행정해석 질의회신 법인세

토지 등 양도소득 계산시 양도비용이 장부가액에 포함되는지

사건번호 선고일 2009.09.23
의료법인이 다른 의료법인이 청산함에 따라 의료업에 속한 자산과 부채를 출연받은 경우 출연받은 순자산 가액은 법인세 과세대상에 해당되지 않는 것임
[회신] 「의료법」에 의하여 설립된 의료법인이 다른 의료법인이 청산함에 따라 의료업에 속한 자산과 부채를 출연받은 경우 출연받은 순자산 가액은 법인세 과세대상에 해당되지 않는 것임 1. 질의내용 요약 가. 사실관계 및 질의요지 ○ 청산의료법인의 아래 재산을 관할기관 승인을 얻어 다른 의료법인에 재출연할 때 승계받은 의료법인의 회계처리 방법이 어떻게 되는지 | 자산(토지건물 등) 20억원 | 부채(차입금 등) 15억원 기부금(증여가액) 5억원 | (갑설) 자산에서 부채를 차감한 잔액(5억원)은 출연자본금임 (을설) 차감 잔액(5억원)을 자산수증익으로 처리하되 익금불산입 처리 (병설) 차감 잔액(5억원)을 자산수증익으로 처리하고, 고유목적사업준비금의 전입으로 처리 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙) 등 □ 법인세법 제15조 【익금의 범위】 ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다. (1998. 12. 28. 개정) □ 법인세법 시행령 제11조 【수익의 범위】 법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각 호에 규정하는 것으로 한다. (2007. 2. 28. 개정) 5. 무상으로 받은 자산의 가액 (1998. 12. 31. 개정) □ 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】 ① 「법인세법」(이하 “법”이라 한다) 제3조 제3항 제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 “한국표준산업분류”라 한다)에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각호의 사업을 제외한다. □ 법인세법 시행규칙 제76조 【비영리법인의 구분경리】 ② 비영리법인이 구분경리를 하는 경우에는 수익사업의 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함한다)의 합계액을 공제한 금액을 수익사업의 자본금으로 한다. (1999. 5. 24. 개정) ③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다. (1999. 5. 24. 개정) ④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 「조세특례제한법」 제74조 제1항 제1호 의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다. (2005. 2. 28. 후단개정) □ 상속세 및 증여세법 제2조 【증여세 과세대상】 ① 타인의 증여(증여자의 사망으로 인하여 효력이 발생하는 증여는 제외한다. 이하 같다)로 인하여 증여일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 증여재산에 대하여 이 법에서 정하는 바에 따라 증여세를 부과한다. 1. 재산을 증여받은 자[이하 “수증자”(受贈者)라 한다]가 거주자(본점이나 주된 사무소의 소재지가 국내에 있는 비영리법인을 포함 한다. 이하 이 항과 제54조 및 제59조에서 같다)인 경우에는 거주자가 증여받은 모든 재산 □ 상속세 및 증여세법 제4조 【증여세 납부의무】 ① 수증자는 이 법에 따라 증여세를 납부할 의무가 있다. 