전 문
[회신]
학교법인이 특수관계가 없는 지방자치단체로부터 「경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법」에 따른 경제자유구역 내 교육용부지를 매입하기로 계약을 체결하였으나,
정부의 개발방식이 변경됨에 따라 지방자치단체와 학교법인이 개발사업을 시행하는 특수목적법인을 설립하여 개발사업용 부지 전체를 특수목적법인에게 양도하되, 특수목적법인은 교육용부지를 학교법인과 지방자치단체간 당초 약정한 금액에 의하여 매매하기로 합의하고 그 합의내용을 담은 개발사업 실시협약을 주무관청으로부터 승인받은 경우,
특수목적법인이 그 승인내용에 따라 교육용부지를 당초 약정한 금액으로 특수관계자인 학교법인에게 양도한 것에 대하여는 「법인세법」제52조의 규정을 적용하지 아니하는 것임
1. 질의내용 요약
가. 사실관계
○
내국법인이 지방자치단체로부터 매입한 교육연구용지를 특수관계자(학교법인)에 평당
**만원에 매매하기로 계약을 체결
(’08.12)
.
- 아래는 그 계약과정에 대한 사실관계임
① 2006년 1월
- 지방자치단체와 학교법인은 경제자유구역내 학교법인 대학교 캠퍼스를 건립(이하 “본 사업”)하기로 협약서(이하 “기본협약”)를 체결
- 기본협약은 지방자치단체가 학교법인에 캠퍼스 건립을 위해 사업부지(교육연구용지와 수익용지)를 평당 **만원에 매매하는 계약을 체결하기로 약정
② 2006년 5월
- 지방자치단체와 학교법인은 기본협약에 따라 사업부지를 평당 **만원에 공급하는 토지공급계약을 체결하고 이에 따라 토지매매계약을 체결
③ 2007년 4월
- 본 사업에 대한 재경부의 사업방침이 공영개발로 변경.
- 이는 수익용부지의 개발과 교육연구용부지의 조성을 분리하여
수익용부지의 개발은 별도 특수목적법인(이하 "SPC“)이 수행
하여 그 개발이익이 환원될 수 있도록 하고,
학교법인은 교육연구용부지 조성만을 하는 것
임
④ 2007년 8월
- 지방자치단체와 학교법인은 본 사업의 방침이 변경됨에 따라 학교법인을 대신하여 수익용부지를 개발할 SPC(주주: 지방자치단체 51%, 금융회사 49%)를 설립하기로 합의서 체결
⑤ 2007년 9월
-
지방자치단체가 사업부지를 SPC(개발사업시행자)에 일괄 매각
하고,
SPC는 지방자치단체와 학교가 기본협약과 토지공급계약에서 상호 합의한 가격
(평당 **만원)
에 교육연구용부지를 학교법인에 매각
| ※ 경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법(§9의5)에 따르면 경제자유구역 내 국가․지방자치단체 소유 개발사업 토지는 개발사업시행자 외의 자가 취득할 수 없어 - 개발사업시행자가 아닌 학교법인이 지방자치단체로부터 부지를 취득하는 것이 불가능하여, - SPC가 사업부지 전체를 지방자치단체로부터 취득하고 그 중 교육연구용부지는 지방자치단체와 학교법인간 당초 약정에 따라 평당 **만원에 매매함 |
⑥ 2008년 11월
- 지방자치단체와 SPC는 지방자치단체와 학교법인간 합의사항 등을 기재한 본 사업의 실시계획을 지식경제부로부터 승인받음
| 《 교육연구용지 조성원가 이하 처분근거 》 ◊ 지방자치단체와 학교법인간 체결된 토지공급계약서 ◊ 경제자유구역 개발지침 제16조제1항제2호(외국인 투자유치 등 경제자유구역사업을 위하여 필요한 경우 감정가액․조성원가 이하로 공급할 수 있음) |
⑦ 2008년 12월
- 지방자치단체와 학교법인 및 SPC는 (기 체결된 기본협약, 토지공급계약 등이 유효하고) 동 협약 및 계약 등에 근거하여 본 사업을 위한 사업협약을 체결
-
사업협약에 따르면
지방자치단체, 학교법인 및 SPC는
지방자치단체와
학교법인간 기
체결된 기본협약, 토지공급계약서, 합의서, 회의록 등을 준수하여 본 사업을 수행하도록 되어 있음
⑧ 2008년 12월
- 아래 2건의 토지매매계약을 2008년 12월 5일 동시에 체결
| ◊ 지방자치단체와 SPC는 사업부지를 조성원가(평당 ○○만원)에 매매 - 이는 교육연구용부지와 수익용부지(아파트 등을 건설․분양)의 취득가격이 동일할 수 없음에도 교육연구용부지 평당 매매가격(**만원)과 수익용지 평당 매매 가격(△만원)을 반영한 총 매각대가를 총 면적으로 나눈 금액으로 취득하는 것으로 매매계약서에 표기 ◊ SPC와 학교법인은 교육연구용부지를 평당 **만원에 매매하기로 약정 체결 |
