영농조합법인이 익금산입하지 않은 국고보조금의 수정신고시 가산세 적용여부

농지소득 전액과 농지소득외의 소득 중 법인세를 면제받는 영농조합법인이 국고보조금을 당초 신고시 익금에 산입하지 아니함에 따라 수정신고하는 경우로서, 당해 국고보조금을 포함한 전체 소득금액에 대하여 법인세가 면제되는 경우에는 과소신고가산세가 적용되지 아니함.

[회신] 귀 질의의 경우 조세감면규제법 제52조의 규정에 의하여 농지소득 전액과 농지소득외의 소득중 같은법 시행령 제51조 제1항에서 정한 범위안의 금액(1천2백만원×조합원수×사업연도월수/12)에 대하여 법인세를 면제받는 영농조합법인이 국고보조금을 당초 신고시 익금에 산입하지 아니함에 따라 수정신고하는 경우로서, 당해 국고보조금을 포함한 전체 소득금액에 대하여 법인세가 면제되는 경우에는 구법인세법시행규칙 제58조 제3항(’99.5.24 개정전의 것)의 규정에 의하여 과소신고가산세가 적용되지 아니하는 것입니다. 1. 질의요지 당 법인은 “농어촌발전특별조치법”에 의한 영농조합법인(농지소득은 전액 감면, 국고보조금 등 기타소득은 1천2백만원 × 조합원수 × 사업연도월수/12범위내 감면)으로 “보조금의예산및관리에관한법률”에 의하여 수령한 국고보조금을 자본잉여금으로 계상한 후 세무조정에 의하여 익금산입하지 아니한 것이 발견되어 수정신고 할 예정인 바 이 경우 과소신고 가산세가 적용되는 지 여부 * 국고보조금을 익금산입하여도 조세감면규제법시행령 제51조에서 규정 정하는 산식에 의하여 법인세가 전액 면제됨 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련법령 ○ 구 법인세법 제41조 【가산세】’98.12.31. 개정전의 것 ① 납세지 관할세무서장은 제38조의 규정에 의하여 각사업연도의 소득에 대한 법인세를 징수함에 있어서 당해 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 다만, 비영리내국법인에 대해서는 제1호의 상업장부에 관한 가산세의 규정은 이를 적용하지 아니한다. (94. 12. 22 개정) 1. 제26조의 규정에 의한 신고가 없거나 제62조의 규정에 의한 상업장부의 비치ㆍ기장의무를 이행하지 아니한 경우에는 정부가 결정한 산출세액(제22조의 2의 규정에 의한 적정유보초과소득에 대한 법인세를 제외한다)의 100분의 20에 상당하는 금액. 다만, 그 금액이 당해 법인의 수입금액의 1만분의 7에 미달하거나 산출세액이 없는 때에는 그 수입금액의 1만분의 7에 상당하는 금액 (93. 12. 31 개정) 2. 제26조의 규정에 의하여 신고하여야 할 과세표준금액에 미달하게 신고한 경우에는 그 미달하는 금액에 해당하는 산출세액(제22조의 2의 규정에 의한 적정유보초과소득에 대한 법인세를 제외한다)의 100분의 10에 상당하는 금액. 다만, 산출세액이 없는 경우에는 이를 적용하지 아니한다. (94. 12. 22 단서신설) ○ 구 법인세법시행규칙 제58조 【가산세의 적용례】’99.5.24 개정전의 것 ① 삭 제 (77. 2. 23) ② 삭 제 (82. 3. 20) ③ 이 법 또는 다른 법률에 의하여 법인세(특별부가세를 포함한다)가 비과세되거나, 전액면제되는 소득만이 있는 법인에 대하여는 법 제41조 제1항과 제3항의 규정을 적용하지 아니하는 것으로 한다. (86. 3. 31 개정) ○ 조세감면규제법 제52조【영농조합법인등에 관한 법인세 면제등】 ① 농어촌발전특별조치법에 의한 영농조합법인(이하 “영농조합법인”이라 한다)에 대하여는 지방세법 제198조 제1항 의 규정에 의한 소득(이하 “농지소득”이라 한다)의 전액과 농지소득외의 소득중 대통령령이 정하는 범위안의 금액에 대하여 법인세를 면제한다. ○ 조세감면규제법시행령 제51조【영농조합법인등에 관한 법인세면제등】 ① 법 제52조 제1항의 규정에 의하여 농지소득 이외의 소득중 법인세가 면제되는 소득금액은 각 사업연도별로 다음 산식에 의하여 계산한 금액 이하의 금액으로 한다. (95. 12. 30 개정) 사업연도월수 1천200만원 ×조합원수×─────── 12