신주인수권을 인수하여 증자 참여시 부당행위계산의 부인 규정 적용 여부

기존주주인 영리법인이 신주를 배정받을 수 있는 권리를 포기함으로써 발생한 실권주를 그와 특수관계에 있는 비영리법인이 재배정받은 경우, 당해 신주를 실권한 영리법인에 대하여는 부당행위의 계산 부인규정을 적용하는 것임.

[회신] 질의 1의 경우 기존주주인 영리법인이 신주를 배정받을 수 있는 권리의 전부 또는 일부를 포기함으로써 발생한 실권주를 그와 특수관계에 있는 비영리법인이 재배정받은 경우 당해 신주를 실권한 영리법인에 대하여는 법인세법 제52조 및 같은법시행령 제88조제1항제8호 나목의 규정에 의하여 부당행위의 계산 부인규정을 적용하는 것이나 신주를 재배정받은 비영리법인에 대하여는 그러하지 아니하는 것이며 질의 3의 경우 같은 규정에 의하여 위 영리법인이 당해 비영리법인에게 분여한 이익에 대하여는 같은법 제24조제1항 및 같은법시행령 제36조의 규정에 의한 지정기부금으로 보지 아니하는 것입니다. 1. 질의내용 요약 │질의 1 - 상속세및증여세법과 법인세법의 적용│ 특수관계에 있는 영리법인이 신주인수권을 포기하고 수익사업을 영위하고 있는 비영리법인이 출자관계가 없는 타 법인의 증자시에 저가로 참여할 경우에, ① 상속세및증여세법 제 39 조의 제 1 항 제 1 호 가목의 규정에 의하여 증여의제에 해당하여 고유목적사업에서 증여받은 것으로 보아 증여세를 과세하여야 하는지 ② 아니면, 법인세법시행령 제 88 조 제 1 항 제 8 호의 신주인수권 포기에 따른 부당행위부인 규정을 적용하여 동 이익상당액을 수익사업에서의 무상수증익으로 보아 법인세를 과세해야 하는지 ? (갑설) 법인세 과세대상이다. (이유) 신주인수권 또는 신주인수권의 인수로 취득한 주식이 수익사업용 자산이므로 수익사업에서 증여받은 것으로 보아 법인세 과세대상이 되어야 한다. (을설) 증여세 과세대상이다. (이유) 영리법인을 포함한 제 3 자가 비영리법인에게 특정한 혜택을 주는 것은 비영리법인의 고유목적사업에 필요한 재원으로 충당할 목적으로 기부하는 것이므로 일반적인 증여로 보아 증여세가 과세되어야 한다. │질의 2 - 상속세및증여세법의 적용│ 상기의 질의 1 에서 동 증여이익 상당액을 고유목적사업에서 분여받은 것으로 보아 증여세를 과세하여야 한다고 해석되는 경우에, 이를 분여받은 자가 상속세및증여세법시행령 제 12 조의 규정에 의한 공익법인등에 해당하는 경우 ‘증여의제’도 일반적인 증여로 보아 상속세및증여세법 제 48 조 제 1 항의 규정에 의하여 증여세 과세가액 불산입 대상이 되는지 ? 참고로, 별첨한 심사례(심사 88-858, 1989. 1. 27)에서는 학교법인이 특수관계자로부터 저가로 취득하여 증여의제에 해당하는 경우에는 증여세가 과세되지 않는 것으로 판단하고 있습니다. │질의 3 - 법인세법의 적용│ 상기의 질의 1 에서 동 증여이익 상당액을 고유목적사업에서 분여받은 것으로 보는 경우에, 이를 분여한 자가 영리법인인 경우 법인세법시행령 제 88 조 제 1 항 제 8 호 나목의 규정에 따라 부당행위부인에 해당되어 분여이익 상당액을 익금에 산입하여야 할 것으로 판단되나, 동 증여이익을 분여받은 자가 법인세법시행령 제 36 조 제 1 항 제 1 호 각목에 열거되어 있는 비영리법인에 해당하는 경우에는 지정기부금에 해당되어 이를 분여한 법인의 각 사업연도의 소득을 계산함에 있어서 지정기부금의 손금인정 한도내에서는 손금인정이 될수 있는지 ? (갑설) 지정기부금에 해당된다. (이유) 법인세법 제 52 조에서 규정하고 있는 부당행위계산의 부인은 세법이 정하고 있는 특수관계자와의 특정거래에 있어서는 동 거래의 형식을 부인하고 거래의 실질 내용에 따라 과세하고자 하는 취지인 것이다. 따라서, 이익을 분여받은 자가 일반법인이나 개인인 경우에는 분여한 이익이 비지정기부금에 해당하는 것이므로 전액 손금불산입하는 것이 타당할 것이나, 이익을 분여받은 자가 지정기부금 대상단체이며 분여받은 이익이 당해 법인의 고유목적사업에 귀속되는 경우에는 동 분여이익중 법인세법 제 24 조 제 1 항에서 정하는 범위내의 금액은 지정기부금으로서 손금인정이 될 수 있는 것이다. 참고로, 법인세법기본통칙 2-14-17…18에서는 특수관계에 있는 단체등에 지출한 지정기부금의 경우에도 이를 지정기부금으로 보도록 규정하고 있습니다. (을설) 지정기부금이 아니다. (이유) 일반적인 증여의 경우에는 갑설이 타당하다고 할수 있으나 신주인수권을 포기함에 따른 증여의제의 경우에는 실제 지출한 금액이 없으므로 지정기부금으로 인정할수 없다.