다만, 수증자가 영리법인인 경우에는 그 영리법인이 납부할 증여세를 면제하되, 제45조의 2에 따른 증여세를 명의자인 영리법인이 면제받은 경우에는 실제소유자(영리법인은 제외한다)가 그 증여세를 납부할 의무가 있다. □ 상속세 및 증여세법 제48조 【공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등】 ① 공익법인등이 출연받은 재산의 가액은 증여세 과세가액에 산입하지 아니한다. 다만, 공익법인등이 내국법인의 주식등을 출연받은 경우로서 출연받은 주식등과 다음 각 호의 어느 하나의 주식등을 합한 것이 그 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수등의 100분의 5(성실공익법인등에 해당하는 경우에는 100분의 10)를 초과하는 경우(제16조 제2항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우는 제외한다)에는 대통령령으로 정하는 방법으로 계산한 초과부분을 증여세 과세가액에 산입한다. (2010. 1. 1. 개정) □ 의료법 제48조 【설립 허가 등】 ① 제33조제2항에 따른 의료법인을 설립하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 정관과 그 밖의 서류를 갖추어 그 법인의 주된 사무소의 소재지를 관할하는 시·도지사의 허가를 받아야 한다. ③ 의료법인이 재산을 처분하거나 정관을 변경하려면 시·도지사의 허가를 받아야 한다. □ 의료법 시행규칙 제58조 【잔여재산 처분의 허가】 의료법인의 대표자 또는 청산인이 「민법」 제80조제2항 에 따라 잔여재산의 처분에 대한 허가를 받으려면 다음 각 호의 사항을 적은 잔여재산 처분허가신청서를 시·도지사에게 제출 하여야 한다. 1. 처분 사유 2. 처분하려는 재산의 종류·수량 및 금액 3. 재산의 처분 방법 및 처분계획서 □ 민법 제80조 【잔여재산의 귀속】 ① 해산한 법인의 재산은 정관으로 지정한 자에게 귀속한다. ② 정관으로 귀속권리자를 지정하지 아니하거나 이를 지정하는 방법을 정하지 아니한 때에는 이사 또는 청산인은 주무관청의 허가를 얻어 그 법인의 목적에 유사한 목적을 위하여 그 재산을 처분할 수 있다. 그러나 사단법인에 있어서는 총회의 결의가 있어야 한다. ③ 전2항의 규정에 의하여 처분되지 아니한 재산은 국고에 귀속한다. 나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규) ○ 상속세 및 증여세법 47-36-1 【부담부증여】 부담부증여는 증여재산에 담보된 증여자의 채무를 수증자가 인수한 경우를 말한다. 부담부증여에서 수증자가 인수한 채무는 증여재산의 가액에서 차감되며, 증여자는 채무액만큼 재산을 양도한 것으로 보아 양도소득세를 부담 한다. (2010. 6. 23. 제정) ○ 법인세법 기본통칙 3-2…3 【수익사업과 비수익사업의 구분】 비영리내국법인의 수익사업과 비수익사업은 해당사업 또는 수입의 성질을 기준으로 구분한다. 수익사업에 속하는 것과 비수익사업에 속하는 것을 예시하면 다음과 같다. (2003. 5. 10. 개정) 1. 수익사업에 속하는 것 가. 학교법인의 임야에서 발생한 수입과 임업수입 (1997. 4. 1. 개정) 2. 비수익사업에 속하는 것 (2003. 5. 10. 개정) 마. 업무와 직접 관계없이 타인으로부터 무상으로 받은 자산의 가액 (1997. 4. 1. 개정) ○ 법인-1120(2010.11.30) 귀 질의의 경우 사실관계가 불분명하여 정확한 회신을 할 수 없으나, 내국법인이 타인으로부터 자산을 무상으로 증여받은 경우 증여시점 해당자산의 「법인세법 시행령」 제89조 에 따른 시가를 자산수증이익으로 보아 같은 법 시행령 제11조 제5호에 따라 익금에 산입하는 것임. 