법인이 특수관계에 있는 대주주의 토지 고가매입시 부당행위계산부인 적용여부

법인이 특수관계에 있는 대주주 개인 소유의 토지를 사용승낙을 받아 개발한 후 취득한 경우로서 당해 토지의 적장한 시가보다 높은 가액으로 매입한 경우에는 부당행위계산의 부인규정이 적용되는 것임.

[회신] 귀 질의의 경우 법인이 특수관계에 있는 대주주 개인 소유의 토지를 사용승낙을 받아 개발한 후 취득한 경우로서 당해 토지의 적장한 시가보다 높은 가액으로 매입한 경우에는 법인세법 제52조의 규정에 의한 부당행위계산의 부인규정이 적용되는 것입니다. 이 경우 적정한 시가라 함은 개발로 인한 이익이 포함되지 아니한 가격을 말하는 것입니다. 귀 질의3의 경우 법인이 위 토지를 개발중에 농어촌발전특별조치법 제45조의2 규정에 의하여 농지전용허가 조건으로 부담한 전용부담금은 당해 토지의 자본적지출에 해당하는 것입니다. 1. 질의요지 질의1) 법인이 특수관계에 있는 대주주 개인소유의 토지를 당해 법인이 사업에 사용할 목적으로 사전에 사용승낙을 얻어 개발하다가 아래와 같이 취득한 경우 부당행위계산의 부인규정이 적용되는 지 ? 질의2) 부당행위계산의 부인규정이 적용되는 경우 부당행위계산 대상금액은 어느 것인 지 ? 질의3) 법인이 토지를 개발도중 형질변경으로 인하여 농지전용허가 조건으로 부담한 농지전용부담금이 당해 토지의 자본적지출에 해당하는 지? <토지의 사용 및 매매상황> ㆍ 토지의 사용계약기간 : ’94. 6월 ~’96.5월 ㆍ 토지의 매매계약 : ’96.5.12 ㆍ 토지 취득가액 : 87억(감정평가법인의 감정가액) * 토지의 개발로 인하여 지가 상승 * 공시지가 : 683백만원 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련법령 ○ 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】 ① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 “특수관계자”라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. (98. 12. 28 개정) ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가”라 한다)을 기준으로 한다. (98. 12. 28 개정) ③ 내국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계자와 거래한 내역이 기재된 명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (98. 12. 28 개정) ④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (98. 12. 28 개정) ○ 시행령 제88조【부당행위계산의 유형 등】 ① 법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. (98. 12. 31 개정) 1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우 (98. 12. 31 개정) 2. 무수익 자산을 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우 (98. 12. 31 개정) 3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물 ○ 시행령 제89조【시가의 범위 등】 ① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다. (98. 12. 31 개정) ② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다. (98. 12. 31 개정) 1. 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액. 다만, 증권거래소에 상장되지 아니한 주식 등을 제외한다. (98. 12. 31 개정) 2. 상속세 및 증여세법 제38조 ㆍ동법 제39조 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액 (98. 12. 31 개정) ○ 법인세법시행령 제46조 【법인의 부당한 행위 또는 계산】 ①법 제20조에서 “특수관계 있는 자”라 함은 다음 각호의 관계에 있는 자를 말한다.(76.12.31 개정) ②법 제20조에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.(74.12.31 개정) 4. 출자자 등으로부터 자산을 시가를 초과하여 구입하거나 출자자등에게 자산을 시가에 미달하게 양도한 때 ○ 법인세법시행규칙 제16조 의 2 【시가】 영 제40조 제1항ㆍ영 제41조 제1항ㆍ영제46조 및 영 제116조 제2항ㆍ제4항의 규정을 적용함에 있어서 지가가 불분명한 경우에는 지가공시및토지등의평가에관한법률에의한 감정평가법인이 감정한 가액에 의하고, 감정한 가액이 없는 경우에는 상속세법 시행령 제5조 제2항 내지 제6항의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다. 다만, 증권거래소에 상장되지 아니한 주식은 상속세법 시행령 제5조 제6항의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다. (91.12.28 개정) 나. 유사사례 ○ 법인46012-1354, 1996.5.6 귀 질의의 경우 법인이 특수관계에 있는 개인소유의 토지(임야)를 사전에 사용승낙을 받아 이를 개발하다가 취득하는 경우 당해 토지의 적정시가는 그 토지의 개발로 인하여 상승된 금액이 포함되지 아니한 시가로 하는 것입니다. ○ 소득46011-1832, 1995.07.04 【요약】 농지전용허가 조건으로 부담한 농지조성비 및 전용부담금은 토지에 대한 자본적 지출에 해당 【질의】 주유소를 경영하는 거주자가 당초 농지에 주유소를 설치하기 위하여 농지의 전용허가 조건으로 부담한 농지조성비 및 전용부담금을 당해 주유소업의 소득금액 계산에 있어서 필요경비로 산입할 수 있는지 여부 【회신】 귀 질의와 같이 주유소업을 영위하는 거주자가 농지에 주유소를 신축하기 위하여 농지의 보전 및 이용에 관한 법률 제4조 제4항 및 동법시행령 제6조의 규정에 의하여 농지전용허가 조건으로 부담한 농지조성비 및 전용부담금은 당해 토지에 대한 자본적 지출에 해당하는 것임. 【참조구문】 구 소득세법 제31조 및 동법시행령 제89조 농지의 보전 및 이용에 관한 법률 제4조 및 동시행령 제6조