비영리법인이 고정자산을 처분한 경우 법인세 과세여부

내국법인이 부동산을 취득할 수 있는 권리를 양도한 경우 수익사업에 해당되는 것임

[회신] 「소득세법 시행령」 제162조제1항제4호에 의하여 자기가 건설한 건축물은 사용검사필증 교부일(사용검사 전에 사실상 사용하거나 사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 사용승인일) 전일까지는 이를 “부동산을 취득할 수 있는 권리”로 보는 것이며, 「소득세법」제94조제1항제2호가목의 규정에 의한 부동산을 취득할 수 있는 권리는 「법인세법」제3조제3항제5호에서 규정하는 고정자산에 포함되는 것임 비영리내국법인이 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 「법인세법」 제3조제3항제5호에 의하여 수익사업에 해당되어 법인세 과세대상이나, 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(같은 법 시행령 제2조제1항에 의한 수익사업은 제외)에 직접 사용한 경우에는 법인세 과세대상이 되지 않는 것으로, 귀 질의의 재건축된 상가를 양도할 경우 처분일 현재 3년 이상 계속하여 당해 비영리법인의 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 경우 재건축된 상가의 처분으로 인하여 생기는 수입은 수익사업에 해당되는 것임 1. 질의내용 요약 □ 사실관계 - 질의교회는 1989년 설립되어 2000년 5월 고유번호증(‘89’)발급받았고, 2006년 8월 법인으로 보는 단체(‘82’)로 승인받음. - 2000년 아파트 내 상가를 매입하여 예배실로 사용하였으며, 아파트 재건축이 결의되어 2007년 철거 및 재건축되어 2009년 10월 준공 예정임. - 입주시 배정된 신축상가 전용면적이 너무 협소하여 예배실로 사용 하기 곤란하여, 신축상가를 매각할지 입주할지 여부를 논의하게 됨. - 질의교회가 2009년 10월 준공 이전 혹은 준공이후 건물을 양도할 경우 법인세법 제3조제3항제5호 에 의거하여 법인세 과세 여부 【關聯法令】 □ 법인세법 제1조 【정 의】 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. (1998. 12. 28. 개정) 1. “내국법인”이라 함은 국내에 본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 법인을 말한다. (2005. 12. 31. 개정) 2. “비영리내국법인”이라 함은 내국법인 중 다음 각목의 1에 해당하는 법인을 말한다. (1998. 12. 28. 개정) (중략) 다. 「 국세기본법」 제13조 제4항 의 규정에 의한 법인으로 보는 법인격이 없는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다) (2006. 12. 30. 개정) (이하생략) □ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】 ③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (중략) 5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다 )의 처분으로 인하여 생기는 수입 (이하생략) □ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】(중략) ② 법 제3조 제3항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. (2009. 2. 4. 개정) □ 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】 ① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. (2008. 12. 26. 개정) (중략) 2. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득 (2000. 12. 29. 개정) 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다) (2000. 12. 29. 개정) (이하생략) □ 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】 ① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금 (당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다) 을 청산한 날로 한다. (1998. 12. 31. 개정) (중략) 4. 자기가 건설한 건축물에 있어서는 사용검사필증교부일. 다만, 사용검사전에 사실상 사용하거나 사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 사용승인일로 하고 건축 허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다.( 이하생략) □ 소득세법 기본통칙 94-1 【부동산을 취득할 수 있는 권리의 예시】 영 제157조 제3항에서 “부동산을 취득할 수 있는 권리” 라 함은 법 제98조에서 규정하는 취득시기가 도래하기 전에 당해 부동산을 취득할 수 있는 권리 를 말하는 것으로 그 예시는 다음과 같다. 1. 건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리(아파트당첨권 등) 2. 지방자치단체ㆍ한국토지공사가 발행하는 토지상환채권 3. 대한주택공사가 발행하는 주택상환채권 4. 