피합병법인의 임직원이 합병법인에 계속 취업하는 경우 연말정산 방법

피합병법인의 임직원이 합병법인에 계속 취업하는 경우 당해 임직원에 대한 연말정산은 합병법인이 하는 것이며, 원천징수영수증에 피합병법인이 지급한 근로소득과 원천징수내역을 전근무지의 소득과 기납부세액으로 구분기재하여야 함.

[회신] 법인이 합병함에 있어서 피합병법인의 임직원이 합병법인에 계속 취업하고 소득세법 제17조의 규정에 의한 현실적인 퇴직을 하지 아니한 경우에는 당해 임직원에 대한 연말정산은 합병법인이 하는 것이며, 『근로소득원천징수영수증』에 피합병법인이 지급한 근로소득과 원천징수내역을 전근무지의 소득과 기납부세액으로 구분기재하여야 합니다. 합병등기일 전에 중도퇴사한 근로자에 대한 근로소득지급조서는 소득세법 제164조의 규정에 의해 소득의 지급자인 합병법인 또는 피합병법인 명의로 제출하는 것입니다. 1. 질의내용 ○ 피합병법인의 임직원이 현실적인 퇴직을 하지 아니한 경우 연말정산 방법과 지급조서 제출은? 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련법령 ○ 소득세법 제164조 【지급조서의 제출】 ① 제1조의 규정에 의하여 소득세 납세의무가 있는 개인에게 다음 각호의 1의 소득에 해당하는 소득금액 또는 수입금액을 국내에서 지급하는 자(법인을 포함하며, 제127조 제6항의 규정에 의하여 소득금액의 지급을 대리하거나 그 지급을 위임 또는 위탁받은 자를 포함한다)는 대통령령이 정하는 바에 의하여 지급조서를 그 지급일이 속하는 분기 종료일의 다음달 말일까지 원천징수관할세무서장ㆍ지방국세청장 또는 국세청장에게 제출하여야 한다. 다만, 근로소득에 대한 지급조서는 다음 연도 2월 말일까지 제출하여야 한다. (95. 12. 29 개정) 1. 이자소득 2. 배당소득 3. 대통령령이 정하는 사업소득에 대한 수입금액 4. 근로소득 또는 퇴직소득 5. 기타소득 6. 비거주자의 국내원천소득(근로소득 및 퇴직소득을 제외한다) ② 제1항 각호의 소득 중 대통령령이 정하는 소득에 대하여는 제1항의 규정을 적용하지 아니할 수 있다. ③ 제1항의 규정에 의하여 지급조서를 제출하여야 할 자가 지급조서의 기재사항을 전자계산조직에 의하여 전산처리하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 지급조서를 국세청장이 정하는 바에 의하여 전산처리된 테이프 또는 디스켓으로 다음 각호의 기한까지 제출할 수 있다. 1. 1월 1일부터 6월 30일까지 지급분은 8월 31일 2. 1월 1일부터 12월 31일까지 지급분은 다음 연도 2월 말일 ○ 소득세법기본통칙 137-2 [피합병법인의 임직원에 대한 연말정산] 법인이 합병함에 있어서 피합병법인의 임직원이 합병법인에 계속 취업하고 규칙 제17조에 규정한 현실적인 퇴직을 하지 아니한 경우에는 당해 임직원에 대한 연말정산은 합병법인이 하여야 한다. ○ 법인세법 제63조 【지급조서의 제출의무】 ① 제39조 제1항의 규정에 의한 원천징수의무자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 지급조서를 제출하여야 한다. (97. 12. 13 개정) ② 지급조서의 제출에 대해서는 소득세법 제164조 의 규정을 준용한다. (94. 12. 22 개정 ; 소득세법 부칙) ○ 법인세법 시행령 제114조 【가산세의 적용】 ① 법인이 법 제26조의 규정에 의한 신고서를 제출하지 아니하고 법 제31조의 규정에 의하여 법인세를 납부한 경우에는 법 제41조 제1항 제3호의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 법인세를 미달하게 납부한 때에는 예외로 한다. (80. 2. 29 개정) ② 법 제63조에 규정하는 보고기한전에 법인이 합병 또는 해산함으로써 법 제46조ㆍ법 제48조 또는 법 제50조의 규정에 의하여 과세표준을 결정한 경우에 법 제41조 제4항에 규정하는 지급금액은 합병등기일 또는 해산등기일까지 보고하여야 할 지급금액으로 한다. (82. 12. 31 개정) 나. 유사사례 ○ 법인46013-2743, 1998.9.24 법인의 합병으로 인하여 피합병법인의 임직원이 합병법인에 계속 취업하고 소득세법 제17조 의 규정에 의한 현실적인 퇴직을 하지 아니한 경우에 당해 임직원에 대한 연말정산은 합병볍인이 하여야 합니다.