항의 규정에 의하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산서등을 교부하는 경우에는 그러하지 아니하다. ③ 세관장은 수입되는 재화에 대하여 재화를 수입하는 법인에게 대통령령이 정하는 바에 따라 계산서를 교부하여야 한다. ④ 부동산을 매각하는 경우 등 계산서등을 교부하는 것이 적합하지 아니하다고 인정되어 대통령령이 정하는 경우에는 제1항 내지 제3항의 규정을 적용하지 아니한다. ⑤ 법인은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 교부하였거나, 교부받은 계산서의 매출ㆍ매입처별합계표(이하 "매출ㆍ매입처별계산서합계표"라 한다)를 대통령령이 정하는 기한내에 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 제3항의 규정에 따라 계산서를 교부받은 법인은 그 계산서의 매입처별합계표를 제출하지 아니할 수 있다. ⑥ 「부가가치세법」에 의하여 세금계산서 또는 영수증을 작성ㆍ교부하였거나 매출ㆍ매입처별세금계산서합계표를 제출한 분에 대하여는 제1항 내지 제3항 및 제5항의 규정에 의하여 계산서등을 작성ㆍ교부하였거나 매출ㆍ매입처별계산서합계표를 제출한 것으로 본다. ○ 법인세법 시행령 제164조 【계산서의 작성ㆍ교부 등】 ① 「소득세법 시행령」 제211조 내지 제212조의2의 규정은 법 제121조의 규정에 의한 계산서등의 작성ㆍ교부에 관하여 이를 준용한다. ② 법 제121조제2항 단서에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 계산서등을 교부하는 경우"라 함은 위탁자 또는 본인의 명의로 「소득세법 시행령」 제212조제2항 의 규정에 의하여 계산서등을 교부하는 경우를 말한다. ③ 법 제121조제4항에서 "대통령령이 정하는 경우"라 함은 토지 및 건축물을 공급하는 경우를 말한다. ④ 법 제121조제5항에서 "대통령령이 정하는 기한"이라 함은 매년 1월 31일을 말한다. ⑤ 법인은 기획재정부령이 정하는 매출ㆍ매입처별계산서합계표를 제4항에 규정한 기한(외국법인의 경우에는 매년 2월 19일)까지 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ⑥ 「소득세법 시행령」 제212조 의 규정은 이 영에 다른 규정이 있는 경우를 제외하고는 제5항의 규정에 의한 매출ㆍ매입처별계산서합계표의 제출에 관하여 이를 준용한다. ⑦ 「조세특례제한법」 제106조제1항제6호 의 규정에 의한 재화 또는 용역중 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 것을 공급하는 경우에는 「소득세법 시행령」 제211조제2항 의 규정을 준용한다. 1.「항만공사법」에 의한 항만공사가 공급하는 동법 시행령 제13조제1항제1호나목의 규정에 의한 화물료 징수용역 2. 그 밖에 거래금액 및 거래건수 등을 감안하여 기획재정부령이 정하는 재화 또는 용역 ⑦ 계산서등의 작성ㆍ교부 및 매출ㆍ매입처별계산서합계표의 제출에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 소득세법 시행령 제211조 【계산서의 작성ㆍ교부】 ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 다음 각호의 사항이 기재된 계산서 2매를 작성하여 그중 1매를 공급받는 자에게 교부하여야 한다. 1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭 2. 공급받는 자의 등록번호와 성명 또는 명칭 3. 공급가액 4. 작성연월일 5. 기타 참고사항 ② 다음 각호의 1에 해당하는 사업을 영위하는 자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제1항의 규정에 불구하고 영수증을 교부할 수 있다. 다만, 재화 또는 용역을 공급받은 사업자가 사업자등록증을 제시하고 제1항의 규정에 의한 계산서의 교부를 요구하는 때에는 계산서를 교부하여야 한다. 1.「 부가가치세법 시행령」 제79조의2제1항 및 제2항의 규정을 적용받는 사업 2. 「부가가치세법 시행령」 제79조의2제1항 및 제2항에 규정된 사업으로서 부가가치세가 면제되는 사업 3. 주로 사업자가 아닌 소비자에게 재화 또는 용역을 공급하는 사업으로서 기획재정부령이 정하는 사업 4. 토지 및 건축물을 공급하는 경우 ③ 「부가가치세법」 제25조 의 규정을 적용받는 사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제1항 및 제2항 단서의 규정에 불구하고 계산서를 교부할 수 없으며, 영수증을 교부하여야 한다. ④ 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 제1항 내지 제3항의 규정에 불구하고 계산서 또는 영수증을 교부하지 아니할 수 있다. 1. 