재단으로서 등기되지 아니한 교회가 토지 등을 양도한 경우 납세의무

공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 교회는 법인으로 보는 단체에 해당하는 것이며, 동 교회가 토지ㆍ건물 등의 양도로 인하여 발생한 양도차익에 대하여는 특별부가세의 납세의무가 있는 것임.

[회신] 귀질의의 경우 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 교회는 국세기본법 제13조 제1항 제2호의 규정에 의한 “법인으로 보는 단체”에 해당하는 것이며, 동 교회가 토지ㆍ건물 등의 양도로 인하여 발생한 양도차익에 대하여는 법인세법 제59조의2의 규정에 의한 특별부가세의 납세의무가 있는 것입니다. 1. 질의 요지 ○○회 ○○교회에 소속된 교회로서 법인으로 등기하지 아니한 교회가 ’89.1.30. 취득하여 교회로 사용하던 토지와 건물로서 교회명의로 등기된 부동산을 ’93.8.23. 양도한 경우에 ○ 개인으로 보아 양도소득세를 납부하여야 하는 지, “법인으로 보는 단체”로 보아 특별부가세를 납부하여야 하는 지 2. 질의내용에 대한 자료 가. 유사사례 ○ 심사중부97-386, 1997.6.27 【제목】 교회는 주무관청의 허가나 등록된 단체가 아니나 종교목적출현 기본재산 있는 단체로서 등기 안됐어도 법인으로 보는 단체로서 개인 아님 【판결이유】 [ 주 문 ] ○○세무서장이 1997. 4. 1 청구인에게 결정고지한 1991년 귀속 양도소득세 49,952,200원은 이를 취소한다. [ 이 유 ] 1. 처분내용 ○○회 ○○교회(이하 “쟁점교회” 라 한다)가 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대지 92.6㎡, 건물 41.65㎡ 및 같은동 ○○번지 대지 119.3㎡, 건물 192.72㎡ 및 같은동 ○○번지 대지 139.2㎡(이하 “쟁점부동산” 이라 한다)를 1977. 5. 29부터 1987. 11. 25까지 취득하여 쟁점교회 명의로 등기한 후 1991. 6. 11 청구외 이○○에게 양도하였다. 처분청은 쟁점교회가 쟁점부동산을 양도한데 대하여 청구인의 자산을 양도한 것으로 보아 1997. 4. 1 청구인에게 1991년도 귀속분 양도소득세 49,952,200원을 결정고지하였다. 2. 청구주장 쟁점부동산은 쟁점교회의 소유이지 청구인 개인의 소유가 아니므로 청구인 개인에게 과세한 처분은 부당한 바, 고지세액을 전액 취소하여 달라는 주장이다. 3. 처분청 의견 국세기본법상 쟁점교회는 허가 또는 세무서장의 승인을 받은 법인으로 볼 수 없으므로 쟁점교회를 개인으로 보아 쟁점교회 대표자인 청구인에게 과세한 처분은 적법하다는 의견이다. 4. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점교회 명의로 등기되어 있는 쟁점부동산의 양도에 대하여 동 교회를 개인으로 보아 교회 대표자인 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다. 나. 관계법령 국세기본법 제13조 제1항 에서 “법인격이 없는 사단ㆍ재단 기타단체 중 대통령령이 정하는 것에 대하여는 이를 법인으로 보아 이법과 세법을 적용한다” 고 규정하고 있으며 동법시행령 제8조에서는 “법 제13조 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격 없는 사단ㆍ재단ㆍ기타단체는 다음 각호의 1에 해당하는 것으로 한다. 1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립하거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단ㆍ재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것 2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것” 이라고 규정하고 있다. 