직업병 및 임상연구 등에 소요되는 실비보전 연구비의 비과세 적용여부

산재의료원에 재직 중인 의사가 독립된 자격으로 자기 책임 하에 고용관계 없는 제3자로부터 특정임상연구 과제물을 위촉받아 그 연구결과에 따라 지급받는 연구비(실질적으로 당해 의료원이 부담하는 금액 제외)는 소득세가 과세되지 아니함.

[회신] 산재의료원에 재직중인 의사가 독립된 자격으로 자기 책임하에 고용관계 없는 제3자로부터 특정임상연구 과제물을 위촉받아 그 연구결과에 따라 지급받는 연구비(실질적으로 당해 의료원이 부담하는 금액 제외)는 소득세법시행령 제33조의 규정에 의하여 소득세가 과세되지 아니하나, 자기의 일상 직무분야인 임상치료를 하면서 통상적인 임상보고서를 제출하고 그 대가를 연구비명목을 지급받는 경우에는 고용관계에 따른 일상용역의 부가적인 대가로서 소득세법 시행령 제38조에 의한 근로소득의 범위에 포함되는 것입니다. 1. 질의내용 요약 [질의 배경] ○ 저희 기관은 산업재해보상보험법에 의거 산재환자에 대한 요양 및 치료를 전담하고 있는 노동부 산하의 공곧특수법인(재단법인)으로서 전국에 산재보험시설인 의료기관 9개를 운영하고 있고, 의료기관에 150여명의 의사가 있음. (1995.04.07 투자기관인 근로복지공사의 의료사업부문에서 분리 독립법인 출범) ○ 직업병 환자에 대한 요양 및 치료전담 의료기관으로서 역할을 수행하기 위하여 오래전부터 의사들에게 의무적으로 직업병 및 각종 산업재해 환자의 임상.치료 등에 관한 연구업무를 부과하고 있으며, 동연구에 소요되는 필요경비의 보조를 위하여 진료과별 또는 연구과제별로 차등화하여 임상연구조성비를 지급하고 있으며 매년 동 연구내용에 대한 세미나의 개최, 연구보고서의 발간 등이 이루어 지고 있음. ○ 그러나 동 연구비는 필요경비의 실비 보조성격임에도 불구하고 근로소득으로 간주되어 소득세를 부담하고 있으며, 동 연구비 지급액의 35~40%가 세금으로 납부되고 있음. 이것은 결국 국고 보조 및 공공예산에 의해 운영되고 있는 기관의 성격상 정부승인예산의 일부가 다시 국고로 환수되고 있는 것이며, 산재환자 치료라는 공공사업수행으로 발생하고 있는 만성적 적자를 가중시키는 한 요인이 되고 있음. [질의 내용] ○ 제1방안 : 직업병 및 임상연구 등에 소요되는 실비(도사, 기기 등 구입) 보전으로 지급되고 있으므로 - 비과세 적용 여부 (근거 : 소득세법 시행령 제43조 에 의한 대학등 교원의 연구비 비과세 적용 및 소득세법 통칙 2-4-16-20) - 근로소득이 아닌 기타 소득으로 적용가능 한지 여부 (전제 : 의사들에게 연구강제없이 기본적 대가성 근로범위에 포함하지 않으며 독립된 자격으로 임상연구한 의사에게만 지급, 예. 홍보실 직원이 아닌 자가 사보게재용 원고제출시 지급하는 원고료) ○ 제2방안 : 연구비를 저희기관이 지급하지 않고 고용관계없는 제3자가 지급하는 경우로서 - 연구비 지급기관이 비과세 적용 여부 (근거 : 1987.08.07 국세청의 내무부질의 회신내용) - 연구비 지급기관이 기타소득으로 적용하여 원천징수가능 여부 (근거 : 소득세법 제21조 제1항 제4호 ) 2. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 소득세법시행령 제33조 【】 ○ 소득세법 시행령 제38조 【】