다만, 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 부담부 증여에 의하여 자산을 취득하는 경우에는 증여받은 자산의 시가에서 채무인수액을 차감한 금액을 자산수증이익으로 보아 익금에 산입하는 것이며, 증여자는 증여가액 중 수증자가 인수하는 채무액에 상당하는 부분은 「소득세법」 제88조 제1항 에 따라 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 보는 것임. ○ 서이46012-10558(2002.03.20) 【질의】 (상황) 비영리의료법인인 당 병원과 경계한 임야(약 6,000평, 토지이용계획 확인원상 자연녹지, 근린공원시설로 되어 있음)를 당 법인의 이사 개인이 개인명의로 보유하여 오던 중 금번 법인의 발전을 위해 상기 토지를 기부하겠다는 의사를 전해 왔으며, 당 병원에서는 상기 토지를 입원환자들의 산책 및 휴식공간으로 이용할 계획임. (질의) 1. 상기 토지를 무상으로 출연(기부)받았을 경우 당 의료법인에 대한 출연금으로 보아 차) 토지 ××× 대) 출연금 ××× 으로 처리하여 회계 손익과는 관계없이 자본의 원입으로 보아야 하는지의 여부와 아니면, 비영리 의료법인이라도 수익사업 회계이므로 차) 토지 ××× 대) 자산수증이익 ××× 으로 하여 영리법인과 마찬가지로 토지가액만큼 법인소득으로 보아 법인세를 납부 해야 하는지 여부 2. 만일 이와 같이 토지(임야)를 출연(기부)받았을 경우, 지적법상 임야이고, 공원용지로 되어있어 건축물을 세울 수 없으며, 단지 환자들의 휴식공간으로 이용할 경우 출연(기부)받은 자산도 비업무용 부동산에 해당되어 관련 부동산 적수만큼 지급이자 손금불산입 문제가 발생되는지의 여부 【회신】 귀 (질의 1)의 경우 우리청의 질의회신사례 법인 22631-46(1992. 2. 21)을 참고 하기 바라며, (질의 2)의 경우 당해 부동산이 법인세법시행규칙 제26조 제2항 각호의 규정에 의한 당해 법인의 업무에 사용하는 때에는 법인세법 제27조 제1호 의 규정을 적용하지 아니하는 것임. ○ 서이46012-10752(2002.04.10) 1. 질의내용 요약 문화예술진흥법 제23조 의 2의 규정에 의하여 설립된 비영리법인인 ○○이 문화관광부로부터 건물을 무상으로 양수받아 임대수입과 대관수입이 발생되는 수익용 자산으로 사용할 경우 동 건물에 대한 가액을 자산수증익으로 보아 법인세가 과세되는 지 여부 [ 회 신 ] 귀 질의의 경우 우리청의 기 질의회신문(법인22631-46,1992.02.21)을 붙임과 같이 보내드리니 참고 하시기 바랍니다. ○ 재무부법인22631-46 (1992.02.21). 【질의】 수익사업(예:병원)을 영위하는 비영리내국법인이 타인으로부터 무상으로 수익사업의 원본이 되는 자산(예:병원부지)을 받은 경우 당해 자산수증익이 법인세 과세대상이 되는지 여부 <갑설> 법인세 과세대상이다. <을설> 법인세 과세대상이 아니다. 【회신】 귀 질의의 경우 을설 이 타당함. ○ 서면2팀-1657(2007.09.10) 【질의】 (사실관계) ○○법에 의해 특수법인으로 설립된 ○○병원이 국가로부터 무상사용 허가를 받은 토지와 건물 등을 무상양여 받을 경우 법인세 과세여부 (질의요지) 자산수증이익의 비영리법인의 수익사업 여부 【회신】 「법인세법 기본통칙」 3-2…3의 규정에 의해 비영리법인이 업무와 직접 관계없이 타인으로부터 무상으로 받은 자산의 가액은 비수익사업에 속하는 것임. ○ 법인세과-512(2009.05.04) 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 및 질의요지 - 의료법인의 병원부지 매입 또는 병원건물 신축용도로 제3자가 의료법인에 기부하고자 함. 