나. 질의요지
○ 법인세법상 특수관계에 있지 아니한 지방자치단체와 학교법인이 기본협약, 회의록에서 합의한 사항을 실시계획에 반영하여 정부로부터 승인받은 후
- 동 실시계획하에 설립된 SPC가 학교법인에 교육연구용지를 당초 합의된 가격(평당 50만원)에 매매하는 거래가 부당행위계산 부인규정의 적용대상이 되는지 여부
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙) 등
□
법인세법 제52조
【부당행위계산의 부인】
① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을
부당히 감소시킨 것
으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. (1998. 12. 28. 개정)
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다. (1998. 12. 28. 개정) (이하생략)
□
법인세법 시행령 제87조
【특수관계자의 범위】
① 법 제52조 제1항에서 “대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자”라 함은 법인과 다음 각호의 1의 관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)를 말한다. (1998. 12. 31. 개정)
1. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(
「상법」 제401조
의 2 제1항의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족
□
법인세법 시행령 제88조
【부당행위계산의 유형 등】
① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. (2009. 2. 4. 개정) (중략)
3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우. 다만, 제20조 제1항 제3호 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식매수선택권의 행사에 따라 주식을 양도하는 경우는 제외한다. (2009. 2. 4. 단서신설) (중략)
③ 제1항 제1호ㆍ제3호ㆍ제6호ㆍ제7호 및 제9호(제1항 제1호ㆍ제3호ㆍ제6호 및 제7호에 준하는 행위 또는 계산에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다. (2007. 2. 28. 신설)
□
경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법 제2조
【정의】
이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. (2009. 1. 30. 개정)
1. “경제자유구역”이란 외국인 투자기업의 경영환경과 외국인의 생활여건을 개선하기 위하여 조성된 지역으로서 제4조에 따라 지정ㆍ고시되는 지역을 말한다. (2009. 1. 30. 개정)
2. “경제자유구역개발계획”이란 경제자유구역의 개발에 관한 기본계획으로서 제6조 제1항에 따른 내용을 포함하고 있는 계획을 말한다. (2009. 1. 30. 개정)
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경제자유구역의 지정 및 운영에 관한 특별법 제9조
의 5 【국공유지의 처분제한】
경제자유구역(경제자유구역개발계획이 수립된 지역만 해당한다)에 있는 국가 또는 지방자치단체 소유의 토지로서 개발사업에 필요한 토지는 개발사업 외의 목적으로 매각하거나 양도할 수 없다. (2009. 1. 30. 개정)
나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규)
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법인세법
기본통칙 52-88…3 【조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되지 아니하는 경우의 예시】
다음 각호의 1에 해당하는 것은 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”에 포함되지 아니하는 것으로 한다.
5.