노점상인ㆍ행상인 또는 무인판매기 등을 이용하여 사업을 하는 자가 공급하는 재화 또는 용역 2. 「부가가치세법」 제12조제1항제6호 의 용역중 시내버스에 의한 용역 3. 국내사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인과 거래되는 재화 또는 용역 4. 기타 「부가가치세법 시행령」 제57조 및 제79조의2의 규정에 의하여 세금계산서 또는 영수증의 교부가 면제되는 재화 또는 용역 ⑤ 사업자가 법 제144조의 규정에 의하여 용역을 공급받는 자로부터 원천징수영수증을 교부받는 것에 대하여는 제1항의 규정에 의한 계산서를 교부한 것으로 본다. ⑥ 사업자는 제1항제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항과 기타 필요하다고 인정되는 사항 및 국세청장에게 신고한 계산서임을 기재한 계산서를 국세청장에게 신고한 후 교부할 수 있다. 이 경우 그 계산서는 제1항의 규정에 의한 계산서로 본다. ⑦ 사업자가 다음 각호에서 정한 방법에 따라 계산서를 전송하고 그 자료를 보관하는 경우에는 제1항의 규정에 의한 계산서를 교부한 것으로 본다. 1. 제1항 각호의 기재사항을 정보통신망에 의하여 전송(제2호의 방식에 의한 전송을 제외한다)하고 이를 정보처리장치ㆍ전산테이프 또는 디스켓 등의 전자적 형태로 보관하는 경우 2. 제1항 각호의 기재사항을 계산서 작성자의 신원 및 계산서의 변경여부 등을 확인할 수 있는 인증시스템을 거쳐 인터넷에 의하여 전송하고 이를 정보처리장치ㆍ전산테이프 또는 디스켓 등의 전자적 형태로 보관하는 경우 ⑧ 제7항의 규정에 의한 계산서(이하 "전자계산서"라 한다)의 교부업무를 대행하는 사업자가 실거래 사업자를 대행하여 제7항 각호의 방법에 의하여 전자계산서를 교부하고 보관하는 경우에는 당해 실거래 사업자가 제1항의 규정에 의한 계산서를 교부한 것으로 본다. 이 경우 대행사업자의 사업자등록번호를 전자계산서에 기재하여야 한다. ⑨ 제7항 및 제8항에서 정한 것 외에 전자계산서의 교부절차 및 보관요건 그 밖에 필요한 사항은 국세청장이 정한다. 나. 관련예규(예규, 해석사례, 심사, 심판) ○ 서면2팀-1976, 2005.12.05 비영리법인이 국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정에 의하여 정부 또는 국가기관과 연구 개발협약을 체결하고 연구개발에 소요되는 비용을 주관연구기관의 자격으로 국가로부터 출연금의 형태로 지급 받아 이를 세부연구 기관에 용역제공 등에 대한 대가관계 없이 지급하는 경우 동출연금에 대하여는 법인세법 제121조 의 규정에 의한 계산서 작성ㆍ교부의무가 없는 것이므로, 귀 질의의 경우가 연구용역의 대가관계에 의하여 지급되는 것인지 위의 경우에 해당하는 것인지에 대하여는 사실판단 하여야 하는 것임. ○ 서면2팀-1720, 2004.08.18 기업의 연구기관이 국가연구개발사업에 참여하여 정부로부터 출연금을 지급받는 경우, 정부로부터 출연금을 직접 수령하지 않고 해당 연구관련 주관연구기관으로부터 출연금을 수령하며, 해당 출연금이 연구관련 재화 또는 용역의 제공에 대한 대가에 해당하지 않는 경우에는 계산서를 교부하여야 하는 대상에 해당하지 않는 것임. ○ 법인-787, 2009.07.14 「 산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률」 제25조에 따라 설립된 산학협력단이 「국가연구개발사업의 관리 등에 관한 규정」에 따른 국가연구개발사업과 관련하여 정부 또는 연구관리전문기관과 협약을 체결하고 그 연구개발사업의 소요경비를 용역제공에 대한 대가관계 없이 출연금 형태로 지급받는 경우 해당 출연금은 「법인세법」 제3조 제3항 의 수익사업에서 생기는 소득에 해당하지 아니하는 것이며, 해당 출연금에 대하여는 같은 법 제121조의 규정에 의한 계산서 작성ㆍ교부의무가 없는 것이며, 이 경우, 출연금이 대가관계에 있는 것인지 여부는 협약 내용에 따라 연구개발에 따른 결과물의 소유권을 출연금 제공자가 취득하는지 여부 등을 고려하여 사실판단할 사항임. ○ 서면2팀-1141, 2005.07.20 산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률에 의거 설립된 비영리법인이 「법인세법 시행령」 제2조 제1항 제2호 의 규정에 의한 연구 및 개발업을 수행하면서 기술개발에 대한 지역컨소시엄 협약을 맺고 기술개발에 소요되는 비용을 용역제공 등에 대한 대가관계 없이 국가 등으로부터 출연금 형태로 지급받는 출연금은 「법인세법」 제3조 제2항 의 규정에 의한 수익사업에 해당되지 아니하는 것이며, 동 출연금에 대하여는 세금계산서나 계산서 작성ㆍ교부의무가 없는 것임.