비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례

비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인에 대하여는 적용하지 않는 것이며, 수익사업을 영위하는 비영리내국법인이 토지 및 건물을 양도한 경우에는 양도한 자산의 양도당시의 장부가액을 손금에 산입하는 것임

[회신] ｢법인세법｣ 제62조의 2【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】규정은 같은 법 제3조제3항제1호의 수익사업을 영위하는 비영리내국법인에 대하여는 적용하지 않는 것이며, 수익사업을 영위하는 비영리내국법인이 토지 및 건물을 양도한 경우에는 양도한 자산의 양도당시의 장부가액을 손금에 산입하는 것임 [ 관련 첨부서류 ] 1. 질의내용 요약 가. 사실관계 및 질의내용 ○ 수익사업을 영위하는 비영리법인이 증여받은 부동산을 3년 이내에 양도하는 경우 동 부동산의 취득가액 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙) ○ 법인세법 시행령 제19조 【손비의 범위】 법 제19조제1항에 따른 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다. 2. 양도한 자산의 양도당시의 장부가액 ○ 법인세법 시행령 제72조 【자산의 취득가액 등】 ① 법 제41조제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다. 1. 타인으로부터 매입한 자산：매입가액에 취득세ㆍ등록세 기타 부대비용을 가산한 금액 2. 자기가 제조ㆍ생산ㆍ건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산：원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액 3. 현물출자ㆍ합병 또는 분할에 의하여 취득한 자산 : 장부에 계상한 출자가액 또는 승계가액. 다만, 그 가액이 시가를 초과하는 경우에는 그 초과금액을 제외하고, 제61조제2항 각호의 1에 해당하는 금융기관의 기획재정부령이 정하는 금전채권 등의 경우에는 피합병법인 등의 장부가액으로 한다. 4. 현물출자, 물적분할 또는 채무의 출자전환에 따라 취득한 주식등：취득당시의 시가. 다만, 제15조제4항 각 호의 요건을 갖춘 채무의 출자전환으로 취득한 주식등은 출자전환된 채권(법 제19조의2제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 채권은 제외한다)의 장부가액으로 한다. 5. 합병 또는 분할(물적분할은 제외한다)에 따라 취득한 주식등: 종전의 장부가액에 법 제16조제1항제5호 또는 제6호의 금액 및 제11조제9호의 금액을 가산한 가액 6. 그 밖의 방법으로 취득한 자산：취득당시의 시가 ○ 법인세법 제62조의2 【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례 】 ① 비영리내국법인(제3조제2항제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조제2항제4호 및 제5호의 수입으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 "자산양도소득"이라 한다)이 있는 경우에는 제60조제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. ④ 「소득세법」 제96조 ㆍ동법 제97조ㆍ동법 제98조 및 동법 제100조의 규정은 제3항의 규정에 의한 양도가액ㆍ필요경비 및 양도차익의 계산에 관하여 이를 준용한다. 다만, 「상속세 및 증여세법」에 의하여 상속세과세가액 또는 증여세과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연받은 비영리내국법인이 대통령령이 정하는 자산을 양도하는 경우에 있어서는 당해 자산을 출연한 출연자의 취득가액을 당해 법인의 취득가액으로 하며, 「국세기본법」 제13조제2항 의 규정에 의한 법인으로 보는 단체의 경우에는 동항의 규정에 의하여 승인을 얻기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다. ○ 법인세법 시행령 제99조의2 【비영리내국법인의 자산양도소득 과세특례】 ③ 법 제62조의2제4항 단서에서 "대통령령이 정하는 자산"이라 함은 출연받은 날부터 3년 이내에 양도하는 자산을 말한다. 다만, 1년 이상 다음 각호의 1에 해당하는 사업(의료업외에 제2조제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 자산을 제외한다. 1. 법령에서 직접 사업을 정한 경우에는 그 법령에 규정된 사업 2. 행정관청으로부터 허가ㆍ인가 등을 받은 경우에는 그 허가ㆍ인가 등을 받은 사업 3. 제1호 및 제2호외의 경우에는 법인등기부상 목적사업으로 정하여진 사업 나. 관련예규(예규, 해석사례, 심사, 심판) ○ 법인세과-650(2009.05.29) 비영리내국법인인 교회가 토지를 증여받은 경우 당해 증여받은 토지의 취득가액은 증여일 현재의 시가로 하는 것이며, 시가가 불분명한 경우에는 ｢법인세법 시행령｣ 제89조제2항 각호의 규정을 순차적으로 적용하여 계산한 금액으로 하는 것임 ○ 법인세과-549(2009.05.11) 의료업을 영위하는 개인사업자로부터 토지 및 건물을 출연받아 설립된 비영리 의료법인의 경우 출연받은 토지 및 건물의 취득가액은 출연일 현재의 시가로 하는 것이며, 시가가 불분명한 경우에는 ｢법인세법 시행령｣ 제89조제2항 각호의 규정을 순차적으로 적용하여 계산한 금액으로 하는 것임 ○ 서면2팀-102, 2008.01.16 「법인세법」 제62조 의 2 제2항에 의해 비영리내국법인이 자산양도소득을 산정함에 있어 같은 조 제4항 단서조항 및 같은 법 시행령 제99조의 2 제3항에 의해 출연받은부터 3년 이내 자산을 양도하는 경우에 있어서는 당해 자산을 출연한 출연자의 취득가액을 당해 법인의 취득가액으로 하는 것이나, 같은 법 시행령 제99조의 2 제5항에 의해 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되지 아니한 출연재산이 그 후에 과세요인이 발생하여 그 과세가액에 산입되지 아니한 상속세 또는 증여세의 전액 상당액이 부과되는 경우에는 같은 법 시행령 제99조의 2 제3항의 규정이 적용되지 아니하는 것임. ○ 서면2팀-503, 2006.03.16 법인세법 제3조 제2항 제1호 에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인이 보유하고있는 비수익사업용 토지를 양도하는 경우, 당해 토지에 대하여는 같은법 제62조의 2에 의한 비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례규정이 적용되지 아니하는 것임. ○ 서이46012-10011, 2004.01.05 법인이 보유중인 부동산을 양도하는 경우 당해 자산의 양도금액을 익금에 산입하고, 당해 자산의 양도당시의 장부가액을 손금에 산입하여 각사업연도의 소득금액을 계산하는 것임.