정부의 지시에 의하여 통상판매가격보다 낮은 가격으로 판매한 때
○ 재법인46012-91(2003.05.26)
【질의】
Ⅰ. 사실관계
제조회사인 내국법인 갑은 2000년 11월에 회사정리절차 개시 결정을 득한 이후, 회사정리계획안에 대해 관련 채권자집회의 최종 가결을 얻고 2002년 9월에 관할 지방법원 파산부로부터 최종 인가를 받았음. 동 회사정리계획은 내국법인 갑이 신설법인 을에게 일정 사업부문을 매각하고 잔여 사업부문은 신설법인 병을 포함한 수 개의 신설회사로 양도하는 내용을 포함하고 있으며 아울러 신설법인 을과 병 사이의 위탁생산 및 을의 병 자산의 인수에 대한 자세한 내용을 포함하고 있음. 한편 을과 병은 회사정리계획에서 정한 내용대로 위탁가공계약과 향후 일정조건 충족시 을이 병 자산을 양수하는 계약을 2002년 10월에 체결하였음.
즉, 회사정리계획 및 위탁가공계약에 따라 병은 을에게 조립용역을 제공하고 이에 대한 대가로 회사정리계획에서 정한 일정 운영수수료를 을로부터 지급받음(이하 ‘운영수수료’). 이 운영수수료는 기본적으로 병의 지급의무가 발생하는 모든 비용을 보전해 주는 수준이며 소위 마크 업은 없음. 한편, 회사정리계획에서 정한 일정한 조건이 성취되면 을은 병의 모든 자산을 인수하면서 이에 대한 대가로 회사정리계획이 정한 병 부채를 미화 15,000,000불 한도로 인수함(이하 ‘양도대가’). 양도대가는 양도되는 병 자만의 감정가액에 미달함.
Ⅱ. 질의사항
상기와 같은 회사정리계획 및 위탁가공계약과 관련, 다음과 같은 세무사항에 대하여 질의함.
(질의 1) 회사정리계획이 정한 마크 업이 없는 ‘운영수수료’ 및 감정가액에 미달하는 ‘양도대가’가
법인세법시행령 제88조
의 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”에 해당하는지의 여부
〈갑설〉회사정리계획에 따라 지급되는 ‘운영수수료’ 및 ‘양도대가’는 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”에 해당하지 않음.
（이유）‘운영수수료’와 병 자산의 ‘양도대가’는 국제적 입찰 절차를 거친 후 선정된 외국법인이 특수관계가 없는 주 채권 금융기관 및 정리회사 갑과 장기간 협상하여 결정하고 이를 갑의 회사정리계획안에 반영한 후, 채권자집회를 거쳐 최종 가결한 다음, 관할 지방법원 파산부의 최종 인가를 받아 공평하게 결정된 것임. 따라서, 비록 그 것이 소위 마크 업이 없다거나 감정가액보다 낮다고 하더라도
경제적 합리성을 무시한 비정상적인 거래로 볼 수 없으므로, “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”에 해당하지 않음.
〈을설〉‘운영수수료’ 및 ‘양도대가’가 회사정리계획에 의해 지불되는 것이라 하더라도, 그 것이 각각 마크 업이 없거나 감정가액보다 낮다면, “조세의 부담을 부당히 감소시킨 경우”에 해당함.
（이유）‘운영수수료’ 및 병 자산 ‘양도대가’가 회사정리계획에 따라 집행된다고 하더라도, 통상의 마크 업이 없거나 감정가액보다 낮다면 이는 경제적 합리성이 결여되었기 때문에 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 경우” 경우에 해당함.
(질의 2) 회사정리계획에 따라 지불하는 ‘운영수수료’ 및 ‘양도대가’가
법인세법시행령 제35조 제2호
에서 말하는 “정당한 사유”에 해당하는지의 여부
〈갑설〉회사정리계획에 따라 지불하는 ‘운영수수료’ 및 ‘양도대가’는 정당한 사유로 지불된 것임.
