농공단지입주기업 등에 대한 조세 감면이 가능한지 여부

구 조세감면규제법 제50조(’98. 12. 28 개정전)의 적용대상이 되는 중소기업이 결손 신고후 정부의 경정결정에 의하여 당해 공장에서 발생한 소득에 대한 산출세액이 발생하는 경우 같은법에 의한 세액감면이 적용되는 것임.

[회신] 귀 질의1)의 경우 구 조세감면규제법 제50조(’98.12.28 개정전)의 적용대상이 되는 중소기업이 결손 신고후 정부의 경정결정에 의하여 당해 공장에서 발생한 소득에 대한 산출세액이 발생하는 경우 같은법에 의한 세액감면이 적용되는 것이며 귀 질의2)의 경우 법인세과세표준 신고시 조세특례제한법 제64조의 조세감면을 신청하여야 하나 착오에 의하여 감면조항을 잘못 신청한 것이 객관적으로 명백하게 확인되고 당해법인이 같은법 제145조의 규정에 의거 감면세액 상당액을 적법하게 기업합리화적립금으로 적립하였다면 같은법 제64조의 세액감면을 적용받을 수 있는 것입니다. 1. 질의내용 1) 농공단지 입주기업으로서 ’97사업연도분 법인세신고시 결손으로 신고후 법인세 정기 조사에서 산출세액이 발생한 경우 농공단지입주기업 등에 대한 조세 감면이 가능한지 여부 2) 법인세신고시 착오로 인하여 적용하였던 창업중소기업 등에 대한 세액감면조항을 수정신고로 인하여 농공단지입주기업 등에 대한 세액감면으로 변경시 동 감면세액의 인정이 가능한지 여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련규정 ○ 조세특례제한법 제64조 【농공단지입주기업 등에 대한 세액감면】 ① 2000년 12월 31일까지 산업입지 및 개발에 관한 법률에 의한 농공단지 중 대통령령이 정하는 농공단지에 입주하여 농어촌소득원개발사업을 영위하는 내국인과 지역균형개발 및 지방중소기업육성에 관한 법률 제9조 및 동법 제50조의 규정에 의한 개발촉진지구 및 지방중소기업특별지원지역으로서 대통령령이 정하는 지구ㆍ지역에 입주하여 사업을 영위하는 중소기업에 대하여는 제6조 제1항의 규정을 준용하여 당해 공장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세를 감면한다. (98. 12. 28 개정) ② 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다. (98. 12. 28 개정) ○ 구 : 조세감면규제법 제50조【농공단지입주기업등에 대한 세액감면】 ① 산업입지 및 개발에 관한 법률에 의한 농공단지 중 대통령령이 정하는 농공단지안에서 농어촌소득원개발사업을 영위하는 내국인과 지역균형개발 및 지방중소기업육성에 관한 법률 제9조 및 동법 제50조의 규정에 의한 개발촉진지구 및 지방중소기업특별지원지역으로서 대통령령이 정하는 지역안에서 사업을 영위하는 중소기업에 대하여는 당해 공장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세를 제6조 제1항의 규정을 준용하여 감면한다. (98. 4. 10 개정) ② 제1항의 규정의 적용을 받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다. ○ 조세특례제한법 시행령 제61조 【농공단지 입주기업등에 대한 세액감면】 ① 법 제64조 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 농공단지”라 함은 별표 7 제1호에 규정된 수도권외의 지역으로서 농공단지지정일 현재 인구 20만 이상인 시지역외의 지역에 소재하는 농공단지를 말한다. (98. 12. 31 개정) ② 법 제64조 제1항에서 “대통령령이 정하는 지구ㆍ지역”이라 함은 별표 7 제1호에 규정된 수도권외의 지역으로서 개발촉진지구 및 지방중소기업특별지원지역의 지정일 현재 인구 20만 이상인 시지역외의 지역에 소재하는 개발촉진지구 및 지방중소기업 특별지원지역으로서 재정경제부령이 정하는 지역을 말한다. (98. 12. 31 개정) ③ 법 제64조 제1항의 규정을 적용 받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (98. 12. 31 개정) ○ 구 : 조세감면규제법 시행령 제48조【농공단지의 범위등】 ① 법 제50조 제1항에서 “대통령령이 정하는 농공단지”라 함은 별표 1 제1호에 규정된 수도권외의 지역으로서 농공단지지정일 현재 인구 20만 이상인 시지역외의 지역에 소재하는 농공단지를 말한다. (98. 5. 16 개정) ② 삭 제 (98. 5. 16) ○ 조세감면규제법 제49조【농공단지입주기업등에 대한 세액감면】 ① 법 제50조 제1항에서 “대통령령이 정하는 지역”이라 함은 별표 1 제1호에 규정된 수도권외의 지역으로서 개발촉진지구 및 지방중소기업 특별지원지역 지정일 현재 현재 인구 20만 이상인 시지역외의 지역에 소재하는 개발촉진지구 및 지방중소기업 특별지원지역으로서 재정경제부령이 정하는 지역을 말한다. (98. 5. 16 직제개정) ② 법 제50조 제1항의 규정의 적용을 받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서를 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (98. 5. 16 직제개정) 나. 유사사례 ○ 법인46012-3109, 99. 8. 7 법인세 신고시 임시투자세액공제를 받지 아니하고 세액공제신청서도 제출하지 아니한 경우 정부의 경정결정에 의하여 공제받을 수 없는 것임 ○ 법인46012-3973, ’93. 12. 16 특정설비투자세액 공제대상 투자에 대하여 임시투자세액공제로 착오 적용하였다 하더라도 투자확인서 등에 의하여 설비투자가 확인되고 공제받은 세액에 상당하는 기업합리화적립금을 적립하였다면 특정설비투자에 대한 세액공제를 적용 ○ 대구청심사 96-244, ’96. 10. 25 창업중소기업 감면적용하였으나 동 규정이 적용되지 않는 경우로서 지방이전중소기업 감면요건 충족되면 감면신청하지 않았어도 지방이전 중소기업 감면규정 적용가능 ○ 법인46012-2154, ’99.6.7 법인세과세표준신고서를 제출한 법인이 당해 사업연도에 적용하였던 투자세액공제 조항을 변경하여 적용하고자 하는 경우로서 당해 연도의 납부세액에는 변동이 없더라도 이월되는 공제세액의 증가로 인하여 그 다음 납부세액의 공제되는 경우에는 국세기본법 제45조 의 2의 규정에 의한 경정등의 청구를 할 수 있음 ○ 법인46012-2042, ’99.6.1. 법인46012-14919, ’99.5.21 법인세과세표준신고서를 제출한 법인이 세액공제 신청을 하지 아니함으로써 신고한 세액이 신고할 세액을 초과할 경우 조사에 의한 경정결정여부에 불구하고 경정청구기간 이내에는 경정청구에 의한 세액공제를 적용받을 수 있음 ○ 법인세법 기본통칙 4-4-25…32 법인이 신고한 소득금액의 내용이 허위 또는 착오인 것이 객관적으로 명백하여 경정하는 경우를 제외하고는 그 신고내용을 정당한 것으로 보아 그 세액을 환급하지 아니함