부동산매매계약을 체결한 자가 계약금만 지급한 상태에서 양도하는 권리 □ 소득세법 기본통칙 98-3 【부동산에 관한 권리의 취득시기】 부동산의 분양계약을 체결한 자가 당해 계약에 관한 모든 권리를 양도한 경우에는 그 권리에 대한 취득시기는 당해 부동산을 분양받을 수 있는 권리가 확정되는 날(아파트당첨권은 당첨일)이고 타인으로부터 그 권리를 인수받은 때에는 잔금청산일이 취득시기가 된다. □ 소득세법 기본통칙 98-2 【신축건물의 취득시기】 ① 건설중인 아파트의 분양계약에 따라 잔금청산일까지 당해 아파트가 완공되지 않은 경우에는 건물이 완성된 날을 취득의 시기 로 본다. ② 제1항에서 규정하는 “건물이 완성된 날”이라 함은 당해 건물에 대한 사용승인일을 말한다. 다만, 사용승인전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 하고 건축허가를 받지 아니하고 건축하는 건축물에 있어서는 그 사실상의 사용일로 한다. 【關聯例規】 ○ 법인세과-412(2009.4.8.) 비영리내국법인인 종교단체가 종교용부지로 사용하기 위해 토지개발공사로부터 토지를 분양받고 계약금을 납부한 상태에서 다른 종교단체에 양도하는 경우 에는 ｢ 법인세법｣ 제3조제3항제5호 의 규정에 의한 수익사업에 해당 하는 것으로 같은 법 제60조제1항의 규정에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 하는 것입니다. ○ 재재산-1730, 2004.12.30 도시 및 주거 환경정비법에 의한 주택재건축사업을 시행하는 정비사업 조합의 조합원이 당해 조합을 통하여 취득한 입주자로 선정된 지위는 소득세법 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 의한 부동산을 취득할 수 있는 권리에 해당 하며, 그 권리의 취득시기는 당해 부동산을 분양 받을 수 있는 권리가 확정되는 날로 함. 다만, 권리가 확정된 날 이후에도 철거되지 않은 건물이 사실상 주거용으로 사용하고 있는 경우에는 이를 주택으로 보며, 이에 해당하는지 여부는 사실 판단할 사항임. ○ 국심2001중1077(2001.10.9.) (2) 소득세법상『부동산을 취득할 수 있는 권리』의 양도로 과세받기 위하여는 관리처분인가일부터 당해 주택이 완성되기 전에 양도된 사실이 인정되어야 하는 바 (국심 96중 1404, 1996. 12. 31 등 같은 뜻임), 쟁점재개발아파트의 경우 1996. 8. 23 ○○구 고시 제 1996-31호로 관리처분계획이 인가되고 1997. 10. 30 ○○구 주택 58531-1576호로 임시사용승인된 사실이 처분청의 당초 조사서 및 그 부속서류의 기재내용에 의하여 확인되고 이 점에 대하여는 청구인도 다툼이 없다. (3) 이러한 사실을 놓고 볼 때 청구인은 쟁점재개발아파트가 사실상 완성되어 입주사용이 가능한 상태에서 이를 양도한 점이 인정되고 따라서 청구인이 양도한 것은 부동산(건물·토지)이지 부동산을 취득할 수 있는 권리에 해당한다고 보기는 어렵다 하겠다. ○ 재산46014-20, 2001.01.04 소득세법 제94조 양도소득의 범위를 판정함에 있어 도시재개발법에 의한 관리처분계획인가일 또는 주택건설촉진법에 의한 사업계획승인일부터 당해 재개발 또는 재건축아파트의 사용검사필증 교부일(사용검사 전에 사실상 사용하거나 사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 사용승인일)까지는 이를 “부동산을 취득할 수 있는 권리”로 보아 양도소득세를 과세하는 것 임. ○ 법인46012-354, 2003.05.28 【질의】 기독교대한○○회 유지재단이 1961년 9월 취득한 임야를 1976년 10월부터 군부대가 무단 점유하고(국방부도 무주부동산으로 보아 소유권등기필. 소유권이 재단과 이중등기 → 국방부 등기는 1994년 3월 재단과의 소송으로 말소등기됨), 단독 등기된 이후에도 당해 군부대가 점유ㆍ사용 중(본 재단에서는 토지 인도요구 및 점유에 따른 사용료 상당액 수차례 요구) 당해 군부대가 동 부동산을 수용(2001년 12월)한 경우에 법인세법 제3조 제2항 제5호 의 규정 및 조세특례제한법 제82조 제1항 제2호 (2001. 12. 19 개정전)의 규정에 의한 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용한 토지로 볼 수 있는지 여부 〈갑설〉 고유목적사업에 사용하지 못한 이유에 불구하고, 토지사용료를 받았고, 실제 고유목적사업에 사용한 사실이 없으므로 고유목적사업에 사용한 부동산에 해당하지 않음. 〈을설〉 고유목적사업에 사용하지 못한 것은 당해 재단의 승낙이 없는 가운데 국가의 무단 점유로 인하여 부득이하게 사용하지 못한 것이고, 토지 사용료의 징수는 무단 점유로 인한 사후 부당이득의 청구에 의하여 징수한 것이므로 고유목적사업에 사용한 것으로 봄. 【회신】 비영리법인이 고유목적사업에 3년 이상 계속하여 직접 사용하지 아니한 토지를 양도하는 경우, 정당한 사유 존재여부에 불구하고 동 토지의 처분으로 인한 수입은 법인세법 제3조 제2항 의 규정에 의한 수익사업에 해당하는 것이고, 종교법인이 고유목적에 사용하기 위하여 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용하지 아니한 토지를 양도하는 경우, 동 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득은 정당한 사유 존재여부에 불구하고 조세특례제한법(2001. 12. 29 법률 제6538호로 개정되기 전의 것) 제82조 “사회복지법인 등에 대한 특별부가세의 면제” 규정을 적용받을 수 없는 것임.