원천징수된 이자소득을 기납부세액으로 공제받을 수 있는지 여부

학교법인이 법정신고기한내에 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 원천징수방법으로 과세하는 것이며 동 이자소득을 수정신고 또는 경정에 의하여 과세표준에 포함한 후 원천징수세액을 기납부세액으로 공제받을 수 없는 것임.

[회신] 귀 질의의 경우 학교법인이 법인세법(’98.12.28 개정전의 것) 제26조의 규정에 따라 법인세 과세표준 및 세액을 신고하는 경우 법정신고기한내에 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 같은법 제27조의 규정에 의하여 각사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 포함하지 아니하고 원천징수방법으로 과세하는 것으로 동 이자소득을 수정신고 또는 경정에 의하여 과세표준에 포함한 후 원천징수세액을 기납부세액으로 공제받을 수 없는 것입니다. 1. 질의요지 학교법인이 구법인세법(’98.12.28 개정전의 것) 제26조의 규정에 따라 법인세 과세표준 및 세액을 신고함에 있어서 학교회계에서 발생한 이자소득을 과세표준에 포함하지 하지 아니하고 신고하였는 바 이러한 경우에도 동 과세표준에 포함하지 아니한 이자소득에 대한 원천징수세액을 기납부세액으로 공제받았을 수 있는 지? 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련법령 ○ 법인세법 제62조 【비영리내국법인의 과세표준신고 특례】 ① 비영리내국법인은 제3조 제2항 제2호의 규정에 의한 이자ㆍ할인액 및 이익( 소득세법 제16조 제1항 제12호 의 비영업대금의 이익을 제외하고, 증권투자신탁수익의 분배금을 포함하며, 이하 이 조에서 “이자소득”이라 한다)으로서 제73조의 규정에 의하여 원천징수된 이자소득에 대하여는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. (98. 12. 28 개정) ② 제1항의 규정에 의한 비영리내국법인의 이자소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고와 징수에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (98. 12. 28 개정) ○ 법인세법시행령 제99조 【비영리내국법인의 과세표준신고 특례】 ① 법 제62조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 비영리내국법인은 원천징수된 이자소득 중 일부에 대하여도 과세표준신고를 하지 아니할 수 있다. (98. 12. 31 개정) ② 법 제62조 제1항의 규정에 의하여 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다. (98. 12. 31 개정) ○ 법인세법기본통칙 4-1-15…27【비영리내국법인의 이자소득신고방법】 비영리내국법인이 법 제27조 제1항의 규정에 의하여 과세기준신고를 하는 경우에 원천징수된 이자소득중 일부만을 다른 수익사업소득과 합산하여 신고할 수 있다. 이자소득과 다른 수익사업소득이 함께 있는 경우 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 원천징수방법으로 과세하는 것이며, 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함할 수 없다. (93. 2. 1 신설) ○ 구 법인세법 제27조 【비영리내국법인의 과세표준신고】’98.12.28 개정전 ① 비영리내국법인은 제1조 제1항 제3호의 규정에 의한 이자ㆍ할인액 및 이익( 소득세법 제16조 제1항 제12호 의 비영업대금의 이익을 제외하고, 증권투자신탁수익의 분배금을 포함하며, 이하 이 조에서 “이자소득”이라 한다)에 대하여 제26조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제9조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. (94. 12. 22 개정 : 소득세법 부칙) ② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 제39조의 규정에 의한 원천징수의 방법에 의하여 과세한다. (88. 12. 26 신설) 나. 유사사례 ○ 법인46012-3274, ’97.12.15 외 학교법인이 사립학교법 제29조 의 회계구분인 학교회계와 법인회계에서 각각 수익사업소득이 발생한 경우 각사업연도의 소득금액에 대한 법인세 과세표준 및 세액을 신고함에 있어 학교회계에서 발생한 이자소득금액을 학교법인의 다른 수익사업소득과 별도로 신고할 수 없음