의료업을 영위하는 비영리내국법인이 당해법인의 수익사업과 고유목적사업이 동일한 경우에 고유목적사업준비금을 설정할 수 있는지의 여부

비영리내국법인이 그 법인의 고유목적사업 또는 법인세법 제 18조 제 1항의 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 같은법 제12조의2 제1항제1호 내지 제4호의 금액을 합계한 금액의 범위 안에서 각 사업년도의 소득금액 계산시 이를 손금에 산입하는 것임

[회신] 귀 질의의 경우 정관에 규정된 고유목적사업 내용이 불분명하여 정확한 회신을 할 수 없으나, 비영리내국법인이 그 법인의 고유목적사업 또는 법인세법 제 18조 제 1항의 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 같은법 제12조의2 제1항제1호 내지 제4호의 금액을 합계한 금액의 범위 안에서 각 사업년도의 소득금액 계산시 이를 손금에 산입하는 것이고, 이 경우 그 법인의 고유목적사업이라 함은 당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 같은법 제1조제1항제1호의 규정에 의한 수익사업 외의 사업을 말하는 것입니다. 1. 질의내용 요약 의료업을 영위하는 비영리내국법인이 당해법인의 수익사업과 고유목적사업이 동일한 경우에 [질의 1] 법인세법 제12조의2 의 고유목적사업준비금을 설정할 수 있는지의 여부 갑설) 설정할 수 있다. 을설) 설정할 수 없다. [질의 2] 수익사업인 의료업에서 발생한 소득을 학교법인의 시설비, 교육비등으로 기부하려는 경우 아래와 같이 회계처리방법에 따라 과세관세가 달라지는 여부 ① 수익사업에서 발생한 소득중 50%는 교육목적사업준비금으로 손금산입하고 나머지 50%는 학교법인에 대한 기부금으로 직접회계처리하여 수익사업의 손금으로 인정받는다. ② 수익사업에서 발생한 소득전체를 목적사업회계로 처리하여 동 목적사업에서 학교법인의 교육비등으로 기부하는 경우에는 수익사업에서 발생한 소득중 50%는 고유목적사업준비금으로 손금산입되나 나머지 50%는 목적사업회계에서 기부금으로 처리되므로 손금산입의 효과가 없어지게 된다. 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 법인세법 제12조의2 제1항 【고유목적사업준비금의 손금산입】 ○ 법인세법시행령 제17조 제3항 【고유목적사업준비금의 손금산입】 ○ 조세감면규제법시행령 제59조 제1항 【고유목적사업준비금의 손금산입】 ○ 조세감면규제법시행령 제61조 【기부금의 손금산입특례】