2010년 이전부터 연구개발출연금을 연구개발비에 사용한 경우 직전 4년간 발생액 계산방법

2010년 이전부터 연구개발출연금을 연구개발비에 사용한 경우 직전 4년간 발생액 계산방법은 당해 과세연도와 동일한 기준에 상응하는 연구‧인력개발비를 포함하여 계산함

[회신] ｢조세특례제한법 시행령｣ 제9조 제3항의 규정을 적용함에 있어 법령의 개정으로 최초로 연구‧인력개발비 세액공제대상이 되거나 제외되는 비용이 있는 경우 당해 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구‧인력개발비의 합계액은 당해 과세연도와 동일한 기준에 상응하는 연구‧인력개발비를 포함하여 계산하는 것으로, 2010년 이전부터 연구개발출연금을 연구‧인력개발비에 사용한 내국법인이 2010과세연도에 직전 4년간 발생한 연구‧인력개발비의 합계액을 계산하는 경우 동 연구개발출연금은 제외하고 계산하는 것입니다. [ 관련 첨부서류 ] 1. 질의내용 요약 ○ 질의내용 2010년 직전4개년 대비 증액분의 40% 방식을 선택하는 경우 직전4개년 연구개발비에 연구개발출연금을 포함하는 지 여부 ○ 사실관계 당사는 국책과제를 수행하면서 정부로부터 출연받은 금액과 당사의 자체 자금을 재원으로 연구개발비를 사용함 동 출연금에 대해 2009년까지 연구및인력개발비 세액공제를 적용받아 왔으나, 2010년 세법개정에 의해 - 2010년부터 연구개발출연금 등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금 액은 연구및인력개발비에서 제외됨 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙) ○ 조세특례제한법 시행령 제9조 【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】 ① 법 제10조제1항제1호에서 "대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용(자체기술개발비용만 해당한다. 이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)을 말한다. 1. 기획재정부령으로 정하는 전담부서에서 별표 7에 따른 신성장동력산업 분야별 대상기술의 연구개발업무(이하 이 조에서 "신성장동력산업연구개발업무"라 한다)에 종사하는 연구원 및 이들의 연구개발업무를 직접적으로 지원하는 사람에 대한 인건비. 다만, 기획재정부령으로 정하는 사람에 대한 인건비는 제외한다. 2. 신성장동력산업연구개발업무를 위하여 사용하는 견본품, 부품, 원재료와 시약류 구입비 ② 법 제10조제1항제2호에서 "대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 비용(자체기술개발비용만 해당한다. 이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)을 말한다. 1. 기획재정부령으로 정하는 전담부서에서 별표 8에 따른 원천기술 분야별 대상기술의 연구개발업무(이하 이 조에서 "원천기술연구개발업무"라 한다)에 종사하는 연구원 및 이들의 연구개발업무를 직접적으로 지원하는 사람에 대한 인건비. 다만, 기획재정부령으로 정하는 사람에 대한 인건비는 제외한다. 2. 원천기술연구개발업무를 위하여 사용하는 견본품, 부품, 원재료와 시약류 구입비 ③ 법 제10조제2항에 따른 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 연평균 발생액의 계산은 다음의 계산식에 따른다. 이 경우 해당 내국인의 일반연구ㆍ인력개발비가 최초로 발생한 과세연도의 개시일부터 해당 과세연도 개시일까지의 기간이 48개월 미만인 경우에는 그 기간에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 합계액을 48개월로 환산한 금액을 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 합계액으로 본다. (해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 합계액/4)×(해당 과세연도의 개월 수/12) ④ 제3항의 계산식 중 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구ㆍ인력개발비의 합계액을 계산할 때 합병법인, 분할신설법인, 분할합병의 상대방법인, 사업양수법인 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자를 받은 법인(이하 이 항에서 "합병법인등"이라 한다)의 경우에는 합병, 분할, 분할합병, 사업양도 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자(이하 이 항에서 "합병등"이라 한다)를 하기 전에 피합병법인, 분할법인, 사업양도인 또는 현물출자자(이하 이 항에서 "피합병법인등"이라 한다)로부터 발생한 일반연구ㆍ인력개발비는 합병법인등에서 발생한 것으로 본다. 다만, 피합병법인등이 운영하던 사업의 일부를 승계한 경우에는 피합병법인등에서 합병등을 하기 전에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비에 각 사업연도의 승계사업의 매출액이 총매출액에서 차지하는 비율과 각 사업연도말 승계사업의 자산가액이 총자산가액에서 차지하는 비율 중 큰 것을 곱한 금액을 피합병법인등에서 발생한 일반연구ㆍ인력개발비로 본다. ⑤ 제3항의 계산식을 적용할 때 개월 수는 월력에 따라 계산하되, 과세연도 개시일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 1개월로 하고, 과세연도 종료일이 속하는 달이 1개월 미만인 경우에는 산입하지 아니한다. ⑥ 법 제10조제1항제1호 및 제2호를 적용받으려는 내국인은 신성장동력연구개발비, 원천기술연구개발비 및 일반연구ㆍ인력개발비를 각각 별개의 회계로 구분경리하여야 한다. 이 경우 신성장동력연구개발비 또는 원천기술연구개발비가 일반연구ㆍ인력개발비와 공통되는 경우에는 해당 비용 전액을 일반연구ㆍ인력개발비로 한다. ⑦ 법 제10조의2에 따른 연구개발출연금등을 지급받아 연구개발비로 지출하는 금액은 법 제10조제1항에 따른 신성장동력연구개발비, 원천기술연구개발비 및 일반연구ㆍ인력개발비를 산정할 때 제외한다 . ⑧ 법 제10조제1항을 적용받으려는 내국인은 과세표준신고를 할 때 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서, 연구및인력개발비명세서 및 연구개발계획서 등 증거서류를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다. ⑨ 내국인이 지출한 연구개발비가 신성장동력연구개발비 및 원천기술연구개발비에 해당되는지에 관한 사항을 심의하기 위하여 기획재정부장관 소속으로 신성장동력산업및원천기술연구개발심의위원회를 둘 수 있다. ⑩ 제9항에 따른 신성장동력산업및원천기술연구개발심의위원회의 구성 및 운영 등에 필요한 사항은 기획재정부장관이 정한다. ○ 조세특례제한법 기본통칙 10-9…2 【 연구·인력개발비의 연평균발생액 계산 】 법령의 개정으로 최초로 세액공제대상이 되거나 제외되는 비용이 있는 경우 당해 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구및인력개발비의 합계액은 당해 과세연도와 동일한 기준에 상응하는 연구및인력개발비를 포함하여 계산한다.(2002.04.15 신설) 나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판) ○ 서면2팀-1959, 2007.10.31, 서면2팀-1923, 2005.11.28 귀 질의의 경우,「조세특례제한법」제10조의 규정을 적용함에 있어 같은 법 시행령 제9조 제3항의 “당해 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 지출한 기술 및 인력개발비의 합계액”의 계산은 당해 과세연도와 동일한 기준에 상응하는 연구 및 인력개발비를 포함하여 최근 4년간 지출액의 단순합계액을 4년으로 나누어 평균한 금액으로 하는 것입니다. ○ 재조예46070-296, 2000.08.21 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호 에 의한 “증가지출분” 세액공제를 적용함에 있어 동법시행령 제9조제3항의 「당해 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 지출한 기술 및 인력개발비의 합계액」의 계산은 당해 과세연도의 기술 및 인력개발비 지출항목을 과거 4년간 소급하여 당해연도와 동일한 기준에 상응하는 연구개발비를 포함하여 계산한다.