기부받을 의료법인은 최근 병원을 증축하여 현 시점에 병원을 신축하거나 증축할 계획이 없음. - 의료법인은 기부금으로 임대용건물을 매입하여 임대사업을 하고자 함. 최종적으로는 임대용건물을 매각하여 병원을 신축하고자 함. ○ 질의요지 - 특수관계 없는 제3자로부터 기부금을 받은 경우 의료법인의 기부금수익에 대한 법인세 과세여부 [ 회 신 ] 「의료법」에 의한 의료법인이 업무와 직접 관계없이 타인으로부터 무상으로 받은 자산의 가액은 비수익사업에 속하는 것입니다. ○ 서면2팀-472(2006.03.07) ⇦ 법규과-815(2006.3.3) 【질의】 (질의배경) 당 법인은 의료법에 의해 설립된 의료법인으로서 법인세법 제1조 제2항 의 비영리법인에 해당하며 의료법인의 의료사업은 목적사업인 동시에 법인세법상 수익사업에 해당되는 특성이 있음. 당 법인은 응급의료에 관한 법률 제15조 및 동법 시행규칙 제7조의 규정에 의거, 보건복지부와 지방자치단체로부터 국고보조금을 수령하여 보조금결정통지서에 따라 의료업에 사용되는 의료기계를 구입 하거나 지정된 인건비 지급에 사용 하였음. (질의내용) 1) 동 국고보조금이 법인세가 과세되는 비영리법인의 수익사업소득에 해당하는지 여부 2) 동 국고보조금이 비영리 법인의 과세소득이 아니라면 보조금으로 취득한 자산의 감가상각비와 보조금으로 지급한 인건비를 손금에 산입할 수 있는지 여부 3) 동 국고보조금 중 사용한 금액은 자본의 전입으로 회계처리 하여야 하는지 여부 【회신】 의료업을 영위하는 비영리법인이 「응급의료에 관한 법률」 제27조 의 규정에 의하여 설치된 ‘응급의료정보센터’를 보건복지부로부터 위탁받아 운영하면서 국가 등으로부터 같은법 제15조의 규정에 따라 ‘정보센터 운영비’로 지급받는 보조금은 정보센터의 고유 업무에 속하는 자금으로서 법인세 과세 대상이 아니므로 당해 비영리법인의 수익 및 비수익사업 회계와는 별도로 구분 경리하여야 하는 것임. 다만, 당해 비영리법인이 같은법 제17조 및 「보조금의 예산 및 관리에 관한 법률」의 규정에 의하여 ‘응급의료기관 지원비’등의 명목으로 국가 등으로부터 지원받는 국고보조금은 동 비영리법인의 회계에 속하는 자금으로서 「법인세법 시행령」 제2조 의 규정에 의한 수익사업에서 발생된 소득에 해당하지 아니하는 것이며, 이 경우 당해 국고보조금을 수익사업 회계로 전출ㆍ사용하고 자본의 원입으로 경리한 의료기기 등 고정자산에 대하여는 「법인세법 시행령」제26조의 규정에 의해 계산한 감가상각비를 손금에 산입할 수 있는 것 임. ○ 법규과-345(2006.1.27) 특별법에 의해 설립된 의료법인이 의료기기의 취득에 소요된 차관(OECF)의 원금 및 이자를 상환하기 위해 국가 등으로부터 받은 국고보조금은 「법인세법」제3조 제2항 제1호에서 규정하는 ‘수익사업에서 생기는 소득’으로 보지 아니하므로 당해 국고보조금에 대해서는 법인세가 과세되지 아니하는 것임 ○ 법인46012-2909(1998.10.08) 【질의】 민법 제32조 및 공익법인의 설립·운영에 관한 법률에 의거 설립되어 석유제품의 연구개발 및 품질검사 등을 영위하는 비영리내국법인이 석유의 품질관리 등에 필요한 시험장비 등 고정자산을 취득하기 위해 정부로부터 “보조금의 예산 및 관리에 관한 법률”의 규정에 의해 에너지 및 자원사업 특별회계에서 보조금을 지급받아 시험장비구입 등 고정자산을 취득한 경우 질의 1) 국고보조금에 대한 법인세 납세의무 여부 질의 2) 국고보조금으로 취득한 고정자산을 수익사업용자산으로서 자본의 원입으로 경리한 경우 동 고정자산에 대한 감가상각비 