국세기본법기본통칙 1-4-02…13에서 “교회나 사찰이 그 본래의 목적을 달성하기 위하여 신도가 출연한 헌금으로 취득한 부동산을 타인에게 임대하여 주는 경우에는 법 제13조 및 같은법시행령 제8조 제2호에 의하여 그 교회나 사찰을 법인으로 보아 세법을 적용한다” 라고 규정하고 있다. 그리고 구 법인세법기본통칙 7-3-18…59의 3(1993. 2. 1 삭제) 제1항에서 “법인으로 보는 교회가 본래의 목적을 달성하기 위하여 신도가 출연한 헌금으로 취득한 기본재산은 등기부상의 명의에 불구하고 이를 교회의 고유목적에 직접 사용하는 경우에는 고유목적용 기본재산으로 본다” 제2항에서 “선교활동을 위한 선교사용 주택 사무실 또는 합숙소 등은 교회의 고유목적에 직접 사용하는 토지 등으로 본다” 고 규정하고 있다. 다. 사실관계 및 판단 처분청은 쟁점부동산의 양도에 대하여 청구인에게 양도소득세를 과세하였으나, 청구인은 쟁점부동산이 쟁점교회의 소유이므로 청구인 개인 재산의 양도로 보아 과세한 처분은 부당하다는 취지의 주장을 하는 바, 쟁점부동산을 법인의 재산으로 볼 수 있는지에 대하여 다툼이 있다고 할 것이다. 위 관련 법령에 의하면 교회가 본래의 목적을 달성하기 위하여 신도가 출연한 헌금으로 취득한 기본재산으로서 교회의 고유목적에 직접 사용하는 경우에는 등기부상의 명의에 불구하고 이를 법인의 기본재산으로 보도록 규정하고 있다(구 법인세법기본통칙 7-3-18…59의 3과 같은 뜻). 따라서 등기부상 쟁점교회 명의로 등록되어 있는 이 건의 경우 쟁점부동산이 교회신도가 출연한 헌금으로 취득한 기본재산으로서 교회의 기본목적에 직접 사용하고 있는지에 대하여 살펴본다. 첫째, 쟁점교회가 1960. 6. 4 교회를 창립한 후 1991. 12. 12 민법 제32조 에 의하여 법인설립허가를 받아 설립된 ○○총회(총회장 김○○)에 소속되어 종교활동을 하여온 사실이 소속증명서 등에 의하여 확인되고 있으며, 1997. 4. 24 부동산등기법 제41조 의 2의 규정에 근거하여 ○○시 ○○구청장의 종교단체등록대장에 등재(등록번호 00000-000000)되어 있음이 동 구청장이 발행한 종교단체 등록증명서에 의하여 확인되고 있다. 둘째, 쟁점교회 내에는 주요업무를 수행하는 당회(목사, 장로 등으로 구성됨)가 설치되어 동 기구의 의결을 거쳐 기본재산을 관리하고 있음이 ○○총회(개혁)헌법 제15장 및 쟁점교회의 당회록에 의하여 확인되고 있다. 셋째, 쟁점부동산은 등기부상 쟁점교회 명의로 소유권이전 등기가 되어있고, 그 지상에 1979. 5. 29부터 1987. 11. 25 기간 중 건축한 쟁점부동산을 종교 교유목적에 사용하다가 양도하고 ○○시 ○○구 ○동 ○○번지에 새로운 교회건물(대지 720.00㎡, 종교시설 1,375.86㎡)을 신축 이전한 사실이 등기부등본, 건축물관리대장 및 교회요람 등에 의하여 확인되고 있어 쟁점부동산은 교회의 고유목적에 사용되었다 할 것이다. 따라서 쟁점교회와 같은 개별교회는 주무관청의 허가를 받아 설립된 단체나 주무관청에 등록된 단체로 보기는 어렵지만 종교라는 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 단체에 해당한다고 할 것이므로 쟁점교회는 등기되지 아니하였더라도 국세기본법시행령 제8조 제2호 (1994. 12. 31 개정전)의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체에 해당된다고 할 것이다(같은 뜻 : 국심 96중 2945, 1996. 12. 18 등 다수). 그러므로 쟁점교회를 개인으로 보아 그 대표자인 청구인에게 양도소득세를 과세한 당초 처분은 부당하다고 판단된다. 따라서 이 건 심사청구는 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제65조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.