（이유）
법인세법시행령 제35조 제2호
의 기부금은 특수관계자외의 자에게 “정당한 사유”없이 자산을 정상가격보다 낮은 가액으로 양도함으로써 그 차액 중 실질적으로 증여한 것으로 인정되는 금액을 기부금으로 한다는 것을 정해 둔 것임. 그러나, ‘운영수수료’와 병 자산의 ‘양도대가’는 국제적 입찰 절차를 거쳐 선정된 외국법인이 특수관계가 없는 주 채권 금융기관 및 정리회사 갑과 장기간 협상하여 결정하고 이를 갑의 회사정리계획안에 반영한 후, 채권자집회를 거쳐 최종 가결한 다음, 관할 지방법원 파산부의 최종 인가를 받아 공평하게 결정된 것임. 따라서, 회사정리계획에 따라 지불되는 ‘운영수수료’ 및 ‘양도대가’는 경제적 합리성이 있으므로 “정당한 사유”에 해당함.
〈을설〉회사정리계획에 따라 지불되는 ‘운영수수료’ 및 ‘양도대가’를 “정당한 사유”가 있다고 볼 수 없음.
（이유）회사정리계획의 집행의 일환으로 지불되는 ‘운영수수료’ 및 병 자산 ‘양도대가’라 하더라도, 그것이 정상가격보다 낮다면 정당한 사유가 있는 것으로 볼 수 없음.
【회신】
1. (질의 1) 및 (질의 2)와 같이
특수관계가 없는 자간에 합의한 후 법원의 인가를 받은 회사정리계획에 따라 거래당사자간에 거래대가를 지급하는 것은
법인세법 제52조 제1항
의 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”에 해당되지 아니하고
법인세법시행령 제35조 제2호
의 “정당한 사유”에 해당되는 것임.
3. 다만, 상기 1과 2에서 가장행위를 통하여 법원으로부터 회사정리계획 인가를 얻거나 법원의 회사정리계획 인가결정시에 고려하지 않은 사실이 추후에 확인되는 경우에는 그러하지 아니하는 것임.
○ 기획재정부 법인세제과-877(2010.10.25)
법인세법 제52조
에 따른 부당행위계산의 부인은 특수관계자와의 거래로 인하여 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 적용되는 것으로, 귀 질의사례의 현물출자가 이에 해당하는지 여부는 당해 현물출자의 대가관계만을 따로 떼어내에 판단하는 것이 아니라 현물출자가 이루어지게 된 제반사정 등을 종합적으로 고려하여 건전한 사회통념과 상관행에 비추어 보아 경제적 합리성을 갖추었다고 인정되는지 여부에 따라 판단하는 것임
○ 대법2005두10767(2007.11.29)
법인세법 제52조 제1항
은 ‘납세지관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다’고 규정하고 있고, 위 법령상의
‘법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우’라 함은 당해 법인이 행한 거래형태가 객관적으로 보아 경제적 합리성을 무시한 비정상적인 것이어서 조세법적인 측면에서 부당한 것이라고 인정되는 경우를 뜻한다고 할 것
이다(대법원 1992. 10. 13. 선고, 92누114 판결 ; 1996. 7. 12. 선고, 95누7260 판결 등 참조).
○ 대법2007두14978(2010.05.13)
구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제20조에 정한 부당행위계산 부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구
법인세법
시행령(1998. 5. 16. 대통령령 제15797호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제46조 제2항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 1996. 7. 26. 선고, 95누8751 판결 ; 대법원 2007. 12. 13. 선고, 2005두14257 판결 등 참조).
○ 법규법인2009-304(2009.9.23.)
귀 세법해석 사전답변 신청의 사실관계와 같이, 「항만공사법」에 의하여 설립된 ○○공사가 컨테이너터미널 임대사업을 영위함에 있어서 해당 항만공사를 지도·감독하는 국토해양부의 지시에 따라 컨테이너터미널 임대료를 당초 계약금액 보다 인하하기로 결정하고 향후 임대료를 인하하여 징수하는 경우에는 그 인하된 임대료를 수입금액으로 하는 것으로
「법인세법」 제52조
의 부당행위계산부인 대상이 되지 아니하는 것임