계상가능 여부 【회신】 정부의 허가에 의해 설립된 비영리법인이 석유제품의 품질관리 등에 필요한 시험장비 등 고정자산을 취득하기 위해 보조금의 예산 및 관리에 관한 법률의 규정에 의거 정부로부터 지급받는 보조금은 법인세법 제1조 제1항 단서규정의 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 해당하지 아니하는 것 이며, 보조금으로 취득한 고정자산을 법인세법시행규칙 제1조 제2항 의 규정에 따라 수익사업에 전입·사용하고 그 자산가액을 자본의 원입으로 경리한 경우에는 당해 고정자산에 대하여 같은법시행령 제48조 제1항의 규정에 의해 계산한 감가상각비를 손금에 산입 하는 것임. ○ 서면2팀-1076(2004.05.24) 【질의】 당해 법인은 사회복지사업법에 의한 사회복지법인으로, 육아사업 등 고유목적사업이외에 다음의 사업을 함께 영위하고 있음. 1) 재활병원을 운영하여 불우한 환자에 대하여는 의료비를 면제 또는 감면해 주고 일반 환자에 대하여는 의료비 수수함. 2) 재활체육센터를 개설하여 수영, 헬스, 에어로빅 등 체육프로그램을 운영하면서 장애인에게는 할인혜택을 주고 일반인에게는 보증금 및 입장료를 정상수수함. 당해 비영리법인이 재활병원 및 재활체육센터의 운영과 관련하여 당해 시설에 대한 운영비를 사회복지법인 관련규정에 의거 국가 또는 지방자치단체로부터 보조금으로 지원받은 경우 당해 보조금이 수익사업에 해당하는지 여부 【회신】 귀 질의의 경우 비영리법인이 고유목적사업과 관련하여, 국가 또는 지방자치단체로부터 용역제공 등에 대한 대가 관계없이 지원받은 보조금의 수익사업 해당여부에 대하여는 관련 질의회신(법인 46012-2890, 1996.10.18.)을 참고바람. ○ 법인46012-2890(1996.10.18.) (질 의) 당해 협회가 국가(보사부) 및 지방자치단체로부터 무상으로 받는상기의 보조금이 법인세가 과세되는 수익사업에서 발생한 소득에해당되는지. ※ 참고 예규 ·비수익사업(장애인 치료사업)과 수익사업(비장애인 치료사업)을고유목적으로 영위하는 사회복지법인이 국가로부터 무상으로받는 보조금은 법인세의 과세대상소득이 아님. (법인 46012-3852, 1995. 10. 16) (법인 46012-2533, 1993. 8. 25) 【회신】 귀 질의의 경우 기생충질환예방법에 의하여 설립한(사)○○건강관리협회가 고유목적사업과 관련하여 국가 및지방자치단체로부터 무상으로 지원받는 보조금은 수익사업 또는수입에서 생긴 소득에 해당하지 아니하는 것임 . ○ 법인46012-1976(1998.07.16) 【질의】 민법 제32조 에 의해 설립된 비영리내국법인으로서 조세감면규제법 제59조 제1항의 공공법인이 정부로부터 “보조금의 예산 및 관리에 관한 법률”의 규정에 의해 국고보조금을 지급받아 고정자산을 취득한 경우 1) 국고보조금에 대한 법인세 납세의무 여부 2) 국고보조금으로 취득한 고정자산을 수익사업용자산으로서 자본의 원입으로 경리한 경우 동 고정자산에 대한 감가상각비 계상 가능 여부 【회신】 비영리법인이 보조금의 예산 및 관리에 관한 법률의 규정에 의거 고정자산을 취득하기 위해 정부로부터 지급받는 보조금은 법인세법 제1 제1항 단서규정의 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 해당하지 아니하는 것이며, 이 경우 비영리법인이 보조금으로 취득한 고정자산을 법인세법시행규칙 제1조 제2항 의 규정에 따라 수익사업에 전입하고 그 자산가액을 자본의 원입으로 경리한 경우에는 당해 고정자산에 대하여 같은법시행령 제48조 제1항의 규정에 의해 계산한 감가상각비를 손금에 산입 하는 것임
원본 출처 (국세법령정보시스템)